Job Description O13585 Confidence 100.00% Date Mon Jul 2 19:10:20 BST 2012 Rank 1 Aligned Residues 317 % Identity 18% Template c2f6hX_ PDB info PDB header:structural protein Chain: X: PDB Molecule:myosin-2; PDBTitle: myosin v cargo binding domain Resolution 2.25 Å

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		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.				.	.	.	.	.	.	300	.	.	.							.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	L	E	F	S	D	F	D	I	P	Q	I	L	N	L	L	I	S	.	.	.	L	P	Q	K	E	P	H	M	T	T	.	.	.	.	.	.	Y	P	A	G	L	I	Y	Q	C	I	R	Y	A	D	H	K	I	K	S	K	P	L	V	E	S	L	I	N	L	S	L	T	K	I	L	T	S	V	S	S	N	G	A
Query Conservation																				.	.	.											.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.											.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		L	L	E	D	T	E	I	L	N	Q	E	I	T	E	G	L	L	K	G	F	E	V	P	D	A	G	V	A	I	Q	L	S	K	R	D	V	V	Y	P	A	R	I	L	I	I	V	L	S	E	M	.	W	R	F	G	L	T	K	Q	S	E	S	F	L	A	Q	V	L	T	T	I	Q	K	V	V	T	Q	L	K	G
Template Known Secondary structure																T	T	T	T	T							S	T	T									S														.			T	T																						T			G
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.		.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.																.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	L	V	S	T	E	A	S	L	Q	A	G	D	I	V	L	Q	S	Y	W	L	S	C	L	S	F	L	Y	Y	Y	L	C	R	D	D	S	F	F	K	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	V	L	Q	E	L	I	N	T	I	H	S	I	I	I	E	L	T	S	S	I	H
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	L	I	P	S	G	V	F	W	L	A	N	V	R	E	L	Y	S	F	V	V	F	A	L	N	S	I	L	T	E	E	T	M	T	D	E	E	Y	K	E	Y	V	S	L	V	T	E	L	K	D	D	F	E	A	L	S	Y	N	I	Y	N	I	W	L	K	K	L	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	R	L	I	S	L	I	D	S	T	L	L	A	Y	T	T	I	Q	D	V	K	Q	T	L	Y	K	R	D	W	N	F	F	K	K	R	K	Q	A	K	L	L	L	K	E	K	N	R	K	Q	L	K	E	Q	Q	K	K	E	L	H	R	K	S	Q	G	Q	E	N	H	E	E	E	E	G	Q	Q	D	G	N	D	S
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Q	L	Q	K	K	A	I	N	A	V	V	I	S	E	S	L	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T	T	S		S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	R	A	S	T	N	D	D	N	N	S	S	V	S	L	F	Y	D	K	E	I	L	R	H	L	Y	P	P	S	F	E	E	Q	M	K	P	S	P	L	K	I	V	Q	I	F	G	A	L	S	Y	V	L	N	L	H	Q	T	H	P	I	F	Q	Q	Q	C	L	S	I	S	V	N	W	F	A	T	T	L	F	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	A	E	Y	T	M	D	D	I	L	T	F	F	N	S	I	Y	W	C	M	K	S	F	H	I	E	N	E	V	F	H	A	V	V	T	T	L	L	N	Y	V	D	A	I	C	F	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T																						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	I	L	K	D	K	K	K	R	S	L	S	R	A	H	A	I	Q	I	R	L	N	L	S	T	L	E	S	W	I	Q	N	N	D	F	C	V	P	K	P	M	L	I	D	D	F	M	W	Q	R	F	P	M	T	L	I	R	D	V	G	E	I	D	L	S	D	P	I	L	R	N	V	A	T	Y	K	P	I	D	E
Query Conservation
Alig confidence						.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	I	M	.	.	K	R	N	F	L	S	W	K	R	G	L	Q	L	N	Y	N	V	T	R	L	E	E	W	C	K	T	H	G	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	.	.		S	S																								T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		267	.	.	270			.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
		652	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	K	D	L	I	Y	D	T	S	N	S	L	F	Y	Y	Q	P	F	H	K	I	A	Q	I	H	L	E	P	V	F	Q	L	L	Q	W	L	Q	V	A	T	T	L	D	S	E	E	S	L	I	S	T	M	N	L	L	P	R	I	T	P	V	Q	L	L	K	S	M	E	K	Y	N	Y	E	L	N	E	N	K	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	T	E	C	L	Q	H	L	I	Q	T	A	K	L	L	Q	V	.	.	R	K	Y	T	I	E	D	I	D	I	L	R	G	I	C	Y	S	L	T	P	A	Q	L	Q	K	L	I	S	Q	Y	Q	V	A	D	Y	E	S	P	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T					T										T	T	S	.	.			S	S											T	T	T	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
																							301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.			.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.		.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		N	S	K	L	K	K	F	L	N	N	K	I	K	D	S	.	K	M	S	K	A	D	A	Y	L	Q	E	H	E	I	P	Y	L	V	L	P
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	E	I	L	R	Y	V	A	D	I	V	K	K	E	A	A	L	S	S	S	G	S	I	F	I	T	P	E	T	G	P	F	T	D	P
Template Known Secondary structure																			G	G	G					S											G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.