Job Description O13585 Confidence 26.32% Date Mon Jul 2 19:10:20 BST 2012 Rank 72 Aligned Residues 214 % Identity 16% Template c2a2fX_ PDB info PDB header:protein transport Chain: X: PDB Molecule:exocyst complex component sec15; PDBTitle: crystal structure of sec15 c-terminal domain Resolution 2.50 Å

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		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	I	Y	Q	C	I	R	Y	A	D	H	K	I	K	S	K	P	L	V	E	S	L	I	N	L	S	L	T	K	I	L	T	S	V	S	S	N	G	A	A	G	L	V	S	T	E	A	S	L	Q	A	G	D	I	V	L	Q	S	Y	W	L	S	C	L	S	F	L	Y	Y	Y	L	C	R	D	D	S	F	F	K
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Sequence		E	F	M	Y	A	C	M	K	F	A	E	E	L	T	L	S	P	N	E	V	A	A	M	V	R	K	A	A	N	L	L	L	T	R	S	F	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	L	S	V	V	F	R	Q	P	.	.	.	S	I
Template Known Secondary structure														T	T																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T		T	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	130	.	.				.	.
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	P	S	V	L	Q	E	L	I	N	T	I	H	S	I	I	I	E	L	T	S	S	I	H	C	R	L	I	S	L	I	D	S	T	L	L	A	Y	T	T	I	Q	D	V	K	Q	T	L	Y	K	R	D	W	N	F	F	K	K	R	K	Q	A	K	L	L	L	K	E	K	N	R	K	Q	L	K	E	Q	Q	K
Query Conservation
Alig confidence																.	.																	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.																	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	T	Q	L	I	Q	I	I	I	D	T	Q	Y	.	.	L	E	K	A	G	P	F	L	D	E	F	V	C	H	M	T	.	.	.	.	.	.	N	T	E	R	A	M	F	H	V	A	R	Q	D	A	E	K	Q	V	G	L	R	I	C	S	K	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																.	.			T	T													.	.	.	.	.	.	T						S				T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.																	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.			.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.							.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	L	H	R	K	S	Q	G	Q	E	N	H	E	E	E	E	G	Q	Q	D	G	N	D	S	D	D	R	A	S	T	N	D	D	N	N	S	S	V	S	L	F	Y	D	K	E	I	L	R	H	L	Y	P	P	S	F	E	E	Q	M	K	P	S	P	L	K	I	V	Q	I	F	G	A	L	S	Y	V	L	N	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	F	F	E	L	S	A	Y	D	W	L	P	G	I	A	S	A	F	I	T	D	M	I	S	Y	L	K	S	T	F	D	S	.	.	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T			T	T					S																		T	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template SS confidence
																																														198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230			.
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	Q	T	H	P	I	F	Q	Q	Q	C	L	S	I	S	V	N	W	F	A	T	T	L	F	N	K	I	L	K	D	K	K	K	R	S	L	S	R	A	H	A	I	Q	I	R	L	N	L	S	T	L	E	S	W	I	Q	N	N	D	F	C	V	P	K	P	M	L	I	D	D	F	M	W	Q	R	F	P	M	T	L
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	K	L	P	H	I	A	Q	A	A	C	R	R	T	F	E	H	I	A	E	K	I	Y	S	I	M	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	S	T	G	A	L	T	Q	I	N	L	D	L	M	Q	C	E	F	F	A	A	S	E	P	V	P	G	L	K	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	T	S																								T		.	.	.	.	.	.	.			T	T																T	T		S	S	S	S			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.								.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	R	D	V	G	E	I	D	L	S	D	P	I	L	R	N	V	A	T	Y	K	P	I	D	E	N	N	K	D	L	I	Y	D	T	S	N	S	L	F	Y	Y	Q	P	F	H	K	I	A	Q	I	H	L	E	P	V	F	Q	L	L	Q	W	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	S	K	Y	F	L	R	N	R	Q	L	L	D	L	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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