HHsearch 1.5 NAME d2rh3a1 FAM FILE d2rh3a1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2rh3a1.a3m DATE Tue Mar 9 01:09:20 2010 LENG 121 match states, 121 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4479 1.0971 SEQ >ss_dssp CEEEEEECCCCTTSCHHHHHHTTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSGGGGSCCCCCCCCSTTCCCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHSTTSCSCHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC >sa_dssp EDBEAAADBACDECAEDACECDEEDDCDDAACCBBEEAACCBCEBBEECDADEBDDEBECCEDEECEEDDBEDDCEBDEECBECACECBBEEEEDEEEBA ACDAABAAABBCBDDBEEEEE >ss_pred CEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 9278305898510788998776531834799999998623588874076177645405775000231121242010109999999852583332357888 666534555542004221369 >Consensus iqvflsaxxpaxxvsxxxdxlxxxxxpxxxlqxilrralxdxexmlxxgsfxxxxxxyxixhtafexxxivxtsrmxpxxlixxaxxhfdplgxxtaraf gxklatxalxxffxxekatns >d2rh3a1 IQVFLSARPPAPEVSKIYDNLILQYSPSKSLQMILRRALGDFENMLADGSFRAAPKSYPIPHTAFEKSIIVQTSRMFPVSLIEAARNHFDPLGLETARAF GHKLATAALACFFAREKATNS >UniRef50_Q1M9R2(78-190:197) Putative crown-gall tumour like protein n=1 Tax=Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 RepID=Q1M9R2_RHIL3 E=1e-39 s/c=1.45 id=51% cov=94% VQVFLSAALPARGISATFDALSAESRPARALQLILRRALDDYELMLSNGSFAEIAQAYSVE----EPLSIVATSRMMPRRLVDIALAHFDPLGFNSARAF GRKLASSALCIFFNNEK---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * I 1 * * * * * * * 952 * * * * * * * * * 1050 * * 1 0 * * * * * * 1385 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1385 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1385 0 0 F 4 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1385 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1385 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1385 0 0 A 7 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1385 0 0 R 8 1050 * * * * * * * * * * * * * 952 * * * * * 8 0 * * * * * * 1385 0 0 P 9 * * * * * * * * * 1050 * * 952 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1385 0 0 P 10 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1385 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1385 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 952 * 1050 * * * * * 12 0 * * * * * * 1385 0 0 E 13 * * * 952 * 1050 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1385 0 0 V 14 * * * * * * * 1050 * * * * * * * * * 952 * * 14 0 * * * * * * 1385 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1385 0 0 K 16 1050 * * * * * * * 952 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1385 0 0 I 17 * * * * * * * 952 * * * * * * * * 1050 * * * 17 0 * * * * * * 1385 0 0 Y 18 * * * * 1050 * * * * * * * * * * * * * * 952 18 0 * * * * * * 1385 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1385 0 0 N 20 1050 * * * * * * * * * * 952 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1385 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1385 0 0 I 22 * * * * * * * 952 * * * * * * * 1050 * * * * 22 0 * * * * * * 1385 0 0 L 23 1050 * * * * * * * * 952 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1385 0 0 Q 24 * * * 1050 * * * * * * * * * 952 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1385 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * 1050 * * * 952 25 0 * * * * * * 1385 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * 1050 952 * * * * 26 0 * * * * * * 1385 0 0 P 27 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1385 0 0 S 28 1050 * * * * * * * * * * * * * * 952 * * * * 28 0 * * * * * * 1385 0 0 K 29 * * * * * * * * 952 * * * * * 1050 * * * * * 29 0 * * * * * * 1385 0 0 S 30 1050 * * * * * * * * * * * * * * 952 * * * * 30 0 * * * * * * 1385 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1385 0 0 Q 32 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 32 0 * * * * * * 1385 0 0 M 33 * * * * * * * * * 1050 952 * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1385 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1385 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1385 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 1385 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1385 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1385 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1385 0 0 G 40 * * 1050 * * 952 * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1385 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1385 0 0 F 42 * * * * 952 * * * * * * * * * * * * * * 1050 42 0 * * * * * * 1385 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1385 0 0 N 44 * * * * * * * * * 1050 * 952 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1385 0 0 M 45 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1385 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1385 0 0 A 47 952 * * * * * * * * * * * * * * 1050 * * * * 47 0 * * * * * * 1385 0 0 D 48 * * 952 * * * * * * * * 1050 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1385 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1385 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1385 0 0 F 51 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1385 0 0 R 52 1050 * * * * * * * * * * * * * 952 * * * * * 52 0 * * * * * * 1385 0 0 A 53 952 * * 1050 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1385 0 0 A 54 952 * * * * * * 1050 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1385 0 0 P 55 1050 * * * * * * * * * * * 952 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1385 0 0 K 56 * * * * * * * * 952 * * * * 1050 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1385 0 0 S 57 1050 * * * * * * * * * * * * * * 952 * * * * 57 0 * * * * * * 1385 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1385 0 0 P 59 * * * * * * * * * * * * 952 * * 1050 * * * * 59 0 * * * * * * 1385 0 0 I 60 * * * * * * * 952 * * * * * * * * * 1050 * * 60 0 * * * * * * 1385 0 0 P 61 * * * 1050 * * * * * * * * 952 * * * * * * * 61 952 * 1050 * * * * 1385 0 0 H 62 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * 0 1000 0 1000 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 63 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 64 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * 0 1000 0 1000 F 65 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 E 66 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1385 0 0 K 67 * * * * * * * * 952 * * * 1050 * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1385 0 0 S 68 * * * * * * * * * 1050 * * * * * 952 * * * * 68 0 * * * * * * 1385 0 0 I 69 * * * * * * * 952 * * * * * * * 1050 * * * * 69 0 * * * * * * 1385 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1385 0 0 V 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 71 0 * * * * * * 1385 0 0 Q 72 1050 * * * * * * * * * * * * 952 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1385 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 73 0 * * * * * * 1385 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1385 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 75 0 * * * * * * 1385 0 0 M 76 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1385 0 0 F 77 * * * * 952 * * * * * 1050 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1385 0 0 P 78 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1385 0 0 V 79 * * * * * * * * * * * * * * 1050 * * 952 * * 79 0 * * * * * * 1385 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * 1050 952 * * * * 80 0 * * * * * * 1385 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1385 0 0 I 82 * * * * * * * 952 * * * * * * * * * 1050 * * 82 0 * * * * * * 1385 0 0 E 83 * * 1050 952 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1385 0 0 A 84 952 * * * * * * 1050 * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1385 0 0 A 85 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1385 0 0 R 86 * * * * * * * * * 1050 * * * * 952 * * * * * 86 0 * * * * * * 1385 0 0 N 87 1050 * * * * * * * * * * 952 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1385 0 0 H 88 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1385 0 0 F 89 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1385 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1385 0 0 P 91 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1385 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1385 0 0 G 93 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1385 0 0 L 94 * * * * 1050 * * * * 952 * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1385 0 0 E 95 * * * 952 * * * * * * * 1050 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1385 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * * * 1050 952 * * * 96 0 * * * * * * 1385 0 0 A 97 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1385 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1385 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1385 0 0 F 100 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1385 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1385 0 0 H 102 * * * * * * 952 * * * * * * * 1050 * * * * * 102 0 * * * * * * 1385 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1385 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1385 0 0 A 105 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1385 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * 1050 952 * * * 106 0 * * * * * * 1385 0 0 A 107 952 * * * * * * * * * * * * * * 1050 * * * * 107 0 * * * * * * 1385 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1385 0 0 L 109 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1385 0 0 A 110 952 1050 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1385 0 0 C 111 * 952 * * * * * 1050 * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1385 0 0 F 112 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1385 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1385 0 0 A 114 952 * * * * * * * * * * 1050 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1385 0 0 R 115 * * * * * * * * * * * 1050 * * 952 * * * * * 115 0 * * * * * * 1385 0 0 E 116 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1385 0 0 K 117 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1385 0 0 A 118 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 N 120 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 121 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //