HHsearch 1.5 NAME d2pv4a1 FAM FILE d2pv4a1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2pv4a1.a3m DATE Mon Mar 8 18:46:39 2010 LENG 144 match states, 144 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4121 -0.2633 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCGGGSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTCHHHHHHHHSCHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHTTTT SCHHHHHHHHHHHHHTHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EEEEEDECDDDACDBADDBADDEDDCEECDDEDCEDADDBAECABDBEEDDADCCCEEBDEDACECBECBBAAABAAACABCDBDEDCEDDEECCEDDEE EDDDECCDECCDCABDBAEDACCCADDBDEDEECCEDACDCADD >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCC >ss_conf 9221179999999999985141004656437899999999999973045512566763302344210055544444534689999999889998741688 87643241666542578999999999621004531112443069 >Consensus xtevxxxyrxxaxqvaxxvxxxvxxxxxxpexlxxayxxlcxelxxdxdxxfsxxwdxlpxsaxxlxxrxxfhgfyxanawxqlsxvaxdixexxxtdxx iaexeyxgxxxrxaxaxlkesvxklkkartdrsmxnsixxvxgi >d2pv4a1 XSEIDANYRALAQQVADKVAGRVIALDRLPESLLTAYRSLCDELLADRDGRFTRAWDQLPDSASSLFERCVFHGFYLANAWIQLSIVARDISELQDTDEA IAEQEYSGLYVRVAEAALKESVKKLKKARTDRSXYNSXREVXGI >UniRef50_A8H7G9(19-158:162) Putative uncharacterized protein n=21 Tax=Shewanella RepID=A8H7G9_SHEPA E=7e-38 s/c=1.12 id=53% cov=98% -TEVTQAYRDRAEQVALNVCNTVMPMNDIPEGLFEAYANLCNELIEDTDLKFSAGWDALPASAKGLLPREDFHGFYIANAWFQLSRVAQDIAEMAETDDE IAEKEYNGIFTRLADASLKESVRKLKKARTDRSMLNSIKTV--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * X 1 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 1 * * * * * * * 0 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 1021 980 * * * 2 0 * * * * * * 1366 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1366 0 0 I 4 * * * * * * * 1021 * * * * * * * * * 980 * * 4 0 * * * * * * 1366 0 0 D 5 * * 1021 * * * * * * * * * * * * * 980 * * * 5 0 * * * * * * 1366 0 0 A 6 1021 * * * * * * * * * * * * 980 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1366 0 0 N 7 980 * * * * * * * * * * 1021 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1366 0 0 Y 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 8 0 * * * * * * 1366 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1366 0 0 A 10 1021 * 980 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1366 0 0 L 11 * * * * * * * * * 1021 * * * * 980 * * * * * 11 0 * * * * * * 1366 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 13 * * * 980 * * * * * * * * * 1021 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 14 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1366 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1366 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1366 0 0 D 17 * * 1021 * * * * * * 980 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1366 0 0 K 18 * * * * * * * * 1021 * * 980 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1366 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1366 0 0 A 20 1021 980 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1366 0 0 G 21 * * * * * 1021 * * * * * 980 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1366 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 1021 * 980 * * * 22 0 * * * * * * 1366 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 1366 0 0 I 24 * * * * * * * 1021 * * 980 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1366 0 0 A 25 1021 * * * * * * * * * * * 980 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1366 0 0 L 26 * * * * * * * * * 1021 980 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1366 0 0 D 27 * * 1021 * * * * * * * * 980 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1366 0 0 R 28 * * 980 * * * * * * * * * * * 1021 * * * * * 28 0 * * * * * * 1366 0 0 L 29 * * * * * * * 980 * 1021 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1366 0 0 P 30 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1366 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1366 0 0 S 32 * * * * * 980 * * * * * * * * * 1021 * * * * 32 0 * * * * * * 1366 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1366 0 0 L 34 * * * * 980 * * * * 1021 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1366 0 0 T 35 * * * 980 * * * * * * * * * * * * 1021 * * * 35 0 * * * * * * 1366 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1366 0 0 Y 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 37 0 * * * * * * 1366 0 0 R 38 980 * * * * * * * * * * * * * 1021 * * * * * 38 0 * * * * * * 1366 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * 980 * * * 1021 * * * * 39 0 * * * * * * 1366 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1366 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1366 0 0 D 42 * * 1021 * * * * * * * * 980 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1366 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1366 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1366 0 0 L 45 * * * * * * * 980 * 1021 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1366 0 0 A 46 1021 * * 980 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1366 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1366 0 0 R 48 * * * * * * * * * * * * * * 1021 * 980 * * * 48 0 * * * * * * 1366 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1366 0 0 G 50 * * * * * 1021 * * * 980 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1366 0 0 R 51 * * * * * * * * 980 * * * * * 1021 * * * * * 51 0 * * * * * * 1366 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1366 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * * 980 1021 * * * 53 0 * * * * * * 1366 0 0 R 54 980 * * * * * * * * * * * * * 1021 * * * * * 54 0 * * * * * * 1366 0 0 A 55 1021 * * * * 980 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1366 0 0 W 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 56 0 * * * * * * 1366 0 0 D 57 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 58 980 * * * * * * * * * * * * 1021 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1366 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1366 0 0 P 60 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1366 0 0 D 61 980 * 1021 * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1366 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 62 0 * * * * * * 1366 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1366 0 0 S 64 * * * * * * * * 980 * * * * * * 1021 * * * * 64 0 * * * * * * 1366 0 0 S 65 * * * * * 980 * * * * * * * * * 1021 * * * * 65 0 * * * * * * 1366 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1366 0 0 F 67 * * * * 1021 * * * * 980 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1366 0 0 E 68 * * * 1021 * * * * * * * * 980 * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1366 0 0 R 69 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 69 0 * * * * * * 1366 0 0 C 70 * 1021 * 980 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1366 0 0 V 71 * * 980 * * * * * * * * * * * * * * 1021 * * 71 0 * * * * * * 1366 0 0 F 72 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1366 0 0 H 73 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1366 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1366 0 0 F 75 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1366 0 0 Y 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 76 0 * * * * * * 1366 0 0 L 77 * * * * * * * 980 * 1021 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1366 0 0 A 78 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1366 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1366 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1366 0 0 W 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 81 0 * * * * * * 1366 0 0 I 82 * * * * 980 * * 1021 * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1366 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1366 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 85 0 * * * * * * 1366 0 0 I 86 * * * * * * * 1021 * * * * * * 980 * * * * * 86 0 * * * * * * 1366 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1366 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1366 0 0 R 89 * * * * * * * * * * * * * 980 1021 * * * * * 89 0 * * * * * * 1366 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1366 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1366 0 0 S 92 980 * * * * * * * * * * * * * * 1021 * * * * 92 0 * * * * * * 1366 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1366 0 0 L 94 * * * * * * * * * 1021 980 * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 95 980 * * * * * * * * * * * * 1021 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1366 0 0 D 96 * * 1021 980 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1366 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 97 0 * * * * * * 1366 0 0 D 98 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1366 0 0 E 99 * * 980 1021 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1366 0 0 A 100 1021 * * 980 * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1366 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1366 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1366 0 0 E 103 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1366 0 0 Q 104 * * * * * * * * 980 * * * * 1021 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1366 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1366 0 0 Y 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 106 0 * * * * * * 1366 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * 980 * * * 1021 * * * * 107 0 * * * * * * 1366 0 0 G 108 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1366 0 0 L 109 * * * * * * * 980 * 1021 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1366 0 0 Y 110 * * * * 980 * * * * * * * * * * * * * * 1021 110 0 * * * * * * 1366 0 0 V 111 * * * * * * * * * * * * * * * * 980 1021 * * 111 0 * * * * * * 1366 0 0 R 112 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 112 0 * * * * * * 1366 0 0 V 113 * * * * * * * * * 980 * * * * * * * 1021 * * 113 0 * * * * * * 1366 0 0 A 114 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1366 0 0 E 115 * * 980 1021 * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1366 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1366 0 0 A 117 1021 * * * * * * * * * * * * * * 980 * * * * 117 0 * * * * * * 1366 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1366 0 0 K 119 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1366 0 0 E 120 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1366 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 121 0 * * * * * * 1366 0 0 V 122 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 122 0 * * * * * * 1366 0 0 K 123 * * * * * * * * 1021 * * * * * 980 * * * * * 123 0 * * * * * * 1366 0 0 K 124 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1366 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1366 0 0 K 126 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1366 0 0 K 127 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1366 0 0 A 128 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1366 0 0 R 129 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 129 0 * * * * * * 1366 0 0 T 130 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 130 0 * * * * * * 1366 0 0 D 131 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1366 0 0 R 132 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 132 0 * * * * * * 1366 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 133 0 * * * * * * 1366 0 0 X 134 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 135 * * * * * * * * * 980 * * * * * * * * * 1021 135 0 * * * * * * 1366 0 0 N 136 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1366 0 0 S 137 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 137 0 * * * * * * 1366 0 0 X 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 R 139 * * * * * * * * 980 * * * * * 1021 * * * * * 139 0 * * * * * * 1366 0 0 E 140 * * * 1021 * * * * * * * * * * * * 980 * * * 140 0 * * * * * * 1366 0 0 V 141 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 141 0 * * * * * * 1366 0 0 X 142 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 142 * * * * * * * 1000 0 0 G 143 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 I 144 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 144 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //