HHsearch 1.5 NAME d2ih2a2 FAM FILE d2ih2a2 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2ih2a2.a3m DATE Tue Mar 9 07:02:02 2010 LENG 170 match states, 170 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4092 -0.2710 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHTSEEHHHHEEEEECCCHHHHHHCTTCBSSCCTTEEECBCGGGEETTEECCSCCSSSCEEEGGGGGGTCGGGGSCEEEECSSSSSSCCE EEESSCCCBSSSEEEEECTTEEECHHHHHHHHTSHHHHHHHHHHHTTSSSSCCHHHHTTCEECTTTEEEC >sa_dssp DDDDEEAEECBEDCCDABDAADBDCAADCECAEECEBBDEEEDEECCBAABCEAACEDEBBBEECDCDACACDEDADDBCEBADEDAAAABCECCBDABA ADAEDABAACCBBAACDCEDCDCDCECABECACCEDACEBADCABDEEDECACDEBACDAAADEECBDDE >ss_pred CCCCCCHHHHHCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCEEECCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEECCCCCEEECHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCEEEE EECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEHHHHHCCCHHHHCCCCC >ss_conf 9773101112014777551689997056853102710121678980465407866877057416656202018899986633048608999807984898 5335456156765421113753589999997626899999999974100220178762062024217899 >Consensus rFETxxtrklexSxxxLGdlxxIRxaxRsPExKxxPxvxKxxxxxxxPxLxGRNLKxxxixYExNxsGxWmxKxxxxxLRxxxxxPHlVVxxxxxxrVxA AxDEkxYPWxexyHLlxKxxldlxxxxvVexLNSexikryVkxlyRdxtxHltixxLkxlPlrrxxgxxt >d2ih2a2 RFETEETRKLEISGMPLGDLFHIRFAARSPEFKKHPAVRKEPGPGLVPVLTGRNLKPGWVDYEKNHSGLWMPKERAKELRDFYATPHLVVAHTKGTRVVA AWDERAYPWREEFHLLPKEGVRLDPSSLVQWLNSEAMQKHVRTLYRDFVPHLTLRMLERLPVRREYGFHT >UniRef50_P29749(242-420:428) Modification methylase TthHB8I n=4 Tax=Thermus thermophilus RepID=MTT8_THET8 E=1e-77 s/c=1.62 id=82% cov=101% RFETGWTREMEASGPPLGSLFHIRFAARSPEFKKHPAVQKEPEPGLVPVLTGRNLKPGWIDYESNHSGLWMPKERAKELRDFYATPHLVVAHTKGTKVVA AWDEKAYPWREEFHLLPKEGVELDPLFLVEWLNSDKIQEYVKTLYRDFVPHLTLRMLERIPAllprkgnteRRKHGPYT >UniRef50_B5YJE4(283-454:469) Modification methylase TaqI n=4 Tax=Bacteria RepID=B5YJE4_THEYD E=7e-64 s/c=1.42 id=37% cov=95% -FETDYSKKLDHSCShKLGDIYEIRISPRTPEIKNNPYIVKAEflnKQNYLPLLNGRNLKCNEIIYE-NLTGYWIKKADINKLRGYFNIPHIVVglGFRE NGRVAAAYDEKCYPWMgDVYHLIRKTNLfnlnfDMSEQEVVEYLNSDYVKRYVKDIYREITYHLSITQLKNLPL-------- >UniRef50_A8V3P9(1-55:77) Putative uncharacterized protein (Fragment) n=1 Tax=Hydrogenivirga sp. 128-5-R1-1 RepID=A8V3P9_9AQUI E=7e-07 s/c=1.01 id=27% cov=30% ---------------------------------------------------------------------------------------------------- ------------YHLLRKRTLinmrfDLTDEEVVSFLNSEIIKRYIKDVFRNITYHFNITQLKLIPL-------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * R 1 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 1 0 * * * * * * 1126 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1606 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1606 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1606 0 0 E 5 * * 1288 1756 * 1764 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1606 0 0 E 6 * * * 1756 * * * * * * * * * * * * * * 1764 1288 6 0 * * * * * * 1606 0 0 T 7 * * * * * * * * * * * * * * * 1288 760 * * * 7 0 * * * * * * 1606 0 0 R 8 * * * * * * * * 1288 * * * * * 760 * * * * * 8 0 * * * * * * 1606 0 0 K 9 * * * 1764 * * * * 503 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1606 0 0 L 10 * * * * * * * * * 503 1764 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1606 0 0 E 11 * * 1288 760 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1606 0 0 I 12 1764 * * * * * 1288 1756 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1606 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1606 0 0 G 14 * 1288 * * * 760 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1606 0 0 M 15 * * * * * * * * * * 1756 * 1764 * * 1288 * * * * 15 760 1288 * 0 * * * 1606 1000 0 P 16 * * * * * * * * 1288 * * * 760 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1606 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1606 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1606 0 0 D 19 * * 503 * * * * * * * * * * * * 1764 * * * * 19 0 * * * * * * 1606 0 0 L 20 * * * * * * * 1288 * 760 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1606 0 0 F 21 * * * * 760 * * * * * * * * * * * * * * 1288 21 0 * * * * * * 1606 0 0 H 22 * * * 1288 * * 760 * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1606 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1606 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1606 0 0 F 25 * * * * 760 * * 1288 * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1606 0 0 A 26 760 * * * * * * * * * * * * * * 1288 * * * * 26 0 * * * * * * 1606 0 0 A 27 760 * * * * * * * * * * * 1288 * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1606 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 28 0 * * * * * * 1606 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 760 1288 * * * 29 0 * * * * * * 1606 0 0 P 30 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1606 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1606 0 0 F 32 * * * * 760 * * 1288 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1606 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1606 0 0 K 34 * * * * * * * * 760 * * 1288 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1606 0 0 H 35 * * * * * * 760 * * * * 1288 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1606 0 0 P 36 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1606 0 0 A 37 760 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1288 37 0 * * * * * * 1606 0 0 V 38 * * * * * * * 1288 * * * * * * * * * 760 * * 38 0 * * * * * * 1606 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * 1764 1756 * * 1288 * * 39 0 * * * * * * 1606 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1606 0 0 E 41 1288 * * 760 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1606 0 0 P 42 * * * 1288 * * * * * * * * 760 * * * * * * * 42 760 1288 * 1585 585 * * 1606 1000 0 G 43 * * * 1764 * 1756 * * 1288 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1606 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 760 1288 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1606 0 0 G 45 * * * * * 760 * * * * * 1288 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1606 0 0 L 46 * * * * * * * * * 760 * * * * * * * * * 1288 46 0 * * * * * * 1606 0 0 V 47 * * * * * * * * * 1288 * * * * * * * 760 * * 47 0 * * * * * * 1606 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1606 0 0 V 49 * * * * * * * * * 1288 * * * * * * * 760 * * 49 0 * * * * * * 1606 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1606 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * 1288 * * * * 760 * * * 51 0 * * * * * * 1606 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1606 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1606 0 0 N 54 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1606 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1606 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1606 0 0 P 57 * 1288 * * * * * * * * * * 760 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1606 0 0 G 58 * * * * * 760 * * * * * 1288 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1606 0 0 W 59 * * * 1288 * * * * * * * * * * * * * * 760 * 59 0 * * * * * * 1606 0 0 V 60 * * * * * * * 506 * * * * * * * * * 1756 * * 60 0 * * * * * * 1606 0 0 D 61 * * 760 * * * * 1288 * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1606 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1606 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 760 * 1288 * * * * 1606 0 0 K 64 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 64 0 * * * * 0 * 1126 0 1000 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1606 0 0 H 66 * * * * * * 760 * * 1288 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1606 0 0 S 67 * * * * * * * * * * * * * * * 760 1288 * * * 67 0 * * * * * * 1606 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1606 0 0 L 69 * * * * * * * * * 760 * * * * * * * * * 1288 69 0 * * * * * * 1606 0 0 W 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 70 0 * * * * * * 1606 0 0 M 71 * * * * * * * 1288 * * 760 * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1606 0 0 P 72 * * * * * * * * 1288 * * * 760 * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1606 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1606 0 0 E 74 1288 * * 760 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1606 0 0 R 75 * * 1288 * * * * * * * * * * * 760 * * * * * 75 0 * * * * * * 1606 0 0 A 76 760 * * * * * * 1288 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1606 0 0 K 77 * * * * * * * * 760 * * 1288 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1606 0 0 E 78 * * * 760 * * * * 1288 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1606 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1606 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1606 0 0 D 81 * * 760 * * 1288 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1606 0 0 F 82 * * * * 760 * * * * * * * * * * * * * * 1288 82 0 * * * * * * 1606 0 0 Y 83 * * * * 1288 * * * * * * * * * * * * * * 760 83 0 * * * * * * 1606 0 0 A 84 760 * * * * * * * * * * 1288 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1606 0 0 T 85 * * * * * * * 1288 * * * * * * * * 760 * * * 85 0 * * * * * * 1606 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1606 0 0 H 87 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1606 0 0 L 88 * * * * * * * 1288 * 760 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1606 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1606 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 760 1288 * 1000 1000 * * 1606 1000 0 A 91 760 * * * * 1288 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1606 0 0 H 92 * * * * 1288 * 760 * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1606 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * * 1288 * 760 * * * 93 0 * * * * * * 1606 0 0 K 94 * * * 1288 * * * * 760 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1606 0 0 G 95 * * * * * 760 * * * * * 1288 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1606 0 0 T 96 * * * * * 1288 * * * * * * * * * * 760 * * * 96 0 * * * * * * 1606 0 0 R 97 * * * * * * * * 1764 * * * * * 503 * * * * * 97 0 * * * * * * 1606 0 0 V 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 98 0 * * * * * * 1606 0 0 V 99 1288 * * * * * * * * * * * * * * * * 760 * * 99 0 * * * * * * 1606 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1606 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1606 0 0 W 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 760 1288 102 0 * * * * * * 1606 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1606 0 0 E 104 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1606 0 0 R 105 * * * * * * * * 506 * * * * * 1756 * * * * * 105 0 * * * * * * 1606 0 0 A 106 760 1288 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1606 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1606 0 0 P 108 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1606 0 0 W 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 109 0 * * * * * * 1606 0 0 R 110 * * * * * * * * * * 1288 * * * 760 * * * * * 110 760 1288 * 0 * * * 1606 1000 0 E 111 * * 1288 760 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1606 0 0 E 112 * * * 760 * * * * * * * * * * * * * 1288 * * 112 0 * * * * * * 1606 0 0 F 113 * * * * 1079 * * * * * * * * * * * * * * 925 113 0 * * * * * * 1928 0 0 H 114 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1928 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1928 0 0 L 116 * * * * * * * 1943 * 434 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1928 0 0 P 117 * * * * * * * * * * * * 1079 * 925 * * * * * 117 0 * * * * * * 1928 0 0 K 118 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1928 0 0 E 119 * * * 1079 * * * * * * * * * * 1907 * 1943 * * * 119 0 * * * * * * 1928 0 0 G 120 * * * * * 1079 * * * * * 1943 * * * * 1907 * * * 120 0 * * * * * * 1928 0 0 V 121 * * * * * * * * * 925 * * * * * * * 1079 * * 121 1079 925 * 2322 322 * * 1928 1313 0 R 122 * * 925 2141 * * * * * * * * * * 2019 * * * * * 122 0 * * * * * * 1928 0 0 L 123 * * * * * * * * * 434 1943 * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1928 0 0 D 124 * * 1079 * * * * * * * * * * * * 1943 1907 * * * 124 0 * * * * * * 1928 0 0 P 125 * * 1907 1943 * * * * * * * * 1079 * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1928 0 0 S 126 * * * 1907 * * * * * 2141 * * * 1943 * 2019 * * * * 126 0 * * * * * * 1928 0 0 S 127 * * * 925 2141 * * * * * * * * * * 2019 * * * * 127 0 * * * * * * 1928 0 0 L 128 * * * * * * * * * 1079 * * * * * * * 925 * * 128 0 * * * * * * 1928 0 0 V 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 129 0 * * * * * * 1928 0 0 Q 130 * * * 1039 * * * * * * * * * 2019 * 1907 * * * * 130 0 * * * * * * 1928 0 0 W 131 * * * * 1907 * * * * * * * * * * * * * 1079 1943 131 0 * * * * * * 1928 0 0 L 132 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1928 0 0 N 133 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1928 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 134 0 * * * * * * 1928 0 0 E 135 * * 1039 962 * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1928 0 0 A 136 2019 * * * * * * 1907 2141 * * * * * * * * * * 1943 136 0 * * * * * * 1928 0 0 M 137 * * * * * * * 1019 * * 2019 * * * * * * 1943 * * 137 0 * * * * * * 1928 0 0 Q 138 * * * * * * * * 925 * * * * 1079 * * * * * * 138 0 * * * * * * 1928 0 0 K 139 * * * 2141 * * * * 2019 * * * * * 925 * * * * * 139 0 * * * * * * 1928 0 0 H 140 * * * * * * 2019 * * * * * * * * * * * * 409 140 0 * * * * * * 1928 0 0 V 141 * * * * * * * 1907 * * * * * * * * * 447 * * 141 0 * * * * * * 1928 0 0 R 142 * * * * * * * * 409 * * * * * 2019 * * * * * 142 0 * * * * * * 1928 0 0 T 143 * * 925 * * * * * * * * * * * * * 1079 * * * 143 0 * * * * * * 1928 0 0 L 144 * * * * * * * 1943 * 1079 * * * * * * * 1907 * * 144 0 * * * * * * 1928 0 0 Y 145 * * * * 1907 * * * * * * * * * * * * * * 447 145 0 * * * * * * 1928 0 0 R 146 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 146 0 * * * * * * 1928 0 0 D 147 * * 1079 1943 * * * * * * * 1907 * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1928 0 0 F 148 * * * * 1079 * * 925 * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1928 0 0 V 149 * * * * * * * * * * * * * * * * 925 1079 * * 149 0 * * * * * * 1928 0 0 P 150 * * * * * * * * * * * * 1079 * * * * * * 925 150 0 * * * * * * 1928 0 0 H 151 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1928 0 0 L 152 * * * * 1907 * * * * 447 * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1928 0 0 T 153 * * * * * * * * * * * 1907 * * * 1943 1079 * * * 153 0 * * * * * * 1928 0 0 L 154 * * * * * * * 925 * 1079 * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1928 0 0 R 155 * * * * * * * * * * * * * * 1079 * 925 * * * 155 0 * * * * * * 1928 0 0 M 156 * * * * * * * * * * 1079 * * 925 * * * * * * 156 0 * * * * * * 1928 0 0 L 157 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1928 0 0 E 158 * * * 1079 * * * * 925 * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1928 0 0 R 159 * * * * * * * * * 1907 * 1943 * * 1079 * * * * * 159 0 * * * * * * 1928 0 0 L 160 * * * * * * * 1019 * 981 * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1928 0 0 P 161 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1928 0 0 V 162 2141 * * * * * * * * 925 * * * * * * * 2019 * * 162 940 1062 * 3170 170 * * 1928 1000 0 R 163 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 163 0 * * * * * * 1126 0 0 R 164 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 164 0 * * * * * * 1126 0 0 E 165 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1126 0 0 Y 166 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 166 0 * * * * * * 1126 0 0 G 167 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1126 0 0 F 168 * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1126 0 0 H 169 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 169 0 * * * * * * 1126 0 0 T 170 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 170 0 * * 0 * * * 1126 0 0 //