HHsearch 1.5 NAME d2hrkb1 FAM FILE d2hrkb1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2hrkb1.a3m DATE Tue Mar 9 03:58:54 2010 LENG 118 match states, 118 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4279 0.1980 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHTSGGGGCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHTCTGGGHHHHHHHHHHCSSTTSCSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCSSTTHHHHHSHHHHHH HHHHHHHTTCCTTTSCCC >sa_dssp EECCEDBEECECCEDEDEDDEECDDCCDDAEDBCDDEDBEECBEDABECADECEBAADCEDBBDBAADAADDABDCADECCEECEEDCDBDEDCECABDA ADDAADCBEBDEEDCBDE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHCCCCCCCCC >ss_conf 9277778765433211110689987667689898624772018999999630211232137761146899999999999975467644446889999999 999999960246343349 >Consensus SdLxxkfxsLxiSxxpxxlxkEqxAqAaQWesvxksgqiqxhldxLNlxLrdxtfIvgtlxPtetDvxVFexxxplikdlxaSskDvkxxyxxyRHIlRW idyxQxlLexpxtxxlei >d2hrkb1 SDLVTKFESLIISKYPVSFTKEQSAQAAQWESVLKSGQIQPHLDQLNLVLRDNTFIVSTLYPTSTDVHVFEVALPLIKDLVASSKDVKSTYTTYRHILRW IDYMQNLLEVSSTDKLEI >UniRef50_C5E2K6(2-116:372) KLTH0H05742p n=7 Tax=Saccharomycetales RepID=C5E2K6_LACTC E=2e-50 s/c=1.73 id=63% cov=98% SVLIEKFKSLSLS---TELNKEQLAQAAQWESVVKSGQIQGHIDELNLRLRDHSFILGTLVPTETDTVVFESVFPLIKDLIASSKDVKGHYAKFRHILRW IAYLQELLEIPNNEQLEI >UniRef50_C4R1K7(2-107:366) Protein that binds tRNA and methionyl-and glutamyl-tRNA synthetases (Mes1p and Gus1p) n=6 Tax=Saccharomycetales RepID=C4R1K7_PICPG E=0.0003 s/c=0.44 id=34% cov=89% SDLEQPLQKLRIdvSAFP-KLSAEEAALASQWTTL--ALRLPENLAKLNEFLKTRTYIVGN-SPSEADVDVFSQTESMLRSW-SSIEDL----SRYRHII RWADLVQHTLLEPKT----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1751 0 0 D 2 * * 553 * * * * * * * * * * * * * * 1650 * * 2 0 * * * * * * 1751 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1751 0 0 V 4 * * * 1471 * * * 1650 * * * * * * * * * 1640 * * 4 0 * * * * * * 1751 0 0 T 5 * * * 1650 * * * * * * * * * 1471 * * 1640 * * * 5 0 * * * * * * 1751 0 0 K 6 * * * * * * * * 645 * * * 1471 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1751 0 0 F 7 * * * * 645 * * * * 1471 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1751 0 0 E 8 * * * 1640 * * * * 1650 * * * * 1471 * * * * * * 8 0 * * * * * * 1751 0 0 S 9 * * * * * * * * 1471 * * * * * * 645 * * * * 9 0 * * * * * * 1751 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1751 0 0 I 11 * * * * * * * 1640 * * * * * * 1471 1650 * * * * 11 0 * * * * * * 1751 0 0 I 12 * * * * * * * 553 * 1650 * * * * * * * * * * 12 645 1471 * 1000 1000 * * 1751 1000 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 553 * 1650 * * * * 1751 0 0 K 14 1120 * * * * * * * 889 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * 0 1515 0 1000 Y 15 * * * * 1120 * * * * * * * * * * * * * * 889 15 0 * * * * * 0 1515 0 1000 P 16 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 16 889 * 1120 * * 0 * 1515 0 1000 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 1037 964 * * 17 0 * * * * 0 * 1280 0 1000 S 18 * * * 1650 * * * * 1471 * * * * * * 1640 * * * * 18 0 * * * * * * 1751 0 0 F 19 * * * * 1640 * * * * 558 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1751 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * 1650 * * * 1471 1640 * * * 20 0 * * * * * * 1751 0 0 K 21 1471 * * * * * * * 645 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1751 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 23 * * * 1471 * * * * * * * * * 645 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1751 0 0 S 24 1471 * * * * * * * * 1650 * * * * * 1640 * * * * 24 0 * * * * * * 1751 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 26 * * * * * * * * * 1471 * * * 645 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1751 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1751 0 0 A 28 645 * * * * * * * * * * * * * * 1471 * * * * 28 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 29 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 29 0 * * * * * * 1751 0 0 W 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 30 0 * * * * * * 1751 0 0 E 31 * * * 645 * * * * * * * * * * * * 1471 * * * 31 0 * * * * * * 1751 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 645 1471 * * * 32 0 * * * * * * 1751 0 0 V 33 * * * * * * * * * 1471 * * * * * * * 645 * * 33 645 * 1471 * * * * 1751 0 0 L 34 * * * * * * * * * 964 * * * * * * * 1037 * * 34 0 * * * * * 0 1280 0 1000 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * 0 * 1280 0 1000 S 36 1471 * * * * * * * * * * * * * * 645 * * * * 36 0 * * * * * * 1751 0 0 G 37 * * * * * 645 * * * 1471 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 38 * * * * * * * * * * * * * 645 1471 * * * * * 38 0 * * * * * * 1751 0 0 I 39 * * * * * * * 645 * 1471 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * 1471 645 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1751 0 0 P 41 * * * 1471 * 1650 * * * * * * 1640 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1751 0 0 H 42 * * * * * * 645 * * * * 1471 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1751 0 0 L 43 * * * * * * * 1650 * 553 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1751 0 0 D 44 1471 * 645 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 45 * * * 1650 * * * * 1471 * * * * 1640 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1751 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1751 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1751 0 0 L 48 * * * 1471 * * * * * 645 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1751 0 0 V 49 * * * * 1471 * * * * * * * * * 1650 * * 1640 * * 49 0 * * * * * * 1751 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1751 0 0 R 51 * * * * * * * * 1471 * * * * * 645 * * * * * 51 0 * * * * * * 1751 0 0 D 52 * * 645 * * * * * * * * * * * * * 1471 * * * 52 0 * * * * * * 1751 0 0 N 53 * * * * * * 1650 * * * * 1640 * * 1471 * * * * * 53 0 * * * * * * 1751 0 0 T 54 * * * * * * * * * * * * * * * 1650 553 * * * 54 0 * * * * * * 1751 0 0 F 55 * * * * 645 * * * * * * * * * * * * * * 1471 55 0 * * * * * * 1751 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1751 0 0 V 57 * * * * * * * * * 1650 * * * * * * * 553 * * 57 0 * * * * * * 1751 0 0 S 58 * * * * * 558 * * * * * * * * * 1640 * * * * 58 0 * * * * * * 1751 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * 1471 * * * * 645 * * * 59 645 * 1471 * * * * 1751 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * 0 * 1280 0 1000 Y 61 * * * * * * * * * * * * * * * 1471 * 1650 * 1640 61 0 * * * * * * 1751 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1751 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * 1471 645 * * * 63 0 * * * * * * 1751 0 0 S 64 * * * 558 * * * * * * * * * * * 1640 * * * * 64 0 * * * * * * 1751 0 0 T 65 1471 * * * * * * * * * * * * * * * 645 * * * 65 0 * * * * * * 1751 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1751 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 1650 553 * * 67 0 * * * * * * 1751 0 0 H 68 * * 1471 * * * 1640 * * * * * * * * * * 1650 * * 68 0 * * * * * * 1751 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1751 0 0 F 70 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1751 0 0 E 71 * * * 645 * * * * * * * * * * * 1471 * * * * 71 0 * * * * * * 1751 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * 1471 * 1650 * 1640 * * 72 0 * * * * * * 1751 0 0 A 73 1640 * * * * * * * * * * * * * * * 1471 1650 * * 73 0 * * * * * * 1751 0 0 L 74 * * * 1471 1650 * * * * 1640 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1751 0 0 P 75 * * * * * * * * * * * * 645 * * 1471 * * * * 75 0 * * * * * * 1751 0 0 L 76 * * * * * * * * * 645 1471 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1751 0 0 I 77 * * * * * * * 645 * 1471 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1751 0 0 K 78 * * * * * * * * 645 * * * * * 1471 * * * * * 78 0 * * * * * * 1751 0 0 D 79 * * 645 * * * * * * * * * * * * 1471 * * * * 79 0 * * * * * * 1751 0 0 L 80 * * * * * * * * * 645 * * * * * * * * 1471 * 80 645 * 1471 * * * * 1751 0 0 V 81 * * * * * * * 1037 * * * * * * * * * 964 * * 81 0 * * * * 0 * 1280 0 1000 A 82 645 * * * * * * * * * * * * * * 1471 * * * * 82 0 * * * * * * 1751 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1751 0 0 S 84 * * * * * * * 1471 * * * * * * * 645 * * * * 84 0 * * * * * * 1751 0 0 K 85 * * * 1471 * * * * 645 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1751 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1751 0 0 V 87 * * * * * * * * * 1471 * * * * * * * 645 * * 87 645 * 1471 * * * * 1751 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * 0 1280 0 1000 S 89 * * * * * 1037 * * * * * * * * * 964 * * * * 89 0 * * * * * 0 1280 0 1000 T 90 * * * * * * 1037 * * * * * * * * * 964 * * * 90 0 * * * * * 0 1280 0 1000 Y 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 91 0 * * * * 0 * 1280 0 1000 T 92 1650 * * * * * * * * * * * * * * 1471 1640 * * * 92 0 * * * * * * 1751 0 0 T 93 * * * * * * * * 1650 * * * * * 1471 * 1640 * * * 93 0 * * * * * * 1751 0 0 Y 94 * * * * 1650 * * * * * * * * * * * * * * 553 94 0 * * * * * * 1751 0 0 R 95 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 95 0 * * * * * * 1751 0 0 H 96 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1751 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1751 0 0 L 98 * * * * * * * 1471 * 645 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1751 0 0 R 99 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 99 0 * * * * * * 1751 0 0 W 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 100 0 * * * * * * 1751 0 0 I 101 1471 * * * * * * 645 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1751 0 0 D 102 1650 * 553 * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1751 0 0 Y 103 * * * * * * * * * 1471 * * * * * * * * * 645 103 0 * * * * * * 1751 0 0 M 104 * * * * * * * * * 1650 1640 * * * * * * 1471 * * 104 0 * * * * * * 1751 0 0 Q 105 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1751 0 0 N 106 * * * 1650 * * 1471 * * * * 1640 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1751 0 0 L 107 * * * * * * * * * 645 * * * * * * 1471 * * * 107 0 * * * * * * 1751 0 0 L 108 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1751 0 0 E 109 * * * 645 * * * * * 1471 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1751 0 0 V 110 * * * 1471 * * * 1650 * * * * * * * * * 1640 * * 110 0 * * * * * * 1751 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * 558 * * 1640 * * * * 111 0 * * * * * * 1751 0 0 S 112 * * * * * * * * 1471 * * 1650 * * * 1640 * * * * 112 0 * * * * * * 1751 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * 1650 * * * * 553 * * * 113 0 * * * * * * 1751 0 0 D 114 * * 964 1037 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1280 0 0 K 115 * * * * * * * * 964 * * * * 1037 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1280 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1280 0 0 E 117 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1280 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * 0 * * * 1280 0 0 //