HHsearch 1.5 NAME d2hq4a1 FAM FILE d2hq4a1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2hq4a1.a3m DATE Mon Mar 8 20:20:41 2010 LENG 149 match states, 149 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.4107 -0.2367 SEQ >ss_dssp CEEETTEEEETTEEEETTTTEEEEEEESCCHHHHHHHHHHHHHHHHCSSCCHHHHHHHHHHTCCCCGGGCCCCCEECSCCCHHHHHHHHHHHHHHCCSSC CCGGGSEEEEETTEEEEECSSEEECTTSEEEEESSTTHHHHHHTTTTTC >sa_dssp EDACEDACADECABCAEDDDADBDBCDEDACDAAAAAAACBACEDDDDEDADAACBABEDBEBEACBEDADEEDEDCEECDEECCEEBCDDBEEBECEDE ADADECDBCDBEDDCBACBECAABBCCCBAABBDDEDABECACCBACDC >ss_pred CCCHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEHHHHHHHHCCEEEEHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCE EEEEHHHHHHHHCCEEEEEEEEEECCCCEEEEECCHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9717888987534424606899998534168889999998718510334110346654230125415886411133668889999999999840898400 3521455221303011341126886980799962934899999973069 >Consensus MxCEEkLevFENGFeDgKFNlxiefYGxdARrvLLAxIxELYlPxYGxeYvYPFECAKEfWgiYmexxEIxdxxxPiKFxxxxvixklxxxlxxIxxPeE iKiExaeIyKxKxGlLvxGxnFilDgrgxLFvFNKPsarelilKYlxxx >d2hq4a1 MQCEEKLEVFENGFKDEKFNVEVKFYGNDARKVLLAMIYELYLPEYGREYVYPFECAKEFWNIYLEGEEIQDQLKPIKFTSEQVIKKLQEEIKKIKPPLE IKIEEAKIYKTKEGYLAVGNYFILDPRGRLFIFNKPSIANKILKYIWKW >UniRef50_B6YTI2(1-154:160) Putative uncharacterized protein n=5 Tax=Thermococcaceae RepID=B6YTI2_THEON E=1e-38 s/c=1.04 id=57% cov=99% MLCEEKLEVFENGFEDGKFNLRIEFYGSDARRVLLAIIRELYLPDYGEDYAYPFECAKESWGIYMDAGEITAEefrPSPIKFLNQSVLNRLEKVLAGINA PEEVKdaidFEKAEIHKLKKGLLVLGKNFILDeGRGVLFVFNKPSARELILKYL--- >UniRef50_C6A1R9(11-166:167) Putative uncharacterized protein n=5 Tax=Thermococcaceae RepID=C6A1R9_THESM E=7e-53 s/c=1.33 id=51% cov=99% MKCEEHLNIFENGFEDGKFNLKIEYYGKNARRILLAVIFELYSPIYGTEYVYPFECAKEFWGVYMESSEIvpenLDLSRP-KFITRALIDKAKSLLNEIE VPEEIKrsldIETSEIYKFKDGLLVIGRNFLIDGGKKiLFVFNKPHARELLIKYLGR- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1564 0 0 Q 2 * * * * * * * * 1582 1628 * * * 1546 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1564 0 0 C 3 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1564 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1564 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1564 0 0 K 6 * * * * * * 1582 * 586 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1564 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1564 0 0 E 8 * * * 586 * * * * * * * 1582 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1564 0 0 V 9 * * * * * * * 1582 * * * * * * * * * 586 * * 9 0 * * * * * * 1564 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1564 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1564 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1564 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1564 0 0 F 14 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1564 0 0 K 15 * * * 605 * * * * 1546 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1564 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1564 0 0 E 17 * * * 1546 * 605 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1564 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1564 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1564 0 0 N 20 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1564 0 0 V 21 * * * * * * * * * 605 * * * * * * * 1546 * * 21 0 * * * * * * 1564 0 0 E 22 * * * 1546 * * * * 1582 * * * * * 1628 * * * * * 22 0 * * * * * * 1564 0 0 V 23 * * * * * * * 605 * * * * * * * * * 1546 * * 23 0 * * * * * * 1564 0 0 K 24 * * * 605 * * * * 1546 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1564 0 0 F 25 * * * * 586 * * * * * * * * * * * * * * 1582 25 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1564 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1564 0 0 N 28 * * * * * * * * 1582 * * 1546 * * * 1628 * * * * 28 0 * * * * * * 1564 0 0 D 29 * * 586 * * * * * * * * 1582 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1564 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1564 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1564 0 0 K 32 * * * * * * * * 1546 * * * * * 605 * * * * * 32 0 * * * * * * 1564 0 0 V 33 * * * * * * * 1582 * * * * * * * * * 586 * * 33 0 * * * * * * 1564 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1564 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1564 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1564 0 0 M 37 * * * * * * * 1628 * * 1546 * * * * * * 1582 * * 37 0 * * * * * * 1564 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 39 * * * * 1582 * * * * * * * * * 1628 * * * * 1546 39 0 * * * * * * 1564 0 0 E 40 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1564 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1564 0 0 L 43 * * * * * * * * * 586 * * * * * 1582 * * * * 43 0 * * * * * * 1564 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1564 0 0 E 45 * * 1628 1546 * * * 1582 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 46 0 * * * * * * 1564 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1564 0 0 R 48 * * * 1628 * * * * * * * * * * 1546 * 1582 * * * 48 0 * * * * * * 1564 0 0 E 49 * * 1628 564 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1564 0 0 V 51 1628 * * * * * * * * * * * * * * * * 564 * * 51 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 52 0 * * * * * * 1564 0 0 P 53 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1564 0 0 F 54 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1564 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1564 0 0 C 56 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1564 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1564 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1564 0 0 E 59 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1564 0 0 F 60 * * * * 564 * * * * * * * * * * 1628 * * * * 60 0 * * * * * * 1564 0 0 W 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 61 0 * * * * * * 1564 0 0 N 62 * * * * * 605 * * * * * 1546 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1564 0 0 I 63 * * * * * * * 586 * * * * * * * * * 1582 * * 63 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1564 0 0 L 65 * * * * * * * * * 1546 605 * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1564 0 0 E 66 * * 1628 564 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1564 0 0 G 67 1628 * * * * 1546 * * * * * * * * * 1582 * * * * 67 0 * * * * * * 1564 0 0 E 68 * * * 1546 * 1628 * * * * * * * * * 1582 * * * * 68 0 * * * * * * 1564 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1564 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 586 1582 * 2000 415 * * 1564 1000 0 Q 71 * * * * * * * * * 1582 * * * 1546 * * 1628 * * * 71 0 * * * * * * 1564 0 0 D 72 1628 * 564 * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1564 0 0 Q 73 * * * 1628 * * * * * 1582 * * * 1546 * * * * * * 73 564 1628 * 1585 585 * * 1564 1000 0 L 74 * * * * * * * * * 1546 * * 1628 * * 1582 * * * * 74 0 * * * * * * 1564 0 0 K 75 * * * * * * * * 1546 * * * * * 1582 1628 * * * * 75 0 * * * * * * 1564 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 76 586 * 1582 * * * * 1564 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * 0 * 1342 0 1000 K 78 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1564 0 0 F 79 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1564 0 0 T 80 * * * * * * * 1582 * 1628 * * * * * * 1546 * * * 80 0 * * * * * * 1564 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * 1628 * * * 1546 1582 * * * 81 0 * * * * * * 1564 0 0 E 82 * * * 1546 * * * * * * * * * 1628 1582 * * * * * 82 0 * * * * * * 1564 0 0 Q 83 1582 * * * * * * * * * * * * 1546 * 1628 * * * * 83 0 * * * * * * 1564 0 0 V 84 * * * * * * * * * 1582 * * * * * * * 586 * * 84 0 * * * * * * 1564 0 0 I 85 * * * * * * * 564 * 1628 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1564 0 0 K 86 * * 1582 * * * * * 1546 * * 1628 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1564 0 0 K 87 * * * * * * * * 564 * * * * * 1628 * * * * * 87 0 * * * * * * 1564 0 0 L 88 1582 * * * * * * * * 586 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1564 0 0 Q 89 * * * 1628 * * * * 1582 * * * * 1546 * * * * * * 89 0 * * * * * * 1564 0 0 E 90 * * * 1546 * * * * 1628 * * * * * * 1582 * * * * 90 0 * * * * * * 1564 0 0 E 91 * * * 1546 * * * * * 1582 * * * * * * * 1628 * * 91 0 * * * * * * 1564 0 0 I 92 * * * * * * * 1546 * 605 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1564 0 0 K 93 1628 * * * * * * * 1546 * * 1582 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1564 0 0 K 94 * * * 1582 * 1628 * * 1546 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1564 0 0 I 95 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1564 0 0 K 96 * * * 1582 * * * * 1546 * * 1628 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1564 0 0 P 97 1628 * * * * * * * * * * * 1546 * * * * 1582 * * 97 0 * * * * * * 1564 0 0 P 98 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1564 0 0 L 99 * * * 605 * * * * * 1546 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1564 0 0 E 100 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1564 0 0 I 101 * * * * * * * 564 * * * * * * * * * 1628 * * 101 0 * * * * * * 1564 0 0 K 102 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 102 1546 605 * 2000 415 * * 1564 1323 0 I 103 * * * * 1628 * * 564 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1564 0 0 E 104 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1564 0 0 E 105 * * * 1546 * * * * 1628 * * * * * * * 1582 * * * 105 0 * * * * * * 1564 0 0 A 106 586 * * * * * * * * * * * * * * 1582 * * * * 106 0 * * * * * * 1564 0 0 K 107 * * * 605 * * * * 1546 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1564 0 0 I 108 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 109 * * * * * * 1628 * * * * * * * * * * * * 564 109 0 * * * * * * 1564 0 0 K 110 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1564 0 0 T 111 * * * * 1582 * * * * 1628 * * * * * * 1546 * * * 111 0 * * * * * * 1564 0 0 K 112 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1564 0 0 E 113 * * 1582 1546 * * * * 1628 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1564 0 0 G 114 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 115 * * * * * * * * * 605 * * * * * * * * * 1546 115 0 * * * * * * 1564 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1564 0 0 A 117 1546 * * * * * * * * * * * * * * * * 605 * * 117 0 * * * * * * 1564 0 0 V 118 * * * * * * * 1582 * 1628 * * * * * * * 1546 * * 118 0 * * * * * * 1564 0 0 G 119 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1564 0 0 N 120 * * * * * * * * 1628 * * 1546 * * 1582 * * * * * 120 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 121 * * * * * * * * * * * 605 * * * * * * * 1546 121 0 * * * * * * 1564 0 0 F 122 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1564 0 0 I 123 * * * * * * * 586 * 1582 * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1564 0 0 L 124 * * * * * * * 1582 * 586 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1564 0 0 D 125 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 125 564 1628 * 0 * * * 1564 1000 0 P 126 * * * * * 605 * * * * * * 1546 * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1564 0 0 R 127 * * * * * 1582 * * * * * * * * 586 * * * * * 127 0 * * * * * * 1564 0 0 G 128 * * * * * 586 * * 1582 * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1564 0 0 R 129 * * * * * * * * 1582 * * * * * 1546 * * 1628 * * 129 586 1582 * 0 * * * 1564 1000 0 L 130 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1564 0 0 F 131 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1564 0 0 I 132 * * * * * * * 1546 * * * * * * * * * 605 * * 132 0 * * * * * * 1564 0 0 F 133 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1564 0 0 N 134 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1564 0 0 K 135 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1564 0 0 P 136 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1564 0 0 S 137 * * * * * * 1582 * * * * * * * * 586 * * * * 137 0 * * * * * * 1564 0 0 I 138 605 * * * * * * 1546 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1564 0 0 A 139 1546 * * * * * * * * * * * * * 605 * * * * * 139 0 * * * * * * 1564 0 0 N 140 * * * 605 * * * * * * * 1546 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1564 0 0 K 141 * * * * * * * * 1546 605 * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1564 0 0 I 142 * * * * * * * 586 * 1582 * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1564 0 0 L 143 * * * * * * * 1582 * 586 * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1564 0 0 K 144 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1564 0 0 Y 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 145 0 * * * * * * 1564 0 0 I 146 * * * * * * * 1546 * 605 * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1564 0 0 W 147 * * * * * 1010 * * * * * * * * * * * * 990 * 147 0 * * * * * * 1401 0 0 K 148 * * * * * * * * 990 * * * * * 1010 * * * * * 148 0 * * * * * * 1401 0 0 W 149 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 149 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //