HHsearch 1.5 NAME d2hg6a1 FAM FILE d2hg6a1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2hg6a1.a3m DATE Tue Mar 9 03:45:22 2010 LENG 106 match states, 106 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4194 0.7276 SEQ >ss_dssp CCCCCGGGGGGGGSCCCEEEEETTTTEEEEESCGGGCSSSSCGGGCEEHHHHTEEESSSSEEEECTTHHHHHHHHTCHHHHTCCHHHHHHTTCCSSSSCE EECCCC >sa_dssp EEDDEEEACECAECAEBCAADBEEEDECBADDDDEDCEEDBDEEDBDCACEBACDEDEEDCCDBBDECAEDAEECEDCEDAEBCEBADBADEECDDEDBD CEEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHEEEECCCCHHHHHCHHHHHHHHHHCCHHHCCCCHHHHHHHHHHCCHHHH HHHCCC >ss_conf 9631789985788634443124437537999703323642450115750222453133623662589999998411011016213799999860474566 531159 >Consensus msitsxdicqaadqlkgfvgfnxktgxhivrfsedsfgmdvxxxsitptxefvwxxxxgxxmrlxrerlxxlxeqxiddrlnixeplrvylrrxdlpeix aqrxlx >d2hg6a1 MSITSTDICQAADALKGFVGFNRKTGRYIVRFSEDSFGMDVADDSITPTSEFVWSSVRDDVMRLGREQLQILLEQNINERLNIGEPLLVYLRRQDLPEIT AQRQLR >UniRef50_Q88NQ2(61-166:172) Lipoprotein, putative n=12 Tax=Pseudomonas RepID=Q88NQ2_PSEPK E=1e-34 s/c=1.39 id=66% cov=101% MAITSQDICNAADQLKGFVGFHGKRGVHIVRFSEDAFGMDVADASITPCSEFVWRPEQGQRMALCRERLSLLLDQHVDDRLNIGEPLRAYLRRCDLPEIV AQRSLQ >UniRef50_A4XX67(1-104:109) Putative uncharacterized protein n=3 Tax=Pseudomonas RepID=A4XX67_PSEMY E=8e-31 s/c=1.29 id=60% cov=99% MSISSAQICQAADQLQGFVGFNAKTGQHLLRFSEDSFGLDVPAETITPTCEYVWAVDDGALMRLDRQRLAWLQEQRIDDRVNLSEPLRVYLRRSDLPEIR AERR-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1475 0 0 S 2 1599 * * * * * * * * * * * * * * 578 * * * * 2 0 * * * * * * 1475 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1475 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * 1527 615 * * * 4 0 * * * * * * 1475 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1475 0 0 T 6 1527 * * * * * * * * * * * * 1599 * * 1631 * * * 6 0 * * * * * * 1475 0 0 D 7 * * 615 * * * * * * * * * * 1527 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1475 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1475 0 0 C 9 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 10 * * * * * * * * * * * 1599 * 578 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1475 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1475 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1475 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1475 0 0 A 14 1631 * * * * * * * * * * * * 563 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1475 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1475 0 0 K 16 * * * * * * * * 615 * * * * 1527 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1475 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1475 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1475 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1475 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1475 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1475 0 0 N 22 * * * * * * 1599 * * * * 578 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1475 0 0 R 23 1527 * * * * 1599 * * * * * * * * 1631 * * * * * 23 0 * * * * * * 1475 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1475 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * 1599 * 578 * * * 25 0 * * * * * * 1475 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1475 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * 1527 1631 * * 1599 * * 27 0 * * * * * * 1475 0 0 Y 28 * * * * * * 563 * * * * * * * * * * * * 1631 28 0 * * * * * * 1475 0 0 I 29 * * * * * * * 615 * 1527 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1475 0 0 V 30 * * * * * * * * * 1527 * * * * * * * 615 * * 30 0 * * * * * * 1475 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1475 0 0 F 32 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1475 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1475 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1475 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1475 0 0 S 36 1599 * * * * * * * * * * * * * * 578 * * * * 36 0 * * * * * * 1475 0 0 F 37 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1475 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1475 0 0 M 39 * * * * * * * * * 1527 615 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1475 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1475 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1475 0 0 A 42 615 * * * * * * * * * * * 1527 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1475 0 0 D 43 1527 * 615 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1475 0 0 D 44 1599 * 1631 1527 * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1475 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 615 1527 * * * 45 0 * * * * * * 1475 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1475 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1475 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1475 0 0 T 49 * 1599 * * * * * * * * * * * * * * 578 * * * 49 0 * * * * * * 1475 0 0 S 50 * 1527 * * * * * * * * * * * * * 615 * * * * 50 0 * * * * * * 1475 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1475 0 0 F 52 * * * * 615 * * * * * * * * * * * * * * 1527 52 0 * * * * * * 1475 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 53 0 * * * * * * 1475 0 0 W 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 54 0 * * * * * * 1475 0 0 S 55 1527 * * * * * * * * * * * * * 1599 1631 * * * * 55 0 * * * * * * 1475 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * 1599 * * 1631 * 1527 * * 56 0 * * * * * * 1475 0 0 V 57 * * 1527 1599 * * * * * * * * * * * * * 1631 * * 57 0 * * * * * * 1475 0 0 R 58 * * 1527 * * * * * * * * * * 1599 1631 * * * * * 58 0 * * * * * * 1475 0 0 D 59 * * 1631 * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1475 0 0 D 60 1527 * 1631 * * * * * * * * * * 1599 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1475 0 0 V 61 * * * * * * * * * 1527 * * * * 1599 * * 1631 * * 61 0 * * * * * * 1475 0 0 M 62 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1475 0 0 R 63 1599 * * * * * * * * * * * * * 578 * * * * * 63 0 * * * * * * 1475 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1475 0 0 G 65 * 1599 1527 * * 1631 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1475 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1475 0 0 E 67 * * * 615 * * * * * * * * * 1527 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 1631 563 * * * * * 68 0 * * * * * * 1475 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 70 1527 * * * * * * * * * * * * 1631 * 1599 * * * * 70 0 * * * * * * 1475 0 0 I 71 * * * * * * * 1631 * 1599 * * * * * * * * 1527 * 71 0 * * * * * * 1475 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1475 0 0 L 73 * * * * * * * * * 615 * * * 1527 * * * * * * 73 0 * * * * * * 1475 0 0 E 74 * * 1599 578 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 75 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1475 0 0 N 76 * * * * * * 1599 * * * * 1631 * * 1527 * * * * * 76 0 * * * * * * 1475 0 0 I 77 * * * * * * * 578 * * * * * * * * * 1599 * * 77 0 * * * * * * 1475 0 0 N 78 * * 563 * * * * * * * * 1631 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1475 0 0 E 79 * * 563 1631 * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1475 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1475 0 0 L 81 * * * * * * * * * 615 * * * * * * * 1527 * * 81 0 * * * * * * 1475 0 0 N 82 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1475 0 0 I 83 * * * * * * * 615 * 1527 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1475 0 0 G 84 * * * * * 615 * * * * * * * * * 1527 * * * * 84 0 * * * * * * 1475 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1475 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1475 0 0 L 87 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1475 0 0 L 88 * * * * * * * * * 1631 * * * * 563 * * * * * 88 0 * * * * * * 1475 0 0 V 89 1599 * * * * * * * * * * * * * * * * 578 * * 89 0 * * * * * * 1475 0 0 Y 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 90 0 * * * * * * 1475 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1475 0 0 R 92 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 92 0 * * * * * * 1475 0 0 R 93 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 93 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 94 * 1599 * * * * * * * * * * * 1631 * 1527 * * * * 94 0 * * * * * * 1475 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1475 0 0 L 96 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1475 0 0 P 97 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1475 0 0 E 98 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1475 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1475 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * 1527 * 1631 1599 * * 100 0 * * * * * * 1475 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 102 * * * 1527 * * * * * * * * * 615 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1475 0 0 R 103 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 103 0 * * * * * * 1475 0 0 Q 104 * * * * * * * * * * * * * 1631 1527 1599 * * * * 104 0 * * * * * * 1475 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1257 0 0 R 106 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 106 0 * * 0 * * * 1257 0 0 //