HHsearch 1.5 NAME d2giab1 FAM FILE d2giab1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2giab1.a3m DATE Mon Mar 8 15:33:15 2010 LENG 146 match states, 146 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3972 -1.0548 SEQ >ss_dssp CCCEEEEEECCSSGGGCEEEEEEEETTEEEEEEEEBCSSCCCCTTCCSCSBCGGGCEEEECCHHHHHHHHHHHTTSSSEEEEECSSCEEEEEECSSEEEE EEEECBTTCCCCEEEEEEEETHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHC >sa_dssp EDEDBCBEDCDEECEEBCBACABBDDEDACBBBBBBDDEDDEDEEDEDECBCDEDDADBDADCDAADDBBCABDEECEDBDAEDECBDABBCDDEEBACA CCDACBCECEEDDEBDBDBCEEDBDDBCEBADDBCEDBECEEEEEE >ss_pred CCCCCEECCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEHHHHHHHHHHHCCEEEEECCEEEEEEEECCCCEEE EEEEEEEHHHHHHCEEEEECCEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9985120101368022725788753305223008533871168753785326564368898752057889988620230252034046788535874389 8788620000000001222333541289998755323211354129 >Consensus slpkfeihdvrddpxxgtmtrvavdgkxllisqxpqlgprkxdpndxspqfdxdrrisxrxrhvdlaxxvxvxxxrixxxxxxnxxxxlxfekxxxgyxl xgqvhrxxsqxxedwsvxfdnxfavtlehflesalxesfgfxqhxx >d2giab1 SLPKFEIHDVRDDPAEGTMTRVAVDGKLLLISQYPQLGPRKVDPNDLSPQFDADRRISVRLRHVDLAYLVGVCKERVPRHRMETKAYTLDFEKSAQGYHL HGKVHRVASQRMEDWSVKFDNHFAVTLEHFLESALDESFGFRQHYA >UniRef50_Q4DQE1(28-173:207) Mitochondrial RNA binding protein 1, putative n=4 Tax=Trypanosoma RepID=Q4DQE1_TRYCR E=6e-74 s/c=1.90 id=80% cov=101% SLPKFEIHDVRDDPALGTMTRVAVDGKLLLISQYPQLGPRKVDPNDLSPQFDSDRRISVRMRHVDLAGLVCVCQSRISKYEMTNRGYTLVFERVPEGYRL HGQIHRVASQKMEDWSVNFDKHFAVTLEHFLESALTESFGFRQHYA >UniRef50_Q4FYL0(44-193:234) GBP21, MRP1 n=5 Tax=Trypanosomatidae RepID=Q4FYL0_LEIMA E=8e-69 s/c=1.65 id=64% cov=101% SLPKFEIHDVRDDPEHGSMTRVSVDGKQLLVSQFPQLGPRKADPNDTTPQFDRDRRISMRFRHIDLAGFVSVVENRISSHHVKNNAFDMAFEKTTNGYVL KGQVHRSNSQANEEWAVRFENQFAVTMEHFLESALTESFGFAQHQR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1356 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1356 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1356 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1356 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1356 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1356 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1356 0 0 H 8 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1356 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1356 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1356 0 0 R 11 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 11 0 * * * * * * 1356 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1356 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1356 0 0 P 14 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1356 0 0 A 15 644 * * 1473 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1356 0 0 E 16 * * * 1640 * * 1473 * * 1648 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1356 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1356 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * 1473 644 * * * 18 0 * * * * * * 1356 0 0 M 19 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1356 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1356 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1356 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1356 0 0 A 23 644 * * * * * * * * * * * * * * 1473 * * * * 23 0 * * * * * * 1356 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1356 0 0 D 25 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1356 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1356 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1356 0 0 L 28 * * * * * * * * * 644 * * * 1473 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1356 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1356 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1356 0 0 I 31 * * * * * * * 644 * * * * * * * * * 1473 * * 31 0 * * * * * * 1356 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1356 0 0 Y 34 * * * * 1473 * * * * * * * * * * * * * * 644 34 0 * * * * * * 1356 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1356 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1356 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1356 0 0 P 39 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1356 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1356 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1356 0 0 V 42 1473 * * * * * * * * * * * * * * * * 644 * * 42 0 * * * * * * 1356 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1356 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1356 0 0 N 45 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1356 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1356 0 0 L 47 * * * * * * * * * 644 * * * * * * 1473 * * * 47 0 * * * * * * 1356 0 0 S 48 * * * * * * * * * * * * * * * 644 1473 * * * 48 0 * * * * * * 1356 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1356 0 0 F 51 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1356 0 0 D 52 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1356 0 0 A 53 1640 * * * * * * * * * * * * * 1473 1648 * * * * 53 0 * * * * * * 1356 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1356 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1356 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 56 0 * * * * * * 1356 0 0 I 57 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1356 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1356 0 0 V 59 * * * * * * * * * * 1473 * * * * * * 644 * * 59 0 * * * * * * 1356 0 0 R 60 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 60 0 * * * * * * 1356 0 0 L 61 * * * * 1473 * * * * 1640 1648 * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1356 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1356 0 0 H 63 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1356 0 0 V 64 * * * * * * * 1473 * * * * * * * * * 644 * * 64 0 * * * * * * 1356 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1356 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1356 0 0 A 67 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1356 0 0 Y 68 * * * * * 558 * * * * * * * * * * * * * 1640 68 0 * * * * * * 1356 0 0 L 69 * * * * 1473 * * * * 644 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1356 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1356 0 0 G 71 * 1648 * * * 1640 * * * * * * * * * 1473 * * * * 71 0 * * * * * * 1356 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1356 0 0 C 73 * 644 * * * * * * * * * * * * * * * 1473 * * 73 0 * * * * * * 1356 0 0 K 74 * * * 1473 * * * * 1640 * * * * 1648 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1356 0 0 E 75 * * * 1640 * * * * * * * 1473 * * * 1648 * * * * 75 0 * * * * * * 1356 0 0 R 76 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 76 0 * * * * * * 1356 0 0 V 77 * * * * * * * 558 * * * * * * * * * 1640 * * 77 0 * * * * * * 1356 0 0 P 78 * * * * * * * * * * * * 1640 * * 558 * * * * 78 0 * * * * * * 1356 0 0 R 79 * * * * * * * * 1648 * * * * * 1640 1473 * * * * 79 0 * * * * * * 1356 0 0 H 80 * * * * * * 554 * * * * * * * * * * * * 1648 80 0 * * * * * * 1356 0 0 R 81 * * * 1648 * * 1473 * * * * * * * 1640 * * * * * 81 0 * * * * * * 1356 0 0 M 82 * * * * * * * * * * 644 * * * * * * 1473 * * 82 0 * * * * * * 1356 0 0 E 83 * * * 1640 * * * * 1473 * * * * * * * 1648 * * * 83 0 * * * * * * 1356 0 0 T 84 * * * * * * * * * * * 558 * * * * 1640 * * * 84 0 * * * * * * 1356 0 0 K 85 * * * * * * * * 1640 * * 1473 * * 1648 * * * * * 85 0 * * * * * * 1356 0 0 A 86 554 * * * * 1648 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1356 0 0 Y 87 * * * * 1473 * * * * * * * * * * * * * * 644 87 0 * * * * * * 1356 0 0 T 88 * * 1473 * * * * * * * * * * * * * 644 * * * 88 0 * * * * * * 1356 0 0 L 89 * * * * * * * * * 644 1473 * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1356 0 0 D 90 1473 * 1640 * * * * * * * * * * * * * * 1648 * * 90 0 * * * * * * 1356 0 0 F 91 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1356 0 0 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1356 0 0 K 93 * * * * * * * * 554 * * * * * 1648 * * * * * 93 0 * * * * * * 1356 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 1640 1473 1648 * * 94 0 * * * * * * 1356 0 0 A 95 1640 * * * * * * * * * * * 1648 * * * 1473 * * * 95 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 96 * * * 1648 * * * * * * * 1473 * 1640 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1356 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1356 0 0 Y 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 98 0 * * * * * * 1356 0 0 H 99 * * * * * * 1640 * * * * * * * 1648 * * 1473 * * 99 0 * * * * * * 1356 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1356 0 0 H 101 * * * * * * 644 * 1473 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1356 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1356 0 0 K 103 * * * * * * * * 1640 * * * * 558 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1356 0 0 V 104 * * * * * * * 1648 * * * * * * * * * 554 * * 104 0 * * * * * * 1356 0 0 H 105 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1356 0 0 R 106 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 106 0 * * * * * * 1356 0 0 V 107 * * * * * * * * * * * * * * * 1473 * 644 * * 107 0 * * * * * * 1356 0 0 A 108 644 * * * * * * * * * * 1473 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1356 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 109 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 110 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 110 0 * * * * * * 1356 0 0 R 111 1473 * * * * * * * 1648 * * * * * 1640 * * * * * 111 0 * * * * * * 1356 0 0 M 112 * * * * * * * * * * 644 1473 * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1356 0 0 E 113 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1356 0 0 D 114 * * 644 1473 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1356 0 0 W 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 115 0 * * * * * * 1356 0 0 S 116 1473 * * * * * * * * * * * * * * 644 * * * * 116 0 * * * * * * 1356 0 0 V 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 117 0 * * * * * * 1356 0 0 K 118 * * * * * * * * 1640 * * 1648 * * 1473 * * * * * 118 0 * * * * * * 1356 0 0 F 119 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1356 0 0 D 120 * * 644 1473 * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1356 0 0 N 121 * * * * * * * * 1648 * * 554 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1356 0 0 H 122 * * * * * * 644 * * * * * * 1473 * * * * * * 122 0 * * * * * * 1356 0 0 F 123 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1356 0 0 A 124 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1356 0 0 V 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 125 0 * * * * * * 1356 0 0 T 126 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 126 0 * * * * * * 1356 0 0 L 127 * * * * * * * * * 644 1473 * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1356 0 0 E 128 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1356 0 0 H 129 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1356 0 0 F 130 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1356 0 0 L 131 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1356 0 0 E 132 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1356 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 133 0 * * * * * * 1356 0 0 A 134 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1356 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1356 0 0 D 136 * * 1640 * * * * * * * * * * * * * 558 * * * 136 0 * * * * * * 1356 0 0 E 137 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1356 0 0 S 138 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 138 0 * * * * * * 1356 0 0 F 139 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1356 0 0 G 140 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1356 0 0 F 141 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1356 0 0 R 142 1473 * * * * * * * * * * * * * 644 * * * * * 142 0 * * * * * * 1356 0 0 Q 143 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 143 0 * * * * * * 1356 0 0 H 144 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1356 0 0 Y 145 * * * * * * * * * * * * * 1473 * * * * * 644 145 0 * * * * * * 1356 0 0 A 146 644 * * * * * * * * * * * * * 1473 * * * * * 146 0 * * 0 * * * 1356 0 0 //