HHsearch 1.5 NAME d2bvya1 FAM FILE d2bvya1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2bvya1.a3m DATE Mon Mar 8 18:04:55 2010 LENG 82 match states, 82 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5018 2.4528 SEQ >ss_dssp CCCEEEEEESCTTCCCCSSCEEEEEEEESSCEEEEEEEEECCCEEEECEECSSSCEEEEECCCEEEEEEEETTEEEEEEEEC >sa_dssp EEDDCDBDCBDEEDECDEDEDCADACBBECECECACADBCEEECECEBEDDEEDCCCBEBEDECACACADBEDDECECDBEC >ss_pred CCCEEEEECCCCCCEEECCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEHHHHHEEEEEECCEEEEECCCCCEEEEEEEEECCEEEEEECCC >ss_conf 9854886266665232048816999955740135655701110010012223067614788557887520010145530249 >Consensus aqpvvhiaspadgarvasapttvrvrvggtdvqsvtvevaqvvdtldlaydgalwwtapwspytvtatattaagtldvtnev >d2bvya1 AQPVVHIASPADGARVASAPTTVRVRVGGTDVQSVTVEVAQVVDTLDLAYDGALWWTAPWSPYTVTATATTAAGTLDVTNEV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 H 6 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 P 10 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 A 14 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 D 31 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 V 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 41 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1000 0 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 W 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 W 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 T 57 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 P 59 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 W 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 63 0 * * * * * * 1000 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 V 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 A 67 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 T 79 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 E 81 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 V 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 82 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //