HHsearch 1.5 NAME d2b0ja1 FAM FILE d2b0ja1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2b0ja1.a3m DATE Tue Mar 9 03:59:51 2010 LENG 102 match states, 102 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4324 0.3815 SEQ >ss_dssp CTTHHHHHSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCGGGHHHHSCGGGGGGTGGGGCSGGGTTHHHHHHHHHHHTCC CC >sa_dssp EEEECDEEEEDDEECEEDEDCDDBCDCABCEEEECEEEDBEDDBDDEDDDDECCDEEDDEEDCCEDDCBCDDCEECDECDCDDBDECCDEDBEDCDEDDD EE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH CC >ss_conf 9157888876777799999999999999999825989999999999999999999972076289733999996012432101078745889999997520 59 >Consensus AnlxsxVxDMgSxVTAxxxagvLxYxxxxxkIlxAPxxxxqxxxxxalxqmxxLmxxxGIxxMxeaLxPxxLxxtAxSMxxxxxxexLxaaLkvLekhxx xx >d2b0ja1 ANLIGPVCDMCSAVTATVYAGLLAYRDAVTKILGAPADFAQMMADEALTQIHNLMKEKGIANMEEALDPAALLGTADSMCFGPLAEILPTALKVLEKHKV VE >UniRef50_Q58734(205-300:353) H(2)-forming methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase-related protein MJ1338 n=19 Tax=Euryarchaeota RepID=HMDY_METJA E=0.0004 s/c=0.48 id=32% cov=95% ADVSSVVADMGSLVTAVALSGVLDYYTVGRKIINAPKKMIEQQVIMTLQTMASLVETSGIEGMVKALNPELLIRSASSMKLLDRQKDLDAALEILQ---- -- >UniRef50_A6URB0(143-354:354) 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase n=23 Tax=Euryarchaeota RepID=HMD_METVS E=1e-108 s/c=0.80 id=75% cov=101% ANLISPVCDMGSAVTAPVYAAILAYRDAVTQILGAPADFAQMMADEAISQMLDLMRKEGIKNMEEKLSPKALTGTADSMCFGPLAEILPASLKVLEKHAK EN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1713 0 0 N 2 * * 1284 * * * * * * * * 763 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1713 0 0 L 3 * * * * * * * * * 763 * * * * * * * 1284 * * 3 0 * * * * * * 1713 0 0 I 4 * * * * * * * 763 * * * * * * * 1284 * * * * 4 0 * * * * * * 1713 0 0 G 5 * * * * * 1769 * * * * * * * * * 501 * * * * 5 0 * * * * * * 1713 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 763 * * * * 1284 * * 6 0 * * * * * * 1713 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1713 0 0 C 8 1284 763 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1713 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1713 0 0 M 10 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1713 0 0 C 11 * 1769 * * * 501 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1713 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1713 0 0 A 13 763 * * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1713 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1713 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1713 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1713 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * 1756 * * * 1769 1284 * * 17 0 * * * * * * 1713 0 0 V 18 1284 * * * * * * * * * * * * * * * * 763 * * 18 0 * * * * * * 1713 0 0 Y 19 * * * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * 763 19 0 * * * * * * 1713 0 0 A 20 763 * * * * * * * * * * * * * * 1284 * * * * 20 0 * * * * * * 1713 0 0 G 21 1756 * * * * 506 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1713 0 0 L 22 * * * * * * * 1756 * 1769 * * * * * * * 1284 * * 22 0 * * * * * * 1713 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1713 0 0 A 24 763 * 1284 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1713 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 25 0 * * * * * * 1713 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 763 * * * * 1284 26 0 * * * * * * 1713 0 0 D 27 * * 763 * * * * * * * * * * * * * 1284 * * * 27 0 * * * * * * 1713 0 0 A 28 763 * * * * * * * * * * * * * * * * 1284 * * 28 0 * * * * * * 1713 0 0 V 29 * * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 763 * * 29 0 * * * * * * 1713 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * 1284 * 763 * * * 30 0 * * * * * * 1713 0 0 K 31 * * * * * * * * 506 * * * * 1756 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1713 0 0 I 32 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1713 0 0 L 33 * * * * * * * 1284 * 763 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1713 0 0 G 34 * * * * * 763 * * * * * 1284 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1713 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1713 0 0 P 36 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1713 0 0 A 37 763 * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1713 0 0 D 38 * * 763 * * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1713 0 0 F 39 * * * * 763 * * * * * 1284 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1713 0 0 A 40 763 * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1713 0 0 Q 41 * * * 1284 * * * * * * * * * 763 * * * * * * 41 0 * * * * * * 1713 0 0 M 42 * * * * * * * * * * 763 * * 1284 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1713 0 0 M 43 * * * * * * * * * * 763 * * 1284 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1713 0 0 A 44 763 * * * * * * * * * * * * * * * * 1284 * * 44 0 * * * * * * 1713 0 0 D 45 * * 763 * * * * 1284 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1713 0 0 E 46 * * * 763 * * * * * * 1284 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1713 0 0 A 47 763 * * * * * * * * * * * * * * * 1284 * * * 47 0 * * * * * * 1713 0 0 L 48 * * * * * * * 1756 * 506 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1713 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * 1284 * 1756 1769 * * * 49 0 * * * * * * 1713 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 763 * * 1284 * * * 50 0 * * * * * * 1713 0 0 I 51 * * * * * * * 1769 * * 501 * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1713 0 0 H 52 1284 * * * * * 1769 * * 1756 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1713 0 0 N 53 * * 1756 * * * * * * * * 1769 * * * 1284 * * * * 53 0 * * * * * * 1713 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1713 0 0 M 55 * * * * * * * * * * 763 * * * * * * 1284 * * 55 0 * * * * * * 1713 0 0 K 56 * * * 1284 * * * * 1769 * * * * * 1756 * * * * * 56 0 * * * * * * 1713 0 0 E 57 * * * 1769 * * * * 1756 * * * * * * * 1284 * * * 57 0 * * * * * * 1713 0 0 K 58 * * * 1756 * * * * 1769 * * * * * * 1284 * * * * 58 0 * * * * * * 1713 0 0 G 59 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1713 0 0 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1713 0 0 A 61 1769 * * 1284 * * * * 1756 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1713 0 0 N 62 * * * * * 1284 * * * * * 763 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1713 0 0 M 63 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1713 0 0 E 64 * * * 763 * * * * * * * * * * * * * 1284 * * 64 0 * * * * * * 1713 0 0 E 65 * * * 763 * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1713 0 0 A 66 506 * * * * * * * 1756 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1713 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1713 0 0 D 68 * * 1769 * * * * * * * * 1284 * * * 1756 * * * * 68 0 * * * * * * 1713 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1713 0 0 A 70 1769 * * 1284 * * * * 1756 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1713 0 0 A 71 763 * * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1713 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1713 0 0 L 73 * * * * * * * 1284 * 1769 * * * * * * 1756 * * * 73 0 * * * * * * 1713 0 0 G 74 * * * * * 763 * * * * * * * * 1284 * * * * * 74 0 * * * * * * 1713 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * 1284 763 * * * 75 0 * * * * * * 1713 0 0 A 76 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1713 0 0 D 77 * * 763 * * * * * * * * * * * * 1284 * * * * 77 0 * * * * * * 1713 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1713 0 0 M 79 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1713 0 0 C 80 * 763 * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1713 0 0 F 81 * * * * 763 * * * * 1284 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1713 0 0 G 82 * * * * * 763 * * * 1284 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1713 0 0 P 83 * * 1284 * * * * * * * * * 763 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1713 0 0 L 84 * * * * * * * * * 763 * * * * 1284 * * * * * 84 0 * * * * * * 1713 0 0 A 85 763 * * * * * * * * * * * * 1284 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1713 0 0 E 86 * * * 763 * * * * 1284 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1713 0 0 I 87 * * 1284 * * * * 763 * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1713 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1713 0 0 P 89 * * 1284 * * * * * * * * * 763 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1713 0 0 T 90 501 * * * * * * * * * * * * * * * 1769 * * * 90 0 * * * * * * 1713 0 0 A 91 506 * * * * * * * * * * * * * * 1756 * * * * 91 0 * * * * * * 1713 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1713 0 0 K 93 * * * 1284 * * * * 763 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1713 0 0 V 94 * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * 763 * * 94 0 * * * * * * 1713 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1713 0 0 E 96 * * * 763 * * * * * * * * * 1284 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1713 0 0 K 97 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1185 0 0 H 98 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1185 0 0 K 99 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1185 0 0 V 100 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 100 0 * * * * * * 1185 0 0 V 101 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 101 0 * * * * * * 1185 0 0 E 102 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 102 0 * * 0 * * * 1185 0 0 //