HHsearch 1.5 NAME d2au5a1 FAM FILE d2au5a1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d2au5a1.a3m DATE Mon Mar 8 15:52:30 2010 LENG 128 match states, 128 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3875 -1.4700 SEQ >ss_dssp CCSCCCCGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCTTCCHHHHHHHHHCTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHH HHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHC >sa_dssp EEEEEECEECDEDACDBADDAACBACBDEDEDDEEBDEECDEDCEECEDCBEECBDDBCCCABEBAEECEEBEDDECADDBBDCABEACCCDDEEEBEEE CDDDBDEBBDDABEBABDBDDABEDCEE >ss_pred CEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC CCCEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9433788625899999988777777765203300028799876411835899751012346777654047712189999999999999999964210234 1011001576789899610478753239 >Consensus xlilaPNFxYxxxxxxFLxNtLAFsxGxxTxDxSxFxPxVLxxmExxPxWLxEsxxxcQxxvVxSLxxxxNxxxxxxLxxExxxLlxLYxxxxxxxLTxN xxxLxxxixDKFxxLLLxxDExItxLds >d2au5a1 XLILSPNFEYEEITRSFLSNXLAFTRGHFTGDISHFSPIVLAEXEKDPNWLEEAAGGXQGVIVQSLLEDENFSSVEQLKGELARLIRLYFALAKDNLTEN QESLYVDLFDKFTFLLLCSDEFIXYLDS >UniRef50_C9B3P2(10-131:135) Putative uncharacterized protein n=5 Tax=Enterococcus faecium RepID=C9B3P2_ENTFC E=2e-16 s/c=0.71 id=38% cov=96% ----APNFQYTDEMDRFLMNTLAFSVGLVTEDYSTFDPEVLKIMEEEPDWLQESVAWCQSLVVGSLVDSGNYDDTGELMDEFNCLLNLYDRARQRELTSN EDNLFLNIHDKFLALLLTDDELITNL-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * X 1 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 1 * * * * * * * 0 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 953 * * * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * 5 0 * * * * * * 1496 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1496 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1496 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1496 0 0 E 9 * * * 1048 * * * * * * * * * 953 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1496 0 0 Y 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 10 0 * * * * * * 1496 0 0 E 11 * * * 1048 * * * * * * * * * * * * 953 * * * 11 0 * * * * * * 1496 0 0 E 12 * * 953 1048 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1496 0 0 I 13 * * * 953 * * * 1048 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1496 0 0 T 14 * * * * * * * * * * 953 * * * * * 1048 * * * 14 0 * * * * * * 1496 0 0 R 15 * * 953 * * * * * * * * * * * 1048 * * * * * 15 0 * * * * * * 1496 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * 953 1048 * * * * 16 0 * * * * * * 1496 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1496 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1496 0 0 S 19 * * * * * * * * * * 953 * * * * 1048 * * * * 19 0 * * * * * * 1496 0 0 N 20 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1496 0 0 X 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1496 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1496 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1496 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * 953 1048 * * * 25 0 * * * * * * 1496 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 1048 * * 953 * * 26 0 * * * * * * 1496 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1496 0 0 H 28 * * * * * * 1048 * * 953 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1496 0 0 F 29 * * * * 1048 * * * * * * * * * * * * 953 * * 29 0 * * * * * * 1496 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1496 0 0 G 31 * * * 953 * 1048 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1496 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1496 0 0 I 33 * * * * * * * 1048 * * * * * * * * * * * 953 33 0 * * * * * * 1496 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1496 0 0 H 35 * * * * * * 1048 * * * * * * * * * 953 * * * 35 0 * * * * * * 1496 0 0 F 36 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1496 0 0 S 37 * * 953 * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * 37 0 * * * * * * 1496 0 0 P 38 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1496 0 0 I 39 * * * 953 * * * 1048 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1496 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1496 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1496 0 0 A 42 1048 * * * * * * * 953 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1496 0 0 E 43 * * * 1048 * * * 953 * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1496 0 0 X 44 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1496 0 0 K 46 * * * 953 * * * * 1048 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1496 0 0 D 47 * * 1048 953 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1496 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1496 0 0 N 49 * * 953 * * * * * * * * 1048 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1496 0 0 W 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 50 0 * * * * * * 1496 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1496 0 0 E 52 * * * 1048 * * * * * * * * * 953 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1496 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1496 0 0 A 54 1048 * * * * * * * * * * * * * * 953 * * * * 54 0 * * * * * * 1496 0 0 A 55 1048 * * * * * * * * * * * * * * * * 953 * * 55 0 * * * * * * 1496 0 0 G 56 953 * * * * 1048 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1496 0 0 G 57 * * * * * 1048 * * * * * * * * * * * * 953 * 57 0 * * * * * * 1496 0 0 X 58 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 59 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1496 0 0 G 60 * * * * * 1048 * * * * * * * * * 953 * * * * 60 0 * * * * * * 1496 0 0 V 61 * * * * * * * * * 953 * * * * * * * 1048 * * 61 0 * * * * * * 1496 0 0 I 62 * * * * * * * 1048 * * * * * * * * * 953 * * 62 0 * * * * * * 1496 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 63 0 * * * * * * 1496 0 0 Q 64 * * * * * 953 * * * * * * * 1048 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1496 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1496 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1496 0 0 L 67 * * * * * * * * * 1048 * * * * * * * 953 * * 67 0 * * * * * * 1496 0 0 E 68 * * 953 1048 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1496 0 0 D 69 * * 1048 * * * * * * * * * * * * 953 * * * * 69 0 * * * * * * 1496 0 0 E 70 * * * 1048 * 953 * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1496 0 0 N 71 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1496 0 0 F 72 * * * * 1048 * * * * * * * * * * * * * * 953 72 0 * * * * * * 1496 0 0 S 73 * * 953 * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * 73 0 * * * * * * 1496 0 0 S 74 * * 953 * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * 74 0 * * * * * * 1496 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 953 1048 * * 75 0 * * * * * * 1496 0 0 E 76 * * * 1048 * 953 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1496 0 0 Q 77 * * * 953 * * * * * * * * * 1048 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1496 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1496 0 0 K 79 * * * * * * * * 1048 * 953 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1496 0 0 G 80 * * 953 * * 1048 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1496 0 0 E 81 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1496 0 0 L 82 * * * * 953 * * * * 1048 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1496 0 0 A 83 1048 * * * * * * * * * * 953 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1496 0 0 R 84 * 953 * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * * 84 0 * * * * * * 1496 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1496 0 0 I 86 * * * * * * * 1048 * 953 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1496 0 0 R 87 * * * * * * * * * * * 953 * * 1048 * * * * * 87 0 * * * * * * 1496 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1496 0 0 Y 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 89 0 * * * * * * 1496 0 0 F 90 * * 953 * 1048 * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1496 0 0 A 91 1048 * * * * * * * * * * * * * 953 * * * * * 91 0 * * * * * * 1496 0 0 L 92 953 * * * * * * * * 1048 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1496 0 0 A 93 1048 * * * * * * * * * * * * * 953 * * * * * 93 0 * * * * * * 1496 0 0 K 94 * * * * * * * * 1048 * * * * 953 * * * * * * 94 0 * * * * * * 1496 0 0 D 95 * * 1048 * * * * * * * * * * * 953 * * * * * 95 0 * * * * * * 1496 0 0 N 96 * * * 953 * * * * * * * 1048 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1496 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1496 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 98 0 * * * * * * 1496 0 0 E 99 * * * 1048 * * * * * * * * * * * 953 * * * * 99 0 * * * * * * 1496 0 0 N 100 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1496 0 0 Q 101 * * * 953 * * * * * * * * * 1048 * * * * * * 101 0 * * * * * * 1496 0 0 E 102 * * 953 1048 * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1496 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * 953 * * * 1048 * * * * 103 0 * * * * * * 1496 0 0 L 104 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1496 0 0 Y 105 * * * * 953 * * * * * * * * * * * * * * 1048 105 0 * * * * * * 1496 0 0 V 106 * * * * * * * * * 953 * * * * * * * 1048 * * 106 0 * * * * * * 1496 0 0 D 107 * * 1048 * * * * * * * * 953 * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1496 0 0 L 108 * * * * * * * 953 * 1048 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1496 0 0 F 109 * * * * 1048 * 953 * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1496 0 0 D 110 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1496 0 0 K 111 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1496 0 0 F 112 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1496 0 0 T 113 * * * * * * * * * 953 * * * * * * 1048 * * * 113 0 * * * * * * 1496 0 0 F 114 953 * * * 1048 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1496 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1496 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1496 0 0 L 117 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1496 0 0 C 118 * 1048 * * * * * * * * * * * * * * 953 * * * 118 0 * * * * * * 1496 0 0 S 119 * * 953 * * * * * * * * * * * * 1048 * * * * 119 0 * * * * * * 1496 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1496 0 0 E 121 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1496 0 0 F 122 * * * * 1048 * * * * 953 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1496 0 0 I 123 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1496 0 0 X 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 125 * * * * * * * * * * * 953 * * * * * * * 1048 125 0 * * * * * * 1496 0 0 L 126 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1496 0 0 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //