HHsearch 1.5 NAME d1w5sa1 FAM FILE d1w5sa1 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1w5sa1.a3m DATE Wed Mar 10 05:02:16 2010 LENG 103 match states, 103 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4538 1.4264 SEQ >ss_dssp CCSSSSSCHHHHHHHHHHHHHHHTTCSSBCHHHHHHHHHHHHHHHSCCCCCCHHHHHHHHHHHHHTTSEEEECCCCEEEECTTSCHHHHHHHHHHHHHHH HCC >sa_dssp DEEBEEBCCABAAAACBAADBCEEEDECADBEDABEDACEBADEECECECDDEEDACDBAEDACECCBACDDEEECCBCAAEECEBEDBBECACEBBDEC EEE >ss_pred CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCEEEEEHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHH HCC >ss_conf 9631000077898898977541021665326676643023515788525787121110452243113302686521343235788888999999987665 139 >Consensus thelealsiheliilrliaeatlggmewinagllrqryedasltmynvkprgytqyhiylkhltslglvdakpsttlfrlaphlpadrlievvdniiqak mas >d1w5sa1 THELEALSIHELIILRLIAEATLGGMEWINAGLLRQRYEDASLTMYNVKPRGYTQYHIYLKHLTSLGLVDAKPSTTLFRLAPHLPADRLIEVVDNIIQAK MAS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 H 10 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 A 21 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 G 24 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 M 26 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 W 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1000 0 0 E 39 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 M 45 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 46 0 * * * * * * 1000 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 53 0 * * * * * * 1000 0 0 T 54 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 55 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 56 0 * * * * * * 1000 0 0 H 57 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 59 0 * * * * * * 1000 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 H 62 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 L 68 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 D 70 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 K 72 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 P 73 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 L 77 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 F 78 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 R 79 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 P 82 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 H 83 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 A 86 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 R 88 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 L 89 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 I 90 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 V 92 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 D 94 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 I 96 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 K 100 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 M 101 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 103 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //