HHsearch 1.5 NAME d1txda2 FAM FILE d1txda2 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1txda2.a3m DATE Tue Mar 9 01:40:55 2010 LENG 100 match states, 100 columns in multiple alignment FILT 108 out of 346 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 8.1 EVD 0.4612 0.4848 SEQ >ss_dssp CCEEEEEEEESSSSCBCCEEEEECSSEEEEEEEETTEEECCCCCCSEEEGGGEEEEECCCCCEEEEEEECSSCEEEEEEECSSHHHHHHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EDCDBDBCBDDDEEEECEBCACACEECABABCEDEEEEDEEEEDDBCAEBECBEBEDBEEEDABCACCDDEEDECDACBCBEDEECADDACDCADECCEE >ss_pred CCEEEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCEEEEEECCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEEECCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9232147999558985359999906819999851677133430466358000699884887740699811688679999948989999999999998469 >Consensus LixeGxLxxkxxxxxxxerxxfLFxdxLixxkxxxxxxxxkxxxxxxixlxxxxvxxxxxxxxxfxixxxxxxxxxxxlxaxsxxeKxxWxxxIxkxaxx >d1txda2 MIHEGPLVWKVNRDKTIDLYTLLLEDILVLLQKQDDRLVLRCTFSPVIKLSTVLVRQVATNKALFVISMSDNGAQIYELVAQTVSEKTVWQDLICRMAAS >UniRef50_UPI00017605AB(421-518:1191) PREDICTED: wu:fc10d07 n=2 Tax=Clupeocephala RepID=UPI00017605AB E=3e-11 s/c=0.71 id=18% cov=95% -ILEETLKVKRRKD-TKEFVVLLFTDVLLITKAQKKSDKLKVLRPPML-VERIHCIEVKDGYSFMLVEVGDLGCplSVHIMSTPSPDSCASWVSALRET- -- >UniRef50_B7QER7(200-292:315) Guanine nucleotide exchange factor for Rho and Rac GTPase, putative (Fragment) n=2 Tax=Arthropoda RepID=B7QER7_IXOSC E=5e-06 s/c=0.56 id=13% cov=76% -------------------HLFLFDKVLLIAKKREEGIL--NHKTHIMCSNLMLIESIQGEPLCFQVVPFNSPCNQYSFQARSLEQKREWCLQLKR---- >UniRef50_A8HAL3(617-746:769) Novel protein n=8 Tax=Euteleostomi RepID=A8HAL3_DANRE E=2e-09 s/c=0.49 id=18% cov=100% LLHDGKLFLIENT-KQQEVYLFLFDEFLLITKIKRNKKqksgvvdfaagqelelllqegCSFTVLDQPISLDRLQLKNIDQlnatastlPNSFIIMHQNR YQQciAVFVLQAQSESTKKAWMSEIEKAVSS >UniRef50_Q4RFY9(393-492:877) Chromosome undetermined SCAF15108, whole genome shotgun sequence n=1 Tax=Tetraodon nigroviridis RepID=Q4RFY9_TETNG E=2e-07 s/c=0.57 id=14% cov=77% -----------------DRHIFLFDAAVIVCKRRGDNYEMKEVIDlHLFKITNNPTSDKETRKwSYGFYLTHKQGQSGFEFFFKTKELKKKWLEQ----- -- >UniRef50_UPI000180C853(317-412:599) PREDICTED: similar to FERM, RhoGEF and pleckstrin domain protein 2 n=1 Tax=Ciona intestinalis RepID=UPI000180C853 E=9e-07 s/c=0.57 id=18% cov=90% -IREGSLY-KLSRKGFQQRLFFLFSDCLVYTS-KGVTSTNQFKVHAELPLQGMIIEVNEGESAVPNCFSILSASKTVIVAAATQEEMDKWLE-------- >UniRef50_B0WEB1(437-533:1550) Ras GTP exchange factor, son of sevenless n=1 Tax=Culex quinquefasciatus RepID=B0WEB1_CULQU E=1e-05 s/c=0.53 id=14% cov=91% -IREDTLAKLSSGKRQTERKVFLFDGLLVLCKTRRQivpGNNYDYRLKERFFMRKVEIIDRSDtDELKYAFEISPREPTSVVLIAKNAQHKNDWM----- ---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * 3767 * 212 3982 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 7133 0 0 I 2 * * * * * * * 1074 * 1698 6163 * * * 5897 * * 2425 * * 2 0 * * * * * * 7605 0 0 H 3 6077 6196 * * 6132 5214 1876 * 2621 3387 6209 * * * 1869 6042 * * 6204 3579 3 0 * * * * * * 7605 0 0 E 4 * * 2341 813 * 6611 5398 * * * * * * 3523 4454 4271 * * * 6038 4 43 * 5076 * * * * 7655 0 0 G 5 * * 4116 6011 * 110 * * * * * * * * * * * * * * 5 20 * 6189 * * 0 * 7650 0 1587 P 6 5257 6368 3332 3311 5311 * 6483 4249 5350 4835 6477 3783 2520 3968 6019 4520 2809 4543 6340 4871 6 19 6293 * 0 * * 0 7689 1000 1000 L 7 6145 * * * 3971 * * 6261 * 505 3749 * * * * * * 2945 * * 7 199 6245 3111 3585 126 * 0 7716 1000 1000 V 8 5725 5943 4329 6377 3935 * 4969 5004 2805 5077 3637 6052 * 4451 3247 4315 2227 4991 * 4057 8 213 5961 3041 1585 585 572 1611 7561 1000 4224 W 9 * * * 6092 5246 * * 3556 2664 2145 3022 * * 4922 4308 * * 2175 4010 * 9 0 * * * * 174 3140 7627 0 4269 K 10 * * * * * 6121 * 3726 1103 4527 6169 5274 * 3958 3477 5254 * 3020 4520 6133 10 174 4070 4205 982 1018 0 * 7714 2827 1000 V 11 6670 6131 3653 2571 5141 4514 3756 4320 6245 3715 5017 5383 * 4223 4573 2659 3807 4001 * * 11 19 * 6234 * * * 0 7709 0 2820 N 12 2898 3544 4986 6190 * 2396 * 6191 3524 5700 * 2903 5439 * 4533 2225 6483 * * * 12 105 5961 4210 0 * 606 1544 7903 1000 3202 R 13 5493 * 6046 4270 * 4774 * * 1880 * * 5257 4968 6397 1563 4209 3395 4471 * * 13 135 4682 4309 343 2242 274 2530 8072 2302 3118 D 14 6188 * 4901 4723 4265 1844 6687 * 1836 * 5658 3204 * 5133 6565 3790 4625 6113 * * 14 125 5123 4203 1490 635 307 2384 8005 1665 3019 K 15 5302 * 4559 * * 3934 4644 6214 1811 * * 4935 4438 3624 2085 3466 5024 * 6421 * 15 70 * 4390 * * 2318 323 8112 0 3278 T 16 6390 5479 6229 6477 4694 4127 5288 4396 3817 3582 3665 5323 2987 5300 6488 3239 2185 6191 * 6409 16 90 4842 5288 0 * 1051 951 8099 1611 3966 I 17 4516 5089 * 5336 * 6529 * 3724 1699 5185 4158 * * 2405 5318 5319 3559 3318 * * 17 74 6076 4828 0 * 187 3039 8093 1000 3288 D 18 6120 6478 2510 1467 * * * 6510 4152 5342 6112 * 2311 3191 * 5659 * * * * 18 47 4973 * 647 1469 0 * 8205 1833 2707 L 19 5417 5679 * * 5537 * * 4390 5822 3754 5177 * 6377 * 936 * 4457 2411 * * 19 0 * * * * * * 8230 0 0 Y 20 6432 6400 * 5532 4373 * 1903 6427 6279 4156 4913 5412 * 3730 3840 6453 6730 4900 5153 1866 20 0 * * * * * * 8271 0 0 T 21 3421 4044 * * 2593 4828 * 3948 * 2206 6354 * * * * * 5200 1677 * 6453 21 0 * * * * * * 8271 0 0 L 22 5513 * * * 803 * 5065 2936 * 3120 6504 * * * * * * 3818 * 4390 22 0 * * * * * * 8277 0 0 L 23 * * * * * * * 5052 * 100 * * * * * * * 4754 * * 23 0 * * * * * * 8277 0 0 L 24 * 6500 * * 472 * 5888 * * 2459 4425 * * * * * * * * 5462 24 0 * * * * * * 8277 0 0 E 25 * * 2131 2428 * * 6114 * 6204 * * 2177 6567 6801 6838 2443 3005 * * * 25 0 * * * * * * 8277 0 0 D 26 6164 * 778 4654 * 6286 4227 * 3171 4897 * 3964 * 4297 * 5236 6516 * * * 26 0 * * * * * * 8277 0 0 I 27 3477 4581 * * 4632 5942 5106 3118 6504 2739 2432 6326 * 4207 6204 * 6617 2261 6528 6410 27 0 * * * * * * 8277 0 0 L 28 5800 * * * 3632 * * 3179 * 685 4680 * * * * * * 2944 * * 28 0 * * * * * * 8277 0 0 V 29 * 6528 * 5942 4472 * * 2052 * 1317 6456 * * * * * * 1868 * * 29 14 6657 * 2000 415 * * 8277 1000 0 L 30 * 4835 * * 2199 * 6818 2143 * 2376 4538 * * * * * * 3574 * 2379 30 13 6788 * 1000 1000 * * 8277 1000 0 L 31 2933 1674 * * * 4472 * 6174 * 3040 * * * * * 3877 1842 6392 * 5942 31 40 5202 * 1624 566 * * 8277 2110 0 Q 32 6504 * * 4433 * * 6563 5735 940 6174 * 5644 * 2708 3953 4417 4479 5226 * 5476 32 88 5095 5072 464 1861 * * 8277 2311 0 K 33 5490 * * 2819 6082 4960 6458 5145 2492 6677 5081 5135 2313 4306 2815 6175 4459 6346 * 4698 33 69 4426 * 1028 973 478 1826 8217 2854 2225 Q 34 * * 5619 4638 5794 6516 6689 * 1616 5075 * 3559 6801 3292 2438 3530 5804 4948 6283 6080 34 53 5310 6482 1793 491 * 0 8271 1676 1000 D 35 7149 * 2808 3101 6485 2781 * 6688 2924 5179 5780 3933 5638 4352 2814 4393 5030 4848 * * 35 111 4250 5548 1958 429 * 0 8261 3105 1575 D 36 4970 5751 2099 3025 * 2926 4820 6571 4105 6429 5633 3905 * 3632 4731 4013 4808 5605 * 5466 36 79 4875 5710 2889 209 * 0 8226 2314 2568 R 37 4044 * * 4798 * 2860 6665 6484 1821 4458 6450 2879 6223 5398 3984 3521 4183 5247 * * 37 214 3982 3743 3113 177 1385 697 8206 2937 3407 L 38 4818 * 4854 4018 4188 3310 * * 2770 3166 6573 5221 6191 6762 4072 4417 5487 5385 * 2048 38 86 5161 5072 2964 198 3062 184 8128 2083 4284 V 39 5115 5371 5112 5198 4665 3344 * 3300 2714 3456 * 6121 6081 5382 3988 4119 3066 3520 * 5183 39 37 * 5304 * * * 0 8116 0 4872 L 40 5585 6116 6926 6545 2854 * 6228 5501 6668 1762 4999 4656 4583 5509 4935 4423 4658 3583 7253 3014 40 58 * 4662 * * 649 1464 8085 0 5075 R 41 4940 6716 6186 6687 4137 * 6611 6258 1204 5356 6634 6420 4399 6336 3464 3425 3583 4829 * 6409 41 80 4952 5509 2997 193 715 1355 8158 2321 4304 C 42 4757 4247 4006 4290 3183 * * 4478 4883 3399 4216 5258 * 5424 5549 4024 4578 3341 * 2421 42 91 4254 6865 2681 245 1208 818 8130 3230 3065 T 43 6460 * 6199 6432 5679 5968 4942 2692 3695 3811 * 5230 3792 3709 3753 3595 4634 2434 * 4847 43 171 4517 3876 1707 528 * 0 8201 2831 2424 F 44 5537 6391 4028 * 2789 5622 4528 3774 3443 2976 6670 * 5812 5920 3468 6220 5521 3457 * 2796 44 88 5147 5026 2265 336 3267 158 8144 2229 4262 S 45 6042 5353 4463 5074 * * 5408 * 1898 5239 * 4294 3185 3567 2758 2963 5457 6570 * 6355 45 57 5259 6306 1960 429 1369 706 8127 1746 4627 P 46 3946 * 5490 4660 6344 2599 2964 * 5015 3968 * 3990 2231 4498 4384 3994 5798 5370 * * 46 112 4407 5194 800 1233 1395 690 8148 2785 3970 V 47 4602 5099 6249 5324 6807 6688 4991 2818 5516 2866 4725 * 3636 5576 4345 3629 4459 2524 6504 4611 47 59 5530 5737 3585 126 320 2330 8213 1607 3560 I 48 * * * 6548 2713 * 6355 1608 * 2430 3461 * * * * * 6059 2640 * 4486 48 116 6506 3909 2585 263 376 2126 8214 1000 2522 K 49 4653 4508 3687 * 5022 * 4731 * 2676 * * 5540 1909 * 2933 2700 6452 * 6394 5811 49 0 * * * * 481 1819 8284 0 3484 L 50 5718 6668 * * * 5142 * 4149 6544 960 3720 * * 6489 5538 5008 3528 2885 * * 50 45 5041 * 395 2061 1098 908 8323 2345 1619 S 51 4226 6348 3211 3320 * 6082 5588 5011 3784 5370 4647 3312 5060 3920 3822 2472 3824 7769 * * 51 18 6353 * 2322 322 * 0 8330 1000 1000 T 52 5905 5775 3086 3736 * 3361 4614 * 2463 4553 * 3485 * 4442 3262 3472 3866 6401 * * 52 0 * * * * 0 * 8330 0 1000 V 53 6458 3024 * * 5062 * * 2871 6573 1741 2956 6096 * * * 5951 4392 2458 * * 53 12 6900 * 1585 585 * * 8331 1000 0 L 54 6100 6787 4620 3621 4886 3752 5850 3116 3530 2940 3365 5452 6096 4147 4368 * 4473 4137 4838 5594 54 30 5596 * 3666 118 * * 8331 1654 0 V 55 4987 5524 * * 4975 6415 * 2372 * 2074 6221 6337 5011 6839 6894 * 4998 1481 * 6816 55 25 5854 * 2322 322 * * 8331 1167 0 R 56 * 6591 5932 2502 6576 * 4884 4618 3149 * 4790 5253 6102 3350 2275 3876 3288 5569 * 5275 56 0 * * * * * * 8351 0 0 Q 57 5165 * 1831 1726 * 6621 * 6102 5427 6207 6402 3640 4873 5247 6544 3661 4664 5060 * 6018 57 90 4620 5677 1166 851 * * 8351 2705 0 V 58 4618 * 3875 4763 6007 6809 4171 3588 4344 2750 * 3414 4319 5697 6278 3912 4534 2268 * * 58 97 4282 6231 1110 898 * 0 8334 3232 1498 A 59 2307 5181 4443 2842 6685 4186 7113 5921 4114 6798 5382 6589 3013 5274 4095 3413 5339 5106 * 4660 59 79 4537 6633 0 * 0 * 8313 2071 2165 T 60 4542 5851 1406 3796 * 2987 * 6534 5297 5519 6348 4319 6193 4922 4562 5601 3337 * 5500 6254 60 55 4933 7767 1671 544 0 * 8339 2683 1000 N 61 * 6075 2043 2990 4984 3432 6229 * 3949 5503 * 4370 3090 4532 6130 2885 6455 6520 * 6466 61 211 2979 6727 2358 313 0 * 8251 4856 1000 K 62 4948 5851 3558 3720 * 4612 5739 5358 2412 5388 5858 3379 3312 5797 3572 3521 4373 6483 * 5008 62 115 3709 * 2254 339 0 * 8349 4098 1000 A 63 3021 * 5259 5224 * 2818 4645 6885 4850 3512 * 2653 6779 5608 4393 2487 4328 6728 * 4735 63 63 4973 6548 1000 1000 * * 8352 2116 0 L 64 3367 4280 5361 6096 1896 5203 6437 4966 4576 2757 4304 * * * 5192 3196 4723 5417 5609 6102 64 25 5865 * 1585 585 0 * 8342 1167 1000 F 65 5255 * 4824 3838 1229 5417 * 5889 3814 3825 5607 5667 6471 6014 6629 6758 * 4575 5921 3114 65 29 5634 * 2559 268 * * 8363 1682 0 V 66 5335 5391 6478 4757 3768 6510 6413 3168 5228 1837 4677 4015 6412 4123 5209 4370 6713 3132 * 5627 66 0 * * * * * * 8363 0 0 I 67 4367 6471 * 5911 4708 6629 * 1512 * 2554 5861 * * 6296 6600 6413 6659 2251 3875 6120 67 59 5855 5435 2540 272 * * 8363 1730 0 S 68 * 4735 * 4252 2991 5118 3661 3361 3983 3509 * 3390 6237 4486 5529 3032 5063 5406 5729 4098 68 45 6315 5810 3322 152 489 1798 8353 1000 2384 M 69 5557 5343 * 4845 * 4231 3420 4351 4223 2887 4529 4830 5254 3980 4562 2958 3068 5068 4729 6781 69 80 6781 4477 1000 1000 1545 606 8347 1000 2044 S 70 4894 5840 4580 5591 4620 4409 4108 3497 3989 4878 * 2775 3870 4832 4132 3336 3570 5214 7433 4943 70 29 5668 * 1653 552 * 0 8318 1622 3501 D 71 6723 * 2947 2356 * 3812 * 5113 2820 5482 7131 4582 4263 4058 3561 4636 3254 6543 * * 71 55 5140 6743 2314 324 888 1122 8318 2302 3501 N 72 3603 6774 3811 4904 4665 5324 6316 * 2726 5672 * 3163 * 4076 3085 3100 4033 5458 * 3901 72 189 5679 3277 1585 585 499 1773 8339 1838 2468 G 73 4775 * 3942 4268 6832 2310 5082 6271 4013 5353 5751 4360 3531 4550 3868 2300 5728 * * 5624 73 188 4304 3804 593 1568 1691 535 8142 3748 4548 A 74 4198 5095 3989 3665 4426 6171 5991 * 4171 7155 6556 3350 2890 3402 4417 2539 4345 6633 * 5690 74 81 4199 * 1181 839 2401 303 8191 2815 4902 Q 75 3187 * 4089 2771 * 6390 6219 6262 2945 4960 * 4585 * 2860 4072 3838 3507 3676 * 6705 75 76 4715 6238 1151 863 1640 558 8222 2384 4453 I 76 3680 3862 5883 6043 4819 5196 6275 3436 4776 4062 2884 * 5611 4537 4746 3422 3600 3159 4937 * 76 52 4825 * 1944 434 219 2828 8217 2996 3996 Y 77 6773 5094 * * 2121 * 4112 3879 * 3524 5864 * * * * 6628 4893 3994 4973 1460 77 40 6914 5706 0 * * 0 8348 1000 1000 E 78 5063 * 6650 2734 4925 5884 4879 2576 6466 3668 5284 5499 * 6557 5326 3889 2263 3195 * * 78 0 * * * * 552 1652 8322 0 2088 L 79 6736 6405 * * 2593 * * 4419 * 850 3953 * * * * * * 2767 * * 79 15 6637 * 1585 585 * 0 8364 1000 1000 V 80 5587 4809 6251 6415 4545 * 3670 3354 3458 4409 5761 * * 2316 3652 3967 4296 3487 * 4092 80 0 * * * * 0 * 8364 0 1000 A 81 746 3134 5549 * 4385 * * * * 5776 * * * * * 4962 2919 4718 * * 81 27 * 5776 * * * * 8368 0 0 Q 82 3392 7470 4587 4026 * 5072 4299 6927 2894 * 5800 4960 2715 5993 3040 2391 5645 * 6719 6262 82 0 * * * * 0 * 8365 0 1504 T 83 4928 * 4639 6516 5969 6031 6263 * 4097 * * 3095 6754 * * 1359 1751 * * * 83 0 * * * * * * 8368 0 0 V 84 3166 6561 5155 2612 * 5221 * 4746 3589 5969 6352 * 2241 3547 4789 3709 4847 4471 * 5549 84 0 * * * * * * 8368 0 0 S 85 4026 * 3580 1557 8059 6792 5158 5756 3719 * * 4434 6800 3440 6460 2908 4389 5476 6715 6916 85 19 * 6263 * * * * 8368 0 0 E 86 5354 * 2568 1136 * * 6284 4829 * 6117 5113 5400 * 3636 * 4128 5323 3753 * * 86 0 * * * * * 0 8339 0 1000 K 87 * 4610 * * * * * * 614 6105 5029 6635 * 5052 2486 * 4747 7829 * * 87 27 5745 * 1000 1000 0 * 8339 1610 1000 T 88 4104 6263 3564 3796 * * 4762 5553 2449 4219 * 3154 * 3060 3354 4720 3505 5549 * * 88 0 * * * * * * 8368 0 0 V 89 3592 * 3925 3376 * * * 4638 3043 3905 5504 5488 * 3075 3680 3214 3054 4366 * 6800 89 0 * * * * * * 8368 0 0 W 90 * * * * * * * 5996 * * * * * * * * * * 23 * 90 0 * * * * * * 8368 0 0 Q 91 * * * * 4995 * 5901 2573 6768 2466 2058 * * 7032 * * 3517 2108 7481 5581 91 0 * * * * * * 8345 0 0 D 92 3618 6345 3223 2349 * * 4262 * 2902 6048 * 3984 * 3163 3419 3812 4351 * * 6221 92 0 * * * * * * 8131 0 0 L 93 2589 5877 3862 2321 5846 * 3300 4746 4267 4311 4892 5859 * 4093 4844 3311 6390 4947 * * 93 19 * 6284 * * * * 8101 0 0 I 94 * * * 6246 4718 * * 671 * 1736 * * * * * * * 5614 * * 94 0 * * * * 0 * 8021 0 1000 C 95 3350 4704 6108 4105 * * 6002 4460 3296 * * 3521 * 3307 2480 2575 4588 4286 * * 95 0 * * * * * * 7796 0 0 R 96 * * 3920 2643 * * * * 1470 * * * * 2727 2314 4042 * * * * 96 0 * * * * * * 7732 0 0 M 97 1486 * * * * * 4705 * 4859 2030 4024 * * * * * 3184 3415 * 4058 97 0 * * * * * * 6472 0 0 A 98 676 * * * * * * 4784 * 4354 * * * * * * 4268 2076 * * 98 0 * * * * * * 5747 0 0 A 99 1543 * * 3528 * 2408 * * * * * 3102 * 4107 * 2270 * * * * 99 0 * * * * * * 5262 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * 3144 * * * 324 3504 * * * 100 0 * * 0 * * * 3689 0 0 //