HHsearch 1.5 NAME d1oh1a_ FAM FILE d1oh1a_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1oh1a_.a3m DATE Mon Mar 8 15:53:43 2010 LENG 109 match states, 109 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.3818 -1.9296 SEQ >ss_dssp CCCCSCEEEEECCCCCSSCCHHHHHHTBEEESSSTTTTCCEEEEESCTTTCCEEEEEEETTTTEEEEEETTTSCEEEEEECCSSSCEEEEEEETTSCBSS CCEEECSCC >sa_dssp EEEDEEBECBADEEECECBDECBDEBADCDBCDEEDEEBBBDBDDDEDEECCBBBDDCCEEEDBABACCEEEECBCBCBBACEEDDACCBDDCEEEECEE DEDECDCDE >ss_pred CCCCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEECCEECCEECCCCCEEEEEECCCCCCEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCCCC CEEEEEEEC >ss_conf 9821034443210452753115565532135111215782689983367801013444376508999844886189999991698699998603226888 526887509 >Consensus gsmeqfelfsidkfkcnseakyxxxxiEGxWHPxdxxxSPLxxxxxxxxxxxYiCxxINxdxrqixLxNxxNxxIiIExxixNxxKixxxxxxxExLGTS PrxTFxKhk >d1oh1a_ GSMEQFELFSIDKFKCNSEAKYYLNIIEGEWHPQDLNDSPLKFILSTSDDSDYICKYINTEHKQLTLYNKNNSSIVIEIFIPNDNKILLTIMNTEALGTS PRMTFIKHK >UniRef50_Q5HKF5(21-105:105) SspC protein n=8 Tax=Staphylococcus RepID=Q5HKF5_STAEQ E=1e-09 s/c=0.76 id=34% cov=79% ----------------------WFHTLEGIWHPVEVETSPLNITFNKEITPNYVCTLINEDSRKIILSNVDNPNIIIEMILINSKKLVFNAISKEGLGTS PKITFTK-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 M 3 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 F 14 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 C 16 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 E 19 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 A 20 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 23 0 * * * * * * 1579 0 0 L 24 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1579 0 0 N 25 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1579 0 0 I 26 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 26 0 * * * * * * 1579 0 0 I 27 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1579 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1579 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1579 0 0 E 30 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1579 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 1579 0 0 H 32 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1579 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1579 0 0 Q 34 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * 34 0 * * * * * * 1579 0 0 D 35 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1579 0 0 L 36 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 36 0 * * * * * * 1579 0 0 N 37 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1579 0 0 D 38 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 38 0 * * * * * * 1579 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1579 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1579 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1579 0 0 K 42 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1579 0 0 F 43 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1579 0 0 I 44 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 44 0 * * * * * * 1579 0 0 L 45 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1579 0 0 S 46 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 46 0 * * * * * * 1579 0 0 T 47 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 47 0 * * * * * * 1579 0 0 S 48 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 48 0 * * * * * * 1579 0 0 D 49 * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1579 0 0 D 50 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 50 0 * * * * * * 1579 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 51 0 * * * * * * 1579 0 0 D 52 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1579 0 0 Y 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 53 0 * * * * * * 1579 0 0 I 54 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 54 0 * * * * * * 1579 0 0 C 55 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1579 0 0 K 56 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 56 0 * * * * * * 1579 0 0 Y 57 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 57 0 * * * * * * 1579 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1579 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1579 0 0 T 60 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 60 0 * * * * * * 1579 0 0 E 61 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1579 0 0 H 62 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * 62 0 * * * * * * 1579 0 0 K 63 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 63 0 * * * * * * 1579 0 0 Q 64 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1579 0 0 L 65 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1579 0 0 T 66 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 66 0 * * * * * * 1579 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1579 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 68 0 * * * * * * 1579 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1579 0 0 K 70 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 70 0 * * * * * * 1579 0 0 N 71 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1579 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1579 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 73 0 * * * * * * 1579 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 74 0 * * * * * * 1579 0 0 I 75 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1579 0 0 V 76 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 76 0 * * * * * * 1579 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1579 0 0 E 78 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1579 0 0 I 79 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1579 0 0 F 80 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1579 0 0 I 81 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1579 0 0 P 82 * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1579 0 0 N 83 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1579 0 0 D 84 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 84 0 * * * * * * 1579 0 0 N 85 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1579 0 0 K 86 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1579 0 0 I 87 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1579 0 0 L 88 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 88 0 * * * * * * 1579 0 0 L 89 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1579 0 0 T 90 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 90 0 * * * * * * 1579 0 0 I 91 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1579 0 0 M 92 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1579 0 0 N 93 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 93 0 * * * * * * 1579 0 0 T 94 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 94 0 * * * * * * 1579 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1579 0 0 A 96 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1579 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1579 0 0 G 98 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1579 0 0 T 99 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 99 0 * * * * * * 1579 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1579 0 0 P 101 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1579 0 0 R 102 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 102 0 * * * * * * 1579 0 0 M 103 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1579 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 104 0 * * * * * * 1579 0 0 F 105 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1579 0 0 I 106 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 106 0 * * * * * * 1579 0 0 K 107 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1579 0 0 H 108 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 K 109 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 109 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //