HHsearch 1.5 NAME d1mcoh2 FAM FILE d1mcoh2 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1mcoh2.a3m DATE Mon Mar 8 20:20:59 2010 LENG 102 match states, 102 columns in multiple alignment FILT 102 out of 666 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 8.0 EVD 0.4248 -1.4644 SEQ >ss_dssp CCCCCCEEECCCCCSSCCSSSCCEEEEEEECCSSCCCEEEETTTCCCSSEEEECCCCCTTSCCEEEEEEECCSSSSSSSCCCEEEECSSSCCCEEECCCC CC >sa_dssp EDDEDBDCDDDECEDEEEEEEDBDBAACBDDADDDECDCCBCEDECEEDCDEDEDDECEEDCCCBCABADCDDECBEEDEACBBBCAEDCEDECDEDCED EE >ss_pred CCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEEECCCEECCCEECCEEECCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEEEC CC >ss_conf 9877777998448731157870899999953207950999932871146232120875994199999999905100587199999958999716898511 69 >Consensus axxxxPxVxxxxpsxxxxxxxxxtLxCxxxxfxPxxixvxWxxxxxxxxxxxxxxxxxxxgtyxxxSxlxvxxxxxxxxxytCxVxHxxxxxxixkxvxp xx >d1mcoh2 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPQPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVAP EL >UniRef50_P01854(320-423:428) Ig epsilon chain C region n=2 Tax=Catarrhini RepID=IGHE_HUMAN E=7e-10 s/c=0.62 id=18% cov=97% -PRAAPEVYAFATPEWPGSRDKRTLACLIQNFMPEDISVQWLHNEVQLPdarHSTTQPRKTKGSGFFVFSRLEVTRAEWeQKDEFICRAVHEAAspSQTV QRAVS--- >UniRef50_D2NUE2(276-366:1097) MIP14196p n=7 Tax=Eukaryota RepID=D2NUE2_DROME E=0.0006 s/c=0.49 id=16% cov=67% ----------------TVQGSKVVLTCDIHGARPA-VNLTWYNtttiissGENEITEVRSKSLEKSDGTFHTQSELIFNATRfENDRVFRCE-------- ---------- >UniRef50_B4F746(106-196:816) Putative uncharacterized protein (Fragment) n=1 Tax=Xenopus (Silurana) tropicalis RepID=B4F746_XENTR E=1e-11 s/c=0.77 id=19% cov=87% -----PTVELL----ERVTNEQSMIVCSVSRFYPKNITVTIIQEGKDVTSSTlSSYQQNPDGTFNLSRTLTLE-DAMKQISMSCRVQHESLAEPIKKDL- --- >UniRef50_UPI00017B3893(414-515:774) UPI00017B3893 related cluster n=2 Tax=Tetraodon nigroviridis RepID=UPI00017B3893 E=1e-05 s/c=0.50 id=16% cov=98% ASSQRARVYIQEPPVQAFEANrQVTISCLLVGSSLIGFSISWKVAGKEASiFSTEQPMNHDNGTQTLLSFLNVSTEDWlAHKQVSCEGKNPCSGRVYEQH VS--- >UniRef50_C3KIY9(20-115:117) Beta-2-microglobulin n=1 Tax=Anoplopoma fimbria RepID=C3KIY9_ANOFI E=1e-07 s/c=0.60 id=19% cov=88% AKTSPPKVAVYSRLPGQNLKEN-TLVCHVTGSHPPEVRIELLRNDQVlPGGHQTDLAFEENWHYHLTKHAPFTP--NGKDAFHCRVTHMGKTK------- --- >UniRef50_Q75T63(219-318:345) Major histocompatibility complex (MHC) class Ib chain n=1 Tax=Paralichthys olivaceus RepID=Q75T63_PAROL E=5e-08 s/c=0.59 id=20% cov=95% ----APSPSMFMFAKKSHTETSVILTCLATGFLQRQVELEMRRDGrlltAQDGVRTSNVRPNDADSYQIRNSVEILKT--DKSLFTCEVLHRESSLSVAT TWDRKL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 5339 0 0 S 2 3603 * * * * * * * 3327 4546 * * 2003 4384 4721 1709 4544 3456 * * 2 0 * * * * * * 6093 0 0 T 3 4133 * * * 4972 * 4432 * 3597 * * 5040 1733 * 4871 3125 2108 4889 * 4774 3 0 * * * * * * 6545 0 0 K 4 3853 5242 * 3681 * * * * 2962 * * * 5076 2619 5486 2292 1984 5250 * * 4 52 4832 * 2322 322 * * 7061 1000 0 G 5 2446 * 4841 3001 5495 3767 * * 3178 * * * 2649 4394 4155 3124 5685 4230 * * 5 0 * * * * * * 7319 0 0 P 6 5370 * * * * * * 4714 * * * * 93 * * * * * * * 6 22 6017 * 0 * * * 7667 1000 0 S 7 3991 * 5069 3044 * * 6519 6112 2790 5350 * 5092 * 4416 4009 1977 3223 3438 * * 7 20 * 6191 * * * * 7698 0 0 V 8 6104 * * * * * * 2809 * 2966 4855 * 4983 * * * * 625 * * 8 47 4965 * 571 1614 0 * 7731 1723 1000 F 9 5720 * * 5687 2435 * 4117 6025 4879 4333 * * * 6079 4592 1807 2423 * * 3448 9 120 6013 3953 0 * * * 7732 1000 0 P 10 4145 * 4930 4358 * 6007 * 2824 5893 1710 4237 * 2960 * * * 5171 2528 * * 10 22 6021 * 2807 222 770 1274 7900 1000 2832 L 11 * * * * 2449 * * 2881 * 1701 4469 * * 4448 5863 4669 3648 4916 6265 3321 11 17 6416 * 0 * 0 * 7970 1000 1509 A 12 3689 * 4762 4205 * 4290 5353 * 4548 3925 5752 * 2105 3442 * 2995 4607 2860 * * 12 37 6491 6117 0 * * * 7980 1000 0 P 13 5055 6106 * 5066 4408 5527 * 5631 5221 4008 * * 928 6008 4365 3522 4708 4942 * * 13 61 * 4585 * * 0 * 8014 0 1000 S 14 3357 3974 * * 5154 6312 5690 4688 5730 4344 * 4890 2931 5909 5680 1409 3631 * 6196 * 14 0 * * * * * 0 7969 0 2333 S 15 5342 3396 5273 3870 4235 6307 6727 6511 3777 3401 5710 6271 3424 4074 4721 2494 4019 3823 * * 15 49 6115 5700 1000 1000 550 1658 8120 1000 2333 K 16 3157 * 4295 2341 6000 3326 5372 * 3782 5207 * 5449 4227 4370 3237 4188 4419 4196 6219 * 16 33 6391 6502 0 * 1068 935 8105 1000 1731 S 17 4343 * 4348 1983 6664 5341 5367 4602 5783 3643 6354 4084 3966 4070 4946 2713 4124 * * 6204 17 42 5794 6563 1000 1000 1000 1000 8137 1000 1773 T 18 5257 * * 3488 4261 5173 5143 2684 4444 2430 5036 4366 3878 * 6240 3816 3727 4153 * 5235 18 72 5356 5375 0 * 983 1017 8373 1716 1730 S 19 4533 * 3171 3405 4850 4309 5896 4587 4202 3912 * 4673 3398 3641 5058 2792 3540 * * 6322 19 58 5838 5518 2198 355 556 1645 8354 1667 2189 G 20 3662 * 3349 3372 * 1856 5275 6397 4223 4957 * 3720 4890 6587 4557 3209 4470 6546 * * 20 63 5633 5448 0 * * 0 8225 1659 2294 G 21 5664 * 3918 2721 * 2737 * * 3220 * * 2676 6195 3584 4598 2851 3801 * * * 21 54 4761 * 261 2596 700 1379 8203 2181 3159 T 22 5175 * 5195 3516 * * 6512 5169 2720 4986 5371 3237 3432 3536 4215 3703 2688 4623 * * 22 92 4951 5096 0 * 965 1036 8264 2299 1703 A 23 2609 * 6377 4306 * 4445 6497 3056 * 3505 6570 5017 5327 * 6587 3700 5858 1641 * 5910 23 42 5805 6570 2338 318 1464 649 8209 1766 2327 A 24 6859 * * 4553 * * 6919 5409 4638 6585 5819 3782 5754 4667 4936 4006 932 3336 * * 24 108 4613 5014 569 1618 0 * 8154 2689 2131 L 25 * * * * 4383 * * 3780 * 584 4523 * * * * * 5823 3206 * 4555 25 36 5325 * 1209 817 * 0 8212 1634 1795 G 26 4270 * * 5312 * 3524 * 3962 * 2988 * 6835 * 6909 4145 3151 1645 3057 * 5657 26 0 * * * * 819 1206 8212 0 1795 C 27 4671 125 * * 6359 * * * * * * * * * * * * 5822 * 6146 27 13 * 6814 * * 0 * 8207 0 1000 L 28 5983 6298 4937 3525 5726 6284 3570 5251 * 1895 5358 4859 4983 4990 4250 4101 3653 3627 5216 5593 28 0 * * * * 0 * 8252 0 1000 V 29 1576 * * * * 6140 * 2358 * 4035 5569 * * * * 3962 4699 1885 * * 29 15 6590 * 0 * * * 8279 1000 0 K 30 4930 * 4770 4032 5344 6632 5893 5348 3745 5368 5983 3669 * 5018 4209 2181 2165 4719 6140 5693 30 11 6993 * 1000 1000 * * 8279 1000 0 D 31 * * 2423 3921 * 1385 4383 * 4782 * * 3430 5654 5900 3908 3903 * 6961 * 6726 31 0 * * * * * * 8279 0 0 Y 32 4974 5417 * * 797 4405 * 4685 * 4407 4801 * 6276 * * 3727 6443 6118 * 3542 32 15 6612 * 0 * * * 8279 1000 0 F 33 5897 * * * 2656 * 3947 6828 4032 6350 6711 4005 5361 4805 4912 2699 4646 5345 * 1766 33 12 * 6868 * * * * 8279 0 0 P 34 6257 * 6603 * 6292 6586 6110 * * 4689 * * 345 5650 * 4804 4362 6879 * * 34 98 6738 4145 0 * * 0 8276 1000 1000 Q 35 3101 * 2937 3603 * 3530 * 6152 2916 5567 6685 4219 2846 5252 3584 3488 * 6055 * * 35 119 6460 3882 0 * 936 1067 8166 1000 3478 P 36 4430 * 2370 3504 6729 3883 4777 3875 5425 5536 * 3110 3940 4190 * 3076 4423 4494 * * 36 37 6370 6208 0 * 336 2267 8043 1000 4358 V 37 2949 * * * 6175 6689 6465 1676 * 2283 5272 * 5241 * * * 5922 2062 6805 * 37 11 * 7091 * * 0 * 8142 0 2230 T 38 5353 * 3458 3225 6617 5899 5736 * 4108 6766 5501 3167 * 4497 4083 2460 2289 5127 * 6264 38 0 * * * * 0 * 8286 0 1000 V 39 6263 * * * 2969 * * 1953 * 3084 4872 * * * * * 6310 1235 * 6424 39 0 * * * * * * 8279 0 0 S 40 5585 * 5815 3963 5053 * 5815 6612 2903 5083 5122 * * 4486 3282 2696 1651 5816 * 6744 40 26 5806 * 0 * * * 8279 1715 0 W 41 * * * * 4141 * * * * 6284 6350 * * * * * * * 123 * 41 166 3346 6590 1244 791 * * 8279 4244 0 N 42 * * 5751 3576 3369 5807 6538 6216 2716 1917 5526 3982 * 4029 3728 5526 4349 * 6681 4663 42 166 3199 * 1499 630 0 * 8273 4826 1000 S 43 5612 5014 4027 3287 * 3577 5804 5555 2597 4210 * 4151 5281 4716 2392 4497 5911 3815 * * 43 130 3536 * 2394 304 * * 8279 3865 0 G 44 5087 * 2396 4277 * 2406 * * 3064 * * 1901 6253 4945 5001 5089 5467 5362 * * 44 20 6191 * 1000 1000 * * 8279 1682 0 A 45 5673 * 3884 3158 * 1405 6140 * 4056 5430 * 3422 4903 4504 5896 3334 5361 6118 * * 45 99 3909 * 1511 623 * * 8279 3723 0 L 46 4179 * 6517 3112 * 3444 5265 3916 3289 4770 5094 5353 4340 3666 4760 3380 4203 3193 * 5911 46 42 5125 * 752 1300 * * 8279 2375 0 T 47 4641 * 6117 2724 5503 3972 * 3847 4202 4564 6483 4367 3921 3490 5750 4599 2697 3138 * * 47 100 3900 * 1449 658 * * 8279 3436 0 S 48 3787 * 3573 3789 * 4793 5314 4429 4698 2670 4442 5404 5560 3397 4881 2873 4179 4145 * * 48 14 6682 * 2000 415 * * 8279 1000 0 G 49 4662 6730 4286 3525 6744 2208 5883 5191 5159 4732 6727 3656 3431 4395 4567 3313 3888 4723 * * 49 85 4338 6967 2406 302 * * 8279 3202 0 V 50 3827 6690 4087 3544 4547 3957 6698 4522 4747 3965 5320 4611 4044 3959 5608 4672 3720 2595 5530 * 50 65 5081 6138 0 * 0 * 8279 1889 1000 H 51 4464 * 3938 2892 4650 * 4245 6092 5155 3930 6248 4648 7026 4227 4578 2116 4619 3413 6156 5752 51 14 6691 * 2000 415 * 0 8253 1000 1000 T 52 6985 * * 5653 6731 * 5214 4028 4246 6092 6729 3974 4071 2592 4137 3082 2411 3410 5590 5014 52 39 5243 * 2240 343 0 * 8253 2144 1000 F 53 5159 * 4605 3238 4684 4011 * 4505 6118 3927 4705 4780 4265 3791 6297 3039 2627 5667 4899 4281 53 55 5080 7044 2854 215 * * 8279 2619 0 P 54 5048 * 3785 2922 * 3631 4244 6749 5379 5683 * 3804 3269 2973 6042 3334 3492 4589 * 4982 54 51 4861 * 3212 165 0 * 8283 1872 1000 A 55 4493 * 5802 4511 4884 5342 6743 3688 4778 3882 6131 4817 2286 5918 4717 3019 3607 3320 6479 5803 55 25 5836 * 1469 646 * * 8279 1617 0 V 56 5096 * 5172 3529 4842 * 4048 3947 3594 2999 5495 5828 5187 4236 3481 3472 3263 3915 * 5801 56 45 5835 6253 1403 685 * * 8279 1725 0 L 57 4127 * * 3362 5492 * 6593 4343 3505 3453 4196 5033 2430 3028 3697 5126 4774 5027 * 5790 57 26 5817 * 2160 366 0 * 8251 1719 1000 Q 58 5674 * 4073 3694 * 4106 3877 6967 4534 4468 4867 2157 5021 2999 5052 3357 4325 6219 * 5983 58 49 5518 6437 937 1066 * * 8279 2240 0 S 59 3705 * 4812 3375 6605 2625 6813 * 4368 5422 6769 4615 3474 4534 4811 2269 3593 6095 * 6104 59 27 6860 6648 2000 415 0 * 8257 1000 1000 S 60 5065 * 1497 3859 * 3328 5522 * 4656 * * 1950 4523 6389 * 4483 5208 * * * 60 72 5580 5185 1988 419 * 0 8259 1716 1000 G 61 5697 * 4588 4237 * 1047 4859 6795 6835 5810 * 3563 5965 * 5159 3624 4339 * 4312 5463 61 23 5966 * 511 1746 1505 627 8212 1687 2342 L 62 * * 6473 4257 5057 4789 6265 * 3990 3287 5724 4301 6192 6387 5508 2810 1393 * * 4286 62 20 * 6215 * * * 0 8236 0 1809 Y 63 6388 * 5552 * 1739 * 4806 * 6334 4848 * 5653 * 6172 5273 5194 5884 5331 4970 1239 63 27 6939 6607 1000 1000 0 * 8203 1000 2274 S 64 4739 7055 4567 4955 5813 6302 5078 * 4847 4972 4796 5541 7071 2842 3682 1906 2601 4998 6858 * 64 21 6124 * 1000 1000 * 0 8275 1076 1000 L 65 2539 4291 * * 4305 6345 * 4397 3954 3232 4022 * * 4957 6302 4755 3167 2401 5934 4835 65 0 * * * * 0 * 8275 0 1000 S 66 * * * * 3522 6219 5246 3328 4937 4834 4739 5368 5983 4683 3963 2178 2627 3532 5738 4745 66 34 7232 5911 0 * * * 8279 1000 0 S 67 4141 6676 * * 6253 5154 6301 6600 4387 5711 * 4876 * * 4657 639 5601 4261 * 6192 67 0 * * * * 0 * 8220 0 1000 V 68 4838 6733 5550 4012 4491 * 4401 4193 * 3043 5017 5693 * 3822 4247 3647 4236 3145 4464 2840 68 0 * * * * * * 8279 0 0 V 69 4606 4431 * * 7030 * * 3389 * 977 5415 * * 5992 6438 6682 5983 2755 6632 3896 69 0 * * * * * * 8279 0 0 T 70 4848 * * 3854 * 6621 6130 3773 3892 3430 5314 4451 5435 4278 4278 3311 1811 5101 5908 6673 70 47 4975 * 1391 693 * * 8262 1618 0 V 71 * * 6534 * 3325 * * 2670 * 2114 4681 5974 5126 5908 5311 6411 4303 1752 * 5907 71 58 4668 * 0 * * * 8255 2820 0 P 72 * 6740 4057 6468 * 6616 * 4302 3909 3290 6377 4117 1985 4928 6784 2686 2806 6534 * 5956 72 23 6003 * 0 * * * 8255 1589 0 S 73 2979 * * 3983 6838 6667 5111 5439 3330 3683 6470 5777 2557 4356 4313 3191 3216 4431 * * 73 57 5275 6278 464 1863 * * 8255 2255 0 S 74 3854 6222 3290 2698 * 4356 6838 6763 4855 5526 5872 4334 5018 3243 4464 2866 3087 4846 * * 74 176 3605 4932 520 1724 * 0 8235 3663 1000 S 75 4661 * 3194 1635 * 5265 4787 * 4766 4546 6502 4524 4450 3709 3819 4002 5079 5762 6641 5681 75 104 4459 5363 854 1162 1953 431 8214 3129 2581 L 76 5108 * 2421 3623 6451 * 6166 6716 5221 3791 5198 3658 4530 5114 4031 5615 5586 * 1795 * 76 239 2809 6622 94 3992 733 1327 8191 4995 2877 G 77 4844 * 2266 3367 * 5043 4012 6633 4158 6406 * 3089 4616 3586 3353 4095 4154 6347 * 5397 77 217 3439 4399 0 * 626 1506 8202 4365 2219 T 78 5907 * 3901 3857 * 1350 3452 * 2893 6371 * 5584 * 4433 4267 3914 5906 6062 * * 78 67 5209 5777 0 * 2398 304 8218 2364 3422 Q 79 3581 * 3286 4209 4757 3312 5222 6529 3484 6110 6600 3888 6410 4358 3935 3044 3634 4011 * 6251 79 101 5010 4776 0 * 253 2637 8225 2348 3811 T 80 4695 * 5465 2482 * 5540 * 4134 4412 4145 6962 4728 5907 3635 4053 2902 2830 3721 7091 5865 80 58 4667 * 390 2079 0 * 8202 2743 2671 Y 81 6239 * * * 1841 * 4639 4550 * 3783 * * * * * * 5476 3592 * 1162 81 0 * * * * * * 8250 0 0 I 82 4841 * 6878 6408 * 6580 5273 3526 4097 * 6629 6251 * 5978 3043 2826 1261 4489 * * 82 22 6079 * 0 * * * 8250 1000 0 C 83 5858 99 * * * * * 6052 * * * * * * * * * 4879 * * 83 14 6670 * 3000 193 * * 8250 1000 0 N 84 6240 * 6630 2564 * * 5368 5107 5393 4607 6593 4013 * 3729 2006 4638 3716 2991 4300 * 84 0 * * * * * * 8263 0 0 V 85 2878 * * * 5404 6166 * 4328 * 5629 6689 * * * * * 4609 503 * * 85 33 5459 * 1000 1000 * * 8256 1810 0 N 86 4472 * 5797 3606 6297 5642 5638 * 2728 4997 5508 3493 * 3137 3446 3179 2859 4931 * 5474 86 49 5383 6755 1000 1000 * * 8256 1089 0 H 87 * * 6072 * 6329 * 294 * 6259 * * 4091 * 4228 * * * * * 4970 87 41 5157 * 564 1628 0 * 8237 1934 1000 K 88 4428 5457 4844 2101 * 4432 * * 3201 6607 4908 6632 2317 6247 4189 3519 4271 * 6550 4807 88 22 * 6077 * * * * 8163 0 0 P 89 2254 5128 5254 4602 * 2320 * * 6189 6706 * 3330 5316 6136 5038 1894 4938 * * * 89 41 7136 5557 2585 263 * 0 8118 1000 1000 S 90 4267 * 6173 6281 * 3843 5107 6376 3785 1386 5561 4694 * * 5940 2620 3652 4751 * * 90 19 6262 * 1000 1000 540 1679 7994 1000 2115 N 91 4910 * 4665 4848 * 3259 * * 2777 6032 * 2743 3566 4415 4419 2802 2824 6063 * * 91 41 * 5148 * * 0 * 7988 0 1000 T 92 3696 * 6197 2547 6147 4503 5494 * 3312 4629 6341 3932 4747 3411 4647 3072 3465 4105 * * 92 0 * * * * * 0 7855 0 1675 K 93 4568 * 4761 4144 5735 4683 * 5954 4431 * * 4399 1266 4908 4970 3505 3225 5599 * * 93 0 * * * * 0 * 7802 0 1675 V 94 4313 * * 5839 5963 * * 1892 5715 2074 6198 * * 4972 6186 * * 1691 * 5556 94 0 * * * * * * 7752 0 0 D 95 5585 * 2693 2365 * * * 4614 3441 4836 * 6089 * 2920 4027 2583 4320 4748 * * 95 0 * * * * * * 7722 0 0 K 96 3820 * * 5399 5477 5437 * 5391 1244 4851 * * * 3057 2757 5656 4568 4343 * * 96 0 * * * * * * 7604 0 0 R 97 4470 * 5600 2620 * 5315 3874 * 5249 * * 2803 5362 * 3536 2775 1988 * * * 97 0 * * * * * * 7416 0 0 V 98 * * * * 5153 * * 2219 * 3396 3425 * * * * * 4206 1585 3104 3941 98 0 * * * * * * 7450 0 0 A 99 1992 * 4772 2175 * 4700 * * 4931 * * * * * * 1478 4050 * * * 99 0 * * * * * * 6757 0 0 P 100 * * * * * * * * * 3001 * * 456 * 2776 * * * * * 100 0 * * * * * * 5458 0 0 E 101 * * * 1112 * * 3302 * 1926 * * * * 3793 * * 3313 * * * 101 0 * * * * * * 4662 0 0 L 102 * * * * * * * 1630 * 771 * * * * * * * 3463 * * 102 0 * * 0 * * * 4271 0 0 //