HHsearch 1.5 NAME d1lgha_ FAM FILE d1lgha_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1lgha_.a3m DATE Tue Mar 9 00:04:33 2010 LENG 56 match states, 56 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4489 0.8642 SEQ >ss_dssp CTTGGGGGHHHHSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSGGGCHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEECDEDDDEEDEDEDEDDDDEEEDEEEDEDEEDEDCEDEEECEEDEDEDEDEEE >ss_pred CCCCCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCC >ss_conf 97733247999986221377999999999999877876368865145401000139 >Consensus snpkddykiwlvinpstwlpviwivatvvaiavhaavlaapgfnwialgaaksaak >d1lgha_ SNPKDDYKIWLVINPSTWLPVIWIVATVVAIAVHAAVLAAPGFNWIALGAAKSAAK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 7 0 * * * * * * 1000 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 W 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 W 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 W 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 A 26 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 H 34 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 F 43 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 W 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 A 47 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 K 52 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //