HHsearch 1.5 NAME d1lg4a_ FAM FILE d1lg4a_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1lg4a_.a3m DATE Mon Mar 8 16:28:22 2010 LENG 99 match states, 99 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4196 0.5431 SEQ >ss_dssp CCCSTTCCCCCSCCCSCCCCHHHHHHHHHHGGGSCSCCCSCSCCCSSCCHHHHHHHHHHHHHHHSTTTTTCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHSSCCSSSCC >sa_dssp EEEEDABBDDEDDDDEBECDEDBDEDBDEBDEDAABBCDCEEBEDEEBEDECBBDCABECADEBCEDBCECEECECBEDAADDAACCCBBEECCEDCEE >ss_pred CCCCCCHHHHCCCEEEEEECCCCCEEHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHCCC >ss_conf 976531142149378886224553000122443766410157310011066787410228877521455660337999999999999844442021029 >Consensus xexxxgxfixxgrklxidfgxegnxyyxxxyxxfpdxihyxgcxexnvtkexfisxcinatxxxnxxexxxxxnxxxxxilxxlixelcxlxxcefxxx >d1lg4a_ AENRPGAFIKQGRKLDIDFGAEGNRYYEANYWQFPDGIHYNGCSEANVTKEAFVTGCINATQAANQGEFQKPDNKLHQQVLWRLVQELCSLKHCEFWLE >UniRef50_A2BDH5(1-179:179) Doppel protein Dpl n=1 Tax=Monodelphis domestica RepID=A2BDH5_MONDO E=2e-78 s/c=0.94 id=49% cov=101% SEKLQGTFIRNGRKLVIDFGEEGNSYYATHYSLFPDEIHYAGCAESNVTKEVFISNCVNATRVINKLEPLEEQNisDIYSRILEQLIKELCALNYCEFRT G # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1 0 * * * * * * 1419 0 0 E 2 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1419 0 0 N 3 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1419 0 0 R 4 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 4 0 * * * * * * 1419 0 0 P 5 * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1419 0 0 G 6 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1419 0 0 A 7 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 7 0 * * * * * * 1419 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1419 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1419 0 0 K 10 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 10 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1419 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1419 0 0 R 13 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 13 0 * * * * * * 1419 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1419 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1419 0 0 D 16 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 16 0 * * * * * * 1419 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1419 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1419 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1419 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1419 0 0 A 21 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1419 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1419 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1419 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1419 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 25 0 * * * * * * 1419 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1419 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1419 0 0 E 28 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1419 0 0 A 29 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 29 0 * * * * * * 1419 0 0 N 30 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1419 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 0 * * * * * * 1419 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * 32 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 33 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1419 0 0 F 34 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1419 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1419 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1419 0 0 G 37 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1419 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1419 0 0 H 39 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1419 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1419 0 0 N 41 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1419 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1419 0 0 C 43 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1419 0 0 S 44 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 44 0 * * * * * * 1419 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1419 0 0 A 46 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 46 0 * * * * * * 1419 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1419 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1419 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1419 0 0 K 50 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1419 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1419 0 0 A 52 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 52 0 * * * * * * 1419 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1419 0 0 V 54 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 54 0 * * * * * * 1419 0 0 T 55 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 55 0 * * * * * * 1419 0 0 G 56 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1419 0 0 C 57 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1419 0 0 I 58 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 58 0 * * * * * * 1419 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1419 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1419 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 62 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 62 0 * * * * * * 1419 0 0 A 63 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 63 0 * * * * * * 1419 0 0 A 64 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1419 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 66 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1419 0 0 G 67 * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1419 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1419 0 0 F 69 * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 70 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1419 0 0 K 71 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1419 0 0 P 72 * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1419 0 0 D 73 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 73 0 * * * * * * 1419 0 0 N 74 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 74 1000 1000 * 1000 1000 * * 1419 1000 0 K 75 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1419 0 0 L 76 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1419 0 0 H 77 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 77 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 78 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 79 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 79 0 * * * * * * 1419 0 0 V 80 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 80 0 * * * * * * 1419 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1419 0 0 W 82 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 82 0 * * * * * * 1419 0 0 R 83 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 83 0 * * * * * * 1419 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1419 0 0 V 85 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 85 0 * * * * * * 1419 0 0 Q 86 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 86 0 * * * * * * 1419 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1419 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1419 0 0 C 89 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1419 0 0 S 90 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 90 0 * * * * * * 1419 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1419 0 0 K 92 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1419 0 0 H 93 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 93 0 * * * * * * 1419 0 0 C 94 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1419 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1419 0 0 F 96 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1419 0 0 W 97 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * 97 0 * * * * * * 1419 0 0 L 98 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 98 0 * * * * * * 1419 0 0 E 99 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * 0 * * * 1419 0 0 //