HHsearch 1.5 NAME d1jlia_ FAM FILE d1jlia_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1jlia_.a3m DATE Mon Mar 8 17:00:53 2010 LENG 112 match states, 112 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.1 EVD 0.4249 0.3069 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHSCCCCCCCCCSCCCCHHHHHHHHSSTTHHHHHHHHHHHHHHSTTCHHHHHHHHHHGGGSCCTTSSCCSCCCCCCSSCHHHHHHHHHH HHHHHHHHHSCC >sa_dssp EECDECADDACEEAEEDEEEEEDEBEBEEECDDBADCEBBACBAAECACEBAEEBEEADEBCDCADEACECBCEEEEDEEDEDBEBCEBCCBAACDAACC AADBACEDDEEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHCC >ss_conf 9589999999974368887433646677047888976520022099999876642007899999986420055677774668713223988899999999 999986454059 >Consensus xncSxmixEIixxLkxppxpxxdxxxlnsxxxxxLxexslrrxNLxxFxxAxkxxxnxxxIxsnLkxlxpcLPxxtaxptxxpIxIxdxxxxdFrrKLxf YlxxLxnxxxxx >d1jlia_ ANCSIMIDEIIHHLKRPPNPLLDPNNLNSEDMDILMERNLRTPNLLAFVRAVKHLENASAIESILKNLLPCLPLATAAPTRHPIHIKDGDWNEFRRKLTF YLKTLENAQAQQ >UniRef50_P08700(33-144:152) Interleukin-3 n=14 Tax=Simiiformes RepID=IL3_HUMAN E=3e-49 s/c=1.74 id=87% cov=101% VNCSNMIDEIITHLKQPPLPLLDFNNLNGEDQDILMENNLRRPNLEAFNRAVKSLQNASAIESILKNLLPCLPLATAAPTRHPIHIKDGDWNEFRRKLTF YLKTLENAQAQQ >UniRef50_P49875(34-134:144) Interleukin-3 n=3 Tax=Bovidae RepID=IL3_BOVIN E=5e-05 s/c=0.48 id=37% cov=89% ---SMLMKEIMDDLKKiTPSP---EGSLNSDEKNFLTKESLLQANLKVFMTfATDTFGSDSKIMKNLKEFQPVLP--TATPTEDPIFIENKNLGDFRMKL EEYLVIIRN----- >UniRef50_P01586(42-142:166) Interleukin-3 n=6 Tax=Murinae RepID=IL3_MOUSE E=0.0001 s/c=0.47 id=32% cov=89% -NCSSIVKEIIGKLPEPELKTDDEGP-------SLRNKSFRRVNLSKFVESQGEVdpEDRYVIKSNLQKLNCCLPTSANDSALPGVFIRD--LDDFRKKL RFYMVHLNDLE--- >UniRef50_Q9BDX4(36-135:143) Interleukin-3 n=2 Tax=Caniformia RepID=IL3_CANFA E=6e-25 s/c=1.14 id=41% cov=88% -----MINEIMEMLNKSPSPSEEP--LDSNEKETLLEDTLLRPNLDVFLNAsSKFHKNGLLIWNNLKEFLPLLP--TPTPRGEPISIMENNWGDFQRKLK KYLEALDN----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1 0 * * * * * * 1091 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1593 0 0 C 3 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1593 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1995 0 0 I 5 * * * * * * * 2241 * * 1806 2225 * * * 1794 * * * * 5 0 * * * * * * 1995 0 0 M 6 * * * * * * * 2029 * 2250 877 * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 2269 0 0 I 7 * * * * * * * 877 * * 2250 * * * * * * 2029 * * 7 0 * * * * * * 2269 0 0 D 8 * * 1597 * * * * * 1135 * * 2224 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 2269 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2269 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 2269 0 0 I 11 * * * * * * * 797 * * 1237 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2269 0 0 H 12 * * 2250 2224 * 2029 2612 * * * * * * * * * 2581 * * * 12 0 * * * * * * 2269 0 0 H 13 * * 2250 * * * 1597 * 2029 * 2224 * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 2269 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 2269 0 0 K 15 * * * * * * * * 887 * * 2224 2029 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2269 0 0 R 16 * * * 2029 * * * * 1237 * * * * 2581 2612 * * * * * 16 341 2250 * 0 * * * 2269 1000 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 797 * * 2224 2250 * * * 17 0 * * * * * * 2269 0 0 P 18 * * * 2029 * * * * * * * * 406 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 2269 0 0 N 19 * * * * * * * * * 1279 * 2612 * * * 1237 * * * * 19 0 * * * * * * 2269 0 0 P 20 * * * * * * * * 2029 * * * 406 * * * * * * * 20 341 * 2250 * * * * 2269 0 0 L 21 * * * * * * * * * 1289 * * * * * 1794 1726 * * * 21 0 * * * * * 0 2019 0 1000 L 22 * * 1726 1794 * * * * * 1289 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * 0 2019 0 1000 D 23 * * 491 1794 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * 0 * 2019 0 1000 P 24 * * * 1135 2581 * * * * * * * 1405 * * * * * * * 24 347 * 2224 * * * * 2269 0 0 N 25 * * * * * 800 * * * * * 1233 * * * * * * * * 25 0 * * * * * 0 1995 0 1000 N 26 * * * * * * * * * * * 1233 1794 * * 1806 * * * * 26 491 * 1794 * * 0 * 1995 0 1000 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * 0 1857 0 1000 N 28 * * 1882 * * * * * * * * 456 * * * * * * * * 28 0 * * * * * 0 1857 0 1000 S 29 * * * * * 2154 * * * * * * * * * 367 * * * * 29 0 * * * * * 0 1857 0 1000 E 30 * * 1823 1165 * * * * * * * 1882 * * * * * * * * 30 0 * * * * * 0 1857 0 1000 D 31 * * 1165 852 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * 0 1857 0 1000 M 32 * * * * * * * * 852 * 2175 * * 2154 * * * * * * 32 0 * * * * * 0 1857 0 1000 D 33 * * 1165 1882 * * * * * * * 1823 * * * * * * * * 33 0 * * * * 0 * 1857 0 1000 I 34 * * * * 2250 * * 1597 * * * * * * * 2029 2224 * * * 34 0 * * * * * * 2269 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2269 0 0 M 36 * * * * * * * * * 2224 1597 * * * 2029 * 2250 * * * 36 0 * * * * * * 2269 0 0 E 37 * * * 877 * * * * 2250 * * 2029 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 2269 0 0 R 38 * * 2224 2250 * * * * 2029 * * 2581 * * 2612 * * * * * 38 0 * * * * * * 2269 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 1597 * * * 1135 2224 * * * 39 0 * * * * * * 2269 0 0 L 40 * * * * 2029 * * * * 406 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 2269 0 0 R 41 * * * * * * * * * 1237 * * * * 797 * * * * * 41 0 * * * * * * 2269 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * 2250 675 * 2612 * * * 42 0 * * * * * * 2269 0 0 P 43 2250 * * * * * * * * * * * 877 * * * * 2029 * * 43 0 * * * * * * 2269 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2269 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 2269 0 0 L 46 * * 2224 2581 * * * * 2250 2612 * * * * * 2029 * * * * 46 0 * * * * * * 2269 0 0 A 47 1597 * * * * * * * 2029 * * * * * * * * 1237 * * 47 0 * * * * * * 2269 0 0 F 48 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 2269 0 0 V 49 * * * * * * * * * 2224 2250 2581 * * * * * 1291 * * 49 0 * * * * * * 2269 0 0 R 50 * * * 2029 * * * * * * * 2224 * * 1597 * 2250 * * * 50 341 2250 * 0 * * * 2269 1000 0 A 51 406 * * * * * * * * * * * * * * 2029 * * * * 51 347 2224 * 0 * * * 2269 1000 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * 2029 * 2224 2250 1597 * * 52 0 * * * * * * 2269 0 0 K 53 * * 2250 * * 2029 * * 877 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 2269 0 0 H 54 * * * 2029 2224 * 2612 * * * * * * * * 2581 2250 * * * 54 0 * * * * * * 2269 0 0 L 55 * * * * 2250 * 2224 * * 1597 * * * * * * * 2029 * * 55 406 2029 * 1000 1000 * * 2269 1000 0 E 56 * * * 1291 * 2250 * * 2224 * * * * 2581 * * * * * * 56 0 * * * * * * 2269 0 0 N 57 * * 2029 * * * * * * * * 877 * * * 2250 * * * * 57 0 * * * * * * 2269 0 0 A 58 1597 * 2250 * * 2224 * * * * * * * * 2029 * * * * * 58 0 * * * * * * 2269 0 0 S 59 * * * * * * * * * 2224 * * * * * 887 * * * 2029 59 0 * * * * * * 2269 0 0 A 60 1597 * * * * * * * 2250 2224 * * * * * * * 2029 * * 60 0 * * * * * * 2269 0 0 I 61 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2269 0 0 E 62 * * * 1597 * * * * 2029 * 2250 * * * * * * * 2224 * 62 0 * * * * * * 2269 0 0 S 63 * * * * * * * * 2250 * * 2224 * * * 797 * * * * 63 0 * * * * * * 2269 0 0 I 64 * * * * * * * 1597 * * * 579 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 2269 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 2269 0 0 K 66 * * * * * * * * 406 * * * * 2029 * * * * * * 66 0 * * * * * * 2269 0 0 N 67 * * * 1237 * * * * 2029 * * 1597 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 2269 0 0 L 68 * * * * 1237 * * * * 797 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 2269 0 0 L 69 * * * * * * * * * 877 * 2029 * 2250 * * * * * * 69 0 * * * * * * 2269 0 0 P 70 * 2029 * * * * * * * * * * 406 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2269 0 0 C 71 * 797 * * * * * * * 2224 * * * * * * * 2250 * * 71 0 * * * * * * 2269 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 2269 0 0 P 73 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 73 797 * 1237 * * * * 2269 0 0 L 74 * * * * * * * * * 718 * * * * * * 1351 * * * 74 0 * * * * * 0 1593 0 1424 A 75 718 * * * * * * * * * * * * * * 1351 * * * * 75 0 * * * * 0 * 1593 0 1424 T 76 2029 * * * * * * * * * * * * * * * 406 * * * 76 0 * * * * * * 2269 0 0 A 77 887 * * * * * * * * * * 2029 2224 * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2269 0 0 A 78 1597 * 2029 * * * * * * * * * * * * * 1237 * * * 78 0 * * * * * * 2269 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * * 406 * * 2029 * * * * 79 0 * * * * * * 2269 0 0 T 80 2029 * * * * * * * * * * * * * 2224 * 887 * * * 80 0 * * * * * * 2269 0 0 R 81 * * * 2250 * 2224 * * * 2029 * * * * 1597 * * * * * 81 0 * * * * * * 2269 0 0 H 82 * * 2250 2224 * * 1597 * * * * * 2029 * * * * * * * 82 0 * * * * * * 2269 0 0 P 83 * * * * * 2029 * * * * * * 406 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2269 0 0 I 84 * * * * * * * 406 * * * * * * * * * 2029 * * 84 0 * * * * * * 2269 0 0 H 85 * * * * 1135 * 1597 * * * * * * * * 2224 * * * * 85 0 * * * * * * 2269 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2269 0 0 K 87 * * * 2250 * * * * 1597 * 2224 * * * 2029 * * * * * 87 0 * * * * * * 2269 0 0 D 88 * * 797 2224 * * * * * * * 2250 * * * * * * * * 88 406 * 2029 * * * * 2269 0 0 G 89 * * * * * 1165 * * 1823 * * 1882 * * * * * * * * 89 0 * * * * * 0 1857 0 1000 D 90 * * 1165 * * * * * * * * 852 * * * * * * * * 90 0 * * * * 0 * 1857 0 1000 W 91 * * * * * * * * * 1135 * * * * * * * * 877 * 91 0 * * * * * * 2269 0 0 N 92 * * 2029 * * 1237 * * * * * 1597 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2269 0 0 E 93 * * 579 1597 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 2269 0 0 F 94 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 2269 0 0 R 95 * * * * * * * * * * * * * 2224 347 * * * * * 95 0 * * * * * * 2269 0 0 R 96 * * * * * * * * 2029 * 2250 * * * 877 * * * * * 96 0 * * * * * * 2269 0 0 K 97 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 2269 0 0 L 98 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2269 0 0 T 99 * * * 2250 * * * * 2224 * * * * * 2029 * 1597 * * * 99 0 * * * * * * 2269 0 0 F 100 * * * 2250 797 * * * 2224 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 2269 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 2269 0 0 L 102 * * * * * * * * * 406 2029 * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 2269 0 0 K 103 * * * 2224 * * * * 1597 * * * * * * * * 1135 * * 103 0 * * * * * * 2269 0 0 T 104 2224 * * * * * 2029 2250 * * * * * * * * 1597 * * * 104 0 * * * * * * 2269 0 0 L 105 * * * * * * * 2250 * 341 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 2269 0 0 E 106 * * 2224 1597 * * * * * * * 2029 * * 2250 * * * * * 106 0 * * * * * * 2269 0 0 N 107 * * 2029 * * * * * * * * 406 * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 2269 0 0 A 108 718 * * * * * * * * 1351 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1593 0 0 Q 109 * * * 1351 * * * * * * * * * 718 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1593 0 0 A 110 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1091 0 0 Q 111 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 111 0 * * * * * * 1091 0 0 Q 112 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 112 0 * * 0 * * * 1091 0 0 //