HHsearch 1.5 NAME d1h0db2 FAM FILE d1h0db2 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1h0db2.a3m DATE Mon Mar 8 20:43:49 2010 LENG 102 match states, 102 columns in multiple alignment FILT 109 out of 627 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 7.9 EVD 0.4702 0.2548 SEQ >ss_dssp CCCCCCEEEEECCCSCCCCTTEEEEEEEEEEECSSCCEEEEGGGTBCTTEEECCCEECSSCEEEEEEEEEESSSTTTSCCEEEEEEGGGTEEEEEECCSC CC >sa_dssp EEEDDBDBDDDCDDEEEEEDEECEBBACADCACCDECECDACEDECEEDCEDDECEEEEEDCCBCACACBDCEBBEEEDBCABBCAEDCECECEDEAEDD CE >ss_pred CCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCEECCCEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCHHCCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEC CC >ss_conf 9877766898358853257970899999953206443999985887446314300448985899999972600305871999999588987389998515 69 >Consensus axxsxPxVxxlxpxxxxxxxxxxtLxCxxxxfxPxxixvxWxxxxxxxxxxxxxxxxxxgtysxxSxlxvxxxxxxxxxxtCxVxHxxxxxpixxxxxxx xc >d1h0db2 AKTTPPSVYPLAPGGGGGGGAMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR DC >UniRef50_UPI00006A1496(219-315:795) UPI00006A1496 related cluster n=1 Tax=Xenopus (Silurana) tropicalis RepID=UPI00006A1496 E=2e-07 s/c=0.59 id=17% cov=90% ----PPKLSPITGAEHLVHMNEATLSCQISGFRPKPIRTEWRVSGEPIEREMRNTEINQNSVSFILTLT-PTAEHCGKVVSCWVKRRDLQHPLKKN---- -- >UniRef50_C3YR07(149-244:546) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Branchiostoma floridae RepID=C3YR07_BRAFL E=2e-05 s/c=0.52 id=19% cov=79% -----------------TRSKTVTLSCSVMDGYPNITSLMWKRGNVPIDTlRLNGPKYSGGNLETPSLTIRYVDRMDAGIYACVVRHPASTKELKANL-- --- >UniRef50_P01837(4-106:106) Ig kappa chain C region n=41 Tax=Eutheria RepID=IGKC_MOUSE E=2e-13 s/c=0.75 id=17% cov=97% ----APTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQngvlNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKdEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVK SFNRNEC >UniRef50_P01871(218-320:452) Ig mu chain C region n=83 Tax=Eutheria RepID=IGHM_HUMAN E=3e-06 s/c=0.51 id=20% cov=95% -QDTAIRVFAIPPSFASIFLTKSTkLTCLVTDLTTYDsVTISWTRqnGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNsGERFTCTVTHTDLPSPLKQ TI----- >UniRef50_UPI000175FFA4(469-571:898) PREDICTED: similar to signal-regulatory protein beta 1 n=1 Tax=Danio rerio RepID=UPI000175FFA4 E=3e-07 s/c=0.55 id=16% cov=94% ----PPEVSEIQFSEPNEEGGVVTMTAHASHFHPDIITFRWFCEGGELSPVSIpqalaaPRPDAEGFFSAMSQCRLPKAELErgETRVWVTIHHTALKQP ITRQTRG--- >UniRef50_Q1AG54(112-205:237) MHC class I antigen delta 3 n=2 Tax=Monodelphis domestica RepID=Q1AG54_MONDO E=5e-13 s/c=0.80 id=18% cov=85% --------------CRTDLDGGVILRCQAQDFYPAMISLTWLRDGEEQLQDTeFIETRPGGDGTFQKWAAVRMASGEVDKYTCRVQHVGLPEPLTLKWEP Q-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 100 * * * * * * * * * * * * * * 3895 * * * * 1 0 * * * * * * 5439 0 0 K 2 3313 * 3610 4181 * * * * 2798 4186 3883 4415 4344 2323 3304 4246 * 4445 * * 2 0 * * * * * * 5865 0 0 T 3 2276 * 4640 4695 4569 * * * 4128 4419 * * 3463 * 4627 2242 2401 4760 * * 3 0 * * * * * * 6143 0 0 T 4 3250 4732 * 3606 * * * * * * * * * * 3811 1232 2285 3779 * * 4 0 * * * * * * 6418 0 0 P 5 1582 * * 5341 5005 * * * 3829 * * * 1216 * * 3194 * * * * 5 66 4481 * 0 * * * 6834 1174 0 P 6 * * * * * * * 5657 5680 * 5536 * 91 * * * * * * * 6 75 4299 * 737 1321 * * 7481 2199 0 S 7 4304 * 5523 3296 * * * 6225 2962 * * 6040 5566 3413 4164 2131 2224 4165 * * 7 0 * * * * * * 7507 0 0 V 8 5733 * * * * * * 3192 * 2621 3993 * * * * * * 629 * * 8 49 4902 * 543 1672 * * 7524 1698 0 Y 9 6012 * * * 1776 * 3483 4753 4777 4641 * * * * 4749 2215 3735 6065 * 2768 9 153 6154 3535 0 * * * 7542 1000 0 P 10 3933 * 5275 3929 * * 5738 3490 5549 2198 3917 * 2880 * * 4586 4209 2335 * * 10 0 * * * * 370 2144 7576 0 2576 L 11 * * * * 2560 5941 * 2859 * 1349 4751 * * 5021 5901 5409 5689 4192 5970 3550 11 41 * 5170 * * 0 * 7696 0 1000 A 12 2625 * 6083 5037 * 5955 4370 * 5733 5893 * 5927 2034 4041 4081 4023 3399 3209 5112 5737 12 21 * 6110 * * * 0 7779 0 1556 P 13 5793 * * 4826 5749 4612 * * 4131 4298 * * 716 5926 * 2994 5132 * * * 13 45 6315 5803 0 * 1363 710 8004 1000 2137 G 14 2509 3504 6333 5939 5742 5317 * 3614 4467 4846 * 5692 3527 4668 5198 2030 4624 5516 * 5499 14 22 6021 * 0 * * 0 8028 1000 2186 G 15 4334 3858 6635 2679 4145 4731 6076 5544 5118 4904 6321 5395 4195 3763 3480 2729 4613 4016 * 6067 15 41 * 5163 * * 481 1817 8039 0 2186 G 16 3850 * 3949 2049 5885 3360 4369 5132 4960 4848 * 4836 5082 6239 2832 3366 5360 6168 6290 * 16 38 6133 6387 0 * * 0 8122 1000 2208 G 17 5461 * 3455 2415 5357 5524 5031 5052 6162 3285 * 4577 4466 4610 5259 2551 3114 4843 * * 17 17 6437 * 2585 263 1747 510 8087 1000 2616 G 18 6500 * 6348 3289 6501 4951 * 3109 3970 2653 * 3662 3313 6898 6292 3984 2782 4091 6351 6385 18 148 4142 4605 500 1772 1553 601 8152 2866 1994 G 19 4888 * 3785 3090 4816 3316 4885 5411 6868 3666 6525 5042 3674 5377 4311 2648 3101 5290 * * 19 46 5564 6587 2320 322 773 1270 8088 1675 3146 G 20 4673 * 3502 4581 * 1981 5781 * 4111 4998 5976 2755 6390 4514 4422 2672 4828 6432 * * 20 66 5098 6037 0 * 555 1646 8156 2374 2273 A 21 4521 * 3163 2733 * 2589 * * 3455 6491 * 3060 6404 3744 4336 3287 3889 * * * 21 30 6696 6537 1000 1000 * 0 8146 1000 1728 M 22 4452 * 5749 2902 6749 4312 * 5000 3145 4577 5715 4234 3764 3734 4078 3313 3112 4336 * 6614 22 36 5354 * 1437 665 1465 649 8080 2146 2328 V 23 2401 * 6894 4471 * 3897 * 3780 6407 3851 6501 4581 5812 6305 6696 3559 4892 1680 * 6321 23 31 6678 6403 0 * * 0 8117 1000 1678 T 24 6727 * 5897 5809 5870 * 5451 4416 3890 6912 6327 4566 6276 4538 5725 3523 1011 3836 * 6566 24 53 4801 * 1488 636 556 1644 8131 2251 2297 L 25 6510 * * * 3571 * * 3283 * 771 5135 * * * * * 5963 3135 * 4112 25 46 4981 * 1083 922 * 0 8182 2274 1000 G 26 4790 * * * * 3769 6726 4429 6621 3197 6438 6326 * 6458 4408 2868 1545 2887 * 5779 26 0 * * * * 0 * 8182 0 1000 C 27 4617 120 * * * * * * * * * * * * * * * 5405 * 5996 27 0 * * * * * * 8243 0 0 L 28 6414 * 5870 4097 5919 * 2857 4557 * 1943 5410 5818 5965 4589 4036 4101 3394 3365 6837 4771 28 0 * * * * * * 8243 0 0 V 29 1464 * * * * * * 2270 * 3643 * * * * * 4067 4749 1981 * * 29 13 6843 * 2000 415 * * 8243 1000 0 K 30 4376 * 4718 4094 4699 5085 5567 6685 4167 5110 6234 4397 6843 4385 4230 1920 2796 4023 * 4988 30 0 * * * * * * 8243 0 0 G 31 * * 2348 5558 * 1447 5061 * 3647 * 6506 3262 5133 5906 3977 3887 * * * 6129 31 14 * 6685 * * * * 8243 0 0 Y 32 5418 * * * 686 4408 * 6593 * 3541 4723 * 6446 * 6723 4493 6348 5931 6653 3839 32 43 5792 6477 0 * * 0 8231 1650 1000 F 33 4608 * 5700 * 2621 * 3937 * 5321 5493 6755 4842 5299 5603 3926 2689 5775 6329 * 1630 33 17 6402 * 0 * 1000 1000 8223 1000 1714 P 34 5654 * 6684 * * * 5374 * * 4308 * * 430 5475 * 3899 4603 5459 * * 34 35 * 5366 * * * 0 8235 0 1000 E 35 2854 * 2883 3275 * 5018 * 6532 2362 5584 6857 4485 3832 4186 3511 3862 6657 * 6321 6895 35 41 * 5172 * * 543 1672 8173 0 2306 P 36 4384 * 2618 3889 6870 3497 4498 4332 6113 4803 6678 2889 3067 4688 6623 3644 6406 3726 * * 36 91 4862 5226 487 1804 408 2022 8236 2279 2544 V 37 2820 * * * 4917 * 6890 1375 * 2801 6496 * * * * * 6175 1975 6879 * 37 25 * 5836 * * 0 * 8223 0 2693 T 38 5808 * 4309 3251 6887 * 5246 * 3213 6797 5571 3331 * 3729 3978 2607 2264 6303 6702 5572 38 0 * * * * 876 1135 8203 0 1638 V 39 * * * * 2898 * * 2417 * 2460 4623 * * * * * 6230 1175 * * 39 0 * * * * 0 * 8199 0 1000 T 40 * * 6720 3926 4244 * 5465 6896 2767 5889 4876 5478 * 4961 3173 2547 1807 7090 * 6225 40 14 6720 * 0 * * * 8207 1000 0 W 41 * * * * 5667 * * 6407 * 5036 5473 * * * * * * * 127 * 41 186 3045 * 1007 993 * * 8207 4821 0 N 42 * * 5416 3598 3696 * 6773 4729 2203 2364 5525 5411 * 4328 3875 4435 3778 5782 6021 4547 42 115 3705 * 1313 743 * * 8207 4087 0 S 43 6486 5162 4567 3452 * 4799 6795 6925 2776 4677 * 3618 5038 3908 2378 4704 6106 2596 * * 43 64 4521 * 1323 736 * * 8207 3072 0 G 44 5733 * 2344 3925 * 2227 * 6403 3584 6510 * 1917 * 6105 5548 3933 5330 * * 7048 44 79 4531 6659 1968 426 * * 8207 3201 0 S 45 5615 6534 4289 3373 6752 1354 * * 3571 4644 * 3261 6485 4652 5123 3798 5490 5776 * * 45 45 5020 * 1227 804 * 0 8199 2347 1000 L 46 5015 * 4665 2860 6534 4656 4959 4143 2778 5564 5172 4507 5757 3774 4076 3813 4034 3236 6589 6101 46 31 5576 * 1585 585 0 * 8199 1658 1000 S 47 6161 * 4824 2269 5279 4133 6881 4958 4704 3088 * 4647 3348 5287 5178 3711 2982 4036 * 6847 47 44 5057 * 2030 405 * * 8207 2349 0 S 48 5085 * 4787 3156 * 5961 5116 3289 4917 2708 4698 6918 5302 3793 4279 3110 3452 3543 * * 48 63 4929 6643 1034 967 * * 8207 2601 0 G 49 4641 5724 3583 4033 7032 2811 5174 6760 5088 5780 * 4067 2962 3804 5150 3379 2752 5647 * 6706 49 107 3805 * 2140 371 0 * 8237 3854 1000 V 50 3009 6567 5889 3137 6643 3414 5880 5274 4790 6030 6404 3679 5022 4245 6232 2956 4682 2740 5969 5931 50 39 5242 * 915 1090 * * 8207 2256 0 H 51 4925 6647 3999 3992 5377 4537 4885 5108 3310 6881 * 5368 5157 3012 4677 3094 2668 3523 5991 * 51 57 4680 * 1301 751 * * 8215 2809 0 T 52 * * 5407 3118 6674 5119 5438 * 6863 4923 4876 3570 5313 3200 5971 2964 1978 3421 6926 7319 52 93 4004 * 1702 530 * * 8215 3529 0 F 53 7141 * 5060 3292 3905 3695 5809 4408 4193 4783 5356 4476 5588 3801 4998 3217 2675 4139 * 4417 53 32 5527 * 2910 206 * * 8215 1738 0 P 54 6407 * 5122 4663 6624 3579 4563 4574 3760 4263 * 4220 1966 4095 5984 2805 4043 5146 * * 54 35 5377 * 1865 463 * * 8215 2291 0 A 55 4579 * 4446 2840 * 5499 * 6190 4409 4816 6568 4176 3616 4464 3850 2998 2955 3074 * 5700 55 74 4314 * 1432 668 * * 8215 3263 0 V 56 5043 * 4893 3046 6122 6570 5276 4148 3300 4030 4859 5239 3827 4845 3115 3641 4569 3152 * 5121 56 68 4432 * 1000 1000 * * 8215 3142 0 L 57 4687 * 3997 4238 5613 6760 3373 4124 4571 3374 4919 2892 5394 2918 4433 4908 3229 * * 6231 57 112 3925 6866 1329 732 * * 8215 3810 0 Q 58 4919 * 4261 3067 5755 3412 5398 * 4812 5633 6847 3479 2657 4208 4084 2473 4564 * * 6490 58 83 4160 * 2174 361 0 * 8215 3407 1000 S 59 5690 6447 1705 4728 * 2595 5200 * 4453 * * 1894 5969 5354 5991 4776 6067 6673 * * 59 17 6411 * 1000 1000 * * 8215 1000 0 D 60 5857 * 2815 5666 * 1004 5772 * 6866 5658 * 3405 5173 6951 5834 3779 4687 * 5935 * 60 97 3946 * 1245 791 * * 8215 3801 0 L 61 6232 6447 3735 5569 5164 5351 * * 3514 3391 7048 4015 6408 6356 5342 3010 1369 * * 6100 61 0 * * * * * * 8215 0 0 Y 62 * * 4893 5634 1739 5553 5683 * * 5002 * * * 5154 * 5581 4587 6233 5122 1177 62 14 * 6683 * * * * 8215 0 0 T 63 5287 5220 5778 5647 5358 * 5748 6839 5949 6352 4893 4369 6597 3449 3552 1559 2296 * 6492 7398 63 0 * * * * * 0 8201 0 1000 L 64 2654 5428 * * 3725 * 5967 3393 4746 3087 3372 * * 4308 6539 5219 3624 2708 5827 4655 64 14 6745 * 0 * * 0 8201 1000 1000 S 65 5219 * 5695 * 3697 * 5428 4347 4810 4792 6211 5122 6227 3530 4739 2481 2521 3016 5455 4231 65 0 * * * * 0 * 8201 0 1000 S 66 4765 5214 * * * 5330 4971 5534 4828 4078 5971 7126 * 5728 5042 686 5795 4275 * * 66 14 6732 * 2000 415 * * 8215 1000 0 S 67 4657 * 6422 4709 4331 * 3991 4695 5180 3872 5896 6832 * 3752 3396 3243 2968 3588 4189 3364 67 23 5971 * 4000 93 * * 8215 1000 0 V 68 4267 4492 * * 5411 * * 3758 5582 1033 5971 5382 * 6547 6532 * 4377 2710 * 4862 68 23 5960 * 1096 910 * * 8215 1624 0 T 69 5226 * 5142 3884 6669 7005 7408 5053 3602 3506 6883 4335 5086 5619 4298 3351 1629 5870 4837 5565 69 33 6788 6220 0 * * * 8215 1000 0 V 70 7080 * * * 3965 6421 * 2555 * 2084 4522 6730 5952 6092 4922 6321 5281 1551 * 6084 70 0 * * * * 0 * 8190 0 1000 P 71 6935 5165 4959 4245 6094 6732 6094 6734 3553 3558 * 4272 2184 5973 5760 2747 2547 5557 * 6222 71 48 5291 7181 0 * * * 8207 2269 0 S 72 2919 * 6407 3660 5571 5911 5944 4325 3607 3734 6705 5870 3394 4850 5140 2640 3620 3487 * * 72 36 5360 * 0 * 0 * 8207 2195 1000 S 73 3217 * 3125 3464 * 4314 5015 5819 3575 6140 6732 5518 6604 3765 5517 2124 3356 5252 * * 73 134 4684 4325 596 1564 * * 8207 2677 0 P 74 4501 * 3095 1841 7019 * 5441 7025 4339 4336 5127 5304 3640 3894 4520 3960 4343 4351 * 6079 74 130 5579 3941 1201 823 * 0 8189 1723 3626 W 75 4276 * 3272 3464 * 4399 6085 5911 5794 3651 4655 4616 6298 4418 4213 5272 5844 6692 1639 6638 75 237 2722 * 126 3575 957 1044 8172 4933 4824 P 76 5056 5239 2889 3140 6705 6946 3825 4917 3002 5162 6761 3300 3778 3567 4556 4423 4217 * * 6639 76 179 3102 * 286 2476 268 2561 8194 4584 3323 S 77 4530 * 4272 3275 * 1474 4228 * 3169 5463 * 4442 * 3850 6568 3279 * 5289 * * 77 157 3904 4793 173 3143 0 * 8201 3850 1000 E 78 3846 * 2979 3619 6760 3797 5353 5544 2875 6226 6703 3644 6488 4427 4583 2960 3478 5203 * 6500 78 73 5330 5341 0 * 1908 447 8216 2324 2701 T 79 5745 * 5481 3414 5960 4146 4649 5333 3162 4553 4846 6470 5568 4062 3679 2745 3012 3507 7099 * 79 84 4148 * 429 1959 0 * 8208 3465 3242 V 80 6594 * * * 2146 * 5022 3286 * 3673 5767 * * * * * * 2468 * 1503 80 19 * 6227 * * * * 8242 0 0 T 81 5065 * 6501 4815 * 6772 * 3730 4556 6531 6647 5613 * 4566 3732 2117 1560 4728 5043 * 81 0 * * * * 0 * 8244 0 1174 C 82 * 87 * * * * * 6502 * 5872 * * * * * * * 5049 * * 82 0 * * * * * * 8242 0 0 N 83 6495 * 6902 2620 * * 5988 4461 3966 5145 5245 4845 * 3913 2406 3801 3073 2794 6218 * 83 0 * * * * * * 8242 0 0 V 84 2978 * * * 5593 5638 * 3825 * 4949 * * * * * 6655 5910 509 * * 84 13 6807 * 1000 1000 * * 8242 1000 0 A 85 4372 * 5261 2701 6716 5236 4676 * 2683 6136 * 4017 * 3132 3179 3405 3195 5631 * 5907 85 13 6817 * 0 * * * 8247 1000 0 H 86 * * 6468 * 6376 * 338 6612 6653 6769 * 4236 * 4784 5486 * * * * 4489 86 0 * * * * * * 8246 0 0 P 87 5908 6546 5363 2076 6681 4240 * 5069 3785 6498 5441 5769 2019 5793 3990 3653 4449 6460 6345 5870 87 0 * * * * * * 8199 0 0 A 88 1854 5404 4350 4618 * 2868 * * 5906 6682 * 4247 6670 5100 5327 1737 5058 * * * 88 16 * 6487 * * * * 8066 0 0 S 89 5179 * 6332 * 6266 5090 * 5330 * 1319 5073 3615 * 6016 * 1854 4027 5191 * * 89 15 6554 * 0 * 0 * 7966 1000 1000 S 90 6052 * 3619 4068 * 4131 5390 6552 2393 5159 * 3449 3222 3911 6147 2537 3879 6115 * * 90 0 * * * * * * 7879 0 0 T 91 3485 * 5933 2665 5155 4618 4471 * 3262 3687 * 4007 6082 4029 4803 3412 2827 4967 * * 91 0 * * * * * * 7814 0 0 K 92 6238 * 5570 3699 5405 4213 * 6315 3708 * * 4748 1001 5392 5758 4005 4811 4937 * 6338 92 0 * * * * * * 7797 0 0 V 93 5369 * 6005 * 6075 * * 1612 5267 2100 4980 * * 4028 * * 5977 2081 * 6193 93 0 * * * * * * 7724 0 0 D 94 * * 3085 3132 * * * 5146 3669 4318 * 4293 * 4791 3629 2642 2209 3910 * * 94 0 * * * * * * 7648 0 0 K 95 4265 * * 4912 * 5884 6056 4749 1802 4869 * 4998 * 3172 2567 3849 * 2793 * * 95 0 * * * * * * 7664 0 0 K 96 * * 5462 2336 * 4370 4640 5550 3245 * * 3906 5597 4468 3473 2993 2346 5715 * * 96 0 * * * * * * 7418 0 0 I 97 * * * * 4182 * 5258 2091 * 2461 3659 * * * 5377 * 3124 2680 3223 5541 97 0 * * * * * * 7256 0 0 V 98 * * 5046 2109 * 3797 * 3930 2768 * * 4216 * * 2584 3725 3894 3471 * * 98 0 * * * * * * 6534 0 0 P 99 * * * 3170 * 3633 * * 2610 4073 * 4939 1608 * 4030 3389 4822 4952 * * 99 0 * * * * * * 6187 0 0 R 100 * * * * * 3520 * * 2254 * * 4518 * 2598 3394 2957 1886 * * * 100 0 * * * * * * 5584 0 0 D 101 * * 2832 3095 * * * * * * * 2849 * 1993 * 1504 * * * * 101 0 * * * * * * 4904 0 0 C 102 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * 0 * * * 3789 0 0 //