HHsearch 1.5 NAME d1gzsb_ FAM FILE d1gzsb_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1gzsb_.a3m DATE Mon Mar 8 21:03:02 2010 LENG 165 match states, 165 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.3832 -2.3170 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCSHHHHHHHHHHHHHTTCCEEEETTEEEETTCSSCTTHHH HHHHHHHHCGGGGSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGTTCSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTCC >sa_dssp EEDDDECACDCADDBBEECDADCCBEEDEDCBDEBCDCAAACBABCBCEDBBEDAEEEEDECDDACDDAACBADEBDBDDEEEEECBDBEDCEEBDBBDC ACDDADEECDEBBEDEECDDCADEBACEBACECADCCBEECECBCBEDADDDADEBBEDCCEECE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHH HHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9225899999999630222024663318899999999999999886799997654215788679999998877634899876466220168988721567 77524346539985235656689999999999988667642799979999999974026751386 >Consensus xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxDpxyxrQxxEatlxaIySeaKdxfcxxxaxxgxnxxpflxelGeAAraaGLPGxxKxgVFtPSGaGanPfxtx lxxxaxxxxgxxlxnxxqqrxfxxyArqxxmxlVApxxxexxxxxpxxfxxxlexixxxxxxxxx >d1gzsb_ GSLTNKVVKDFMLQTLNDIDIRGSASKDPAYASQTREAILSAVYSKNKDQCCNLLISKGINIAPFLQEIGEAAKNAGLPGTTKNDVFTPSGAGANPFITP LISSANSKYPRMFINQHQQASFKIYAEKIIMTEVAPLFNECAMPTPQQFQLILENIANKYIQNTP >UniRef50_Q7P1B7(107-238:241) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Chromobacterium violaceum RepID=Q7P1B7_CHRVO E=8e-57 s/c=1.67 id=34% cov=81% ---------------------------DPVYRRQALESTYATIYSEAKQAFYR--ANGGKMPEGYLRELGEAARAAGLPGENKHGVFIPSGDGASPFVNY LLIPVQKEFGHRLRNESQQRLFRDFARQLSMELVAPHAAERGWEPPAAFAARLEAVGRPWL---- >UniRef50_Q3JL30(106-215:261) Guanine nucleotide exchange factor bopE n=28 Tax=pseudomallei group RepID=BOPE_BURP1 E=6e-17 s/c=0.81 id=34% cov=67% --------------------------QDAEFGRQVYEATLCAIFSEAKDRFCMDPATRAGNVRPaFIEALGDAARATGLPGADKQGVFTPSGAGTNPLYT EIRLRADTLMGAELAARPEYRELQPYARQQAIDLVA------------------------------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 N 5 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 M 12 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 14 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 S 24 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 K 27 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 27 0 * * * * * * 1581 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1927 0 0 P 29 1568 * * * * * * * * * * * 593 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1927 0 0 A 30 1558 * * 1568 * * * * * * * * * * * * * 1629 * * 30 0 * * * * * * 1927 0 0 Y 31 * * * * 1568 * * * * * * * * * * * * * * 593 31 0 * * * * * * 1927 0 0 A 32 1558 * * * * 1568 * * * * * * * * 1629 * * * * * 32 0 * * * * * * 1927 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * 598 1558 * * * * 33 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 34 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1927 0 0 T 35 1629 * * * * * * * * * * * * * * * 1558 1568 * * 35 0 * * * * * * 1927 0 0 R 36 * * * * * * * * * 1629 * * * * 1558 * * * * 1568 36 0 * * * * * * 1927 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1927 0 0 A 38 563 * * * * * * * * * * * * * * 1629 * * * * 38 0 * * * * * * 1927 0 0 I 39 * * * * * * * 1558 * * * * * * * * 598 * * * 39 0 * * * * * * 1927 0 0 L 40 * * * * * * * * * 563 * * * * * * * * * 1629 40 0 * * * * * * 1927 0 0 S 41 1629 1568 * * * * * * * * * * * * * 1558 * * * * 41 0 * * * * * * 1927 0 0 A 42 563 * * * * * * * * * * * * * * * 1629 * * * 42 0 * * * * * * 1927 0 0 V 43 * * * * * * * 598 * * * * * * * * * 1558 * * 43 0 * * * * * * 1927 0 0 Y 44 * * * * 1568 * * * * * * * * * * * * * * 593 44 0 * * * * * * 1927 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1927 0 0 K 46 * * * 598 * * * * 1558 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1927 0 0 N 47 598 * * * * * * * * * * 1558 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1927 0 0 K 48 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1927 0 0 D 49 * * 563 * * * * * * * * * * 1629 * * * * * * 49 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 50 1629 * * * * * * * * * * * * 1558 1568 * * * * * 50 0 * * * * * * 1927 0 0 C 51 * 1558 * * 598 * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1927 0 0 C 52 * 563 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1629 52 0 * * * * * * 1927 0 0 N 53 * * * * * * * * * * 1568 1558 * * 1629 * * * * * 53 563 * 1629 * * * * 1927 0 0 L 54 * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * 0 1581 0 1000 L 55 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 55 0 * * * * 0 * 1581 0 1000 I 56 598 * * * * * * 1558 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1927 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * 1629 * * * 1558 1568 * * * 57 0 * * * * * * 1927 0 0 K 58 * * * * * 1629 * * 1558 * * * * * 1568 * * * * * 58 0 * * * * * * 1927 0 0 G 59 1568 * * * * 593 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1927 0 0 I 60 * * * * * 1568 * 1558 1629 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1927 0 0 N 61 * * * * * * * * * * 1629 563 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1927 0 0 I 62 * * * * * * * 1558 * * * * 1629 * * * * 1568 * * 62 0 * * * * * * 1927 0 0 A 63 1558 * * 1629 * * * * * * * * * * 1568 * * * * * 63 0 * * * * * * 1927 0 0 P 64 * * * * * 1629 * * * * * * 563 * * * * * * * 64 593 1568 * 0 * * * 1927 1000 0 F 65 * * * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 1629 65 0 * * * * * * 1927 0 0 L 66 * * * * * * * 1568 * 593 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 67 * * * 1568 * * * * * * * * * 1558 1629 * * * * * 67 0 * * * * * * 1927 0 0 E 68 1568 * * 593 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1927 0 0 I 69 * * * * * * * 1558 * 598 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1927 0 0 G 70 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1927 0 0 E 71 * * 1568 593 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1927 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1927 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1927 0 0 K 74 * * * * * * * * 1558 * * * * * 598 * * * * * 74 0 * * * * * * 1927 0 0 N 75 598 * * * * * * * * * * 1558 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1927 0 0 A 76 593 * * * * * * * * * * * * * * * 1568 * * * 76 0 * * * * * * 1927 0 0 G 77 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1927 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1927 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1927 0 0 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1927 0 0 T 81 1568 * * 1629 * * * * * * * * * * * * 1558 * * * 81 0 * * * * * * 1927 0 0 T 82 * * 1568 * * * * * * * * 1629 * * * * 1558 * * * 82 0 * * * * * * 1927 0 0 K 83 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1927 0 0 N 84 * * * * * * 1629 * * * * 1558 * 1568 * * * * * * 84 0 * * * * * * 1927 0 0 D 85 * * 1558 * * 598 * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1927 0 0 V 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 86 0 * * * * * * 1927 0 0 F 87 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1927 0 0 T 88 * * * * * * * 1629 * * * * * * * * 563 * * * 88 0 * * * * * * 1927 0 0 P 89 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1927 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1927 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1927 0 0 A 92 563 * 1629 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1927 0 0 G 93 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1927 0 0 A 94 593 * * * * * * * * * * * * * * * 1568 * * * 94 0 * * * * * * 1927 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 563 * * * 1629 * * * * 95 0 * * * * * * 1927 0 0 P 96 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1927 0 0 F 97 * * * * 593 * * * * 1568 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1927 0 0 I 98 * * * * * * * 1558 * * * * * * * * * 1629 * 1568 98 0 * * * * * * 1927 0 0 T 99 * * * * * * * * * * * 1629 * * * * 563 * * * 99 0 * * * * * * 1927 0 0 P 100 * * * 1568 * * * * * * * * 1558 * * * * * * 1629 100 0 * * * * * * 1927 0 0 L 101 * * * * * * * 1568 * 593 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1927 0 0 I 102 * * * * * * * 1558 * 1629 * * * * 1568 * * * * * 102 0 * * * * * * 1927 0 0 S 103 * * * * * * * 1629 * 1568 * * * * * 1558 * * * * 103 0 * * * * * * 1927 0 0 S 104 * * * * * * * * * * * * 1629 * 1568 1558 * * * * 104 0 * * * * * * 1927 0 0 A 105 563 * * * * * * * * * * * * * * * * 1629 * * 105 0 * * * * * * 1927 0 0 N 106 * * 1568 * * * * * * * * 1558 * 1629 * * * * * * 106 0 * * * * * * 1927 0 0 S 107 * * * * * * * * 1629 * * * * * * 1558 1568 * * * 107 0 * * * * * * 1927 0 0 K 108 * * * 1629 * * * * 1558 1568 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1927 0 0 Y 109 * * * * 1629 * * * * * 1568 * * * * * * * * 1558 109 0 * * * * * * 1927 0 0 P 110 * * * * * 598 * * * * * * 1558 * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1927 0 0 R 111 1568 * * * * * 1629 * * * * * * * 1558 * * * * * 111 0 * * * * * * 1927 0 0 M 112 * * * 1568 * * * * * * 1558 * * * 1629 * * * * * 112 0 * * * * * * 1927 0 0 F 113 * * * * 1558 * * * * 598 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1927 0 0 I 114 1568 * * * * * * 1558 * * * * * * 1629 * * * * * 114 0 * * * * * * 1927 0 0 N 115 1568 * * * * * * * * * * 593 * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 116 * * * 1629 * * * * * * * * * 1558 1568 * * * * * 116 0 * * * * * * 1927 0 0 H 117 * * * * * * 1558 * * * * * 1568 * * 1629 * * * * 117 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 118 * * * 1568 * * * * * * * * * 593 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1927 0 0 Q 119 * * * * * * * * * * * * * 593 * * * * * 1568 119 0 * * * * * * 1927 0 0 A 120 1558 * * * * * * * * * * * * * 598 * * * * * 120 0 * * * * * * 1927 0 0 S 121 * * * 1568 * * * * * 1629 * * * * * 1558 * * * * 121 0 * * * * * * 1927 0 0 F 122 * * * * 593 * * * * 1568 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1927 0 0 K 123 * * * * * * * * 1558 * * * * 1568 1629 * * * * * 123 0 * * * * * * 1927 0 0 I 124 * * 1629 * * * * 1558 * * * * 1568 * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1927 0 0 Y 125 * * * * 1629 * * * * * * * * * * * * * * 563 125 0 * * * * * * 1927 0 0 A 126 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1927 0 0 E 127 * * * 1558 * * * * * * * * * * 598 * * * * * 127 0 * * * * * * 1927 0 0 K 128 * * * * * * * * 1558 * * * * 598 * * * * * * 128 0 * * * * * * 1927 0 0 I 129 * * * * * * * 1558 * 1629 * * * 1568 * * * * * * 129 0 * * * * * * 1927 0 0 I 130 1568 * * * * * * 1558 * * * * * * * 1629 * * * * 130 0 * * * * * * 1927 0 0 M 131 * * * * * * * 1568 * * 593 * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1927 0 0 T 132 * * 1568 1629 * * * * * * * * * * * * 1558 * * * 132 0 * * * * * * 1927 0 0 E 133 * * * 1558 * * * * * 598 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1927 0 0 V 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 134 0 * * * * * * 1927 0 0 A 135 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1927 0 0 P 136 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1568 0 0 L 137 * * * * * * 1022 * * 979 * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1568 0 0 F 138 1022 * * * 979 * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1568 0 0 N 139 1022 * * * * * * * * * * 979 * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1568 0 0 E 140 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1568 0 0 C 141 * 979 * * * * * * * * * * * * 1022 * * * * * 141 0 * * * * * * 1568 0 0 A 142 979 * * * * 1022 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1568 0 0 M 143 * * * * * * * * * * 979 * * * * * * * 1022 * 143 0 * * * * * * 1568 0 0 P 144 * * * 1022 * * * * * * * * 979 * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1568 0 0 T 145 * * * * * * * * * * * * 1022 * * * 979 * * * 145 0 * * * * * * 1568 0 0 P 146 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1568 0 0 Q 147 1022 * * * * * * * * * * * * 979 * * * * * * 147 0 * * * * * * 1568 0 0 Q 148 1022 * * * * * * * * * * * * 979 * * * * * * 148 0 * * * * * * 1568 0 0 F 149 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1568 0 0 Q 150 1022 * * * * * * * * * * * * 979 * * * * * * 150 0 * * * * * * 1568 0 0 L 151 1022 * * * * * * * * 979 * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1568 0 0 I 152 * * * * * * * 979 * * * * * * 1022 * * * * * 152 0 * * * * * * 1568 0 0 L 153 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1568 0 0 E 154 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1568 0 0 N 155 1022 * * * * * * * * * * 979 * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1568 0 0 I 156 * * * * * * * 979 * * * * * * * * * 1022 * * 156 0 * * * * * * 1568 0 0 A 157 979 * * * * 1022 * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1568 0 0 N 158 * * * * * * * * * * * 979 * * 1022 * * * * * 158 0 * * * * * * 1568 0 0 K 159 * * * * * * * * 979 * * * 1022 * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1568 0 0 Y 160 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1022 979 160 0 * * * * * * 1568 0 0 I 161 * * * * * * * 979 * 1022 * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1568 0 0 Q 162 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 N 163 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 T 164 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 P 165 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 165 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //