HHsearch 1.5 NAME d1f0la3 FAM FILE d1f0la3 COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1f0la3.a3m DATE Fri Mar 12 18:32:30 2010 LENG 178 match states, 178 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3605 -3.5475 SEQ >ss_dssp CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHTSCCSCCCHHHHHHHHHHHHHHHTTSGGGHHHHHHHTTCGGGCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHTCHHHH HHHHTTCSCHHHHHTEETTEECCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHTSCCC >sa_dssp ECEBDBEDACEDAEEABCCADECDDADEBCEEBDEEECDDEEACDBADDABECABEBEDADDADEDBEEBECBDBDDAADBAACAADDBDDEBBEDDEDA CDCADECEDCCBAAABBEEDBDADDCCBAAAAAAAABAAADCACDACCDDEDBBDECABCAAADBADDCBDDDDEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 9562389999876758997742430001233250010115779999999999986074523331014678400112578988889998400040108899 999987520456765653433074799999888899999999999999987578888999999999999511347889 >Consensus cinldwDviRDxxkxKxxxxxxxxPikxxxSxxpnxxxSxExAKxxLexxxxxxxxxxxLsElktvtgtxPxfxxAxxAxWAxxxxqxxxsExxDxLExt txxxsixPGiGxxmGiADGxxxxxtExIxxxSiAlssxMxAxxiPxxGeLiGfaaynfvesiinlfqvvhnsynrpay >d1f0la3 CINLDWDVIRDKTKTKIESLKEHGPIKNKMSESPNKTVSEEKAKQYLEEFHQTALEHPELSELKTVTGTNPVFAGANYAAWAVNVAQVIDSETADNLEKT TAALSILPGIGSVMGIADGAVHHNTEEIVAQSIALSSLMVAQAIPLVGELIGFAAYNFVESIINLFQVVHNSYNRPAY >UniRef50_UPI0001B55A1B(765-907:2736) hypothetical protein StAA4_00440 n=1 Tax=Streptomyces sp. AA4 RepID=UPI0001B55A1B E=8e-07 s/c=0.39 id=28% cov=77% ------DIVRDLLQDKQFMAEIPRPVQKPGSKE--LVWSKENAKAALDKVQGRLKNQFNLTE-------GPL-NKAFLALWAYDMYELAKThENVDGLEI AARVTALVPGLGDALGLADGINRGDAEAIAVNSVAMAAFMGALVVPALGQLLG-------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * C 1 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 I 2 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 W 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1582 0 0 V 8 * * * * * * * 1102 * * * * * * * * * 904 * * 8 0 * * * * * * 1582 0 0 I 9 * * * * * * * 904 * * * * * * * * * 1102 * * 9 0 * * * * * * 1582 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1582 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1582 0 0 K 12 * * * * * * * * 904 1102 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1582 0 0 T 13 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * 904 * * * 13 0 * * * * * * 1582 0 0 K 14 * * * * * * * * 904 * * * * 1102 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1582 0 0 T 15 * * 1102 * * * * * * * * * * * * * 904 * * * 15 0 * * * * * * 1582 0 0 K 16 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1582 0 0 I 17 * * * * * * * 904 * * * * * 1102 * * * * * * 17 0 * * * * * * 1582 0 0 E 18 * * * 904 1102 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1582 0 0 S 19 * * * * * * * * * * 1102 * * * * 904 * * * * 19 0 * * * * * * 1582 0 0 L 20 1102 * * * * * * * * 904 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1582 0 0 K 21 * * * 1102 * * * * 904 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1582 0 0 E 22 * * * 904 * * * 1102 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1582 0 0 H 23 * * * * * * 904 * * * * * 1102 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1582 0 0 G 24 * * * * * 904 * * * * * * * * 1102 * * * * * 24 0 * * * * * * 1582 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1582 0 0 I 26 * * * * * * * 904 * * * * * * * * * 1102 * * 26 0 * * * * * * 1582 0 0 K 27 * * * * * * * * 904 * * * * 1102 * * * * * * 27 0 * * * * * * 1582 0 0 N 28 * * * * * * * * 1102 * * 904 * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1582 0 0 K 29 * * * * * * * * 904 * * * 1102 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1582 0 0 M 30 * * * * * 1102 * * * * 904 * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1582 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1582 0 0 E 32 * * * 904 * * * * 1102 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1582 0 0 S 33 * * * 1102 * * * * * * * * * * * 904 * * * * 33 904 * 1102 * * * * 1582 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * 0 1000 0 1000 N 35 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 35 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 K 36 * * * * * * * * 904 1102 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1582 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 904 1102 * * 37 0 * * * * * * 1582 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 904 1102 * 38 0 * * * * * * 1582 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1582 0 0 E 40 * * * 904 * * * * 1102 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1582 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1582 0 0 K 42 * * * * * * * * 904 * * 1102 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1582 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1582 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1582 0 0 Q 45 1102 * * * * * * * * * * * * 904 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1582 0 0 Y 46 1102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 904 46 0 * * * * * * 1582 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1582 0 0 E 48 * * 1102 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1582 0 0 E 49 * * * 904 * * * * 1102 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1582 0 0 F 50 * * * * 904 * * * * * * * * * * * * 1102 * * 50 0 * * * * * * 1582 0 0 H 51 * * * * * * 904 * * * * * * 1102 * * * * * * 51 0 * * * * * * 1582 0 0 Q 52 * * * * * 1102 * * * * * * * 904 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1582 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * 1102 * 904 * * * 53 0 * * * * * * 1582 0 0 A 54 904 * * * * * * * * 1102 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1582 0 0 L 55 * * * * * * * * 1102 904 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1582 0 0 E 56 * * * 904 * * * * * * * 1102 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1582 0 0 H 57 * * * * * * 904 * * * * * * 1102 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1582 0 0 P 58 * * * * 1102 * * * * * * * 904 * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1582 0 0 E 59 * * * 904 * * * * * * * 1102 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1582 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1582 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 904 1102 * * * 61 0 * * * * * * 1582 0 0 E 62 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 62 904 * 1102 * * * * 1582 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * 0 1000 0 1000 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * 0 1000 0 1000 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * 0 1000 0 1000 V 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 66 0 * * * * * 0 1000 0 1000 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * 0 1000 0 1000 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * 0 1000 0 1000 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 N 70 * * * * * 1102 * * * * * 904 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1582 0 0 P 71 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1582 0 0 V 72 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * * 904 * * 72 904 * 1102 * * * * 1582 0 0 F 73 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 74 904 * * * * * * * * * * 1102 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1582 0 0 G 75 * * * * * 904 * * 1102 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1582 0 0 A 76 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1582 0 0 N 77 * * * * 1102 * * * * * * 904 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1582 0 0 Y 78 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * * * * 904 78 0 * * * * * * 1582 0 0 A 79 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1582 0 0 A 80 904 * * * * * * * * 1102 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1582 0 0 W 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 81 0 * * * * * * 1582 0 0 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1582 0 0 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 904 * 1102 83 0 * * * * * * 1582 0 0 N 84 * * 1102 * * * * * * * * 904 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1582 0 0 V 85 * * * * * * * * * * 1102 * * * * * * 904 * * 85 0 * * * * * * 1582 0 0 A 86 904 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1102 86 0 * * * * * * 1582 0 0 Q 87 * * * 1102 * * * * * * * * * 904 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1582 0 0 V 88 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * * 904 * * 88 0 * * * * * * 1582 0 0 I 89 1102 * * * * * * 904 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1582 0 0 D 90 * * 904 * * * * * 1102 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1582 0 0 S 91 * * * * * * * * * * * * * * * 904 1102 * * * 91 904 1102 * 0 * * * 1582 1000 0 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1582 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * 1102 * * * * 904 * * * 93 0 * * * * * * 1582 0 0 A 94 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 1102 * * 94 0 * * * * * * 1582 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1582 0 0 N 96 * * * * * 1102 * * * * * 904 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1582 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1582 0 0 E 98 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1582 0 0 K 99 * * * * * * * 1102 904 * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1582 0 0 T 100 1102 * * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * 100 0 * * * * * * 1582 0 0 T 101 1102 * * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * 101 0 * * * * * * 1582 0 0 A 102 904 * * * * * * * * * * * * * 1102 * * * * * 102 0 * * * * * * 1582 0 0 A 103 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 1102 * * 103 0 * * * * * * 1582 0 0 L 104 * * * * * * * * * 904 * * * * * * 1102 * * * 104 0 * * * * * * 1582 0 0 S 105 1102 * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * * 105 0 * * * * * * 1582 0 0 I 106 * * * * * * * 904 * 1102 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1582 0 0 L 107 * * * * * * * * * 904 * * * * * * * 1102 * * 107 0 * * * * * * 1582 0 0 P 108 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1582 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1582 0 0 I 110 * * * * * * * 904 * 1102 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1582 0 0 G 111 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1582 0 0 S 112 * * 1102 * * * * * * * * * * * * 904 * * * * 112 0 * * * * * * 1582 0 0 V 113 1102 * * * * * * * * * * * * * * * * 904 * * 113 0 * * * * * * 1582 0 0 M 114 * * * * * * * * * 1102 904 * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1582 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1582 0 0 I 116 * * * * * * * 904 * 1102 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1582 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1582 0 0 D 118 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1582 0 0 G 119 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1582 0 0 A 120 904 * * * * * * 1102 * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1582 0 0 V 121 * * * * * * * * * * * 1102 * * * * * 904 * * 121 0 * * * * * * 1582 0 0 H 122 * * * * * * 904 * * * * * * * 1102 * * * * * 122 0 * * * * * * 1582 0 0 H 123 * * * * * 1102 904 * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1582 0 0 N 124 * * 1102 * * * * * * * * 904 * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1582 0 0 T 125 1102 * * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * 125 0 * * * * * * 1582 0 0 E 126 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1582 0 0 E 127 1102 * * 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1582 0 0 I 128 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1582 0 0 V 129 1102 * * * * * * * * * * * * * * * * 904 * * 129 0 * * * * * * 1582 0 0 A 130 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 1102 * * 130 0 * * * * * * 1582 0 0 Q 131 * * * * * * * * * * * 1102 * 904 * * * * * * 131 0 * * * * * * 1582 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1582 0 0 I 133 * * * * * * * 904 * * * * * * * * * 1102 * * 133 0 * * * * * * 1582 0 0 A 134 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1582 0 0 L 135 * * * * * * * * * 904 1102 * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1582 0 0 S 136 1102 * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * * 136 0 * * * * * * 1582 0 0 S 137 1102 * * * * * * * * * * * * * * 904 * * * * 137 0 * * * * * * 1582 0 0 L 138 * * * * 1102 * * * * 904 * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1582 0 0 M 139 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1582 0 0 V 140 * * * * * 1102 * * * * * * * * * * * 904 * * 140 0 * * * * * * 1582 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1582 0 0 Q 142 * * * * * * * * * 1102 * * * 904 * * * * * * 142 0 * * * * * * 1582 0 0 A 143 904 * * * * * * * * * * * * * * * * 1102 * * 143 0 * * * * * * 1582 0 0 I 144 * * * * * * * 904 * * * * * * * * * 1102 * * 144 0 * * * * * * 1582 0 0 P 145 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1582 0 0 L 146 1102 * * * * * * * * 904 * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1582 0 0 V 147 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * * 904 * * 147 0 * * * * * * 1582 0 0 G 148 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1582 0 0 E 149 * * * 904 * * * * * * * * * 1102 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1582 0 0 L 150 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1582 0 0 I 151 * * * * * * * 904 * 1102 * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1582 0 0 G 152 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1582 0 0 F 153 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 A 154 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 A 155 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 156 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 156 0 * * * * * * 1000 0 0 N 157 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 F 158 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 V 159 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 E 160 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 S 161 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 I 162 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 I 163 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 N 164 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 L 165 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 F 166 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 167 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 V 168 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 V 169 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 H 170 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 N 171 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 S 172 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 173 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 173 0 * * * * * * 1000 0 0 N 174 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 R 175 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 P 176 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 A 177 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 178 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 178 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //