HHsearch 1.5 NAME c8tzmA_ FAM FILE c8tzmA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c8tzmA_.a3m DATE Sat Oct 7 08:33:14 2023 LENG 115 match states, 115 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4075 -0.8085 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCCSCCHHHHHHHHHHHSTTCCTHHHHHHHTSCCCCSCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTCGGGHHHHHHHHHHHHHHHTCSCCCCCTTTCSCGGGT SCHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EEEEEEEEEEEDCBEDCBDDBDEDEDDDBEDACECBEEEEECDDDEDACDCACDCBBEBCEDECEDBBCAABBABCBABDDBEBEEEDDCEEBEDEAEED BDEECBEDBDECBEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9622567788989999999850686630467654317889998612389999999999982652000616999999986401301344244345899999 999866899998609 >Consensus mahhhhhhMFxDxxNxFldxLxtxPxtDEWYmSxFxDxHIxxlxSYEAFxxLkxxVxYmxxxxdekxxYEimEIlxxLKxxaDTxExFYxxxxxxxivxL YKxxisqdilneifr >c8tzmA_ MAHHHHHHMFLDDVNVFLDDLNTNPITDEWYMSNFADKHIKILESYEAFDILKQFVDYMIEEHDEKSEYEIMEILRQLKYQADTNEKFYTNTQKQKIVEL YKQEISQDILNEIFR >UniRef50_A1KRQ5(1-95:107) Putative uncharacterized protein n=7 Tax=Neisseria RepID=A1KRQ5_NEIMF E=8e-10 s/c=0.68 id=40% cov=82% --------MFKDELNEFI-RLISDPESelDEWYLSDFKDEHIWEMQSYEAFSCLREAVPYLFAYP--RYGYELLEIISALKETSDTTELFYEPGIVPLLI DLYKED----------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 H 5 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 H 6 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 H 7 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 H 8 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 M 9 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1487 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1487 0 0 L 11 * * * * * * * * 1046 956 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1487 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1487 0 0 D 13 * * 956 1046 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1487 0 0 V 14 * * * * * * * * * 1046 * * * * * * * 956 * * 14 0 * * * * * * 1487 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1487 0 0 V 16 * * * 1046 * * * * * * * * * * * * * 956 * * 16 0 * * * * * * 1487 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1487 0 0 L 18 * * * * * * * 1046 * 956 * * * * * * * * * * 18 956 * 1046 * * * * 1487 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 D 20 * * 956 * * * * * * * * * * * 1046 * * * * * 20 0 * * * * * * 1487 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1487 0 0 N 22 * * * * * * * 1046 * * * 956 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1487 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * 1046 956 * * * 23 0 * * * * * * 1487 0 0 N 24 * * 1046 * * * * * * * * 956 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1487 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1487 0 0 I 26 * * * 1046 * * * 956 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1487 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * 1046 956 * * * 27 956 1046 * 1000 1000 * * 1487 1000 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1487 0 0 E 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1487 0 0 W 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 30 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 31 0 * * * * * * 1487 0 0 M 32 * * * * * * * * * 1046 956 * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1487 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1487 0 0 N 34 * * 1046 * * * * * * * * 956 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1487 0 0 F 35 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1487 0 0 A 36 956 * * * * * * * 1046 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1487 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1487 0 0 K 38 * * * 1046 * * * * 956 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1487 0 0 H 39 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1487 0 0 I 40 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1487 0 0 K 41 * * * * * * * * 956 * * * * * * * * * 1046 * 41 0 * * * * * * 1487 0 0 I 42 * * * 1046 * * * 956 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1487 0 0 L 43 * * * * * * * * * 956 1046 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1487 0 0 E 44 * * * 956 * * * * * * * * * 1046 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1487 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 46 0 * * * * * * 1487 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1487 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1487 0 0 F 49 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1487 0 0 D 50 * * 956 * * * * * * * * * * * * 1046 * * * * 50 0 * * * * * * 1487 0 0 I 51 * 1046 * * * * * 956 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1487 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1487 0 0 K 53 * * * * * * * * 956 * * * * * 1046 * * * * * 53 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 54 * * * 1046 * * * * * * * * * 956 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1487 0 0 F 55 1046 * * * 956 * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1487 0 0 V 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 56 0 * * * * * * 1487 0 0 D 57 * * 956 * * * * * * * * * 1046 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1487 0 0 M 59 * * * * * * * * * 1046 956 * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1487 0 0 I 60 * * * * 1046 * * 956 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1487 0 0 E 61 1046 * * 956 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1487 0 0 E 62 * * * 956 * * * * * * * * * * * * * * * 1046 62 0 * * * * * * 1487 0 0 H 63 * * * * * * 956 * * * * * 1046 * * * * * * * 63 956 * 1046 * * * * 1487 0 0 D 64 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * 0 1000 0 1000 E 65 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 K 66 * * * * * * * * 956 * * * * * 1046 * * * * * 66 0 * * * * * * 1487 0 0 S 67 * * * * * * * * * * * * * * * 956 * * * 1046 67 0 * * * * * * 1487 0 0 E 68 * * * 956 * 1046 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 69 0 * * * * * * 1487 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1487 0 0 I 71 * * * * * * * 956 * 1046 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1487 0 0 M 72 * * * * * * * * * 1046 956 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1487 0 0 E 73 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1487 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1487 0 0 L 75 * * * * * * * 1046 * 956 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1487 0 0 R 76 * * * * * * * * * * * * * * 956 1046 * * * * 76 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 77 1046 * * * * * * * * * * * * 956 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1487 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1487 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 80 * * * 1046 * * * * * * * * * * * * * * * 956 80 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 81 * * * * * * * * * * * * * 956 * * 1046 * * * 81 0 * * * * * * 1487 0 0 A 82 956 * * * * * * * * * * * * * * 1046 * * * * 82 0 * * * * * * 1487 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1487 0 0 T 84 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 84 0 * * * * * * 1487 0 0 N 85 * * * * * * * * * * * 956 * * * * 1046 * * * 85 0 * * * * * * 1487 0 0 E 86 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1487 0 0 K 87 * * * * * * * * 956 1046 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1487 0 0 F 88 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 89 0 * * * * * * 1487 0 0 T 90 * * * 1046 * * * * * * * * * * * * 956 * * * 90 0 * * * * * * 1487 0 0 N 91 * * * * * * * * * * * 956 1046 * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1487 0 0 T 92 * * * * * 1046 * * * * * * * * * * 956 * * * 92 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 93 * * * * * * * 1046 * * * * * 956 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1487 0 0 K 94 * * * * * * * * 956 * * * * * * * * 1046 * * 94 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * 1046 956 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1487 0 0 K 96 * * * * * * * * 956 1046 * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1487 0 0 I 97 * * * * * * * 956 * 1046 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1487 0 0 V 98 * * * * * * * 1046 * * * * * * * * * 956 * * 98 0 * * * * * * 1487 0 0 E 99 * * 1046 956 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1487 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1487 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1487 0 0 K 102 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1487 0 0 Q 103 * * * 1046 * * * * * * * * * 956 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1487 0 0 E 104 * * 1046 956 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1487 0 0 I 105 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 107 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 D 108 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 L 110 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 I 113 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 F 114 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 R 115 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 115 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //