HHsearch 1.5 NAME c8gwaD_ FAM FILE c8gwaD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c8gwaD_.a3m DATE Sat Nov 26 09:26:50 2022 LENG 143 match states, 143 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.3896 -1.0453 SEQ >ss_dssp CCGGGSCSSCCTTTCCCSTTGGGSSCSSCSSEEEEEEEEEECSSSCEEEEEEETTCCCCBCCCHHHHHHHHTTSEEEECCTTCTTCSSCHHHHHHHHHTT TCCCSSSSTTTTCCCCCEEEECSSSCEEEEETTEEEECCCCCC >sa_dssp DEEEECEEECEEEECBEEEDBCEEEEEECDCEBBCBDBBDDDEEDEBDBCBCBDEEEEEDDCDEEBCDCCEEEDBCBCBCBEBECCDCEBEECBCDCBEE EDECEEEEDBDECDDDCEBDCEEEDDCAADBEEDDCBBDDEAD >ss_pred CCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCEEEEEEECCCCEEEEHHHHHHCCCCE EEEEECCCCCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEECCEEEEHHHHCC >ss_conf 9863458521025777641343168711111022230111255762799998347877457558999984239469999807986254235774145752 7884247710112231148997799669998786982778319 >Consensus xxxxxxxxxxxxxxxxxxxsxxwsGNavHKxxKYfITsAkRDrxGkLxitxxpasGrxxLxptpexixxLkngeIqixvLtxqpDIAidmxkxvxdxEnR YViDFDkRGVkwTMReipVfxnxxkxlcVeixgxxYsLdxFFK >c8gwaD_ MQPQLSRPQTASNQVRKAVSGPWSGNAVHKAEKYFITSAKRDRDGKLQIELVPASGRRKLSPTPEMIRRLIDGEIEIYILTTQPDIAIDMNKEIIDMENR YVIDFDKRGVKWTMREIPVFYHEGKGLCVELHNKIYTLDQFFK >UniRef50_B3QZ39(6-126:126) Photosystem P840 reaction center protein PscD n=1 Tax=Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 RepID=B3QZ39_CHLT3 E=8e-21 s/c=0.83 id=40% cov=85% -----------------------TGNPVHKIDKYFITKAERDDYGRLNLTFASTGGYGQLTNIPEIKKLLKNHDIQVAVLSSNEDIAINLQEFVKSSEER YVTDFDGRGVRSTMREVQVFVNPNTDeMVVDINGRLYSLNEFFK >UniRef50_B4S6P6(3-127:127) Photosystem P840 reaction center protein PscD n=1 Tax=Prosthecochloris aestuarii DSM 271 RepID=B4S6P6_PROA2 E=6e-51 s/c=1.61 id=62% cov=87% -------------------SAVWSGNALHKVTKYYITSAKRDRNGKLDITVSPASGRTNLKPTEKFIDQLKNGEIQLLVLTNQPDIALDMDKKVLDNENR YVIDFDKRGVKWTMRDLPVYFNTMKNtLCVEVDGVSYSLDSFFK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 R 7 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 14 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 K 17 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1300 0 0 G 21 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1300 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 22 0 * * * * * * 1300 0 0 W 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 23 0 * * * * * * 1300 0 0 S 24 * * * * * * * * * * * * * * * 665 1437 * * * 24 0 * * * * * * 1707 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1707 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1707 0 0 A 27 665 * * * * * * * * * * * 1437 * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1707 0 0 V 28 * * * * * * * * * 1675 * * * * * * * 542 * * 28 0 * * * * * * 1707 0 0 H 29 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1707 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1707 0 0 A 31 1656 * * * * * * 1437 * * * * * * * * * 1675 * * 31 0 * * * * * * 1707 0 0 E 32 * * 1437 1656 * * * * * * * * * * * * 1675 * * * 32 0 * * * * * * 1707 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1707 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 1707 0 0 F 35 * * * * 542 * * * * * * * * * * * * * * 1675 35 0 * * * * * * 1707 0 0 I 36 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1707 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1707 0 0 S 38 * * * * * * * * 1437 * * * * * * 665 * * * * 38 0 * * * * * * 1707 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1707 0 0 K 40 * * * 1437 * * * * 665 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1707 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1707 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1707 0 0 R 43 * * 1437 * * * * * * * * * * * 665 * * * * * 43 0 * * * * * * 1707 0 0 D 44 * * 1656 * * * * * * * * 1675 * * * * * * * 1437 44 0 * * * * * * 1707 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1707 0 0 K 46 * * * * * * * * 665 * * * * * 1437 * * * * * 46 0 * * * * * * 1707 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1707 0 0 Q 48 * * 1675 * * * * * * * * 1437 * 1656 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1707 0 0 I 49 * * * * * * * 665 * 1437 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1707 0 0 E 50 * * * 1656 * * * * * * * * * * * * 551 * * * 50 0 * * * * * * 1707 0 0 L 51 * * * * 1437 * * * * 1656 * * * * * * * 1675 * * 51 0 * * * * * * 1707 0 0 V 52 1437 * * * * * * * * * * * * * * 1675 * 1656 * * 52 0 * * * * * * 1707 0 0 P 53 * * * * * * * * * * * * 665 * * 1437 * * * * 53 0 * * * * * * 1707 0 0 A 54 665 * * * * * * * * * * * * * * * 1437 * * * 54 0 * * * * * * 1707 0 0 S 55 * * * * * 1437 * * * * * * * * * 665 * * * * 55 0 * * * * * * 1707 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1707 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * * 665 * * * * 1437 57 0 * * * * * * 1707 0 0 R 58 * * * * * 1437 * * * * * * * * 1656 * 1675 * * * 58 0 * * * * * * 1707 0 0 K 59 * * * * * * * * 1656 * * 1675 * 1437 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1707 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1707 0 0 S 61 * * * * * * * * 1675 * * * * * * 1656 1437 * * * 61 0 * * * * * * 1707 0 0 P 62 * * * * * * * * * * * 1437 665 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1707 0 0 T 63 * * * * * * * 1437 * * * * * * * * 665 * * * 63 0 * * * * * * 1707 0 0 P 64 * * * 1675 * * * * * * * * 542 * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1707 0 0 E 65 * * * 542 * * * * 1675 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1707 0 0 M 66 * * * * 1675 * * 1437 * * 1656 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1707 0 0 I 67 * * * * * * * 665 1437 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1707 0 0 R 68 * * 1675 * * * * * 1437 * * * * * 1656 * * * * * 68 0 * * * * * * 1707 0 0 R 69 * * * * * * * * * 1437 * * * 1675 1656 * * * * * 69 0 * * * * * * 1707 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1707 0 0 I 71 * * * * * * * 1656 551 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1707 0 0 D 72 * * 1656 * * * * * * * * 551 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1707 0 0 G 73 * * * * * 665 1437 * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1707 0 0 E 74 * * 1437 665 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1707 0 0 I 75 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1707 0 0 E 76 * * * 1656 * * * * * * * * * 551 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1707 0 0 I 77 * * * * * * * 1656 * 1675 * * * * * * * 1437 * * 77 0 * * * * * * 1707 0 0 Y 78 1437 * * * * * * * * 1675 * * * * * * * * * 1656 78 0 * * * * * * 1707 0 0 I 79 * * * * * * * 1656 * * * * * * * * * 551 * * 79 0 * * * * * * 1707 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1707 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * 1437 665 * * * 81 0 * * * * * * 1707 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * 1675 * * * 1437 1656 * * * 82 0 * * * * * * 1707 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * 1437 * 665 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1707 0 0 P 84 * * * 1437 * * * * * * * * 665 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1707 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1707 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1707 0 0 A 87 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1707 0 0 I 88 * * * * * * * 542 * 1675 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1707 0 0 D 89 * * 665 * * * * * * * * 1437 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1707 0 0 M 90 * * * * * * * * * 1437 665 * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1707 0 0 N 91 * * 1675 * * * * * * * * 1656 * 1437 * * * * * * 91 0 * * * * * * 1707 0 0 K 92 * * * 1437 * * * * 665 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1707 0 0 E 93 * * * 1656 1437 * * * 1675 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1707 0 0 I 94 * * * * * * * 1656 * * * * * * * * * 551 * * 94 0 * * * * * * 1707 0 0 I 95 * * * * * * * 1656 1437 1675 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1707 0 0 D 96 * * 665 * * * * * * * * * * * * 1437 * * * * 96 0 * * * * * * 1707 0 0 M 97 * * * * * * * * * * 1656 1675 * * * 1437 * * * * 97 0 * * * * * * 1707 0 0 E 98 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1707 0 0 N 99 * * * 1437 * * * * * * * 665 * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1707 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 0 * * * * * * 1707 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1707 0 0 V 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 102 0 * * * * * * 1707 0 0 I 103 * * * * * * * 665 * * * * * * * * 1437 * * * 103 0 * * * * * * 1707 0 0 D 104 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1707 0 0 F 105 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1707 0 0 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1707 0 0 K 107 * * * * * 1437 * * 665 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1707 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1707 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1707 0 0 V 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 110 0 * * * * * * 1707 0 0 K 111 * * * * * * * * 665 * * * * * 1437 * * * * * 111 0 * * * * * * 1707 0 0 W 112 * * * * * * * * * * * * * * * 1437 * * 665 * 112 0 * * * * * * 1707 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1707 0 0 M 114 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1707 0 0 R 115 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 115 0 * * * * * * 1707 0 0 E 116 * * 1675 542 * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1707 0 0 I 117 * * * * * * * 1656 * 1675 * * * * * * * 1437 * * 117 0 * * * * * * 1707 0 0 P 118 * * * * * * * * * * * * 665 1437 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1707 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1707 0 0 F 120 * * * * 542 * * * * * * * * * * * * * * 1675 120 0 * * * * * * 1707 0 0 Y 121 * * * * 1675 * * * * * * * * * * * * 1437 * 1656 121 0 * * * * * * 1707 0 0 H 122 * * * * * * 1656 * * * * 551 * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1707 0 0 E 123 * * * 1656 * * * * * * * * 1437 * * * 1675 * * * 123 0 * * * * * * 1707 0 0 G 124 * * * * * 1656 * * * * 1675 1437 * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1707 0 0 K 125 * * * * * * * * 665 * * * * * * * 1437 * * * 125 0 * * * * * * 1707 0 0 G 126 * * 1437 * * 1656 * * * * * 1675 * * * * * * * * 126 1656 551 * 0 * * * 1707 1496 0 L 127 * * * * * * * * * 665 1437 * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1707 0 0 C 128 * 665 * * * * * * * * * * * * * * * 1437 * * 128 0 * * * * * * 1707 0 0 V 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 129 0 * * * * * * 1707 0 0 E 130 * * 1437 665 * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1707 0 0 L 131 * * * * * * * 1437 * 1656 * * * * * * * 1675 * * 131 0 * * * * * * 1707 0 0 H 132 * * 1675 * * * 1656 * * * * 1437 * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1707 0 0 N 133 * * * * * 551 * * * * * 1656 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1707 0 0 K 134 * * * * * * * * 1656 * * * * * 1437 * * 1675 * * 134 0 * * * * * * 1707 0 0 I 135 * * * * * * * 1656 * 1437 * * * * * 1675 * * * * 135 0 * * * * * * 1707 0 0 Y 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 136 0 * * * * * * 1707 0 0 T 137 * * * * * * * * * * * * * * * 551 1656 * * * 137 0 * * * * * * 1707 0 0 L 138 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1707 0 0 D 139 * * 665 * * * * * * * * 1437 * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1707 0 0 Q 140 * * * 1437 * * * * * * * * * 1656 * 1675 * * * * 140 0 * * * * * * 1707 0 0 F 141 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1707 0 0 F 142 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1707 0 0 K 143 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 143 0 * * 0 * * * 1707 0 0 //