HHsearch 1.5 NAME c7thhC_ FAM FILE c7thhC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c7thhC_.a3m DATE Sat Jan 22 08:27:48 2022 LENG 131 match states, 131 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.1 EVD 0.4060 -0.7762 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHHSEETTEEECCCEETTEEEEEEETTEEEEEETTTTEEEETTEEECHHHHHHHHHSCCCCEEEEEEESSSSSCEEEEEETTSCHHH HHSSEEETTEECTTCCCCGGGTTCEEEECCC >sa_dssp EEDDECCEBBEDBDEEDDCEDBDCCCEECEECCBAADBEEDCACCDDEECCBCBEEEECDBEEADECADEEDEDDBEACBBDDEEEDEDCEACBDDCACE CCCDADCEEDDBCEDDBDEEBEDDCADBEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCEEEEECCCCCEEEEEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCEEEEEEEECCCEEEE EEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCC >ss_conf 9764066766667544841111210000120022230277079982588489994117766877777532777522699985285157899635504212 2202676043100236785445508985489 >Consensus xxxTpeqxFixtixlnGxyxdWxxtgxxxxxgvxxlkrgdxxicyxdnxxxyxixGxvitfdxlrtyLxxrxxxxvxVlxTVDgvNfxTxxvxxxxtyxx qlGsvfxdGxdvtxxxpxxxxxGkxxyxxdN >c7thhC_ SNATPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKSVYYTSNPTTFHLDGEVITFDNLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQ QFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPN >UniRef50_P0C6T5(1480-1616:4481) Non-structural protein 11 n=12 Tax=Betacoronavirus RepID=R1A_BCHK5 E=1e-07 s/c=0.42 id=30% cov=98% ---TPEQSFINTVIANGGYHCWHLvTGELIVKGVSYrklLNWSDQTICYADN-KFYVVKGQIaLPFDSLekcRTYLTSRaaQQKNVDVLVTIDGVNFRTV VLNNTTTYRVQLGSVFYKGSDISDTIPTEKMSGEAVYLADN >UniRef50_P0C6T6(1343-1481:4248) Non-structural protein 11 n=5 Tax=Rousettus bat coronavirus HKU9 RepID=R1A_BCHK9 E=2e-09 s/c=0.45 id=28% cov=98% -DTTAVQDFVVDILLNGA-RDWDVlqTTCTVDRKVykTICKRGNTYLCF-DDTNLYAITGDVVlkfaTVSKARAYLETKlcaPEPLIKVLTTVDGINYST VLVSTAQSYRAQIGTVFCDGHDWSNKNPMPTDEGTHLYKQDN >UniRef50_P0C6V1(1575-1661:4474) Non-structural protein 11 n=374 Tax=root RepID=R1A_CVMJH E=7e-05 s/c=0.56 id=32% cov=40% ---------------------------------------------------------------------------VDVLCTVDGVNFRSCCVAEGEVFGK TLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFF---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * 1022 * * * * * * * * 978 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1633 0 0 A 3 978 * * * * * * * * * * * * * * * 1022 * * * 3 0 * * * * * * 1633 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 2078 0 0 P 5 1599 * * * * * * * * * * * 578 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 2078 0 0 E 6 * * * 578 * * * * * * * * * * * * * 1599 * * 6 0 * * * * * * 2078 0 0 E 7 * * * 1565 * * * * * * * * * 595 * * * * * * 7 0 * * * * * * 2078 0 0 H 8 * * 1599 * * * 1565 * * * * * * * * 1591 * * * * 8 0 * * * * * * 2078 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2078 0 0 I 10 * * * * * * * 578 * * * * * * * * * 1599 * * 10 0 * * * * * * 2078 0 0 E 11 * * * 1565 * * * * * * * 1591 * * * * * 1599 * * 11 0 * * * * * * 2078 0 0 T 12 * * 1599 * * * * * * * * * * * * * 578 * * * 12 0 * * * * * * 2078 0 0 I 13 * * * * * * * 582 * * * * * * * * * 1591 * * 13 0 * * * * * * 2078 0 0 S 14 * * * * * * * 1591 * 1599 * * * * * 1565 * * * * 14 0 * * * * * * 2078 0 0 L 15 1591 * * * * * * * * 582 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 2078 0 0 A 16 1565 * * * * * * * * * * 595 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2078 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 2078 0 0 S 18 1599 * * * * 1591 * * * * * * * * * 1565 * * * * 18 578 * 1599 * * * * 2078 0 0 Y 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 19 0 * * * * 0 * 1619 0 1000 K 20 * * * * * * 1591 * 1565 * * * * * 1599 * * * * * 20 0 * * * * * * 2078 0 0 D 21 * 1591 582 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2078 0 0 W 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 22 0 * * * * * * 2078 0 0 S 23 * * 1599 * * * 1591 * * * * * * * * 1565 * * * * 23 0 * * * * * * 2078 0 0 Y 24 * * * * * * * * * 1591 * * * * * * * 1599 * 1565 24 1565 595 * 594 1567 * * 2078 1610 0 S 25 * * * * * * * * * * * * * * * 1565 595 * * * 25 0 * * * * * * 2078 0 0 G 26 * * * * * 578 * * * * * * * * * * 1599 * * * 26 0 * * * * * * 2078 0 0 Q 27 * 1599 * 1591 * * * * * * * * * 1565 * * * * * * 27 0 * * * * * * 2078 0 0 S 28 * * * * * * * * * 1591 * * * * * 1565 1599 * * * 28 0 * * * * * * 2078 0 0 T 29 * * * * * * * 1591 * * * * * * * * 1565 1599 * * 29 0 * * * * * * 2078 0 0 Q 30 * * 1599 * * * * * * * * * * 1565 * * * 1591 * * 30 0 * * * * * * 2078 0 0 L 31 * * * * * * * * 1591 1565 * * * * 1599 * * * * * 31 0 * * * * * * 2078 0 0 G 32 * * * * * 578 * * 1599 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 2078 0 0 I 33 * * * * * * * 1565 * * * * * * * * * 595 * * 33 578 1599 * 1000 1000 * * 2078 1000 0 E 34 * * * 1565 * * * * * * * * * * * 1591 1599 * * * 34 0 * * * * * * 2078 0 0 F 35 * * * * 1565 * * 1599 * * * * * * * * * * * 1591 35 582 1591 * 1585 585 * * 2078 1000 0 L 36 * 1599 * * * * * * * 578 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 2078 0 0 K 37 * * * * * * * * 582 * * 1591 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 2078 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 582 * * * 1591 * 38 0 * * * * * * 2078 0 0 G 39 * * * * * 582 * * * * * * * * * 1591 * * * * 39 0 * * * * * * 2078 0 0 D 40 * * 578 * * * * * * * * 1599 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 2078 0 0 K 41 * * * * * * * * 1565 * * * * 1591 * * 1599 * * * 41 0 * * * * * * 2078 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 1565 1591 * * 1599 42 0 * * * * * * 2078 0 0 V 43 * * * * * * * 1591 * 1599 * * * * * * * 1565 * * 43 0 * * * * * * 2078 0 0 Y 44 * 595 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1565 44 0 * * * * * * 2078 0 0 Y 45 * * * * 1599 * * * * * * * * * * * * * * 578 45 578 * 1599 * * * * 2078 0 0 T 46 1011 * * * * * * * * * * * * * * * 989 * * * 46 0 * * * * 0 * 1619 0 1000 S 47 * * 595 * * * * * * * * * * * * 1565 * * * * 47 0 * * * * * * 2078 0 0 N 48 * * 1599 * * * * * * * * 578 * * * * * * * * 48 582 * 1591 * * * * 2078 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 978 * * * 1022 * * * 49 0 * * * * 0 * 1633 0 1000 T 50 * * * * * * * * 1591 * * 1599 * * * * 1565 * * * 50 0 * * * * * * 2078 0 0 T 51 * * * * 1591 * * * * 1599 * * * * * * 1565 * * * 51 0 * * * * * * 2078 0 0 F 52 * * * * 1565 * * * * * * * * * * * * * * 595 52 0 * * * * * * 2078 0 0 H 53 1599 * * * * * 1565 * * * * * * * * * * 1591 * * 53 0 * * * * * * 2078 0 0 L 54 * * * * * * * 1599 * 1565 * * * * * * * 1591 * * 54 0 * * * * * * 2078 0 0 D 55 * * 1565 * * * * * 1591 * * * * * * * 1599 * * * 55 0 * * * * * * 2078 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 2078 0 0 E 57 * * 1599 1565 * * * * * * * * * 1591 * * * * * * 57 0 * * * * * * 2078 0 0 V 58 * * * * * * * 1591 * * * * * * * * * 582 * * 58 582 1591 * 0 * * * 2078 1000 0 I 59 * * * * * * * 1565 * 1591 * * * * * * * 1599 * * 59 578 1599 * 2000 415 * * 2078 1000 0 T 60 * * * * * * * * * * * * 1591 * * * 582 * * * 60 0 * * * * * * 2078 0 0 F 61 * * * * 578 * * * * * * * * * * * * 1599 * * 61 0 * * * * * * 2078 0 0 D 62 * * 578 * * * * * * * * * * * * 1599 * * * * 62 0 * * * * * * 2078 0 0 N 63 * * * * * * * * 1599 * * 1565 * * * 1591 * * * * 63 0 * * * * * * 2078 0 0 L 64 1599 * * * * * * * * 578 * * * * * * * * * * 64 582 1591 * 1585 585 * * 2078 1000 0 K 65 * * * * * * * * 1565 * * * * * 595 * * * * * 65 0 * * * * * * 2078 0 0 T 66 1599 * * * * * * * * * * * * * * * 578 * * * 66 0 * * * * * * 2078 0 0 L 67 * * * * * * * * * 1565 * * * * * * * * * 595 67 0 * * * * * * 2078 0 0 L 68 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 2078 0 0 S 69 * * * 1599 * * * * * * * * * * * 1565 1591 * * * 69 0 * * * * * * 2078 0 0 L 70 * * * * * * * * * 1565 * * * * * 1591 1599 * * * 70 0 * * * * * * 2078 0 0 R 71 * * * * * * * * 1599 * * * * * 578 * * * * * 71 1565 595 * 1327 733 * * 2078 1610 0 E 72 * * * 1565 * * * * * * * * 1599 1591 * * * * * * 72 0 * * * * * * 2078 0 0 V 73 * * * 1599 * * * * * * * * * 1591 * * * 1565 * * 73 0 * * * * * * 2078 0 0 R 74 * * * * * * * * 1591 * * * 1599 * 1565 * * * * * 74 0 * * * * * * 2078 0 0 T 75 * * * * * * * * * 1599 * 1591 * * * * 1565 * * * 75 0 * * * * * * 2078 0 0 I 76 * * * * * * * 1028 * * * * * * * * * 973 * * 76 0 * * * * * * 2287 0 0 K 77 * * 973 * * * * * 1028 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2287 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 78 0 * * * * * * 2287 0 0 F 79 * * * * 2000 * * * * 415 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 2287 0 0 T 80 * 1946 * * * * * * * * * * * * * * 1028 2000 * * 80 0 * * * * * * 2287 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 81 0 * * * * * * 2287 0 0 V 82 * * * * * * * 2000 * * * * * * * * * 415 * * 82 0 * * * * * * 2287 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2287 0 0 N 84 * * * * * 415 * * * * * 2000 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2287 0 0 I 85 * * * * * * * 1028 * * * * * * * * * 973 * * 85 0 * * * * * * 2287 0 0 N 86 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2287 0 0 L 87 * * * * 973 * * * * 2000 * * * * * * * * * 2057 87 0 * * * * * * 2287 0 0 H 88 * * * * * * 2000 * * * * * * * 973 2057 * * * * 88 0 * * * * * * 2287 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * * * * * 1946 434 * * * 89 0 * * * * * * 2287 0 0 Q 90 * 1946 * * * * * * * * * * * 2000 * * * 1028 * * 90 0 * * * * * * 2287 0 0 V 91 * 1946 * * * * * * * 2057 * * * * * * * 1000 * * 91 0 * * * * * * 2287 0 0 V 92 * * * * * * * * * 2000 * * * * * * * 415 * * 92 0 * * * * * * 2287 0 0 D 93 1946 * 2000 * * * * * * * * 2000 * * * 2057 * * * * 93 0 * * * * * * 2287 0 0 M 94 * * * 1946 * * * * * * 2000 2000 * * * * 2057 * * * 94 0 * * * * * * 2287 0 0 S 95 2057 * * * * 1946 * * * * * * * * * 2000 2000 * * * 95 0 * * * * * * 2287 0 0 M 96 * * * 1946 * * * * * * 2000 * * 2057 * * 2000 * * * 96 0 * * * * * * 2287 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * * * 2057 1000 1946 * * 97 0 * * * * * * 2287 0 0 Y 98 * * * * 1946 * * * * * * * * * * * * * * 434 98 0 * * * * * * 2287 0 0 G 99 * * * * * 973 * * * * * * * * 1028 * * * * * 99 0 * * * * * * 2287 0 0 Q 100 2057 * * * * * * * 1946 * * * * 2000 * * * 2000 * * 100 0 * * * * * * 2287 0 0 Q 101 * * * * * * * * * * * * * 434 * * 1946 * * * 101 0 * * * * * * 2287 0 0 F 102 * * * * 2000 * * 2057 * 973 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 2287 0 0 G 103 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 2287 0 0 P 104 * * * * * * * * * * * * 2000 * * 973 2057 * * * 104 0 * * * * * * 2287 0 0 T 105 * * * * * * * * * * * * * * * * 2000 415 * * 105 0 * * * * * * 2287 0 0 Y 106 * * * * 415 * * * * * * * * * * * * * * 2000 106 0 * * * * * * 2287 0 0 L 107 * 1000 * * * * * * * 2000 * * * * * * * * * 2000 107 0 * * * * * * 2287 0 0 D 108 * * 415 * * * * * 2000 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 2287 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 2287 0 0 A 110 2000 * * * * * 2057 1946 * * * * * * * 2000 * * * * 110 0 * * * * * * 2287 0 0 D 111 * * 434 * * * * * * * * 1946 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 2287 0 0 V 112 * * * * * * * 2000 * * * * * * * * * 973 2057 * 112 0 * * * * * * 2287 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * 1028 973 * * * 113 0 * * * * * * 2287 0 0 K 114 * * 2000 * * * * * 973 * * 2057 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 2287 0 0 I 115 * * * * * * * 2000 2057 * * * * * * * 2000 1946 * * 115 0 * * * * * * 2287 0 0 K 116 * * * * * * * 2000 2000 * * 2057 * * 1946 * * * * * 116 0 * * * * * * 2287 0 0 P 117 * 1946 * * * * * * * * * * 434 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 2287 0 0 H 118 * * * * * * 2000 * * * 2057 * * * * 1946 2000 * * * 118 0 * * * * * * 2287 0 0 N 119 1946 * * 2000 * * * * * * * 2000 2057 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 2287 0 0 S 120 * * * * * * * 1946 2000 * * * * * * 2000 2057 * * * 120 0 * * * * * * 2287 0 0 H 121 * * 2057 * * * 973 * * * 2000 * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 2287 0 0 E 122 * * * 1028 * * * * 1946 * * * * * * 2000 * * * * 122 0 * * * * * * 2287 0 0 G 123 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 2287 0 0 K 124 * * * 2000 * * * * 973 * * * * * * * 2057 * * * 124 0 * * * * * * 2287 0 0 T 125 2000 * * * * * 2057 * * * * * * * * * 2000 1946 * * 125 0 * * * * * * 2287 0 0 F 126 * * * * 973 * * * * 2057 * * * * * * * 2000 * * 126 0 * * * * * * 2287 0 0 Y 127 * * * * 1946 * * * * * * * * * * * * * * 434 127 0 * * * * * * 2287 0 0 V 128 * * * * * * * * 1599 1591 * * * * * * * 1565 * * 128 0 * * * * * * 2078 0 0 L 129 1591 * * * * * * * * 1565 * * * 1599 * * * * * * 129 0 * * * * * * 2078 0 0 P 130 * * 595 * * * * * * * * * 1565 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 2078 0 0 N 131 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 131 0 * * 0 * * * 2078 0 0 //