HHsearch 1.5 NAME c7nbvA_ FAM FILE c7nbvA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c7nbvA_.a3m DATE Sat Dec 11 08:41:44 2021 LENG 131 match states, 131 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.3972 -1.1002 SEQ >ss_dssp CCSCCCCSSCEEEEEEEEECSSEEEEEEEETTEEEEEEEEECCBCCHHHHHHHHHTCCCCCBSCCCCCEEEEEEEEECSSCEEEEEEEBSCCTTSCCSEE EEESCCCSSHHHHHHHHHHTTHHHHTTCSCC >sa_dssp EEEEEEDECDCDACABACBCDECACACACCEEEDDCCBDADCCBBDEDBBCDAACCDEBEECEEEDEEBCBBABACACDECACABABECDDDEECECDCE DECEDBCEDDEDACECADECADDBCEDCDEE >ss_pred CCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCEEEEEEEECCEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCCHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9988885316999999997421688876664813799972765327444289983388776865455405898987411716889982210000142257 7875013549999998500124567764159 >Consensus xpxxxnpaxlyridlfitftdexitfdykvhgrpvltfripgfgltpagrmlvcmgexpahxpftssxslyhviftxtcxsfsfxiykgryrswkkpihd elvdrgyttfxeffkavrgyhadyyxqrlih >c7nbvA_ GPLGSNPASLYRIDLFITFTDELITFDYKVHGRPVLTFRIPGFGLTPAGRMLVCMGEKPAHSPFTSSKSLYHVIFTSTCNSFSFTIYKGRYRSWKKPIHD ELVDRGYTTFREFFKAVRGYHADYYKQRLIH >UniRef50_P08544(814-1148:2303) RNA-directed RNA polymerase 3D-POL n=118 Tax=Picornaviridae RepID=POLG_TMEVB E=0 s/c=0.72 id=89% cov=101% NPVPilelENPAALYRIDLFITFTDEFITFDYKVHGRPVLTFRIPGFGLTPAGRMLVCMGEQPAHGPFTSSRSLYHVIFTATCSSFSFSIYKGRYRSWKK PIHDELVDRGYTTFGEFFKAVRGYHADYYRQRLIH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1077 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1077 0 0 L 3 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 3 0 * * * * * * 1077 0 0 G 4 * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * 4 1000 1000 * 2000 415 * * 1077 1000 0 S 5 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 5 0 * * * * * * 1077 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1077 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1077 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1077 0 0 S 9 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 9 0 * * * * * * 1077 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 11 0 * * * * * * 1077 0 0 R 12 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 12 0 * * * * * * 1077 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1077 0 0 D 14 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1077 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1077 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1077 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1077 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1077 0 0 F 19 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1077 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1077 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1077 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1077 0 0 L 23 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1077 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1077 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1077 0 0 F 26 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1077 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1077 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1077 0 0 V 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 30 0 * * * * * * 1077 0 0 H 31 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1077 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1077 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1077 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1077 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1077 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1077 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1077 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1077 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1077 0 0 I 40 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1077 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1077 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1077 0 0 F 43 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1077 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1077 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1077 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 46 0 * * * * * * 1077 0 0 P 47 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1077 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1077 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1077 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1077 0 0 M 51 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1077 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1077 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 53 0 * * * * * * 1077 0 0 C 54 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1077 0 0 M 55 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1077 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1077 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1077 0 0 K 58 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1077 0 0 P 59 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1077 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1077 0 0 H 61 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1077 0 0 S 62 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 62 0 * * * * * * 1077 0 0 P 63 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1077 0 0 F 64 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1077 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1077 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 66 0 * * * * * * 1077 0 0 S 67 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 67 0 * * * * * * 1077 0 0 K 68 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 68 0 * * * * * * 1077 0 0 S 69 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 69 0 * * * * * * 1077 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 71 0 * * * * * * 1077 0 0 H 72 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1077 0 0 V 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 73 0 * * * * * * 1077 0 0 I 74 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1077 0 0 F 75 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1077 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 76 0 * * * * * * 1077 0 0 S 77 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 77 0 * * * * * * 1077 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 78 0 * * * * * * 1077 0 0 C 79 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1077 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 80 0 * * * * * * 1077 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 81 0 * * * * * * 1077 0 0 F 82 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1077 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1077 0 0 F 84 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1077 0 0 T 85 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 85 0 * * * * * * 1077 0 0 I 86 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1077 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1077 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1077 0 0 R 90 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 90 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 91 0 * * * * * * 1077 0 0 R 92 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 92 0 * * * * * * 1077 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1077 0 0 W 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 94 0 * * * * * * 1077 0 0 K 95 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1077 0 0 K 96 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1077 0 0 P 97 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1077 0 0 I 98 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1077 0 0 H 99 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1077 0 0 D 100 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1077 0 0 E 101 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1077 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1077 0 0 V 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 103 0 * * * * * * 1077 0 0 D 104 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1077 0 0 R 105 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 105 0 * * * * * * 1077 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1077 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1077 0 0 T 109 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 109 0 * * * * * * 1077 0 0 F 110 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1077 0 0 R 111 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 111 0 * * * * * * 1077 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1077 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1077 0 0 F 114 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1077 0 0 K 115 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1077 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1077 0 0 V 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 117 0 * * * * * * 1077 0 0 R 118 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 118 0 * * * * * * 1077 0 0 G 119 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 120 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 120 0 * * * * * * 1077 0 0 H 121 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1077 0 0 A 122 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1077 0 0 D 123 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1077 0 0 Y 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 125 0 * * * * * * 1077 0 0 K 126 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 126 0 * * * * * * 1077 0 0 Q 127 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1077 0 0 R 128 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 128 0 * * * * * * 1077 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1077 0 0 I 130 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1077 0 0 H 131 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * 0 * * * 1077 0 0 //