HHsearch 1.5 NAME c6v3pD_ FAM FILE c6v3pD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6v3pD_.a3m DATE Sat Dec 5 08:40:53 2020 LENG 103 match states, 103 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.2 EVD 0.4477 0.3110 SEQ >ss_dssp CCEEEETTSBCCEETTSCEEEEEEEECSSCCEEECHHHHHHHCSSCCSCCEEECSSCCSSEEEEEEEECSCCTTCCEEEEEEEECSSCCEEEEEEEECEE CCC >sa_dssp ECDBDBDCEEBEBDDDDDBEACACADBECDADCCCECADECACEEEDECCEDEDDEDDEDDBCACACAEDADDEBDCEACACADBEEECECEDEACADBD EEE >ss_pred CEEEEECCCCEEEEECCEEEEEEEECCCCEEEEEHHHHHCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCEEEEEEEECCCCCEEEEEEEEEEE ECC >ss_conf 9168876132079837818999997266268863243100125410224664403689860589999741012552459999734657710058999998 539 >Consensus xxxLtvtpxxxTVxxgedvxfxvTakddxxxxlxxxdxxxkyxxxVsxrxxxxyxtxtdxxKvxxitixxxxxxetxtiTfxAxDxAgxxtekTxTixVx Kke >c6v3pD_ KIELTVSPENITVYEGEDVKFTVTAKSDSKTTLDFSDLLTKYNPSVSDRISTNYKTNTDNHKIAEITIKNLKLNESQTVTLKAKDDSGNVVEKTFTITVQ KKE >UniRef50_Q1JFT4(317-414:944) Cell surface protein n=30 Tax=Streptococcus RepID=Q1JFT4_STRPD E=5e-08 s/c=0.60 id=41% cov=94% ---LTVTPEQQTVKVDEDITFTVTVEDENEVELGLDDLKAKYeNDIIGARVKIKYLTKEPNKKVMEVTIMKATLADKGAITFTAKDKAGNQAEpKTVTIN V---- >UniRef50_C5NVD3(657-760:1582) C protein alpha-antigen n=1 Tax=Gemella haemolysans ATCC 10379 RepID=C5NVD3_9BACL E=7e-07 s/c=0.53 id=39% cov=98% ---LAITPANQTVVEGQTVTFIVTARDNKIVNLDANDFLTKYGTRVfSGKASVTSPTDTDTEKIRRITITTTAedVGKTNTITFNATDNANHrATPVSFT FTVTKRD >UniRef50_C2CUV8(733-842:1357) Putative uncharacterized protein (Fragment) n=1 Tax=Gardnerella vaginalis ATCC 14019 RepID=C2CUV8_GARVA E=8e-17 s/c=0.80 id=37% cov=98% ---LTADKDSVTVKVGEDLKIQLTAKDDVKiesidtatATMAFARNDFSKMMAVAARAKTDYTKNSDKEKVFTYNFSGFKPEEvgTYTLTFSATDAAGHK TEKTVTVKVEKKE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 I 2 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 2292 0 0 T 5 1941 * * * * * * * * * * * * * * * 435 * * * 5 0 * * * * * * 2292 0 0 V 6 1903 * * * * * * 1941 * * * * * * * * * 1082 * * 6 0 * * * * * * 2292 0 0 S 7 * * 1903 * * * * * * * * * * * * 2170 970 * * * 7 0 * * * * * * 2292 0 0 P 8 * * * * * * * * 1903 * * * 449 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 2292 0 0 E 9 1941 * 1903 1082 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2292 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 1051 * 2000 * 1903 * * * * 10 0 * * * * * * 2292 0 0 I 11 * * * * * * * 2170 * * * * * 970 * * * 1903 * * 11 0 * * * * * * 2292 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 2292 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 2292 0 0 Y 14 * * * * * * * * 951 * * * * * * * * 1941 * 2170 14 0 * * * * * * 2292 0 0 E 15 * * * 1051 * * * * * * * * * * * * * 951 * * 15 0 * * * * * * 2292 0 0 G 16 * * 2000 * * 415 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 2292 0 0 E 17 * * * 435 * * * * * * * * * 1941 * * * * * * 17 0 * * * * * * 2292 0 0 D 18 * * 435 * * * * * * * * * * * * * 1941 * * * 18 0 * * * * * * 2292 0 0 V 19 * * * * * * * 2000 * 1903 * * * * * * * 1051 * * 19 0 * * * * * * 2292 0 0 K 20 * * * * * * * * 1030 * * * * * * * 970 * * * 20 0 * * * * * * 2292 0 0 F 21 * * * * 449 * * 1903 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 2292 0 0 T 22 * * * * * * * 1941 * * * * * 1903 * * 1082 * * * 22 0 * * * * * * 2292 0 0 V 23 * * * * * * * * * 1903 * * * * * * * 449 * * 23 0 * * * * * * 2292 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 2292 0 0 A 25 415 * * * * * * * * * * * * * * * * 2000 * * 25 0 * * * * * * 2292 0 0 K 26 * * * 2000 * * * * 1030 * * * * * 1941 * * * * * 26 0 * * * * * * 2292 0 0 S 27 * * 363 * * * * * * * * * * * * 2170 * * * * 27 0 * * * * * * 2292 0 0 D 28 * * 1030 2000 * * * * * * * 1941 * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 2292 0 0 S 29 * * * * * * * * 1941 * * 2000 * * * 2170 * 1903 * * 29 0 * * * * * * 2292 0 0 K 30 * * * 2000 * * * 1941 1030 * * * * * * * * * * * 30 449 1903 * 3000 193 * * 2292 1000 0 T 31 1903 * * * * * * * * * * * * * * * 2170 970 * * 31 0 * * * * * * 2292 0 0 T 32 * * * 2000 * * * * * * * 1941 * * * * 1030 * * * 32 0 * * * * * * 2292 0 0 L 33 * * * * * * * * * 449 1903 * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2292 0 0 D 34 1903 * 1051 * * 2000 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2292 0 0 F 35 1941 * * * 1030 * * * * 2000 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2292 0 0 S 36 1903 * 2000 * * * * * * * * 1941 * * * 2170 * * * * 36 0 * * * * * * 2292 0 0 D 37 * * 449 * * * * * * * * * * * 1903 * * * * * 37 0 * * * * * * 2292 0 0 L 38 * * * * 1941 * * * * 1082 * 1903 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 2292 0 0 L 39 * * 1903 * * * * * 2000 1051 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 2292 0 0 T 40 2000 * * * 1903 * * * * * * * * * * * 1051 * * * 40 0 * * * * * * 2292 0 0 K 41 * * * * * * * * 449 * * * * * * 1903 * * * * 41 0 * * * * * * 2292 0 0 Y 42 * * * * * * * * 1903 * * * * * * * * * * 449 42 415 2000 * 0 * * * 2292 1000 0 N 43 * * * * * 1941 * * * * 1903 1082 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 2292 0 0 P 44 * * 2000 * * * * * * * 1903 * 2170 * * * 1941 * * * 44 0 * * * * * * 2292 0 0 S 45 1903 * * * * * * 2000 * * * * * * 1941 2170 * * * * 45 0 * * * * * * 2292 0 0 V 46 * * * * * * * 2000 * * * * * * * * * 415 * * 46 435 1941 * 0 * * * 2292 1000 0 S 47 1903 * * * * 2000 * * * * * * * * * 1051 * * * * 47 0 * * * * * * 2292 0 0 D 48 951 * 2170 * * 1941 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 2292 0 0 R 49 * * * * * * * * 1941 * * * * * 435 * * * * * 49 0 * * * * * * 2292 0 0 I 50 922 * * * * * * 2170 * * * * * * * * * 2000 * * 50 0 * * * * * * 2292 0 0 S 51 * * * * * * * * 951 * * * * * * 1051 * * * * 51 0 * * * * * * 2292 0 0 T 52 * * * * * * * 2000 * * * * * * * * 1030 1941 * * 52 0 * * * * * * 2292 0 0 N 53 * * 1903 * * * * * 2000 * * 2170 * * * * 1941 * * * 53 0 * * * * * * 2292 0 0 Y 54 * * * * * * * * * * * * * * * 1941 * * * 435 54 0 * * * * * * 2292 0 0 K 55 * * * * * * * * 2170 2000 * * 1941 * * * 1903 * * * 55 0 * * * * * * 2292 0 0 T 56 * * * * * * * * 1903 * * * * * * * 449 * * * 56 0 * * * * * * 2292 0 0 N 57 * * 1941 * * * * * 2000 * * 1030 * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 2292 0 0 T 58 * * * 2000 * * * * * * * * * * * 1903 1051 * * * 58 0 * * * * * * 2292 0 0 D 59 * * 415 * * * * * * * * * 2000 * * * * * * * 59 0 * * * * * * 2292 0 0 N 60 * * * * * * * * 1903 * * 1082 * * * * 1941 * * * 60 0 * * * * * * 2292 0 0 H 61 * * * 922 * * 2170 * 2000 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 2292 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 2292 0 0 I 63 * * * * * * * 1051 * * * * * * * * * 951 * * 63 0 * * * * * * 2292 0 0 A 64 2170 * * * 1903 * * * * * 2000 * * * 1941 * * * * * 64 0 * * * * * * 2292 0 0 E 65 * * * 1082 * * * * * * * * * * 1941 * 1903 * * * 65 0 * * * * * * 2292 0 0 I 66 * * * * * * * 1051 * * * * * * * * * 2000 * 1903 66 0 * * * * * * 2292 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * 1903 * * * * 449 * * * 67 0 * * * * * * 2292 0 0 I 68 * * * * 1903 * * 449 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 2292 0 0 K 69 * * * * * * * * 2170 * 2000 * * * * 1903 1941 * * * 69 0 * * * * * * 2292 0 0 N 70 * * * * * 1903 * * 2000 * * 2170 * * * * 1941 * * * 70 0 * * * * * * 2292 0 0 L 71 2000 * * * 1903 * * * * 2170 * * * * * * 1941 * * * 71 0 * * * * * * 2292 0 0 K 72 1941 * * * * * * * 1030 * * * * * * * 2000 * * * 72 435 1941 * 1000 1000 * * 2292 1000 0 L 73 * * * * * * * * * 1082 * * 1903 * * * * 1941 * * 73 0 * * * * * * 2292 0 0 N 74 2000 * * 1903 * 1941 * * * * * 2170 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 2292 0 0 E 75 * * 2000 1030 * * * * 1941 * * * * * * * * * * * 75 449 1903 * 1000 1000 * * 2292 1000 0 S 76 * * * * * * * * 2000 * * * * * * 2170 922 * * * 76 0 * * * * * * 2292 0 0 Q 77 * * * * * 2000 * * * * * 1941 * 2170 * * * * * 1903 77 0 * * * * * * 2292 0 0 T 78 2000 * * * * * * * * * * * * * * * 415 * * * 78 0 * * * * * * 2292 0 0 V 79 * * * * * * * 970 * 1903 * * * * * * * 2170 * * 79 0 * * * * * * 2292 0 0 T 80 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 80 0 * * * * * * 2292 0 0 L 81 * * * * 363 * * * * 2170 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 2292 0 0 K 82 * * * * * * * * 2170 * * 1941 * * * 1903 2000 * * * 82 0 * * * * * * 2292 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2292 0 0 K 84 * * * * * * * * 1082 * * * * * * * 922 * * * 84 0 * * * * * * 2292 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 2292 0 0 D 86 1903 * 2170 * * * * * 2000 * * 1941 * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2292 0 0 S 87 363 * * * * * * * * * * * * * * 2170 * * * * 87 0 * * * * * * 2292 0 0 G 88 * * * * * 435 * * * * * 1941 * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 2292 0 0 N 89 * * * * * * 922 * * * * 1082 * * * * * * * * 89 435 1941 * 0 * * * 2292 1000 0 V 90 1941 * * * * * * * 1903 * * * * 2000 * * * 2170 * * 90 0 * * * * * * 2292 0 0 V 91 2000 * * * * * * * * * * * * * * * 922 2170 * * 91 0 * * * * * * 2292 0 0 E 92 * * * 435 * * * * * * * * 1941 * * * * * * * 92 415 2000 * 0 * * * 2292 1000 0 K 93 * * * * * * * * 435 * * * * * * * * 1941 * * 93 0 * * * * * * 2292 0 0 T 94 * * * * * * * * * * * * * * * 1941 435 * * * 94 0 * * * * * * 2292 0 0 F 95 * * * * 1051 * * * * * * * * * * * * 951 * * 95 0 * * * * * * 2292 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 96 0 * * * * * * 2292 0 0 I 97 * * * * 1941 * * 1082 * * * * * * * * * 1903 * * 97 0 * * * * * * 2292 0 0 T 98 * * * * * * * * 1903 * * 2000 * * * * 1051 * * * 98 0 * * * * * * 2292 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 99 0 * * * * * * 2292 0 0 Q 100 * * * 1528 * * * * * * * * * 1682 * * 1549 * * * 100 0 * * * * * * 1973 0 0 K 101 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1973 0 0 K 102 * * * * * * * * 603 * * * * * 1549 * * * * * 102 0 * * * * * * 1973 0 0 E 103 * * 1549 603 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * 0 * * * 1973 0 0 //