HHsearch 1.5 NAME c6tmiR_ FAM FILE c6tmiR_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6tmiR_.a3m DATE Mon Jan 4 14:27:08 2021 LENG 50 match states, 50 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4887 3.1500 SEQ >ss_dssp CCCSCCSCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTCCCCCCCCCTTTTC >sa_dssp EEEEEEEEEDEDEDDEDEEEDDEEEDDEEDEDEEEEEDEEEEEEEEEEEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCCCCCC >ss_conf 93235543202466788874114568876667641354110145367879 >Consensus taaksalsdlnwfsdladiysgqqtmaemdvalkaqgeqklsypiqgkni >c6tmiR_ TAAKSALSDLNWFSDLADIYSGQQTMAEMDVALKAQGEQKLSYPIQGKNI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 W 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 F 13 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 24 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 M 26 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 M 29 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 A 32 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 K 40 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1000 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 K 48 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //