HHsearch 1.5 NAME c6tdyJ_ FAM FILE c6tdyJ_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6tdyJ_.a3m DATE Sat Nov 30 08:22:38 2019 LENG 170 match states, 170 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.3945 -1.1667 SEQ >ss_dssp CCCCEECTTCCEECCCCHHHHHHHHTCSSTTTTHHHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHHHHHHHSSCSSSSCCTTCCHHHHHHHHHHHHHTTTCCCCCHHHHH HHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHTTTTCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTSCHHHHSCCCSSCCTTTTTC >sa_dssp EDEECEDEEDEEBDDEADECBDDADEBECBCDACDBBEDADEDDBBACCEABABAACCBAEBECDEEEEDEECECCDCACDBBECADEEDDCECDDDABC CAADBBCEECDBDDADEBBECBDEEECEBEEDCCECADDCBEEAEEEDECDDEEEEEEECEDEDEEDDEE >ss_pred CCCCCEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHH HHHHHHHHCCCCEEEHHHHHHHHHHCCCCHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCCCCCCCHHCCC >ss_conf 9864002223554135245789866544111212066883046589314668999999973810012664473578999999998775228898702279 9999998407821411421001340767103321022100233320247415887630733113100169 >Consensus xgxkxydlfgyevxxxtxpxiexikkxxxydxagevxvxmnxxnxppdlxtynaxlxxixxxxskxxxpvxxexkfxammdxxeemxxrxxikpnxeswx xvxkexvqxgxfrlgxvciagmkslgitpdqalvdaneanaakakaagtdfpaylkkaapesfdtkawgi >c6tdyJ_ AGGKRYDLFGYEVSVATGPFIEEIKKAQFYDDAGEVIVKMNLANTPPDLQTYNAVLERILNCKSKRSQPVKGENKFAAMMDILEEMDARSGIKPNAESWG YVLKELVQAGDFRLGWVCIAGMKSLGITPDQALVDANEANAAKAKAAGTDFPAYLKKAAPESFDTKAWGI >UniRef50_Q25423(21-141:187) Protein P18, mitochondrial n=8 Tax=Trypanosomatidae RepID=P18_LEITA E=1e-39 s/c=1.36 id=58% cov=71% GGAKKYDLFGYEVDTNTAPWIEKVKKCRYYDEAGEVLVSMNVKNCPPDLETYNATLQKIFEAPSKQEKPVENESKFCAMMDLMEEMQHRNKVKPNEESWT WVMKECVQSGQFRLGY-CVA-------------------------------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 988 * * * * 1012 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1335 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1335 0 0 G 3 1012 * * * * 988 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1335 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1335 0 0 R 5 * * * * * * * * 1012 * * * * * 988 * * * * * 5 0 * * * * * * 1335 0 0 Y 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 6 0 * * * * * * 1335 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1335 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1335 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1335 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1335 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 11 0 * * * * * * 1335 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1335 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1335 0 0 S 14 * * 1012 * * * * * * * * * * * * 988 * * * * 14 0 * * * * * * 1335 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 1012 988 * * 15 0 * * * * * * 1335 0 0 A 16 988 * * * * * * * * * * 1012 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1335 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1335 0 0 G 18 1012 * * * * 988 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1335 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1335 0 0 F 20 * * * * 988 * * * * * * * * * * * * * 1012 * 20 0 * * * * * * 1335 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1335 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1335 0 0 E 23 * * * 988 * * * * 1012 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1335 0 0 I 24 * * * * * * * 988 * * * * * * * * * 1012 * * 24 0 * * * * * * 1335 0 0 K 25 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1335 0 0 K 26 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1335 0 0 A 27 988 1012 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1335 0 0 Q 28 * * * * * * * * * * * * * 988 1012 * * * * * 28 0 * * * * * * 1335 0 0 F 29 * * * * 988 * * * * * * * * * * * * * * 1012 29 0 * * * * * * 1335 0 0 Y 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 30 0 * * * * * * 1335 0 0 D 31 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1335 0 0 D 32 * * 988 1012 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1335 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1335 0 0 G 34 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1335 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1335 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1335 0 0 I 37 * * * * * * * 988 * 1012 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1335 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1335 0 0 K 39 * * * * * * * * 988 * * * * * * 1012 * * * * 39 0 * * * * * * 1335 0 0 M 40 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1335 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1335 0 0 L 42 * * * * * * * * * 988 * * * * * * * 1012 * * 42 0 * * * * * * 1335 0 0 A 43 988 * * * * * * * 1012 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1335 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1335 0 0 T 45 * 1012 * * * * * * * * * * * * * * 988 * * * 45 0 * * * * * * 1335 0 0 P 46 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1335 0 0 P 47 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1335 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1335 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1335 0 0 Q 50 * * * 1012 * * * * * * * * * 988 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1335 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 51 0 * * * * * * 1335 0 0 Y 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 52 0 * * * * * * 1335 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1335 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1335 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * 1012 988 * * 55 0 * * * * * * 1335 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1335 0 0 E 57 * * * 988 * * * * * * * * * 1012 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1335 0 0 R 58 * * * * * * * * 1012 * * * * * 988 * * * * * 58 0 * * * * * * 1335 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1335 0 0 L 60 * * * * 1012 * * * * 988 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1335 0 0 N 61 * * * 1012 * * * * * * * 988 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1335 0 0 C 62 1012 988 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1335 0 0 K 63 * * * * * * * * 988 * * * 1012 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1335 0 0 S 64 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 64 0 * * * * * * 1335 0 0 K 65 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1335 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * 1012 988 * * * * * 66 0 * * * * * * 1335 0 0 S 67 * * * 1012 * * * * * * * * * * * 988 * * * * 67 0 * * * * * * 1335 0 0 Q 68 * * * * * * * * 1012 * * * * 988 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1335 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1335 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1335 0 0 K 71 * * * 1012 * * * * 988 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1335 0 0 G 72 * * * * * 988 * * * * * 1012 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1335 0 0 E 73 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1335 0 0 N 74 * * * * * * * * * * * 988 * * * 1012 * * * * 74 0 * * * * * * 1335 0 0 K 75 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1335 0 0 F 76 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1335 0 0 A 77 988 1012 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1335 0 0 A 78 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1335 0 0 M 79 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1335 0 0 M 80 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1335 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1335 0 0 I 82 * * * * * * * 988 * 1012 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1335 0 0 L 83 * * * * * * * * * 988 1012 * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1335 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1335 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1335 0 0 M 86 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1335 0 0 D 87 * * 988 * * * * * * * * * * 1012 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1335 0 0 A 88 988 * * * * * 1012 * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1335 0 0 R 89 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 89 0 * * * * * * 1335 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * 1012 * * * 988 * * * * 90 0 * * * * * * 1335 0 0 G 91 * * * * * 988 * * 1012 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1335 0 0 I 92 * * * * * * * 988 * * * * * * * * * 1012 * * 92 0 * * * * * * 1335 0 0 K 93 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1335 0 0 P 94 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1335 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1335 0 0 A 96 988 * * 1012 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1335 0 0 E 97 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1335 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1335 0 0 W 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 99 0 * * * * * * 1335 0 0 G 100 * * * * * 988 * * * * * * * * * * 1012 * * * 100 0 * * * * * * 1335 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1012 988 101 0 * * * * * * 1335 0 0 V 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 102 0 * * * * * * 1335 0 0 L 103 * * * * * * * * * 988 1012 * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1335 0 0 K 104 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1335 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1335 0 0 L 106 * 1012 * * * * * * * 988 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1335 0 0 V 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 107 0 * * * * * * 1335 0 0 Q 108 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 108 0 * * * * * * 1335 0 0 A 109 988 * * * * * * * * * * * * * * 1012 * * * * 109 0 * * * * * * 1335 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1335 0 0 D 111 * * 988 * * * * * * * * * * 1012 * * * * * * 111 0 * * * * * * 1335 0 0 F 112 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1335 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1335 0 0 L 114 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1335 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1335 0 0 W 116 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 988 1012 116 988 * 1012 * * * * 1335 0 0 V 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 117 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 C 118 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1335 0 0 I 119 * * * * * * * 988 * * * * * * * * * 1012 * * 119 0 * * * * * * 1335 0 0 A 120 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1335 0 0 G 121 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 M 122 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 G 126 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 T 128 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 P 129 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 D 130 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 131 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 A 132 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 L 133 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 V 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 D 135 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 A 136 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 A 139 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 N 140 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 A 142 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 K 143 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 A 144 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 K 145 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 A 146 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 A 147 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 G 148 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 T 149 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 D 150 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 F 151 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 P 152 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 A 153 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 154 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 154 0 * * * * * * 1000 0 0 L 155 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 K 156 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 K 157 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 A 158 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 A 159 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 P 160 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 E 161 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 S 162 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 F 163 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 D 164 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 T 165 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 K 166 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 A 167 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 W 168 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 G 169 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 I 170 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 170 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //