HHsearch 1.5 NAME c6s44A_ FAM FILE c6s44A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6s44A_.a3m DATE Sat Jul 18 08:34:04 2020 LENG 146 match states, 146 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.3952 -0.9570 SEQ >ss_dssp CCCCEEEEEEEEEEECTTCEEEEEECCCSSSCSCEEEEEEEEEEEEECTTCEEEEEEEEESSCCSCSTTTBCSSSCCBCGGGTTTEEEEEEEEEECCCCS SCCEEEEEEEEEEEEEEEESSSEEEEEEEESSCEEEEEEEEEEECC >sa_dssp EEEDDECECEDECEBEDDDBCCCCADBEEECDEBDACDADACADADACBEDCACBBAACADDDBEECEDAACDECBECDEECEECBDDDBECDBDBEDEE EECCEDDBDDCBEBEEBACCECBABAABBABDCACBDADBDACACE >ss_pred CCCCEEEEEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCHHHHHCCCEEEECHHHHHHHHHEECCEEECCCCC CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEEEC >ss_conf 9872168775321012341478885037760589999999755232281012112312126754580233208601235225425211133224135102 3037888766533137754112689989851302456500689979 >Consensus xvpttrvvvhqSxvlxkdxVxxxxIkPexxvxRYxixKvxlxxxxrmxPGxlvxxxivKxsxxIxxxsaxxxaPxLxvKxxxqxmixiixxGkvEsxxxa GsDxxxxxxkxxxLxxxitqxxxLYvxxYxSxxvxxxxexRvxxxV >c6s44A_ AVPTTRVVVHQSAVLKKDDVSGSEIKPEGDVARYKIRKVMLSCTLRMRPGELVNYLIVKCSSPIVNWSAAFTAPALMVKESCQDMITIIGKGKVESNGVA GSDCTKSFNKFIRLGAGISQTQHLYVVMYTSEAVKTVLEHRVYIEV >UniRef50_O39831(27-172:172) Capsid protein n=15 Tax=Nanovirus RepID=CAPSD_FBNY2 E=6e-58 s/c=1.53 id=83% cov=101% SVPTTRVVVHQSAVLKKDEVVGTEIKPEGDVARYKMKKVMLTCTLRMAPGELVNYLIVKCNSPISSWSAAFTSPALLVKESCQDMITIIAKGKVESTGVA GTDCTKSFNRFIKLGAGITQTQHLYVVLYTSVALKAVLEHRVYVEV >UniRef50_Q65386(39-175:175) Capsid protein n=28 Tax=Babuvirus RepID=CAPSD_BBTVA E=1e-51 s/c=1.48 id=23% cov=93% -----------SILVPENTVKVFRIEPtDKTLPRYFIWKMFMLLVCKVKPGRILHWAMIKSSWEINQPTTCLEAPGLFIKPEHSHLVKLVCSGELEAGVA TGtSDVECLLRKTTVLRKNVTEVDYLYLAFYCSSGVSINYQNRITYHV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1 0 * * * * * * 1121 0 0 V 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 2 0 * * * * * * 1121 0 0 P 3 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1121 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1121 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1121 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1121 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1121 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1121 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1121 0 0 H 10 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1121 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1121 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1822 0 0 A 13 827 * * * * * * 1196 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1822 0 0 V 14 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * 14 0 * * * * * * 1822 0 0 L 15 * * * * * * * * * 827 * * * * * * * 1196 * * 15 0 * * * * * * 1822 0 0 K 16 * * * * * * * * 827 * * * 1196 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1822 0 0 K 17 * * * 1196 * * * * 827 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1822 0 0 D 18 * * 827 * * * * * * * * 1196 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1822 0 0 D 19 * * 1851 1804 * * * * * * * * * * * * 1196 * * * 19 0 * * * * * * 1822 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1822 0 0 S 21 * * * * * * * * 1196 * * * * * * 1851 * 1804 * * 21 0 * * * * * * 1822 0 0 G 22 * * * * * 827 * * * * * * * * * * * 1196 * * 22 0 * * * * * * 1822 0 0 S 23 * * * * 1196 * * * * * * * * * * 1851 1804 * * * 23 0 * * * * * * 1822 0 0 E 24 * * * 827 * * * * * * * * * * 1196 * * * * * 24 0 * * * * * * 1822 0 0 I 25 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1822 0 0 K 26 * * * 1196 * * * * 827 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1822 0 0 P 27 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 27 827 1196 * 0 * * * 1822 1000 0 E 28 * * 1196 827 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1822 0 0 G 29 * * * * * 827 * * 1196 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1822 0 0 D 30 * * 827 * * * * * * * * * * * * * 1196 * * * 30 0 * * * * * * 1822 0 0 V 31 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * 31 0 * * * * * * 1822 0 0 A 32 827 * * * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1822 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1822 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 1822 0 0 K 35 * * * * 1196 * * * 827 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1822 0 0 I 36 * * * * * * * 487 * * 1804 * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1822 0 0 R 37 * * * * * * * * 1804 * * * * * 1851 * * * 1196 * 37 0 * * * * * * 1822 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1822 0 0 V 39 * * * * * * * * * * 1196 * * * * * * 827 * * 39 0 * * * * * * 1822 0 0 M 40 * * * * 1196 * * * * * 827 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1822 0 0 L 41 * * * * * * * * * 827 1196 * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1822 0 0 S 42 * * * * * * * * * 1196 * * * * * 1851 1804 * * * 42 0 * * * * * * 1822 0 0 C 43 * 827 * * * * * * * 1196 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1822 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 827 1196 * * 44 0 * * * * * * 1822 0 0 L 45 * 1196 * * * * * * * 827 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1822 0 0 R 46 * * * * * * * * 1196 * * * * * 827 * * * * * 46 0 * * * * * * 1822 0 0 M 47 * * * * * * * * * * 827 * * * * * * 1196 * * 47 0 * * * * * * 1822 0 0 R 48 1804 * * * * * * * 1196 * * * * * 1851 * * * * * 48 0 * * * * * * 1822 0 0 P 49 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1822 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1822 0 0 E 51 * * * 827 * * * * * * * * * * 1196 * * * * * 51 0 * * * * * * 1822 0 0 L 52 * * * * * * * 1196 * 827 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1822 0 0 V 53 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * 53 0 * * * * * * 1822 0 0 N 54 * * * * * * 1196 * * * * 827 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1822 0 0 Y 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1196 827 55 0 * * * * * * 1822 0 0 L 56 1196 * * * * * * * * 827 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1822 0 0 I 57 * * * * * * * 827 * * 1196 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1822 0 0 V 58 * * * * * * * 1196 * * * * * * * * * 827 * * 58 0 * * * * * * 1822 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1822 0 0 C 60 * 827 * * * * * * * * * * * * * 1196 * * * * 60 0 * * * * * * 1822 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * 1804 * * * 487 * * * * 61 0 * * * * * * 1822 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 827 * * 1196 * 62 0 * * * * * * 1822 0 0 P 63 * * * 1196 * * * * * * * * 827 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1822 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1822 0 0 V 65 * * * * * * * * * * * 1196 * * * 1804 * 1851 * * 65 0 * * * * * * 1822 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 1851 * 1196 * 1804 * * * * 66 0 * * * * * * 1822 0 0 W 67 * * * * * * * * * * * * 1196 * * * * * 827 * 67 0 * * * * * * 1822 0 0 S 68 * * * * * * * * * * * * * * * 827 1196 * * * 68 0 * * * * * * 1822 0 0 A 69 827 * * * * * * * * * * * * * * * 1196 * * * 69 0 * * * * * * 1822 0 0 A 70 827 1196 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1822 0 0 F 71 * * * * 827 * * * * 1196 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1822 0 0 T 72 * * * 1196 * * * * * * * * * * * * 827 * * * 72 0 * * * * * * 1822 0 0 A 73 487 * * * * * * * * * * * * * * 1804 * * * * 73 0 * * * * * * 1822 0 0 P 74 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1822 0 0 A 75 827 * * * * 1196 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1822 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1822 0 0 M 77 * * * * 1196 * * * * 1804 1851 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1822 0 0 V 78 * * * * * * * 1196 * * * * * * * * * 827 * * 78 0 * * * * * * 1822 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1822 0 0 E 80 * * * 827 * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1822 0 0 S 81 * * * 1196 * * * * * * * * * * * 827 * * * * 81 0 * * * * * * 1822 0 0 C 82 * 827 * * * * 1196 * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1822 0 0 Q 83 * * * * * * * * * * * * * 827 * 1196 * * * * 83 0 * * * * * * 1822 0 0 D 84 * * 827 * * * 1196 * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1822 0 0 M 85 * * * * * * * * * 1196 827 * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1822 0 0 I 86 * * * * * * * 827 * * * * * * * * * 1196 * * 86 0 * * * * * * 1822 0 0 T 87 * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * * 87 0 * * * * * * 1822 0 0 I 88 * * * * * * * 827 * 1196 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1822 0 0 I 89 * * * * * * * 827 * * * * * * * * * 1196 * * 89 0 * * * * * * 1822 0 0 G 90 1804 1196 * * * 1851 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1822 0 0 K 91 * * * * * * * * 827 * * * * * * 1196 * * * * 91 0 * * * * * * 1822 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1822 0 0 K 93 * * * 1196 * * * * 827 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1822 0 0 V 94 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * 94 0 * * * * * * 1822 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1822 0 0 S 96 1196 * * * * * * * * * * * * * * 827 * * * * 96 0 * * * * * * 1822 0 0 N 97 * * * * * 1196 * * * * * 1851 * * * * 1804 * * * 97 0 * * * * * * 1822 0 0 G 98 * * * * * 827 * * * * * * * * * * * 1196 * * 98 0 * * * * * * 1822 0 0 V 99 1196 * * * * * * * * * * * * * * * * 827 * * 99 0 * * * * * * 1822 0 0 A 100 827 * * * * * * * * * * * * * * * 1196 * * * 100 0 * * * * * * 1822 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 827 1196 * 0 * * * 1822 1000 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 487 1804 * * * 102 0 * * * * * * 1822 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1822 0 0 C 104 * 827 * * * * * * * * * * * * * * * 1196 * * 104 0 * * * * * * 1822 0 0 T 105 * * * 1196 * * * * * * * * * * * * 827 * * * 105 0 * * * * * * 1822 0 0 K 106 * 1196 * * * * * * 827 * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1822 0 0 S 107 * * * * * * * * * 1196 * * * * * 827 * * * * 107 0 * * * * * * 1822 0 0 F 108 * * * * 827 * * * * 1196 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1822 0 0 N 109 * * * * * * * * * * * 827 * * 1196 * * * * * 109 0 * * * * * * 1822 0 0 K 110 * * * * * * * * 487 * * * * * 1804 * * * * * 110 0 * * * * * * 1822 0 0 F 111 * * * * 827 * * * * * * * * * * * 1196 * * * 111 0 * * * * * * 1822 0 0 I 112 * * * * * * * 827 * * * * * * * * 1196 * * * 112 0 * * * * * * 1822 0 0 R 113 * * * * * * * * 1804 * * * * * 1851 * * 1196 * * 113 0 * * * * * * 1822 0 0 L 114 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1822 0 0 G 115 * * * * * 827 * * * * * * * * 1196 * * * * * 115 0 * * * * * * 1822 0 0 A 116 827 * * * * * * * 1196 * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1822 0 0 G 117 * * * * * 827 * * * * * 1196 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1822 0 0 I 118 * * * * * * * 827 * * * * * * * * * 1196 * * 118 0 * * * * * * 1822 0 0 S 119 * * * * * * * * * * * * * * * 1851 468 * * * 119 0 * * * * * * 1822 0 0 Q 120 * * * 1196 * * * * * * * * * 827 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1822 0 0 T 121 * * * * * * * * * * * * * * * * 827 1196 * * 121 0 * * * * * * 1822 0 0 Q 122 * * 1196 * * * * * * * * * * 827 * * * * * * 122 0 * * * * * * 1822 0 0 H 123 * * * * * * 827 * * * * * * * * * * * * 1196 123 0 * * * * * * 1822 0 0 L 124 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1822 0 0 Y 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 125 0 * * * * * * 1822 0 0 V 126 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * * 827 * * 126 0 * * * * * * 1822 0 0 V 127 1196 * * * * * * * * * * * * * * * * 827 * * 127 0 * * * * * * 1822 0 0 M 128 * * * * 1196 * * * * 1804 1851 * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1822 0 0 Y 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 129 0 * * * * * * 1822 0 0 T 130 * 1196 * * * * * * * * * * * * * * 827 * * * 130 0 * * * * * * 1822 0 0 S 131 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 131 0 * * * * * * 1822 0 0 E 132 * * * 1851 * * * * * * * * * * * 1196 * 1804 * * 132 0 * * * * * * 1822 0 0 A 133 827 * * * * 1196 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1822 0 0 V 134 * * * * * * * * * 1804 * * * * * * * 487 * * 134 0 * * * * * * 1822 0 0 K 135 * * * * * * * * 827 * * * * * * 1196 * * * * 135 0 * * * * * * 1822 0 0 T 136 1804 * * * * * * 1196 * * * * * * * * 1851 * * * 136 0 * * * * * * 1822 0 0 V 137 * * * * * * * * * * * 1196 * * * * * 827 * * 137 0 * * * * * * 1822 0 0 L 138 * * * * * * * * * 827 * * * * * * * * * 1196 138 0 * * * * * * 1822 0 0 E 139 * * * 827 * * * * * * * * * 1196 * * * * * * 139 0 * * * * * * 1822 0 0 H 140 * * * * * * 827 * * * * 1196 * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1822 0 0 R 141 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 141 0 * * * * * * 1822 0 0 V 142 * * * * * * * 1196 * * * * * * * * * 827 * * 142 0 * * * * * * 1822 0 0 Y 143 * * * * * * * * * * * * * * * * 1196 * * 827 143 0 * * * * * * 1822 0 0 I 144 * * * * * * * 1851 * * * * * * * * * 1804 * 1196 144 0 * * * * * * 1822 0 0 E 145 * * * 827 * * 1196 * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1822 0 0 V 146 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 146 0 * * 0 * * * 1822 0 0 //