HHsearch 1.5 NAME c6s3bB_ FAM FILE c6s3bB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6s3bB_.a3m DATE Sat Oct 24 08:32:01 2020 LENG 132 match states, 132 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4244 -0.3625 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTC HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTC >sa_dssp EEECCDDACECACDABEBADDABDCACDABECBEEEEDECADECBEDACDBCDDACDCADDABEDADCEEBDECADDACEBADDABEAADCABDAAEDDC EECBEECDDDBEEACDDAEDACDDABDCBEEE >ss_pred CCHHHHHHHCCCCHHHEEEEECCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9035666640656101004300354128999996065002013666869874788999999885420267999999999999988767532277878875 99987540344203568999999998665239 >Consensus eldxxxxqxdxxnnxllxairssanvssxfiexxxgxxxxaxxrxxlsxxxxxxxxaxixxxxxxxxepxlxgxxxelxaxfxeyxxavxgqrxatrxxs xxxyfxvnxxagxxmxxlqxxrxxlvxxlxxr >c6s3bB_ ELDQTAHQSDRLNNALLMAIRSSANVSSGFIEQLGGHDESAGKRMALSVELNNKSQALVDEFVENAREPALRGLATELQATFAEYAKAVAGQREATRQRS LEQYFKVNSDAGNAMGRLQTLRQQLVTTLSER >UniRef50_C3KD04(68-199:567) Putative methyl-accepting chemotaxis protein n=1 Tax=Pseudomonas fluorescens SBW25 RepID=C3KD04_PSEFS E=6e-44 s/c=1.34 id=45% cov=101% ELDRATSQIDGINNSLLLAIRTSANVSSAFIEIMAGRQQDAEARLILSEAIWKEAIAKIEASTADITEPTLKGYVRELKAAFTEYGDAVVGQRAATRAQS AKDYFQVNIAAGKGMTKLQAVRVKLVDELDTR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1459 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1459 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 4 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 4 0 * * * * * * 1459 0 0 T 5 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1459 0 0 A 6 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 6 0 * * * * * * 1459 0 0 H 7 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * 7 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 8 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 8 0 * * * * * * 1459 0 0 S 9 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 9 0 * * * * * * 1459 0 0 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1459 0 0 R 11 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 11 0 * * * * * * 1459 0 0 L 12 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1459 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1459 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1459 0 0 A 15 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1459 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1459 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1459 0 0 M 18 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1459 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1459 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1459 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1459 0 0 S 22 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 22 0 * * * * * * 1459 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1459 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1459 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1459 0 0 V 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 26 0 * * * * * * 1459 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1459 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1459 0 0 G 29 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1459 0 0 F 30 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1459 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1459 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 33 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1459 0 0 L 34 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1459 0 0 G 35 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1459 0 0 G 36 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1459 0 0 H 37 * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * 37 0 * * * * * * 1459 0 0 D 38 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1459 0 0 E 39 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1459 0 0 S 40 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 40 0 * * * * * * 1459 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1459 0 0 G 42 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1459 0 0 K 43 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1459 0 0 R 44 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 44 0 * * * * * * 1459 0 0 M 45 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1459 0 0 A 46 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1459 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1459 0 0 S 48 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 48 0 * * * * * * 1459 0 0 V 49 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 49 0 * * * * * * 1459 0 0 E 50 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1459 0 0 L 51 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1459 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * 52 0 * * * * * * 1459 0 0 N 53 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1459 0 0 K 54 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1459 0 0 S 55 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 55 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 56 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1459 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1459 0 0 L 58 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1459 0 0 V 59 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 59 0 * * * * * * 1459 0 0 D 60 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1459 0 0 E 61 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1459 0 0 F 62 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 62 0 * * * * * * 1459 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 63 0 * * * * * * 1459 0 0 E 64 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1459 0 0 N 65 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1459 0 0 A 66 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1459 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 67 0 * * * * * * 1459 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1459 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1459 0 0 A 70 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 70 0 * * * * * * 1459 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1459 0 0 R 72 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 72 0 * * * * * * 1459 0 0 G 73 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1459 0 0 L 74 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 74 0 * * * * * * 1459 0 0 A 75 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 75 0 * * * * * * 1459 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 76 0 * * * * * * 1459 0 0 E 77 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1459 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 79 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1459 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1459 0 0 T 81 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 81 0 * * * * * * 1459 0 0 F 82 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1459 0 0 A 83 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 83 0 * * * * * * 1459 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1459 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1459 0 0 A 86 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1459 0 0 K 87 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1459 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1459 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1459 0 0 A 90 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 90 0 * * * * * * 1459 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1459 0 0 R 93 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 93 0 * * * * * * 1459 0 0 E 94 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1459 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1459 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 96 0 * * * * * * 1459 0 0 R 97 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 97 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 98 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1459 0 0 R 99 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 99 0 * * * * * * 1459 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1459 0 0 L 101 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1459 0 0 E 102 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 103 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1459 0 0 Y 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 104 0 * * * * * * 1459 0 0 F 105 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1459 0 0 K 106 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 106 0 * * * * * * 1459 0 0 V 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 107 0 * * * * * * 1459 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1459 0 0 S 109 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 109 0 * * * * * * 1459 0 0 D 110 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1459 0 0 A 111 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1459 0 0 G 112 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1459 0 0 N 113 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1459 0 0 A 114 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1459 0 0 M 115 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1459 0 0 G 116 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 116 0 * * * * * * 1459 0 0 R 117 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 117 0 * * * * * * 1459 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 119 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 119 0 * * * * * * 1459 0 0 T 120 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 120 0 * * * * * * 1459 0 0 L 121 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 121 0 * * * * * * 1459 0 0 R 122 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 122 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 123 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * 123 0 * * * * * * 1459 0 0 Q 124 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 124 0 * * * * * * 1459 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1459 0 0 V 126 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 126 0 * * * * * * 1459 0 0 T 127 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 127 0 * * * * * * 1459 0 0 T 128 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 128 0 * * * * * * 1459 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1459 0 0 S 130 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 130 0 * * * * * * 1459 0 0 E 131 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 131 0 * * * * * * 1459 0 0 R 132 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 132 0 * * 0 * * * 1459 0 0 //