HHsearch 1.5 NAME c6rdf7_ FAM FILE c6rdf7_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6rdf7_.a3m DATE Sat Jul 6 09:14:27 2019 LENG 176 match states, 176 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3946 -1.5024 SEQ >ss_dssp CCSCCCCSSSSCCCBCSCSSSEEEEEECSSEEEEEEEETTEEEEEEEETTTSTTTTSSCCCCCCCCSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCGGGGC SHHHHTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCGGGHHHHTTTTHHHHHHHSSCSSCTTCCHHHHHHHHHHHHSSCC >sa_dssp EEEECEECCEEDEEEDEDEEDDCECDEEEEDBDCDDCDEEEEEDEDCCDEDCDEECEEDEEEEEEDEDDDDBDDCCEECDDCBDEDDDEBDEDEEBDEDD DEEDDEEDEEEEBEECDEDAEDCDECDEEBCDDEDBBEDADEDCEEDCDEDEDEEEDECDEEEDEDEEDEEEEDEE >ss_pred CCEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCEEEECHHHHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH CCCCEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCC >ss_conf 9214404334484000267269999605773378986055431001168998731013120678888899999999999875000443544083366662 5531010284799999999999999999985110155678750755022211432532232112323222002169 >Consensus lttftfxxxxdxpxaxlxxxiklxvxxxxxxxxvsvxagaxxaxxxxxxxxlrkxxxsxxxlxxvxrisxxhsxxxnyllslsxeryxxlxxwpdftxxy gkdxyyrahpxdlxkfyxxxdexxxxxxxvtefxslsxlasqxvpxyxxrrxxtvhpaxgxxxadgaxxxfllxkq >c6rdf7_ LTTFTFSGLQDAPVAALSGSIKLNVAAKAGKAEVTVAAGAAKAATQVSAAALRKLSGSKISLAEVARISVLHSSIQNYLLSLSNERYQLLSQWPDFTTMY GKDFYYRAHPEDLKKFYDAADEYYKLYETVTEFDSLSALASQVVPNYAARRRSTVHPAIGSTVADGAFTNFLLSKQ >UniRef50_Q6QAY3(34-204:207) Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 19.5 kDa protein n=1 Tax=Chlamydomonas reinhardtii RepID=Q6QAY3_CHLRE E=1e-48 s/c=1.13 id=51% cov=98% ---FTFGSAADGPTASLGSNVKLTVKGSGKGVDVSVSAGAGSAKVSYAPSDLRKVAASSLVLQDVSRISTAHSAFMNYLLTLTHERYSVLATWPDFTKAY GKDYYYRAHPDDLRKFYSMVDEFHRMWDVVTEFGSLSGLASQLVPGYRVRRHNTVHPALGPATADGAVVQFLLA-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * L 1 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 F 4 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1406 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1406 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1406 0 0 S 7 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 7 0 * * * * * * 1406 0 0 G 8 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 8 0 * * * * * * 1406 0 0 L 9 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 10 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1406 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1406 0 0 A 12 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1406 0 0 P 13 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1406 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 14 0 * * * * * * 1406 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1406 0 0 A 16 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 16 0 * * * * * * 1406 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1406 0 0 S 18 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 18 0 * * * * * * 1406 0 0 G 19 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 19 0 * * * * * * 1406 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 20 0 * * * * * * 1406 0 0 I 21 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 21 0 * * * * * * 1406 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1406 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1406 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 24 0 * * * * * * 1406 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1406 0 0 A 26 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1406 0 0 A 27 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1406 0 0 K 28 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 28 0 * * * * * * 1406 0 0 A 29 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1406 0 0 G 30 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1406 0 0 K 31 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1406 0 0 A 32 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 32 0 * * * * * * 1406 0 0 E 33 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1406 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1406 0 0 T 35 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 35 0 * * * * * * 1406 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1406 0 0 A 37 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1406 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1406 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1406 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1406 0 0 A 41 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1406 0 0 K 42 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 42 0 * * * * * * 1406 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1406 0 0 A 44 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1406 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 45 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 46 0 * * * * * * 1406 0 0 V 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 47 0 * * * * * * 1406 0 0 S 48 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 48 0 * * * * * * 1406 0 0 A 49 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1406 0 0 A 50 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 50 0 * * * * * * 1406 0 0 A 51 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1406 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1406 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1406 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1406 0 0 L 55 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 55 0 * * * * * * 1406 0 0 S 56 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 56 0 * * * * * * 1406 0 0 G 57 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1406 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1406 0 0 K 59 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 59 0 * * * * * * 1406 0 0 I 60 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1406 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 61 0 * * * * * * 1406 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1406 0 0 A 63 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 63 0 * * * * * * 1406 0 0 E 64 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1406 0 0 V 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 65 0 * * * * * * 1406 0 0 A 66 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 66 0 * * * * * * 1406 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 67 0 * * * * * * 1406 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1406 0 0 S 69 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 69 0 * * * * * * 1406 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 70 0 * * * * * * 1406 0 0 L 71 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1406 0 0 H 72 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1406 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 73 0 * * * * * * 1406 0 0 S 74 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 74 0 * * * * * * 1406 0 0 I 75 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1406 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 78 0 * * * * * * 1406 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1406 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1406 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 81 0 * * * * * * 1406 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1406 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 83 0 * * * * * * 1406 0 0 N 84 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1406 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1406 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 86 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 88 0 * * * * * * 1406 0 0 L 89 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 89 0 * * * * * * 1406 0 0 L 90 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1406 0 0 S 91 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 91 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 92 0 * * * * * * 1406 0 0 W 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 93 0 * * * * * * 1406 0 0 P 94 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1406 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1406 0 0 F 96 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1406 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 97 0 * * * * * * 1406 0 0 T 98 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 98 0 * * * * * * 1406 0 0 M 99 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 100 0 * * * * * * 1406 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1406 0 0 K 102 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1406 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1406 0 0 F 104 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 104 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 105 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 106 0 * * * * * * 1406 0 0 R 107 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 107 0 * * * * * * 1406 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1406 0 0 H 109 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1406 0 0 P 110 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1406 0 0 E 111 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1406 0 0 D 112 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1406 0 0 L 113 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1406 0 0 K 114 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 114 0 * * * * * * 1406 0 0 K 115 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1406 0 0 F 116 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 117 0 * * * * * * 1406 0 0 D 118 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 118 0 * * * * * * 1406 0 0 A 119 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1406 0 0 A 120 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 120 0 * * * * * * 1406 0 0 D 121 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1406 0 0 E 122 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 123 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 123 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 124 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 124 0 * * * * * * 1406 0 0 K 125 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 125 0 * * * * * * 1406 0 0 L 126 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 127 0 * * * * * * 1406 0 0 E 128 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1406 0 0 T 129 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 129 0 * * * * * * 1406 0 0 V 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 130 0 * * * * * * 1406 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1406 0 0 E 132 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1406 0 0 F 133 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1406 0 0 D 134 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1406 0 0 S 135 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 135 0 * * * * * * 1406 0 0 L 136 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1406 0 0 S 137 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 137 0 * * * * * * 1406 0 0 A 138 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1406 0 0 L 139 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1406 0 0 A 140 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1406 0 0 S 141 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 141 0 * * * * * * 1406 0 0 Q 142 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 142 0 * * * * * * 1406 0 0 V 143 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 143 0 * * * * * * 1406 0 0 V 144 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 144 0 * * * * * * 1406 0 0 P 145 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1406 0 0 N 146 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1406 0 0 Y 147 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 147 0 * * * * * * 1406 0 0 A 148 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 148 0 * * * * * * 1406 0 0 A 149 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 149 0 * * * * * * 1406 0 0 R 150 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 150 0 * * * * * * 1406 0 0 R 151 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 151 0 * * * * * * 1406 0 0 R 152 * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * 152 0 * * * * * * 1406 0 0 S 153 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 153 0 * * * * * * 1406 0 0 T 154 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 154 0 * * * * * * 1406 0 0 V 155 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 155 0 * * * * * * 1406 0 0 H 156 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1406 0 0 P 157 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1406 0 0 A 158 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1406 0 0 I 159 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1406 0 0 G 160 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1406 0 0 S 161 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 161 0 * * * * * * 1406 0 0 T 162 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 162 0 * * * * * * 1406 0 0 V 163 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 163 0 * * * * * * 1406 0 0 A 164 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1406 0 0 D 165 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1406 0 0 G 166 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1406 0 0 A 167 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1406 0 0 F 168 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 168 0 * * * * * * 1406 0 0 T 169 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 169 0 * * * * * * 1406 0 0 N 170 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 170 0 * * * * * * 1406 0 0 F 171 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1406 0 0 L 172 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1406 0 0 L 173 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1406 0 0 S 174 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 174 0 * * * * * * 1406 0 0 K 175 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 176 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 176 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //