HHsearch 1.5 NAME c6qhgB_ FAM FILE c6qhgB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6qhgB_.a3m DATE Sat May 25 08:24:01 2019 LENG 117 match states, 117 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.7 EVD 0.3692 -2.6787 SEQ >ss_dssp CCSEEEEEEECCEEEEETTEEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEECTTSCCEEEEEEESCCSCGGGGHHHHHHHHHHHTCBCCCCCGGGSCTTCCEEEETT EEECTTSCCSEEEEECC >sa_dssp EEDDEDCCEDEBDDDEDEEEECECCCACBEBDADDDDACACACBEDEDDCCACBACACADECAEEABEBACDBAEEDDBCAEDCBCEECEEDCDCBACDC ECDCEEDDDAAAACCDE >ss_pred CCCEEECCCCCCCEEEECCEEEEEECCEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCCCCEEEEEHH HCCCCCCCCCCEEEEEC >ss_conf 9632301015221033268389970524520147827999970248886246899960234789999999999986288761677752135521211012 11343333684088979 >Consensus xxGilGgyxkxQxxxxxxxkixYxGxGIWRGxxdxxxVxixixxxxxqesyLKxVtxsxxxxxxxlxxxlkxWcrEhxVxNxxxxxsygxrkxsxlxxxF kxxxxxxxxGxPiyixx >c6qhgB_ GAGTVGGFIKRQQSKVVQNKVVYYGVGIWRGFXDGYQVHLEIENDIGQPPRLRNVTTNCQSSPWDLSIPIRQWAEDXGVTNNQDYSSKSSRGARYWXHSF RXQGPSKPFGCPVYIIK >UniRef50_O89163(2524-2636:2925) RNA polymerase n=4 Tax=Rice grassy stunt virus RepID=O89163_9VIRU E=6e-39 s/c=1.42 id=23% cov=96% --GLLGGYVQKQSYNREEKK--YFGPGVWRGYLHDVAVQIEVNSDQNMESYIKSVSLSSAMHLSDTIQSLKEWSREHRVGNSHYTMAYGNRDCEMLGRmf EFRRVQMSDRDGCPIVL-- >UniRef50_Q85431(2499-2625:2919) RNA Polymerase n=13 Tax=Tenuivirus RepID=Q85431_9VIRU E=7e-07 s/c=0.43 id=21% cov=97% --GILGSYTKCQQRIEEldgegNKTHRYTGEGIWRGSFDDSDVCIVVQDLKKtRESYLKCVVFSKVSDYKVLMGHLKTWCREHHISNDEfptctqkELLS YGVTKSSVLLYKMNGMKMLRNMekGIPLY--- >UniRef50_O36578(119-242:533) RNA replicase (Fragment) n=2 Tax=Tenuivirus RepID=O36578_9VIRU E=5e-28 s/c=1.01 id=21% cov=96% --GILGSYVKTQKPVDTGSGIKYLGEGIWRGSFDETDISIAMSSMeITQETYLKVVTLTQIKDLRTTIAQLKVWCREHNIKNDRYpklnltqseMIKYGI AKDSLLaakVAEFKTV-PAAHDGVPIY--- >UniRef50_P33453(1604-1918:2103) RNA-directed RNA polymerase n=7 Tax=Phlebovirus RepID=RRPL_UUK E=1e-137 s/c=0.56 id=35% cov=100% NCGVIGGFTSPQKPKEVDGKIVYTGDGVWRGIVDGFQIQLVITYMPKQKSnELKSITVNSDRCISALSSFCQSWCKEMGVFNTEDF-SKTQRfsKASFFM HKFKISGSKQTLGAPIFIVS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 1037 * * * * * 963 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1523 0 0 A 2 1037 963 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1523 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 2725 0 0 T 4 * * * * * * * 1356 * 2330 * * * * * * 2265 2304 * * 4 0 * * * * * * 2725 0 0 V 5 * * * * * * * 2304 * 763 * * * * * * * 2265 * * 5 0 * * * * * * 2725 0 0 G 6 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 2725 0 0 G 7 * * * * * 714 * * * * * * * * * 1356 * * * * 7 0 * * * * * * 2725 0 0 F 8 * * * * 1284 * * * * * * * * * * * * * * 763 8 0 * * * * * * 2725 0 0 I 9 * * * * * * * 2265 * * * * * * * * 1316 1358 * * 9 0 * * * * * * 2725 0 0 K 10 * * * * * * * * 740 * * * * 2330 * 2304 * * * * 10 0 * * * * * * 2725 0 0 R 11 * 2327 * * * * * * 2330 * * * 2304 * 2265 * 2386 * * * 11 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 13 * * * * * * * * 1344 * * * * 1296 * 2330 * * * * 13 0 * * * * * * 2725 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * 1344 * 2327 2265 * * * 2330 14 0 * * * * * * 2725 0 0 K 15 * * * * * * * 2327 1284 * * 2330 * * * * * 2386 * * 15 0 * * * * * * 2725 0 0 V 16 * * 2386 1316 * * * * * * * * * * 2330 * * 2265 * * 16 0 * * * * * * 2725 0 0 V 17 * * * 1329 * * * * * * * * * * * * 2386 1284 * * 17 321 2327 * 2322 322 * * 2725 1000 0 Q 18 * * 2304 2330 * 2386 * * * * * 2327 * 2265 * * * * * * 18 0 * * * * * * 2725 0 0 N 19 * * * * * 2304 * * 1329 * * 2265 * * * 2386 * * * * 19 0 * * * * * * 2725 0 0 K 20 * * * * * 2386 * * 714 * * * * * * * 2327 * * * 20 320 * 2330 * * * * 2725 0 0 V 21 * * * * * * 1991 1015 * * * * * * * * * 1979 * * 21 0 * * * * * 0 2436 0 1000 V 22 * * * * * * * * 2017 * * * * * 1991 * * 996 * * 22 0 * * * * 0 * 2436 0 1000 Y 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 23 0 * * * * * * 2725 0 0 Y 24 * * * * 2330 * * * * 2386 * * * * * * 1316 * * 2265 24 0 * * * * * * 2725 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 2725 0 0 V 26 * * 2304 1356 * * * * * * * * 2330 * * * * 2265 * * 26 0 * * * * * * 2725 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 2725 0 0 I 28 * * * * * * * 740 * * * * * * * * * 1317 * * 28 0 * * * * * * 2725 0 0 W 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 29 0 * * * * * * 2725 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 2725 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 2725 0 0 F 32 * * * * 2265 * * 2304 * * * * * * * 1356 * * * 2330 32 0 * * * * * * 2725 0 0 X 33 * * * * 1068 * * * * 2013 * * * * * * * 1861 * * 33 0 * * * * * * 2379 0 0 D 34 * * 320 * * * 2330 * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2725 0 0 G 35 * * 1329 2386 * 1284 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2725 0 0 Y 36 * * * * 2304 * * * * * * * * * * 2327 2386 2330 * 2265 36 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 37 2330 * 1356 * * * * * * * * * * 1284 * * * * * * 37 0 * * * * * * 2725 0 0 V 38 * * * * * * * 1344 * * * * * * * * * 722 * * 38 0 * * * * * * 2725 0 0 H 39 * 2327 * * * * 2265 * * * * * * 1317 * 2386 * * * * 39 0 * * * * * * 2725 0 0 L 40 * * * * * * * 763 * 1284 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 2725 0 0 E 41 2386 * * 1297 * * * * * * * * * * * * * 1316 * * 41 0 * * * * * * 2725 0 0 I 42 * * * * * * * 1284 * * 2386 * * * * * * 1329 * * 42 0 * * * * * * 2725 0 0 E 43 * * * 2265 * * * * * * * 2330 * 2327 * 2386 2304 * * * 43 0 * * * * * * 2725 0 0 N 44 * * 2327 * * * * * * * * 2265 * * * 1358 * * * 2304 44 0 * * * * * * 2725 0 0 D 45 * * 1297 * * * * * * 2327 1344 * * * * * * * * * 45 306 2386 * 0 * * * 2725 1000 0 I 46 * * * * * * * 1324 2327 * * * 2304 2330 * * * * * * 46 0 * * * * * * 2725 0 0 G 47 * * * * * 2265 * * 1316 * * 2330 * * * * 2386 * * * 47 321 2327 * 0 * * * 2725 1000 0 Q 48 * * * * * * * * * * 2330 * * 732 2327 * * * * * 48 0 * * * * * * 2725 0 0 P 49 * * * 763 * * * * 2304 * * * 2265 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2725 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 2265 * * 735 2386 * * * 50 326 2304 * 0 * * * 2725 1000 0 R 51 * * * 2304 * * * * * * * * * * 2265 * * * * 763 51 0 * * * * * * 2725 0 0 L 52 * * * * * * * 2330 * 320 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2725 0 0 R 53 * * * * * * * * 337 * * * * * 2265 * * * * * 53 0 * * * * * * 2725 0 0 N 54 * 2327 * * * * * * * * * 2265 * * * 1317 * 2386 * * 54 0 * * * * * * 2725 0 0 V 55 * * * * * * * 2304 * * * * * * * * * 326 * * 55 0 * * * * * * 2725 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * 2330 732 2327 * * 56 0 * * * * * * 2725 0 0 T 57 * * * * 2327 * * * * 1358 * * * * * * 2265 2304 * * 57 0 * * * * * * 2725 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 1284 * * * 1329 2386 * * * 58 0 * * * * * * 2725 0 0 C 59 * 2265 * * * * * * 2327 * * * * 2386 * 1317 * * * * 59 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 60 2330 * 2304 * * * * 2386 * * * * * 2265 * * * 2327 * * 60 0 * * * * * * 2725 0 0 S 61 * * * * * * * * 2386 * 2330 * * * 2304 1296 * * * * 61 0 * * * * * * 2725 0 0 S 62 * 2304 1356 * * * 2330 * * * * * * * * 2265 * * * * 62 0 * * * * * * 2725 0 0 P 63 * * * * * * * 2304 * 1358 * * 2265 * * * * * * 2327 63 0 * * * * * * 2725 0 0 W 64 * * * * * * * * 2327 * * * * * 2386 1317 * * 2265 * 64 0 * * * * * * 2725 0 0 D 65 2304 * 1297 * * * * * * * * * * * * * 2386 2327 * * 65 0 * * * * * * 2725 0 0 L 66 * * * * * * * * * 714 * * * * * * 1358 * * * 66 0 * * * * * * 2725 0 0 S 67 * * * * * * * 1358 * * 2327 * * * * 1284 * * * * 67 0 * * * * * * 2725 0 0 I 68 2386 * * * * 2327 * 2265 * * * * * 2330 * 2304 * * * * 68 0 * * * * * * 2725 0 0 P 69 * * * * 2304 * 2327 * * * * * 2265 2386 * 2330 * * * * 69 0 * * * * * * 2725 0 0 I 70 * 2304 * * * * * 2265 * 763 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 2725 0 0 R 71 * * * * * * * * 763 * * * * 2304 2265 * * * * * 71 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 72 * * * 2330 * * * * * * * * * 2265 * 2304 2327 2386 * * 72 0 * * * * * * 2725 0 0 W 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 73 0 * * * * * * 2725 0 0 A 74 2265 754 * * * * * * * * * * * * * 2330 * * * * 74 0 * * * * * * 2725 0 0 E 75 * * * 2265 * * * * 2304 * * * * * 763 * * * * * 75 0 * * * * * * 2725 0 0 D 76 * * 2265 337 * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2725 0 0 X 77 * * * * * * 465 * * * 1861 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 2379 0 0 G 78 * * * * * 1284 2327 * * * * 2386 * * 2330 * * * * * 78 0 * * * * * * 2725 0 0 V 79 * * * * * * * 1356 * * * * * * * * * 714 * * 79 0 * * * * * * 2725 0 0 T 80 * * * * 2304 2330 * * 2386 * * * * * * 2327 2265 * * * 80 0 * * * * * * 2725 0 0 N 81 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 2725 0 0 N 82 * * 1356 * * * * * * * * 2265 * * * 2330 2304 * * * 82 0 * * * * * * 2725 0 0 Q 83 * * * 1316 * * 2330 * * * * * * 2265 2386 * * * * * 83 321 2327 * 2807 222 * * 2725 1000 0 D 84 * * 1284 2327 * * * * * * * * * * * * * * * 1358 84 306 2386 * 3170 170 * * 2725 1000 0 Y 85 * * * * 2304 * * * * 2327 2386 * * * * * 2330 * * 2265 85 326 * 2304 * * * * 2725 0 0 S 86 * * * * * * * 2084 * 2030 2035 * * * * 1861 * * * * 86 0 * * * * 0 * 2438 0 1000 S 87 2330 * * * * * * * 2386 * * * * * * 714 * * * * 87 0 * * * * * * 2725 0 0 K 88 * * * * * * * * 1284 * * * * * * * * * * 763 88 0 * * * * * * 2725 0 0 S 89 * * * * * 763 * * * * * * * * * 2265 2304 * * * 89 0 * * * * * * 2725 0 0 S 90 * * * * * * * 2386 * * * 2330 * 2304 * 2265 * 2327 * * 90 0 * * * * * * 2725 0 0 R 91 2386 * * * * * * * * * * * * * 714 * 2327 * * * 91 326 2304 * 1000 1000 * * 2725 1000 0 G 92 * * 2330 * * 2265 * * 754 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2725 0 0 A 93 1284 2330 2386 * * * * * * * * * * * * 2327 * * * * 93 0 * * * * * * 2725 0 0 R 94 * * * 2330 * * * * * * * * * * 2265 754 * * * * 94 0 * * * * * * 2725 0 0 Y 95 * * * * 2304 * * * * 2386 2330 * * * * * * 2327 * 2265 95 0 * * * * * * 2725 0 0 W 96 * * * * 2304 * * * * 763 * * * * * * * * 2265 * 96 306 2386 * 1585 585 * * 2725 1000 0 X 97 * * * * * 2013 * * * 2039 1861 * * * * * * 2098 * * 97 0 * * * * * * 2379 0 0 H 98 2386 * * * * * 1284 * * * * * * * 2330 * * * * 2327 98 320 2330 * 1000 1000 * * 2725 1000 0 S 99 * * * 1358 * * * * 1316 * * * * * * 2265 * * * * 99 0 * * * * * * 2725 0 0 F 100 * * * * 321 * * * * * 2327 * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 2725 0 0 R 101 * * * * * * * * 1344 * * 2327 * * 1297 * * * * * 101 0 * * * * * * 2725 0 0 X 102 * * * * * 2039 * 1861 * * * * * * 2013 * 2098 * * * 102 0 * * * * * * 2379 0 0 Q 103 * * * * * * * * * * 2327 * * 2265 * 2304 * 1358 * * 103 306 * 2386 * * * * 2725 0 0 G 104 * * * * * 1030 * * 1954 * * * * 1987 * * * * * * 104 0 * * * * 0 * 2478 0 1000 P 105 * * * * * * * * * * 1329 * 1324 * * 2304 * * * * 105 0 * * * * * * 2725 0 0 S 106 2386 * * * * * * * 2304 2327 * * * * * 1297 * * * * 106 0 * * * * * * 2725 0 0 K 107 2386 * 2330 * * * * * 2265 * * * * 2304 2327 * * * * * 107 0 * * * * * * 2725 0 0 P 108 * * * * * * 2386 * * * * 2327 2265 * 2330 * 2304 * * * 108 0 * * * * * * 2725 0 0 F 109 * * 1358 * 2265 * * * * 2304 2327 * * * * * * * * * 109 321 2327 * 1000 1000 * * 2725 1000 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 2725 0 0 C 111 2304 1297 * * * * * 2327 * * * * * * * * * 2386 * * 111 0 * * * * * * 2725 0 0 P 112 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 112 0 * * * * * * 2725 0 0 V 113 * * * * * * * 755 * 2327 * * * * * * * 2265 * * 113 0 * * * * * * 2725 0 0 Y 114 * * * * 2304 * * * * * * * * * * * * 2330 * 740 114 0 * * * * * * 2725 0 0 I 115 * * * * * * * 632 * 1495 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 2083 0 0 I 116 * * * * * * * 1037 * * * * * * * * * 963 * * 116 0 * * * * * * 1523 0 0 K 117 * * * * * * * * 1037 * * * * * * 963 * * * * 117 0 * * 0 * * * 1523 0 0 //