HHsearch 1.5 NAME c6q01D_ FAM FILE c6q01D_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6q01D_.a3m DATE Sat May 2 08:22:08 2020 LENG 45 match states, 45 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4653 2.7419 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHTCCHHHHHHHHHHTTTCHHHHHHHHHSCCC >sa_dssp EEEEDECBEDABEEBECEDDEAEDCADEBECDBEDACEDCEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCC >ss_conf 960243355566421322467776641330469998766407899 >Consensus snxrxxlcxxfaxvxxxdxavaqcxlaenxwxmeralnsxfeppv >c6q01D_ SNARRLLCVEFASVASCDAAVAQCFLAENDWEMERALNSYFEPPV >UniRef50_Q5XJA0(7-46:369) 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase n=3 Tax=Danio rerio RepID=TDP2_DANRE E=1e-13 s/c=1.93 id=63% cov=91% --SRTRLCDQFAFVSGSDSAVAQCYLAENEWDMERALNSFFE--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 3 0 * * * * * * 1275 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1275 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1275 0 0 L 6 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 6 0 * * * * * * 1275 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1275 0 0 C 8 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1275 0 0 V 9 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 9 0 * * * * * * 1275 0 0 E 10 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1275 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1275 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1275 0 0 S 13 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 13 0 * * * * * * 1275 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1275 0 0 A 15 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1275 0 0 S 16 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 16 0 * * * * * * 1275 0 0 C 17 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 17 0 * * * * * * 1275 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1275 0 0 A 19 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 19 0 * * * * * * 1275 0 0 A 20 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1275 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1275 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1275 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1275 0 0 C 24 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1275 0 0 F 25 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 25 0 * * * * * * 1275 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1275 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1275 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1275 0 0 N 29 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1275 0 0 D 30 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1275 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 1275 0 0 E 32 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1275 0 0 M 33 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1275 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1275 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1275 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1275 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1275 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1275 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1275 0 0 Y 40 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 40 0 * * * * * * 1275 0 0 F 41 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1275 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1275 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //