HHsearch 1.5 NAME c6mcbC_ FAM FILE c6mcbC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6mcbC_.a3m DATE Sat Jan 19 08:20:06 2019 LENG 123 match states, 123 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.3994 -1.5447 SEQ >ss_dssp CCCCSHHHHHHHHHHHHHTTSCCCSCCCCCCCHHHHHTCCEEEEEESSCCCCCCBCCCCTTCCCSCCCBCCEEEEEEEEECCTTSCEEEEEEEECCSTTC CBCCTTHHHHHHHCCCSCCEECC >sa_dssp EEEDEACCCBDEBCEDADEDCDDCDEDECCCDCECAEEADDBABBDDDDBCCCCCDCEDEEECEEEDCCBDBDCDCDCDADAEEDCBCAAAABDBEEEDC DEBEEECDEDDEDCDDCCDCDAC >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCCC CCCCHHHHHHCCCEEEEEEECCC >ss_conf 9301378889999999999865776527113476406787899981665168888622300144322210002233567876262899999981455510 00112787523760588753159 >Consensus mtxTtAQkryxxAmnEFexixxxexextPxfxqdxLnDsDYvVITKnExYAvaLCxlxxdxxxxxxxxxLDEkLvxstxvdxxgeTYYInivxTnexDdx xlATdEdxxkxxkQEvIlKsELx >c6mcbC_ MTLTRAQKKYAEAMHEFINMVDDFEESTPDFAKEVLHDSDYVVITKNEKYAVALCSLSTDECEYDTNLYLDEKLVDYSTVDVNGVTYYINIVETNDIDDL EIATDEDEMKSGNQEIILKSELK >UniRef50_B8DHS6(1-115:116) Gp29 n=10 Tax=root RepID=B8DHS6_LISMH E=6e-19 s/c=0.83 id=54% cov=94% MTITTAQKRYYDAMNEFEAIISKELEQTPAFSQDLLNDSDYLVITKNEAYAVALCLLDDDKLY------LDETLVHSTRLDIEDETYYINFVVTNE-DDF KLATDEDKEKHDKQEVIIKSEL- >UniRef50_UPI000169729D(3-128:129) protein gp29 n=1 Tax=Listeria monocytogenes FSL J1-175 RepID=UPI000169729D E=4e-22 s/c=0.83 id=38% cov=96% ---TTAQERLDNAINEFEEITNEEVVTSPRIPQDYLNDGDYVVITKSENYALNLCTTNLE--GFEDRHFLDEKLIYSTFVeTYSGETYYIYITQTAEFDE DDavefLATQEQIYEYHKQEeqktVILKMEL- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1343 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1343 0 0 L 3 * * * * * * * 1085 * 919 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1343 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1714 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 1520 * 619 * * * 5 0 * * * * * * 1714 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1714 0 0 Q 7 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1714 0 0 K 8 * * * 1502 * * * * 628 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1714 0 0 K 9 * * * * * * * * 1520 * * * * * 619 * * * * * 9 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 10 * * * * * * * * * 1502 * * * * * * * * * 628 10 0 * * * * * * 1714 0 0 A 11 1520 * 1502 * * * * * * * * * * * * * * * * 1745 11 0 * * * * * * 1714 0 0 E 12 * * 1745 1520 * * * * * * * 1502 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1714 0 0 A 13 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1714 0 0 M 14 * * * * * * * 1502 * * 628 * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1714 0 0 H 15 * * * * * * 1520 * * * * 619 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1714 0 0 E 16 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1714 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1714 0 0 I 18 * * * 619 * * * 1520 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1714 0 0 N 19 1745 * * 1502 * * * * * * * 1520 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1714 0 0 M 20 * * * * * * * 619 * * 1520 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1714 0 0 V 21 * * * * * * * 1745 * * * * * * * * 1502 1520 * * 21 0 * * * * * * 1714 0 0 D 22 * * 1520 * * * * * * * * 1502 * * * 1745 * * * * 22 0 * * * * * * 1714 0 0 D 23 * * 1520 1502 * * * * 1745 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1714 0 0 F 24 * * * 619 1520 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1714 0 0 E 25 * * * 1520 * * * * * 1745 * * * * * * * 1502 * * 25 0 * * * * * * 1714 0 0 E 26 * * * 628 * * * * * * * * * * * * * 1502 * * 26 0 * * * * * * 1714 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * 1745 * 1520 1502 * * * 27 0 * * * * * * 1714 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * 1502 628 * * * 28 0 * * * * * * 1714 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1714 0 0 D 30 1745 * 1520 * * * * * * * * * * * 1502 * * * * * 30 0 * * * * * * 1714 0 0 F 31 * * * * 628 * * 1502 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1714 0 0 A 32 1520 * * * * * * * * * * * 1502 * * 1745 * * * * 32 0 * * * * * * 1714 0 0 K 33 * * * * * * * * 1520 * * * * 619 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1714 0 0 E 34 * * 619 1520 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1714 0 0 V 35 * * * * * * * * * 1745 * * * * * * * 1520 * 1502 35 0 * * * * * * 1714 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1714 0 0 H 37 * * * * * * 1520 * * * * 619 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1714 0 0 D 38 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1714 0 0 S 39 * * * * * 1502 * * * * * * * * * 628 * * * * 39 0 * * * * * * 1714 0 0 D 40 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 41 0 * * * * * * 1714 0 0 V 42 * * * * * * * * * 1745 * * * * * * * 511 * * 42 0 * * * * * * 1714 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1714 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1714 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1714 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1714 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 628 * * * 1502 * * * * 47 0 * * * * * * 1714 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1714 0 0 K 49 1745 * * * * * * * 1520 * * 1502 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1714 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1714 0 0 V 52 * * * * * * * * * 1502 * * * * * * * 628 * * 52 0 * * * * * * 1714 0 0 A 53 628 * * * * * * * * * * 1502 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1714 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1714 0 0 C 55 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1714 0 0 S 56 * * * * * * * * * 1745 * * * * * 1520 1502 * * * 56 0 * * * * * * 1714 0 0 L 57 * * * * * * * * * 628 * * * * * * 1502 * * * 57 0 * * * * * * 1714 0 0 S 58 * * 1745 * * * * * * * * 1502 * * * 1520 * * * * 58 0 * * * * * * 1714 0 0 T 59 * * 1745 * * * * * * 1502 * * * * * * 1520 * * * 59 0 * * * * * * 1714 0 0 D 60 * * 628 1502 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 628 * 1503 * * * * 1714 0 0 E 61 * * * 919 * * * * 1085 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * 0 1343 0 1000 C 62 * 919 * * * * * * * 1085 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * 0 * 1343 0 1000 E 63 * * * 1520 * 1502 * * * * * * * * * * * * * 1745 63 511 * 1745 * * * * 1714 0 0 Y 64 * * * * 1024 * * * * * * * * * * * * * * 976 64 0 * * * * * 0 1521 0 1000 D 65 * * 976 1024 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * 0 1521 0 1000 T 66 * * 1024 * * * * * * * * * * * * * 976 * * * 66 0 * * * * * 0 1521 0 1000 N 67 * * * * * * * * * * * 976 * * 1024 * * * * * 67 0 * * * * * 0 1521 0 1000 L 68 * * * * * * 1024 * * 976 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * 0 1521 0 1000 Y 69 * * * * 1024 * * * * * * * * * * * * * * 976 69 0 * * * * 0 * 1521 0 1000 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1714 0 0 D 71 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1714 0 0 E 72 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1714 0 0 K 73 * * * * * * * * 511 * * * * * * * 1745 * * * 73 0 * * * * * * 1714 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1714 0 0 V 75 * * * * * * * 1502 * * * * * * * * * 628 * * 75 0 * * * * * * 1714 0 0 D 76 * * 1520 * * * 1745 * * * * * * * * * * * * 1502 76 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * 619 * * * 1520 77 0 * * * * * * 1714 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 1520 619 * * * 78 0 * * * * * * 1714 0 0 T 79 * * * * 1502 * * * * * * * * * 1745 * 1520 * * * 79 0 * * * * * * 1714 0 0 V 80 * * * * * * * * * 1745 * * * * * * * 511 * * 80 628 1503 * 0 * * * 1714 1000 0 D 81 * * 628 * * * * * * * * * * * * * 1502 * * * 81 0 * * * * * * 1714 0 0 V 82 * * * * * * * 1745 * * * * * * * * * 1520 * 1502 82 0 * * * * * * 1714 0 0 N 83 * * * 1745 * * * * * * * 1520 * * * 1502 * * * * 83 0 * * * * * * 1714 0 0 G 84 * * 1745 * * 511 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1714 0 0 V 85 * * * 619 * * * * * * * * * * * * * 1520 * * 85 0 * * * * * * 1714 0 0 T 86 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 86 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1714 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1714 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1714 0 0 N 90 * * * * * * * * * * * 628 * * * * * * * 1502 90 0 * * * * * * 1714 0 0 I 91 * * * * 1745 * * 511 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1714 0 0 V 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 1502 628 * * 92 0 * * * * * * 1714 0 0 E 93 * * * 1520 * * * * * * * * * 1502 * * * 1745 * * 93 0 * * * * * * 1714 0 0 T 94 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 94 0 * * * * * * 1714 0 0 N 95 1502 * * * * * * * * * * 628 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1714 0 0 D 96 * * 1520 619 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 511 * 1745 * * * * 1714 0 0 I 97 * * * * 1024 * * 976 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * 0 * 1521 0 1000 D 98 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1714 0 0 D 99 * * 628 1502 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1714 0 0 L 100 * * 1502 * 1745 * * * * 1520 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1714 0 0 E 101 * * 1502 1520 * * * * 1745 * * * * * * * * * * * 101 628 1503 * 2000 415 * * 1714 1000 0 I 102 * * * * * * * 1520 * 619 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1714 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1714 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 104 0 * * * * * * 1714 0 0 D 105 * * 628 * * * * * * * * * * 1502 * * * * * * 105 0 * * * * * * 1714 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1714 0 0 D 107 * * 628 * * * * * * * * * * 1502 * * * * * * 107 0 * * * * * * 1714 0 0 E 108 * * * 1520 * * * 1502 1745 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1714 0 0 M 109 * * * 1745 * * * * * * 1520 * * * * * * * * 1502 109 0 * * * * * * 1714 0 0 K 110 * * * 1502 * * * * 628 * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1714 0 0 S 111 * * * * * * 1745 * * * * * * * * 1520 * * * 1502 111 0 * * * * * * 1714 0 0 G 112 * * 1745 * * 1520 1502 * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1714 0 0 N 113 * * * * * * * * 619 * * 1520 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1714 0 0 Q 114 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 114 0 * * * * * * 1714 0 0 E 115 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 115 628 1503 * 2000 415 * * 1714 1000 0 I 116 * * * * * * * 1520 * * * * * * * * * 619 * * 116 0 * * * * * * 1714 0 0 I 117 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1714 0 0 L 118 * * * * * * * 1745 * 511 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1714 0 0 K 119 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1714 0 0 S 120 * * * * * * * * * * 1502 * * * * 628 * * * * 120 0 * * * * * * 1714 0 0 E 121 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1714 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1714 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //