HHsearch 1.5 NAME c6f5dL_ FAM FILE c6f5dL_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6f5dL_.a3m DATE Sat Feb 24 08:25:02 2018 LENG 165 match states, 165 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.3998 -1.3818 SEQ >ss_dssp CCCBCSSCCBCCCCCHHHHHHHHSCSSTHHHHHHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHHHHHHHSCSSSSSCCTTCCHHHHHHHHHHHHHTTSCCCCCHHHHHHH HHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHTTSCCCCSHHHHHHHHHHHHHHHHSCSSCSHHHHSCCTTCCCCC >sa_dssp EEDEDEEDEDBDDEBEDCCEEADEBECBDDADECBEDADEDEACADCDAAABBACBBCEBEBCDEEEDEEDCCCEDACDBBDCACEDDECEBDEDACCBA ACBBCEDDECDCADEBCEDBEDEDECEDDECCEDADDCBDECDEEEECDECEEEEEEDEEEEEEE >ss_pred CCCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHH HHHHHHCCCEEHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHCCCEEEEEC >ss_conf 9742001234147731679875541101100215486014548940566789999997483333577533466899999999987411478770348999 99997608720799999999876413818997300122677530111062235542242012309 >Consensus akkydlfgyevdtntapwiekikkcxyydeagevlvxmnvxncppdxxtynatlqxixxxpskqxxpvxneskfcammdlxeemqhrnxxkpneeswtwv mkecvxsgqfrlgycixxxmexexkxxpxdlvkxneanaxkakxxgkehpxxlxqqxxlfdikix >c6f5dL_ AKKYDLFGYEVDTNTAPWIEKIKKCKYYDEAGEVLVNMNVSNCPPDIATYNATLQCIYQSPSKQSTPVDNESKFCAMMDLLEEMQHRNRLKPNEESWTWV MKECVKSGQFRLGYCIQQVMETECKGCPADLVKANEANAQKAKTEGKEHPGHLSQQAGLFDVKVE >UniRef50_Q25423(23-187:187) Protein P18, mitochondrial n=8 Tax=Trypanosomatidae RepID=P18_LEITA E=1e-70 s/c=1.62 id=77% cov=101% AKKYDLFGYEVDTNTAPWIEKVKKCRYYDEAGEVLVSMNVKNCPPDLETYNATLQKIFEAPSKQEKPVENESKFCAMMDLMEEMQHRNKVKPNEESWTWV MKECVQSGQFRLGYCVAKLMEAEFKRVPEDLVKQNEANAAKAKADGKEHPSTLAQQQSLFDIKIQ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1173 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1173 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1173 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1173 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1173 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1173 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 9 0 * * * * * * 1173 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1173 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1173 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1173 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 13 0 * * * * * * 1173 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1173 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1173 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1173 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1173 0 0 W 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 18 0 * * * * * * 1173 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1173 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1173 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1173 0 0 I 22 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 22 0 * * * * * * 1173 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1173 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1173 0 0 C 25 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1173 0 0 K 26 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 26 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1173 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1173 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1173 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1173 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1173 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1173 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1173 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1173 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1173 0 0 N 37 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1173 0 0 M 38 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1173 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1173 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1173 0 0 S 41 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 41 0 * * * * * * 1173 0 0 N 42 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1173 0 0 C 43 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1173 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1173 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1173 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1173 0 0 I 47 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1173 0 0 A 48 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1173 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1173 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1173 0 0 A 52 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1173 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 53 0 * * * * * * 1173 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 55 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1173 0 0 C 56 * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1173 0 0 I 57 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 58 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 58 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 59 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1173 0 0 S 60 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 60 0 * * * * * * 1173 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1173 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 62 0 * * * * * * 1173 0 0 K 63 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 64 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1173 0 0 S 65 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 65 0 * * * * * * 1173 0 0 T 66 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 66 0 * * * * * * 1173 0 0 P 67 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1173 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 68 0 * * * * * * 1173 0 0 D 69 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1173 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1173 0 0 E 71 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1173 0 0 S 72 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 72 0 * * * * * * 1173 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1173 0 0 F 74 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1173 0 0 C 75 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1173 0 0 A 76 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1173 0 0 M 77 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1173 0 0 M 78 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1173 0 0 D 79 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1173 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1173 0 0 L 81 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1173 0 0 E 82 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1173 0 0 E 83 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1173 0 0 M 84 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 85 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1173 0 0 H 86 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1173 0 0 R 87 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 87 0 * * * * * * 1173 0 0 N 88 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1173 0 0 R 89 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 89 0 * * * * * * 1173 0 0 L 90 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 90 0 * * * * * * 1173 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1173 0 0 P 92 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1173 0 0 N 93 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1173 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1173 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1173 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 96 0 * * * * * * 1173 0 0 W 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 97 0 * * * * * * 1173 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 98 0 * * * * * * 1173 0 0 W 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 99 0 * * * * * * 1173 0 0 V 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 100 0 * * * * * * 1173 0 0 M 101 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1173 0 0 K 102 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1173 0 0 E 103 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1173 0 0 C 104 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1173 0 0 V 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 105 0 * * * * * * 1173 0 0 K 106 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 106 0 * * * * * * 1173 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1173 0 0 G 108 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1173 0 0 F 110 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1173 0 0 R 111 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 111 0 * * * * * * 1173 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1173 0 0 G 113 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1173 0 0 Y 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 114 0 * * * * * * 1173 0 0 C 115 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1173 0 0 I 116 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 116 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 117 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 117 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 118 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1173 0 0 V 119 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 119 0 * * * * * * 1173 0 0 M 120 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1173 0 0 E 121 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1173 0 0 T 122 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 122 0 * * * * * * 1173 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1173 0 0 C 124 * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1173 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1173 0 0 G 126 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 126 0 * * * * * * 1173 0 0 C 127 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 127 0 * * * * * * 1173 0 0 P 128 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1173 0 0 A 129 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1173 0 0 D 130 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1173 0 0 L 131 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1173 0 0 V 132 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 132 0 * * * * * * 1173 0 0 K 133 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1173 0 0 A 134 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 134 0 * * * * * * 1173 0 0 N 135 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1173 0 0 E 136 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1173 0 0 A 137 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1173 0 0 N 138 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1173 0 0 A 139 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 140 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 140 0 * * * * * * 1173 0 0 K 141 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1173 0 0 A 142 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1173 0 0 K 143 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1173 0 0 T 144 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 144 0 * * * * * * 1173 0 0 E 145 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1173 0 0 G 146 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1173 0 0 K 147 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1173 0 0 E 148 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1173 0 0 H 149 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1173 0 0 P 150 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1173 0 0 G 151 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 151 0 * * * * * * 1173 0 0 H 152 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * 152 0 * * * * * * 1173 0 0 L 153 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1173 0 0 S 154 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 154 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 155 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 155 0 * * * * * * 1173 0 0 Q 156 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 156 0 * * * * * * 1173 0 0 A 157 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 157 0 * * * * * * 1173 0 0 G 158 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 158 0 * * * * * * 1173 0 0 L 159 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1173 0 0 F 160 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1173 0 0 D 161 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1173 0 0 V 162 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 162 0 * * * * * * 1173 0 0 K 163 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1173 0 0 V 164 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 164 0 * * * * * * 1173 0 0 E 165 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 165 0 * * 0 * * * 1173 0 0 //