HHsearch 1.5 NAME c5yq72_ FAM FILE c5yq72_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5yq72_.a3m DATE Sat May 5 08:25:51 2018 LENG 44 match states, 44 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4728 2.2030 SEQ >ss_dssp CCCCSSSSSCSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTCCCC >sa_dssp EEDEDDDDECECEEEEDCECEEEEDDEEEDDEDEEEDEEEDDEE >ss_pred CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 97434342415899999999987767999999999999621479 >Consensus pxxwxplfnnxxwlxhdivvksxygxxiiaxiahxlxxxwxpwx >c5yq72_ PDQWKPLFNNAQWLVHDIVVKTIYGGLIIAVIAHVLCWAWTPWI >UniRef50_P09927(9-52:53) Light-harvesting protein B-808/866 beta chain n=7 Tax=Chloroflexaceae RepID=LHB_CHLAA E=4e-10 s/c=1.50 id=58% cov=102% PPKWRPLFNNQDWLLHDIVVKSFYGFGVIAAIAHLLVYLWKPWL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1328 0 0 D 2 * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1328 0 0 Q 3 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 3 0 * * * * * * 1328 0 0 W 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 4 0 * * * * * * 1328 0 0 K 5 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 5 0 * * * * * * 1328 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1328 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1328 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1328 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1328 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1328 0 0 A 11 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1328 0 0 Q 12 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1328 0 0 W 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 13 0 * * * * * * 1328 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1328 0 0 V 15 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 15 0 * * * * * * 1328 0 0 H 16 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1328 0 0 D 17 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1328 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1328 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1328 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1328 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1328 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 22 0 * * * * * * 1328 0 0 I 23 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1328 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1328 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1328 0 0 G 26 * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1328 0 0 L 27 * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1328 0 0 I 28 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 28 0 * * * * * * 1328 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1328 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1328 0 0 V 31 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 31 0 * * * * * * 1328 0 0 I 32 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1328 0 0 A 33 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1328 0 0 H 34 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1328 0 0 V 35 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 35 0 * * * * * * 1328 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1328 0 0 C 37 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 37 0 * * * * * * 1328 0 0 W 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 38 0 * * * * * * 1328 0 0 A 39 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1328 0 0 W 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 40 0 * * * * * * 1328 0 0 T 41 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 41 0 * * * * * * 1328 0 0 P 42 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1328 0 0 W 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 43 0 * * * * * * 1328 0 0 I 44 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 44 0 * * 0 * * * 1328 0 0 //