HHsearch 1.5 NAME c5yl1A_ FAM FILE c5yl1A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5yl1A_.a3m DATE Sat Dec 22 08:37:14 2018 LENG 185 match states, 185 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4178 -0.3340 SEQ >ss_dssp CEEEEEEEEEEEEEEECCGGGCCSGGGGEEEEEECCTTCSTTSHHHHHHTTEEEEEEEEEEEEEEECSCTTCBCEEEEEEESCTTCCGGGCSCHHHHHHH HHTSTTCEEEETTSCEEEECCCCSSCCCEECSSCCSCGGGTCSCEEEEEECSCCBCTTSCBCCSCEEEEEEEEEEEEEEEEECCC >sa_dssp EDECDEDDCDBCDADACACECCEDBCCBCCBDBCABACCBEEBDACDCACECCCACACDACACACCEBDEECCADAAAAABDCBDDDBDECEDDEDACDC ADECDDCCDBDACDDDDADBDDDEDEDCBDBCEDEEDCDEBBBABAAAAACDDACCEEEEDCEEDDEAACACACACACACDEDEE >ss_pred CCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHH HHHHHCCCEECCCCCCEEEEEEEECCEEEEECCCHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCC >ss_conf 9755786321357876216653583223344156651224530211058999886899888876014775145467775507888883000127999999 9865101100456661368999736716863225012000011205457741201113244221101115446566356675669 >Consensus isrlgpdsdfltsvxxxxsxxxxxxxxrilvkqpxsassfxgtrisglsxxweryxwxxaxxryvpavpntxacqxixyidtdplddpxxixdxxqxxrq axsqxgxxqxnfxxsxtiplivrxdxqxyytgxdkxnxrfsxqgixyxxqvtxlxnxxgexitxdlxxgslxldwxxxfsxpqin >c5yl1A_ ISRLGPDSDFLTSVVAKASTSIVTPADRILVKQPLSASSFPGTRITGLSSYWERYKWLSAVARYVPAVPNTVACQFVMYIDTDPLDDPSNISDDNQIVRQ AVSQAGSNQFNFNTSKTVPLIVRADNQYYYTGVDKQNLRFSLQGILYIIQVTDLINFNGELITQDLTCGSLFLDWLVNFSIPQIN >UniRef50_Q6XNL3(69-246:371) Capsid protein n=12 Tax=Macrobrachium rosenbergii nodavirus RepID=Q6XNL3_MRNV E=1e-61 s/c=1.34 id=61% cov=97% -------SDFLTTVKVRGSNNLTDSKSRILVKQPISASSFLGTRISGLSQFWERYRWHKAAVRYVPAVPNTLACQLIGYIDTDPLDDPNVILDVDQLLRQ ATSQVGARQWNFSDTTTIPLIVRRDDQLYYTGQDKENVRFSQQGVFYLLQVTTLLNISGEAITNDLISGSLYLDWVCGFSMPQIN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * I 1 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1303 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1303 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1303 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1303 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1303 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 13 0 * * * * * * 1303 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1303 0 0 V 15 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * 15 0 * * * * * * 1303 0 0 A 16 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 16 0 * * * * * * 1303 0 0 K 17 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 17 0 * * * * * * 1303 0 0 A 18 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1303 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1303 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 20 0 * * * * * * 1303 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 21 0 * * * * * * 1303 0 0 I 22 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1303 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 23 0 * * * * * * 1303 0 0 T 24 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 24 0 * * * * * * 1303 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 25 0 * * * * * * 1303 0 0 A 26 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1303 0 0 D 27 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 27 0 * * * * * * 1303 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 28 0 * * * * * * 1303 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1303 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1303 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1303 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 33 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1303 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1303 0 0 L 35 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1303 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1303 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1303 0 0 S 38 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 38 0 * * * * * * 1303 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1303 0 0 F 40 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1303 0 0 P 41 * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1303 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1303 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 43 0 * * * * * * 1303 0 0 R 44 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 44 0 * * * * * * 1303 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1303 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 46 0 * * * * * * 1303 0 0 G 47 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1303 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1303 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1303 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 50 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 51 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 51 0 * * * * * * 1303 0 0 W 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 52 0 * * * * * * 1303 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1303 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 54 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 55 0 * * * * * * 1303 0 0 K 56 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 56 0 * * * * * * 1303 0 0 W 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 57 0 * * * * * * 1303 0 0 L 58 * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1303 0 0 S 59 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 59 0 * * * * * * 1303 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1303 0 0 V 61 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 61 0 * * * * * * 1303 0 0 A 62 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 62 0 * * * * * * 1303 0 0 R 63 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 63 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1303 0 0 V 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 65 0 * * * * * * 1303 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1303 0 0 A 67 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1303 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 68 0 * * * * * * 1303 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1303 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1303 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1303 0 0 V 72 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 72 0 * * * * * * 1303 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1303 0 0 C 74 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 75 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1303 0 0 F 76 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1303 0 0 V 77 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 77 0 * * * * * * 1303 0 0 M 78 * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 79 0 * * * * * * 1303 0 0 I 80 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1303 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1303 0 0 T 82 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 82 0 * * * * * * 1303 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1303 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1303 0 0 L 85 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1303 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1303 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1303 0 0 P 88 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1303 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 89 0 * * * * * * 1303 0 0 N 90 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * 90 0 * * * * * * 1303 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1303 0 0 S 92 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 92 0 * * * * * * 1303 0 0 D 93 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1303 0 0 D 94 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 94 0 * * * * * * 1303 0 0 N 95 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1303 0 0 I 97 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1303 0 0 V 98 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 98 0 * * * * * * 1303 0 0 R 99 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 99 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1303 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1303 0 0 V 102 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 102 0 * * * * * * 1303 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 103 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 104 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1303 0 0 A 105 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 105 0 * * * * * * 1303 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1303 0 0 S 107 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 107 0 * * * * * * 1303 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * 108 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1303 0 0 F 110 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 110 0 * * * * * * 1303 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1303 0 0 F 112 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1303 0 0 N 113 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 113 0 * * * * * * 1303 0 0 T 114 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 114 0 * * * * * * 1303 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 115 0 * * * * * * 1303 0 0 K 116 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 116 0 * * * * * * 1303 0 0 T 117 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 117 0 * * * * * * 1303 0 0 V 118 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 118 0 * * * * * * 1303 0 0 P 119 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1303 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1303 0 0 I 121 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1303 0 0 V 122 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 122 0 * * * * * * 1303 0 0 R 123 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 123 0 * * * * * * 1303 0 0 A 124 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 124 0 * * * * * * 1303 0 0 D 125 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1303 0 0 N 126 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 127 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 128 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 128 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 129 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 130 0 * * * * * * 1303 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1303 0 0 G 132 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1303 0 0 V 133 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * 133 0 * * * * * * 1303 0 0 D 134 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1303 0 0 K 135 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 136 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 136 0 * * * * * * 1303 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1303 0 0 L 138 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 138 0 * * * * * * 1303 0 0 R 139 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 139 0 * * * * * * 1303 0 0 F 140 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1303 0 0 S 141 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 141 0 * * * * * * 1303 0 0 L 142 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 142 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 143 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 143 0 * * * * * * 1303 0 0 G 144 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1303 0 0 I 145 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 145 0 * * * * * * 1303 0 0 L 146 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1303 0 0 Y 147 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 147 0 * * * * * * 1303 0 0 I 148 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1303 0 0 I 149 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 150 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 150 0 * * * * * * 1303 0 0 V 151 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 151 0 * * * * * * 1303 0 0 T 152 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 152 0 * * * * * * 1303 0 0 D 153 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 153 0 * * * * * * 1303 0 0 L 154 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1303 0 0 I 155 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1303 0 0 N 156 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1303 0 0 F 157 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1303 0 0 N 158 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 158 0 * * * * * * 1303 0 0 G 159 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1303 0 0 E 160 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1303 0 0 L 161 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1303 0 0 I 162 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1303 0 0 T 163 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 163 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 164 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 164 0 * * * * * * 1303 0 0 D 165 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1303 0 0 L 166 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1303 0 0 T 167 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 167 0 * * * * * * 1303 0 0 C 168 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 168 0 * * * * * * 1303 0 0 G 169 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1303 0 0 S 170 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 170 0 * * * * * * 1303 0 0 L 171 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1303 0 0 F 172 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 172 0 * * * * * * 1303 0 0 L 173 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1303 0 0 D 174 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1303 0 0 W 175 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 175 0 * * * * * * 1303 0 0 L 176 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 176 0 * * * * * * 1303 0 0 V 177 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 177 0 * * * * * * 1303 0 0 N 178 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1303 0 0 F 179 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 179 0 * * * * * * 1303 0 0 S 180 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 180 0 * * * * * * 1303 0 0 I 181 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 181 0 * * * * * * 1303 0 0 P 182 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1303 0 0 Q 183 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 183 0 * * * * * * 1303 0 0 I 184 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 184 0 * * * * * * 1303 0 0 N 185 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 185 0 * * 0 * * * 1303 0 0 //