HHsearch 1.5 NAME c5w7gV_ FAM FILE c5w7gV_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5w7gV_.a3m DATE Sat Jul 22 08:17:44 2017 LENG 126 match states, 126 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.3934 -1.3138 SEQ >ss_dssp CTTTHHHHHHHHHHHHHHCTTSCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTCCSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHH HHSHHHHTSSCHHHHHHHHHHHHTTC >sa_dssp EDECDCDEDCDEEADEDCCEECDEEDADDCADEDADECDEECDCCCDBCDDADDCAEECECDEEDCECBCDBACDAAEABDDBEEDEDDEECCDECBDDA BECDEECACBDDEBACDAADDBCECE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHH HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9750567889999998752668888988865643244664065899999999999862788730356678999999999985323651277899998657 76543211643788999998763079 >Consensus RQDSxDRYqxKxYixRxiGGiiPxdMAxsVTxxxTAxWxxxxxxxxKxRxxxxdIxKTxxixxxxxxxYIAFxExLlksylkmkagsassdmiaeyinna isafssrtgisqetaqkiadfitsny >c5w7gV_ RQDSKDRYQYKQYIYRSIGGIVPPEMAETVTANQTAQWEAGFTPYHKLRLAIKEICKTDGIPNIKWGMYIAFGEKLLKSYLKMKAGSASSDMIAEYINNA ISAFSSRTGISQETAQKIADFITSNY >UniRef50_Q70LC6(9-103:140) Uncharacterized protein ORF140 n=1 Tax=Acidianus filamentous virus 1 RepID=Y140_AFV1 E=4e-10 s/c=0.69 id=40% cov=61% RQDSTDRYKTKLYLWRNLGGLIPEDMAISVTESITADWKQYNDMMSKVRNETLDILKTNKVATEDYIGYIAFAEEL------------------------ -------------------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * R 1 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 1 0 * * * * * * 1507 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1507 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1507 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1507 0 0 K 5 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1507 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1507 0 0 R 7 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 7 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 8 0 * * * * * * 1507 0 0 Q 9 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 10 0 * * * * * * 1507 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1507 0 0 Q 12 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 13 0 * * * * * * 1507 0 0 I 14 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 15 0 * * * * * * 1507 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1507 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 17 0 * * * * * * 1507 0 0 I 18 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1507 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1507 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1507 0 0 I 21 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1507 0 0 V 22 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 22 0 * * * * * * 1507 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1507 0 0 P 24 * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1507 0 0 E 25 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1507 0 0 M 26 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1507 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1507 0 0 E 28 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1507 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 29 0 * * * * * * 1507 0 0 V 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 30 0 * * * * * * 1507 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1507 0 0 A 32 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1507 0 0 N 33 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 33 0 * * * * * * 1507 0 0 Q 34 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1507 0 0 T 35 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 35 0 * * * * * * 1507 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1507 0 0 Q 37 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1507 0 0 W 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 38 0 * * * * * * 1507 0 0 E 39 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1507 0 0 A 40 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1507 0 0 G 41 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 41 0 * * * * * * 1507 0 0 F 42 * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1507 0 0 T 43 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 43 0 * * * * * * 1507 0 0 P 44 * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 45 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 45 0 * * * * * * 1507 0 0 H 46 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * 46 0 * * * * * * 1507 0 0 K 47 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1507 0 0 L 48 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 48 0 * * * * * * 1507 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1507 0 0 L 50 * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1507 0 0 A 51 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1507 0 0 I 52 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 52 0 * * * * * * 1507 0 0 K 53 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1507 0 0 E 54 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1507 0 0 I 55 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1507 0 0 C 56 * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1507 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1507 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 58 0 * * * * * * 1507 0 0 D 59 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1507 0 0 G 60 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1507 0 0 I 61 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 61 0 * * * * * * 1507 0 0 P 62 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1507 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 63 0 * * * * * * 1507 0 0 I 64 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1507 0 0 K 65 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1507 0 0 W 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 66 0 * * * * * * 1507 0 0 G 67 * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1507 0 0 M 68 * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1507 0 0 Y 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 69 0 * * * * * * 1507 0 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1507 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1507 0 0 F 72 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1507 0 0 G 73 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1507 0 0 E 74 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1507 0 0 K 75 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1507 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1507 0 0 L 77 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 K 78 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 80 0 * * * * * * 1000 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 M 83 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 K 84 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 A 85 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 D 91 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 M 92 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 I 93 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 N 99 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 A 100 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 F 104 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 R 107 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 G 109 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 I 110 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 112 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 E 113 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 T 114 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 A 115 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 116 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 K 117 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 A 119 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 F 121 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 I 122 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 T 123 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 126 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 126 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //