HHsearch 1.5 NAME c5vq5B_ FAM FILE c5vq5B_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5vq5B_.a3m DATE Sat May 27 08:19:55 2017 LENG 189 match states, 189 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4320 0.1147 SEQ >ss_dssp CTTCCEECCEEEEGGGSCCEECCCSEEEEECCCEEEEEEEEEEEEECEEEEEEECSCEEEEEEECCSSSBCCSCEEEEEECCSCTTEEEEEEEECSSTTS BCEECCSSCEEEESGGGGTCTTCCCCSEEEEEEEEEEEEEESSCCCSEEEEECCEEEEEEEEEESSHHHHHTCCEEEEEEECEEEEEEC >sa_dssp EECEAEDDDBCADAEDBEEBEDECDDCBCBADDCDCCDAADECDEBDABACADCECEEDCDBECDBECDDCEEDCDABAADAECECAAAAAAAAACEEEC DBBCADCEDCBABBDDBDEDEECCCEEDDBABABABAAAAADCEBEEDECEACDDDAACACABAECEDADEDDCDACACACDDEACADE >ss_pred CCCCCCCCEEEECCCCCCEEEEECHHEEEHHCCCCCEEEEECCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCCC CEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEHHHCEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEC >ss_conf 9643365225632443660566501100001067641487375378850333544554102799985188876542035631677402567314446766 32575187258722106788864156433322047788763274787359820420124777302234434650111564074578629 >Consensus gpddyvpsqiavntstlpgvvityprxigelxgtsnqyifnggxialmrgkftpxlpkigxityxfxqgnxxxssdfdixdxgvxglgiiigmagywpat plvpinssxiyidpvxantnpnxyngatxsfgarlxvafvatgrlpngyvtiptxqlgxillexxrxslnnkxltapvmlnggriqvqs >c5vq5B_ GPDDYVPSQIAVNTSTLPGVVITYPRVIGELAGTSNQYVFNGGAIALXRGKFTPALPKIGSITYTFHQGNSRDSSDFDIYDIGVSGLGIIIGXAGYWPAT PLVPINSSGIYIDPVGANTNPNTYNGATASFGARLFVAFVATGRLPNGYITIPTRQLGTILLEAKRTSLNNKGLTAPVXLNGGRIQVQS >UniRef50_C2LP46(1-164:308) Fimbrial adhesin n=3 Tax=Gammaproteobacteria RepID=C2LP46_PROMI E=2e-71 s/c=1.65 id=82% cov=87% --------------------------MIGELTGTSNQYIFNGGSlIALMRGKFTPTLPKIGKITYNFRQGNNTQSSDFDIFDTGVPGLGIIIGMAGYWPA TPLVPINSSSIYIDPVAANTNPNAYNGATGSFGARLYVAFVATGRLPNGYVTIPTKQLGHILLESNRASLNNKRLTAPVMLNGGRIQVQS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 D 4 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 P 7 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 T 14 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1000 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 R 26 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 V 27 * * * * * * * * * * 974 * * * * * * 1027 * * 27 0 * * * * * * 1117 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1117 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1117 0 0 E 30 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1117 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1117 0 0 A 32 1027 * * * * * * * * * * * * * * * 974 * * * 32 0 * * * * * * 1117 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1117 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 34 0 * * * * * * 1117 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1117 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1117 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1117 0 0 V 39 * * * * * * * 974 * * * * * * * * * 1027 * * 39 0 * * * * * * 1117 0 0 F 40 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1117 0 0 N 41 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1117 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1117 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1117 0 0 A 44 1027 * * * * * * * * * * * * * * 974 * * * * 44 1027 974 * 0 * * * 1117 1000 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1117 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1117 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1117 0 0 X 48 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1117 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1117 0 0 K 51 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1117 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1117 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 53 0 * * * * * * 1117 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1117 0 0 A 55 1027 * * * * * * * * * * * * * * * 974 * * * 55 0 * * * * * * 1117 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1117 0 0 P 57 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1117 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1117 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1117 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1117 0 0 S 61 * * * * * * * * 974 * * * * * * 1027 * * * * 61 0 * * * * * * 1117 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1117 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 63 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1117 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * 974 * * * * 1027 * * * 65 0 * * * * * * 1117 0 0 F 66 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1117 0 0 H 67 * * * * * * 1027 * * * * * * * 974 * * * * * 67 0 * * * * * * 1117 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1117 0 0 G 69 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1117 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1117 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * 974 * * * 1027 * * * * 71 0 * * * * * * 1117 0 0 R 72 * * * * * * * * * * * * * * 1027 * 974 * * * 72 0 * * * * * * 1117 0 0 D 73 * * 1027 * * * * * * * * * * 974 * * * * * * 73 0 * * * * * * 1117 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1117 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 1117 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1117 0 0 F 77 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1117 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1117 0 0 I 79 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 80 * * * * 974 * * * * * * * * * * * * * * 1027 80 0 * * * * * * 1117 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1117 0 0 I 82 * * * * * * * 1027 * * * * * * * * 974 * * * 82 0 * * * * * * 1117 0 0 G 83 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1117 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1117 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * * 974 * * 1027 * * * * 85 0 * * * * * * 1117 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1117 0 0 L 87 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1117 0 0 G 88 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1117 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1117 0 0 I 90 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1117 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1117 0 0 G 92 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1117 0 0 X 93 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1117 0 0 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 96 0 * * * * * * 1117 0 0 W 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 97 0 * * * * * * 1117 0 0 P 98 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1117 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1117 0 0 T 100 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 100 0 * * * * * * 1117 0 0 P 101 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1117 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1117 0 0 V 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 103 0 * * * * * * 1117 0 0 P 104 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1117 0 0 I 105 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1117 0 0 N 106 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1117 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1117 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1117 0 0 G 109 * * * * * 1027 * * * * * * * * * 974 * * * * 109 0 * * * * * * 1117 0 0 I 110 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 111 0 * * * * * * 1117 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1117 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1117 0 0 P 114 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1117 0 0 V 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 115 0 * * * * * * 1117 0 0 G 116 974 * * * * 1027 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1117 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1117 0 0 N 118 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1117 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1117 0 0 N 120 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1117 0 0 P 121 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1117 0 0 N 122 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1117 0 0 T 123 974 * * * * * * * * * * * * * * * 1027 * * * 123 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1117 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1117 0 0 G 126 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1117 0 0 A 127 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1117 0 0 T 128 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 128 0 * * * * * * 1117 0 0 A 129 1027 * * * * 974 * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1117 0 0 S 130 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 130 0 * * * * * * 1117 0 0 F 131 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1117 0 0 G 132 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1117 0 0 A 133 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1117 0 0 R 134 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 134 0 * * * * * * 1117 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1117 0 0 F 136 * * * * 1027 * * * * * * * * * * * * * * 974 136 0 * * * * * * 1117 0 0 V 137 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 137 0 * * * * * * 1117 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1117 0 0 F 139 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1117 0 0 V 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 140 0 * * * * * * 1117 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1117 0 0 T 142 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 142 0 * * * * * * 1117 0 0 G 143 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1117 0 0 R 144 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 144 0 * * * * * * 1117 0 0 L 145 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1117 0 0 P 146 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1117 0 0 N 147 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1117 0 0 G 148 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1117 0 0 Y 149 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 149 0 * * * * * * 1117 0 0 I 150 * * * * * * * 1027 * * * * * * * * * 974 * * 150 0 * * * * * * 1117 0 0 T 151 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 151 0 * * * * * * 1117 0 0 I 152 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1117 0 0 P 153 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1117 0 0 T 154 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 154 0 * * * * * * 1117 0 0 R 155 * * * * * * * * 974 * * * * * 1027 * * * * * 155 0 * * * * * * 1117 0 0 Q 156 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 156 0 * * * * * * 1117 0 0 L 157 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1117 0 0 G 158 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1117 0 0 T 159 * * * * * * 974 * * * * * * * * * 1027 * * * 159 0 * * * * * * 1117 0 0 I 160 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1117 0 0 L 161 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1117 0 0 L 162 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1117 0 0 E 163 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1117 0 0 A 164 1027 * * * * * * * * * * * * * * 974 * * * * 164 0 * * * * * * 1117 0 0 K 165 * * * * * * * * 1027 * * 974 * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1117 0 0 R 166 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 166 0 * * * * * * 1117 0 0 T 167 974 * * * * * * * * * * * * * * * 1027 * * * 167 0 * * * * * * 1117 0 0 S 168 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 168 0 * * * * * * 1117 0 0 L 169 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1117 0 0 N 170 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1117 0 0 N 171 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1117 0 0 K 172 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1117 0 0 G 173 * * * * * 1027 * * * * * * * * 974 * * * * * 173 0 * * * * * * 1117 0 0 L 174 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1117 0 0 T 175 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 175 0 * * * * * * 1117 0 0 A 176 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1117 0 0 P 177 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1117 0 0 V 178 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 178 0 * * * * * * 1117 0 0 X 179 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 L 180 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1117 0 0 N 181 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 181 0 * * * * * * 1117 0 0 G 182 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1117 0 0 G 183 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 183 0 * * * * * * 1117 0 0 R 184 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 184 0 * * * * * * 1117 0 0 I 185 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 185 0 * * * * * * 1117 0 0 Q 186 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 186 0 * * * * * * 1117 0 0 V 187 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 187 0 * * * * * * 1117 0 0 Q 188 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 188 0 * * * * * * 1117 0 0 S 189 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 189 0 * * 0 * * * 1117 0 0 //