HHsearch 1.5 NAME c5vodD_ FAM FILE c5vodD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5vodD_.a3m DATE Sat Jul 8 08:17:28 2017 LENG 164 match states, 164 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.7 EVD 0.4020 -1.0267 SEQ >ss_dssp CCGGGGCCCCSCCCCCCGGGEEEEEEEECCGGGTTCEEEEEEETTSCEEEEECCHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHCSSCCCCCCCHHHHHHHHHH SCSEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEEEECTTSCEEEEEEEEEEETTCCTTCSSSCCCCCC >sa_dssp EEACEECDCEEECEEDDCECADCDDECEBCEEAEECCACBADBEEEEDCBBCDCEBAEEACEDCDBDEBDBCECCEEDEDDEEECEEECCDECAEDADEC CEEDDDDEDEDDCEDEEDEBDABCDCBBCBDCDEEDDCCDDDDDCDDBCEEDEECDBCDDEEEE >ss_pred CCCEEECCCCCCCCCCCCHHEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEHHHHHHHHHH CCCCCCEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCEEEECCCCEEC >ss_conf 9640543556778887801100001037898558843899990678656533504788888877214708887655653276664377643354455542 0444431699996089852579999876675315834899999997303478513661672319 >Consensus xxxxxxCPxxypSPprxfglFxsyxxxxtgPECgNxtLYvlhnrxgQxLiERpSxWvxKlaxYLSgrnxxvfqxfxxxAxspsxxxxnitxedxkiFgAH MiPkxxktLRyxVkDGtdvqxCqMrvxtWAxxxxxyxisFqvrieltxaxrxpxtiCtrPNLiv >c5vodD_ DAATFYCPFLYPSPPRSPLQFSGFQRVSTGPECRNETLYLLYNREGQTLVERSSTWVKKVIWYLSGRNQTILQRMPRTASKPSDGNVQISVEDAKIFGAH MVPKQTKLLRFVVNDGTRYQMCVMKLESWAHVFRDYSVSFQVRLTFTEANNQTYTFCTHPNLIV >UniRef50_Q98674(30-183:198) UORF3 n=3 Tax=Simian cytomegalovirus RepID=Q98674_9BETA E=2e-63 s/c=1.58 id=41% cov=95% ------CP-AQPSPPQDFGLFLSYDIEGPKPECGNSTLYVLHTKSGQHLIERPSPWVTKLAHYLSGRNHAVFRSFTEVAASPTK-IINVTDDDRAIFGAH MIPKNIKTLRYRVKDGPDVQTCQMRVTTWAVRASGY-LAFQMRIELTSITRKPNTICVRPNLI- >UniRef50_A7LBG9(35-190:348) RhUL130/rh175.4 n=5 Tax=Macacine herpesvirus 3 RepID=A7LBG9_9BETA E=3e-60 s/c=1.49 id=37% cov=96% -----FCP-MYSSPRRNFGLFTSYKTHPTGPECGNTGLYVFHNRYNQYLIERPSAWSNKLAFYLSALHSPVFQKFSKMATS-STTSMNITEEEKKTFAAH MIPMRSTTLRYIVKDGTDVEHCQMRVITWAKTEANF-ISFKVKIELSNAYRRPSSICTRPNLVV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * D 1 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 A 2 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 6 * * * * 1027 * * * * * * * * * * * * * * 973 6 0 * * * * * * 1533 0 0 C 7 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1781 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 1468 * 647 * * * * 1781 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * 0 * 1000 0 1411 L 10 1665 * * * * * * * * 1468 1629 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * 1665 * * * * * 546 11 0 * * * * * * 1781 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 563 * * 1629 * * * * 12 0 * * * * * * 1781 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1781 0 0 P 14 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1781 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 563 * 1629 * * * * * 15 0 * * * * * * 1781 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * 1665 546 * * * * * 16 0 * * * * * * 1781 0 0 S 17 * * 1665 * * * * * * * * 1629 * * * 1468 * * * * 17 0 * * * * * * 1781 0 0 P 18 * * * * 647 * * * * * * * 1468 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1781 0 0 L 19 * * * * * 647 * * * 1468 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 20 * * * * * * * * * 647 * * * 1468 * * * * * * 20 0 * * * * * * 1781 0 0 F 21 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1781 0 0 S 22 * * * * * * * * * 1665 * * * * * 1468 1629 * * * 22 0 * * * * * * 1781 0 0 G 23 * * * * * 1468 * * * * * * * * * 647 * * * * 23 0 * * * * * * 1781 0 0 F 24 * * * * 1468 * * * * * * * * * * * * * * 647 24 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 25 * * 1665 * * * * * 1629 * * * * 1468 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1781 0 0 R 26 * * * * * * * 1665 * * * * * * 1468 * 1629 * * * 26 0 * * * * * * 1781 0 0 V 27 * * * 1665 * * 1629 * * * * * * * * * * 1468 * * 27 0 * * * * * * 1781 0 0 S 28 * * * * * 1665 * * * * * * 1629 * * 1468 * * * * 28 0 * * * * * * 1781 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * 1665 * * * 546 * * * 29 0 * * * * * * 1781 0 0 G 30 * * * * * 546 * * 1665 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1781 0 0 P 31 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1781 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1781 0 0 C 33 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1781 0 0 R 34 * * * * * 647 * * * * * * * * 1468 * * * * * 34 0 * * * * * * 1781 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1781 0 0 E 36 * * * 1468 * * * * * * * * * * * 1665 1629 * * * 36 0 * * * * * * 1781 0 0 T 37 * * * * * 1629 * * * * * * * * * * 563 * * * 37 0 * * * * * * 1781 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 39 0 * * * * * * 1781 0 0 L 40 * * * * * * * * * 1468 * * * * * * * 647 * * 40 0 * * * * * * 1781 0 0 L 41 * * * * 1629 * * * * 563 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 42 * * * * * * 647 * * * * * * * * * * * * 1468 42 0 * * * * * * 1781 0 0 N 43 * * * * * * * * * * * 546 * * * * 1665 * * * 43 0 * * * * * * 1781 0 0 R 44 * * * * * * * * 1665 * * * * * 546 * * * * * 44 0 * * * * * * 1781 0 0 E 45 * * * 1468 * * * * * * * * * * * 1665 * * * 1629 45 0 * * * * * * 1781 0 0 G 46 * * * * * 563 * * * * * 1629 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 47 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1781 0 0 T 48 * * * * * * 1665 * * * * * * * * * 1468 * * 1629 48 0 * * * * * * 1781 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1781 0 0 V 50 * * * * * * * 647 * * * * * * * * * 1468 * * 50 0 * * * * * * 1781 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1781 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1781 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * 647 * * 1468 * * * * 53 0 * * * * * * 1781 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1781 0 0 T 55 1629 * * * * * * * * * * * 1665 * * * 1468 * * * 55 0 * * * * * * 1781 0 0 W 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 56 0 * * * * * * 1781 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * 1629 * 563 * * 57 0 * * * * * * 1781 0 0 K 58 * * * * * * * * 1468 * * 1629 * * * * 1665 * * * 58 0 * * * * * * 1781 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1781 0 0 V 60 * * * * * * * * * 647 * * * * * * * 1468 * * 60 0 * * * * * * 1781 0 0 I 61 647 * * * * * * 1468 * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1781 0 0 W 62 * * * * 1629 * 1665 * * * * * * * * * * * 1468 * 62 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 63 0 * * * * * * 1781 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1781 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1781 0 0 G 66 1629 * * * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1781 0 0 R 67 * * * * * * * * * 1629 * * * * 563 * * * * * 67 0 * * * * * * 1781 0 0 N 68 * * * * * * 1629 * * * * 563 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 69 * * * * * * 1665 * * * * * * 1468 * 1629 * * * * 69 0 * * * * * * 1781 0 0 T 70 1665 * * * * * * * * * * * 1629 * * * 1468 * * * 70 0 * * * * * * 1781 0 0 I 71 * * * * * * * 1468 * * * * * * * * * 647 * * 71 0 * * * * * * 1781 0 0 L 72 * * * * 647 * * * * 1468 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 73 * * * * * * * * * * * * * 546 1665 * * * * * 73 0 * * * * * * 1781 0 0 R 74 * * * * * * * * 1629 * * * * * 1468 1665 * * * * 74 0 * * * * * * 1781 0 0 M 75 * * * * 647 * * * * * 1468 * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1781 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 1468 * * 1629 1665 * * * 76 0 * * * * * * 1781 0 0 R 77 * * * 1665 * * * * 1629 * * * * * 1468 * * * * * 77 0 * * * * * * 1781 0 0 T 78 * * * * * * * * * * 1629 * * * * * 1468 1665 * * 78 0 * * * * * * 1781 0 0 A 79 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1781 0 0 S 80 1665 * * * * * * * * * * * * * * 1468 1629 * * * 80 0 * * * * * * 1781 0 0 K 81 * * * * * * * * 1468 * * * * * * 647 * * * * 81 563 * 1629 * * * * 1781 0 0 P 82 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 82 0 * * * * 0 * 1494 0 1000 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 546 1665 * * * 83 0 * * * * * * 1781 0 0 D 84 * * 1468 * * * * * 1665 * * * * * * * 1629 * * * 84 546 * 1665 * * * * 1781 0 0 G 85 * * * * * 973 * * * * * * * * * * 1027 * * * 85 0 * * * * 0 * 1533 0 1000 N 86 * * * * * * * 1665 * * * 1468 * * * 1629 * * * * 86 0 * * * * * * 1781 0 0 V 87 * * * * * * * 1665 * * 1629 * * * * * * 1468 * * 87 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * 647 * 1468 * * * * * * 88 0 * * * * * * 1781 0 0 I 89 * * * * * * * 546 * * * * * * * * * 1665 * * 89 0 * * * * * * 1781 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 1468 647 * * * 90 0 * * * * * * 1781 0 0 V 91 * * 1665 1629 * * * * * * * * * * * * * 1468 * * 91 0 * * * * * * 1781 0 0 E 92 * * 1665 546 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1781 0 0 D 93 * * 563 1629 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1781 0 0 A 94 1468 * * * * * * * 1629 * * * * * 1665 * * * * * 94 0 * * * * * * 1781 0 0 K 95 1665 * * * * * * * 546 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1781 0 0 I 96 * * * * * * * 563 * * * * * * * * 1629 * * * 96 0 * * * * * * 1781 0 0 F 97 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1781 0 0 G 98 1629 * * * * 563 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1781 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1781 0 0 H 100 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1781 0 0 M 101 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1781 0 0 V 102 * * * * * * * 647 * * * * * * * * * 1468 * * 102 0 * * * * * * 1781 0 0 P 103 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1781 0 0 K 104 * * * * * * * * 563 * 1629 * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 105 * * * * * * * * * * * 1665 * 1468 1629 * * * * * 105 0 * * * * * * 1781 0 0 T 106 * * * * * * * 1665 * * * * * * * 1629 1468 * * * 106 0 * * * * * * 1781 0 0 K 107 * * * * * * * * 563 * * * * * * * 1629 * * * 107 0 * * * * * * 1781 0 0 L 108 * * * * * * * * * 1468 * * * * * * 647 * * * 108 0 * * * * * * 1781 0 0 L 109 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1781 0 0 R 110 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 110 0 * * * * * * 1781 0 0 F 111 * * * * 1468 * * * * * * * * * * * * * * 647 111 0 * * * * * * 1781 0 0 V 112 * * * * * * * 1629 * * * * * * 1665 * * 1468 * * 112 0 * * * * * * 1781 0 0 V 113 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 113 0 * * * * * * 1781 0 0 N 114 * * * * * * * * 647 * * 1468 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1781 0 0 D 115 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1781 0 0 G 116 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1781 0 0 T 117 * * * * * * * * * * * * 1665 * * * 546 * * * 117 0 * * * * * * 1781 0 0 R 118 * * 647 * * * * * * * * * * * 1468 * * * * * 118 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 647 * 1468 119 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 120 * * * 1629 * * * * * * * * * 563 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1781 0 0 M 121 * * * * * * 1629 * * * 1468 * * * * * 1665 * * * 121 0 * * * * * * 1781 0 0 C 122 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1781 0 0 V 123 * * * * * * * * * * * * * 647 * * * 1468 * * 123 0 * * * * * * 1781 0 0 M 124 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1781 0 0 K 125 * * * * * * * * 1468 * * * * * 647 * * * * * 125 0 * * * * * * 1781 0 0 L 126 * * * * * * * * * 1468 * * * * * * * 647 * * 126 0 * * * * * * 1781 0 0 E 127 * * * 1468 * * * 1629 * * * * * * * * 1665 * * * 127 0 * * * * * * 1781 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 1468 647 * * * 128 0 * * * * * * 1781 0 0 W 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 129 0 * * * * * * 1781 0 0 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1781 0 0 H 131 * * * * * * 1468 * 1629 * * * * * * * * 1665 * * 131 0 * * * * * * 1781 0 0 V 132 * * * * * * * * * * * * * * 1665 * 1629 1468 * * 132 0 * * * * * * 1781 0 0 F 133 1665 * * 1629 1468 * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1781 0 0 R 134 1629 * * * * * * * * * * * * * 1468 1665 * * * * 134 0 * * * * * * 1781 0 0 D 135 * * 1468 * * 1665 * * * * * 1629 * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 136 * * * * 1629 * * * * * * * * * * * * * * 563 136 1468 * 647 * * * * 1781 0 0 S 137 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 137 0 * * * * 0 * 1000 0 1411 V 138 * * * * * * * 1629 * 1665 * * * * * * * 1468 * * 138 0 * * * * * * 1781 0 0 S 139 1665 * * * * * * * * * * * * * * 546 * * * * 139 0 * * * * * * 1781 0 0 F 140 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 141 * * * * * * * * 1629 * * * * 563 * * * * * * 141 0 * * * * * * 1781 0 0 V 142 * * * * * * * * * * 1665 * * * * * * 546 * * 142 0 * * * * * * 1781 0 0 R 143 * * * * * * * * 1629 * * * * * 563 * * * * * 143 0 * * * * * * 1781 0 0 L 144 * * * * * * * 647 * 1468 * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1781 0 0 T 145 * * * 647 * * * * * * * * * * * * 1468 * * * 145 0 * * * * * * 1781 0 0 F 146 * * * * 1468 * * * * 647 * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1781 0 0 T 147 * * * * * * * * * * * * * * * 1629 563 * * * 147 0 * * * * * * 1781 0 0 E 148 * * * 1468 * * * * * * * 1629 * * * 1665 * * * * 148 0 * * * * * * 1781 0 0 A 149 546 * * * * * * 1665 * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1781 0 0 N 150 * * * * * * * * * * * 1468 * * * * 1665 * * 1629 150 0 * * * * * * 1781 0 0 N 151 * * * * * * * * * * * 1468 * * 647 * * * * * 151 0 * * * * * * 1781 0 0 Q 152 * * * * * * * * 1665 * * * * 1468 1629 * * * * * 152 0 * * * * * * 1781 0 0 T 153 * * * * * * * * * * * * 647 * * * 1468 * * * 153 0 * * * * * * 1781 0 0 Y 154 * * * * * * * * * * * 1665 * * * 1629 * * * 1468 154 0 * * * * * * 1781 0 0 T 155 * * * * * * * * * * * * * * * 1629 563 * * * 155 0 * * * * * * 1781 0 0 F 156 * * * * 1468 * * 647 * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1781 0 0 C 157 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1781 0 0 T 158 * * * * * * * * * * * * * * * * 546 1665 * * 158 0 * * * * * * 1781 0 0 H 159 * * * * * * 1468 * * * * * * * 647 * * * * * 159 0 * * * * * * 1781 0 0 P 160 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1781 0 0 N 161 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1781 0 0 L 162 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1781 0 0 I 163 * * * * * * * 563 * * * * * * * * * 1629 * * 163 0 * * * * * * 1781 0 0 V 164 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 164 0 * * 0 * * * 1533 0 0 //