HHsearch 1.5 NAME c5vobE_ FAM FILE c5vobE_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5vobE_.a3m DATE Sat Jul 8 08:17:04 2017 LENG 108 match states, 108 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4230 0.4887 SEQ >ss_dssp CCCHHHHTTCSSCCCTTHHHHHSCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCHHHHHTCCHHHHHHHHHHHHHSCEECCCCSEEEEEEECSSCEEEE EEECCCCC >sa_dssp ECEDEECCEDEEEDDECCECCBDEECEDECBDDCBECBCDBDEDCEEBDEEEEECEDBCEEDDEECCCDABBBADBEECEDEECDCCBCBDCCEEDDDCE CDEDEDEE >ss_pred CCCHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCCEEEEE EEEEEECC >ss_conf 9511210468876897356665420182469999999998577644333128776012211044565556677776211466135630455576347889 98875249 >Consensus qCxxexaxxxxxxRxxxYWDxCSxxlxxxxRxexleriinxtvxYHYdxSHgxDxxxxLkRINVTEVsLlvxxfRrQxrrxGxxTFxAsGsxxxxxRxLx xsvRLfxx >c5vobE_ QCQRETAEKNDYYRVPHYWDACSRALPDQTRYKYVEQLVDLTLNYHYDASHGLDNFDVLKRINVTEVSLLISDFRRQNRRGGRTTFNAAGSLAPHARSLE FSVRLFAN >UniRef50_Q8QRY2(20-128:130) UL131A n=17 Tax=Cytomegalovirus RepID=Q8QRY2_9BETA E=1e-49 s/c=1.81 id=65% cov=99% QCRREEAERDDFARPWDYWDTCSPALPERTRQEYVKRLVDTLVEYHYDVSHGLDNFKTLKRINVTEVTLLAGEFRRQKARGGtnkRTTFSASGFLGPHYR MLEFSVRLF-- >UniRef50_Q98671(23-101:168) UORF4 n=2 Tax=Simian cytomegalovirus RepID=Q98671_9BETA E=7e-15 s/c=1.03 id=48% cov=74% -CSELYANFTPHHRQDSYWDLCSKVVGETRRNEFLERIINTTLLYHYDVSHGRDGVDVLQRINVTEVSLLVNVF--QNRAPG------------------ -------- >UniRef50_Q2FAD9(27-166:172) RhUL131a n=3 Tax=Macacine herpesvirus 3 RepID=Q2FAD9_9BETA E=1e-11 s/c=0.51 id=41% cov=97% -CTKEFGNWNPNYRPDGYWDICSRQIDAPLRNQLLEKIINASVSYHYATSHNHDDVSLLKRINVTEVALVVNSvqvrpgeideclYRQQpeeeikkntkq pqlTRRIGlikdyisakkLITFAASGSHTSQSRILTVAIRL--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Q 1 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 1 0 * * * * * * 1265 0 0 C 2 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1913 0 0 Q 3 * * * * * * * * * * * * * 2098 2024 2030 1859 * * * 3 0 * * * * * * 1913 0 0 R 4 * * * 2030 * * * * 1859 * * * * * 1061 * * * * * 4 0 * * * * * * 1913 0 0 E 5 * * * 405 * * * * * 2030 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1913 0 0 T 6 * * * 2024 1859 * * * * * * * * * * * 2098 * * 2030 6 0 * * * * * * 1913 0 0 A 7 465 * * * * 1859 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1913 0 0 E 8 * * * 1061 * * * * * * * 942 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1913 0 0 K 9 * * * * 2030 * * * 2098 * * * * * 2024 * * * 1859 * 9 0 * * * * * * 1913 0 0 N 10 * * 2024 * * * * * * * * 974 * * * * 2030 * * * 10 0 * * * * * * 1913 0 0 D 11 * * 1061 * * * * * * * * * 942 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 12 * * * * 2024 * 2030 * * * * 1859 * * * * * * * 2098 12 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 13 2024 * * * * * 2030 * * * * * * * * * * * * 974 13 0 * * * * * * 1913 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 14 0 * * * * * * 1913 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * 939 2030 * * * 2098 * * 15 0 * * * * * * 1913 0 0 P 16 * * 942 * * * * * * * * * 2098 * * * * * 2024 * 16 0 * * * * * * 1913 0 0 H 17 * * 2024 * * 1859 2098 * * * * * * * * 2030 * * * * 17 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 18 0 * * * * * * 1913 0 0 W 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 19 0 * * * * * * 1913 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1913 0 0 A 21 2098 * * * * * * 1859 * 2030 * * * * * * 2024 * * * 21 0 * * * * * * 1913 0 0 C 22 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1913 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1913 0 0 R 24 * * * * * * * * 2030 * * * 2024 * 974 * * * * * 24 0 * * * * * * 1913 0 0 A 25 1061 * * * * * * * * * * * * 1859 * * * 2030 * * 25 0 * * * * * * 1913 0 0 L 26 * * * * * * * 1859 * 1061 * * * * * * * 2030 * * 26 0 * * * * * * 1913 0 0 P 27 * * 1859 * * 2030 * * * * * * 1061 * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1913 0 0 D 28 1859 * 2098 1027 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1913 0 0 Q 29 * * * * * * * * * * * * 1859 2098 2024 * 2030 * * * 29 0 * * * * * * 1913 0 0 T 30 * * * * * * * * * 1859 * * * * 2030 * 1061 * * * 30 0 * * * * * * 1913 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 32 * * * * * * * * * * * 942 * 2024 * * * * * 2098 32 0 * * * * * * 1913 0 0 K 33 * * * 1027 * * * * 2098 * * * * 1859 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 34 * * * * 2030 * * * * 1859 * * * * * * * * * 1061 34 0 * * * * * * 1913 0 0 V 35 * * * * * * * * * 942 * * * * * * * 1061 * * 35 0 * * * * * * 1913 0 0 E 36 * * * 407 * * * * 2024 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1913 0 0 Q 37 * * * * * * * * 1859 * * * * 2098 1027 * * * * * 37 0 * * * * * * 1913 0 0 L 38 * * * * * * * 942 * 1061 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1913 0 0 V 39 * * * * * * * 942 * * * * * * * * * 1061 * * 39 0 * * * * * * 1913 0 0 D 40 * * 1061 * * * * * * * * 942 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1913 0 0 L 41 1859 * * * * * * * * 2098 * * * * * * 1027 * * * 41 0 * * * * * * 1913 0 0 T 42 * * * * * * * * * 2024 * * * * * 1859 1064 * * * 42 0 * * * * * * 1913 0 0 L 43 * * * * * * * * * 1064 * * * * * * * 939 * * 43 0 * * * * * * 1913 0 0 N 44 * * * 2024 * * * * * 2030 * 2098 * * * 1859 * * * * 44 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 45 0 * * * * * * 1913 0 0 H 46 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1913 0 0 Y 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 47 0 * * * * * * 1913 0 0 D 48 1859 * 465 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1913 0 0 A 49 2098 * * * * * * * * * * * * * * * 1859 1027 * * 49 0 * * * * * * 1913 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1913 0 0 H 51 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1913 0 0 G 52 * * * * * 465 * * * * * 1859 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1913 0 0 L 53 * * * * * * 1859 * * 1061 * * * * 2030 * * * * * 53 0 * * * * * * 1913 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1913 0 0 N 55 * * 1859 * * 2030 * * * * * 1061 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1913 0 0 F 56 * * * * 1061 * * * * * * * * * * * * 942 * * 56 0 * * * * * * 1913 0 0 D 57 * * 1064 * * * * * 2024 * * * * * * 1859 * * * * 57 0 * * * * * * 1913 0 0 V 58 * * * * * * * * * 1859 * * * * * * 2024 1064 * * 58 0 * * * * * * 1913 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1913 0 0 K 60 * * * * * * * * 405 * * * * 2030 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1913 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1913 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1913 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1913 0 0 V 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 64 0 * * * * * * 1913 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1913 0 0 E 66 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1913 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 67 0 * * * * * * 1913 0 0 S 68 1859 * * * * * * * * * * * * * * 1064 2024 * * * 68 0 * * * * * * 1913 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1913 0 0 L 70 * * * * * * * * * 465 * * * * * * * 1859 * * 70 0 * * * * * * 1913 0 0 I 71 2024 * * * * * * 2098 * * * * * * * * * 942 * * 71 0 * * * * * * 1913 0 0 S 72 * * * * * 2024 * * * * * 942 * * * 2098 * * * * 72 0 * * * * * * 1913 0 0 D 73 * * 2098 2024 * * * * * * * * * * * 1859 * 2030 * * 73 465 1859 * 3585 126 * * 1913 1000 0 F 74 * * * * 465 * * * * * * * * * * * * * * 1859 74 405 * 2030 * * * * 1913 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 75 0 * * * * * 0 1708 0 1000 R 76 * * * * * * * * * * * * * 1412 680 * * * * * 76 0 * * * * 0 * 1708 0 1000 Q 77 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 77 465 1859 * 3807 107 * * 1913 1000 0 N 78 * * * * * * * * 2024 * * 1064 * * * * 1859 * * * 78 0 * * * * * * 1913 0 0 R 79 2024 * * * * * * * * * * * * * 407 * * * * * 79 0 * * * * * * 1913 0 0 R 80 2030 * * * * * * * * * * * * * 405 * * * * * 80 0 * * * * * * 1913 0 0 G 81 * * * * * 1061 * 1859 * * * * 2030 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1913 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 1693 534 * 2752 232 * * 1913 1530 0 R 83 * * * * * * * * * 1412 * * * * 680 * * * * * 83 0 * * * * * * 1708 0 0 T 84 * * * * * * * 1412 * * * * * * * * 680 * * * 84 0 * * * * * * 1708 0 0 T 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 85 0 * * * * * * 1708 0 0 F 86 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1708 0 0 N 87 1412 * * * * * * * * * * 1697 * * * 1663 * * * * 87 0 * * * * * * 1708 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1708 0 0 A 89 1697 * * * * * * * * * * * * * * 532 * * * * 89 0 * * * * * * 1708 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1708 0 0 S 91 * * * * 1663 * * * * * * * * * * 547 * * * * 91 0 * * * * * * 1708 0 0 L 92 * * * * * * 1412 * * 680 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1708 0 0 A 93 1697 * * * * 1663 * * * * * * * * * * 1412 * * * 93 0 * * * * * * 1708 0 0 P 94 * * * * * * * * * * * * 680 * * 1412 * * * * 94 0 * * * * * * 1708 0 0 H 95 * * * * * * 680 * * * * * * 1412 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1708 0 0 A 96 1697 * * * * * * * * * * * * * * 1412 * * * 1663 96 0 * * * * * * 1708 0 0 R 97 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 97 0 * * * * * * 1708 0 0 S 98 * * * * * * * 1412 * * 1663 * * * * 1697 * * * * 98 0 * * * * * * 1708 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1708 0 0 E 100 * * * 680 * * * * * * * * * * * * 1412 * * * 100 0 * * * * * * 1708 0 0 F 101 * * * * 680 * * * * * * * * * * * * 1412 * * 101 0 * * * * * * 1708 0 0 S 102 1412 * * * * * * * * * * * * * * 680 * * * * 102 0 * * * * * * 1708 0 0 V 103 * * * * * * * 1412 * * * * * * * * * 680 * * 103 0 * * * * * * 1708 0 0 R 104 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 104 0 * * * * * * 1708 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1708 0 0 F 106 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1265 0 0 A 107 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //