HHsearch 1.5 NAME c5vmnA_ FAM FILE c5vmnA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5vmnA_.a3m DATE Sat Mar 10 08:35:42 2018 LENG 125 match states, 125 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4280 0.7580 SEQ >ss_dssp CCCCCCCSSCHHHHHHTSSCCHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTSCSSCCHHHHHHHHTTTSCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCSHHHHHHHHHHHHH HHHSHHHHHHHHHTTHHHHHHHCCC >sa_dssp EEEEEEEEADBCCABDDEEBDECADDACDBADDBBEEEDBDEEBEECEEEBDACEBADECCEDEECDBCCAACAAABABCABEEBEDDDCCDDABDBACD ABEDEEBDECBEEDDCBEDABEDEE >ss_pred CCCCCCCCCCHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHEEECCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHEEECCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCC >ss_conf 9764322244687543243371247422100002101359999763024760564111100268767433222330011004224224678899999999 9865455555421697687631149 >Consensus gplgsmtninfsallrgermcpltreihsqmlivtksyslvetfrafprlpnileignnivsdgnlnwgrilillgisqlyftksesesertqiteqler ffrqdaisnwiasnggwvtcasldl >c5vmnA_ GPLGSMTNINFSALLRGERMCPLTREIHSQMLIVTKSYSLVETFRAFPRLPNILEIGNNIVSDGNLNWGRILILLGISQLYFTKSESESERTQITEQLER FFRQDAISNWIASNGGWVTCASLDL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 G 4 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 M 6 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 T 7 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 A 13 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 E 18 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 M 20 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 C 21 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 I 27 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 H 28 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 30 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 M 31 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 T 35 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 R 45 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 P 51 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 I 53 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 D 63 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 G 64 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 L 66 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 N 67 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 W 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 G 69 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 R 70 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 I 71 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 L 72 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 I 73 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 G 76 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 79 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 81 0 * * * * * * 1000 0 0 F 82 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 K 84 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 E 86 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 E 88 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 E 90 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 R 91 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 93 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 I 94 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 T 95 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 E 96 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 97 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 L 98 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 F 101 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 F 102 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 R 103 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 104 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 D 105 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 A 106 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 I 107 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 N 109 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 W 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 I 111 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 A 112 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 S 113 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 G 116 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 W 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 V 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 C 120 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 A 121 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 S 122 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 L 123 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 D 124 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //