HHsearch 1.5 NAME c5vj2B_ FAM FILE c5vj2B_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5vj2B_.a3m DATE Sat Jul 15 08:22:16 2017 LENG 135 match states, 135 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.3933 -1.5093 SEQ >ss_dssp CEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEEGGGHHHHHHHHHTEEEEEEEETTEEEEEEEECSSSCCCGGGCSEEEEEEESCCCSEEEEEEEEEEEEEESCCSC CCCCCEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHTSCSCC >sa_dssp EDABACADBCBBEDEECDBCACABAEDEDBEDACEAAEECBACBDCEEEECCACACADBEECBEDEBCDDABBDCEDEBEDDECBBCCDDDDECDCCEED CEDDBDBDBDDCEEEEEDCDEBDEBBEECEDEBCE >ss_pred CCEEEEEEEHHCCCCCCEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHEEEEEEECCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEECCCEEEEEEECCCEEEEEEEEECCCCCCCE EECCCEEEEEHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC >ss_conf 9404566411003777178999985031143457676642123688663999999313561788867993163020143139665665431104776773 75362257401103347888998788874663789 >Consensus slsmikvrlqnlfdndevallkitcytdklixltnalakavihtiklngivfihvitssxicpxnnivvksnfttmpilqnggyiwexxelthcsqxngl xxdnceikfskxlsdsxmtnymnqxsxllgxdlnp >c5vj2B_ SLSMIKVRLQNLFDNDEVALLKITCYTDKLIHLTNALAKAVIHTIKLNGIVFVHVITSSDICPNNNIVVKSNFTTMPVLQNGGYIWEMMELTHCSQPNGL IDDNCEIKFSKKLSDSTMTNYMNQLSELLGFDLNP >UniRef50_P24568(5-139:139) Non-structural protein 1 n=16 Tax=Pneumovirus RepID=NS1_HRSV1 E=8e-65 s/c=1.83 id=87% cov=100% SLSMIKVRLQNLFDNDEVALLKITCYTDKLILLTNALAKAVIHTIKLNGIVFIHVITSSEVCPDNNIVVKSNFTTMPILQNGGYIWELIELTHCSQSNGL MVDNCEIKFSKRLSDSVMTNYMNQISDLLGLDLN- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1086 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1086 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1086 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1086 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1086 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1086 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1086 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1086 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1086 0 0 Q 10 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 10 0 * * * * * * 1086 0 0 N 11 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1086 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1086 0 0 F 13 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1086 0 0 D 14 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1086 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1086 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1086 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1086 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1086 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1086 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1086 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1086 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1086 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1086 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 24 0 * * * * * * 1086 0 0 C 25 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1086 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1086 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1086 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1086 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1086 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1086 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1086 0 0 H 32 * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1086 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1086 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 34 0 * * * * * * 1086 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1086 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1086 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1086 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1086 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1086 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1086 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1086 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1086 0 0 H 43 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1086 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1086 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1086 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1086 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1086 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1086 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1086 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1086 0 0 V 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 51 0 * * * * * * 1086 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1086 0 0 V 53 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 53 0 * * * * * * 1086 0 0 H 54 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1086 0 0 V 55 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 55 0 * * * * * * 1086 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1086 0 0 T 57 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 57 0 * * * * * * 1086 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1086 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1086 0 0 D 60 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1086 0 0 I 61 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 61 0 * * * * * * 1086 0 0 C 62 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1086 0 0 P 63 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1086 0 0 N 64 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1086 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1086 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1086 0 0 I 67 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1086 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 68 0 * * * * * * 1086 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1086 0 0 K 70 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1086 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 71 0 * * * * * * 1086 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1086 0 0 F 73 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1086 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1086 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1086 0 0 M 76 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1086 0 0 P 77 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1086 0 0 V 78 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 78 0 * * * * * * 1086 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1086 0 0 Q 80 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1086 0 0 N 81 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1086 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1086 0 0 G 83 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1086 0 0 Y 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 84 0 * * * * * * 1086 0 0 I 85 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1086 0 0 W 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 86 0 * * * * * * 1086 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1086 0 0 M 88 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1086 0 0 M 89 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1086 0 0 E 90 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1086 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1086 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1086 0 0 H 93 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1086 0 0 C 94 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1086 0 0 S 95 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 95 0 * * * * * * 1086 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1086 0 0 P 97 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 97 0 * * * * * * 1086 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1086 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1086 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1086 0 0 I 101 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1086 0 0 D 102 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 102 0 * * * * * * 1086 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1086 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1086 0 0 C 105 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1086 0 0 E 106 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1086 0 0 I 107 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1086 0 0 K 108 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1086 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1086 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 110 0 * * * * * * 1086 0 0 K 111 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1086 0 0 K 112 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 112 0 * * * * * * 1086 0 0 L 113 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1086 0 0 S 114 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 114 0 * * * * * * 1086 0 0 D 115 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1086 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1086 0 0 T 117 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 117 0 * * * * * * 1086 0 0 M 118 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1086 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1086 0 0 N 120 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1086 0 0 Y 121 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 121 0 * * * * * * 1086 0 0 M 122 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1086 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1086 0 0 Q 124 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 124 0 * * * * * * 1086 0 0 L 125 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1086 0 0 S 126 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 126 0 * * * * * * 1086 0 0 E 127 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1086 0 0 L 128 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1086 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1086 0 0 G 130 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1086 0 0 F 131 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1086 0 0 D 132 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1086 0 0 L 133 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1086 0 0 N 134 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1086 0 0 P 135 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 135 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //