HHsearch 1.5 NAME c5v6fA_ FAM FILE c5v6fA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5v6fA_.a3m DATE Sat Jan 20 11:56:56 2018 LENG 137 match states, 137 columns in multiple alignment FILT 5 out of 9 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.2 EVD 0.4278 0.0940 SEQ >ss_dssp CBCCCEECCSSEEEEEECCTTCEEEEEESSSEEEEESSSSCCEECCCCTTCSCEECCCEEGGGEEEEEEEEEEETTSSEEEEEEEEEETTSCEEEEECSS SEEEEEEEEEECCTTCCCCEEEEEESSSSEEEEEEEC >sa_dssp ECBDDABCDECEDCDDEBDEECDABACACDAABAAAACEECCBCAEEEEEDBCEEDEDBBBDDADBACAAAADBEEDDDBAAAACACBEEEDDDEBCBCE DBCEDCECECEBDDEEDADBABABBDDDAABAACACC >ss_pred CCCEEEEEECCCCCEEEEECCCEEEEEECEEEEEECCCCCEEECCCCCCCCCCEEEEEECHHHEEEEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCEEEEECCC CCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCEEEEEEEEEC >ss_conf 9741566525861035660487599970502543025410011355346777324411223210468866545434666799999994588588761223 2001023444077541244468764570352267839 >Consensus xxSxvxGyxxxxxxqxxvxxdxxlyiRsGaaIDAIGtsxxnLvGGxxxxxxGGxlxaxvxlxxvksixxTxGxyxwGgyxlvalxFtxxnGsxxxvGSkx yaxnxxxxxxtVPagxrikxixxWtxgWlvxgvqfxx >c5v6fA_ MGSPIFGYSNTQQSQRVVTADNLMYLRSGFAIDAIGTTVNNLVGGPVQGTNGGVLRAPIALDQLQSVEVTSGLYNWGGYHIVAIKFTMKDGSSVLLGSTH YASNKKVETYTVPQGKRIKQINVWTGGWLVEGFQFVY >UniRef50_A6CZY8(524-652:654) Haemolysin n=1 Tax=Vibrio shilonii AK1 RepID=A6CZY8_9VIBR E=2e-45 s/c=1.42 id=40% cov=95% --SSVLGVKSNNAATQSVSSSKVLYIRAGAAIDAIGTSRSNLHGG----SGGGLYQ--VSLAGLKSVTATRGDFRWGGRQLVALTFHYQNGSQKLIGSKR YATNRTEQSAAVPAGQEVKGLNVWSNGWLVSGLQLRF >UniRef50_A5F720(318-451:691) Hemolysin-related protein n=28 Tax=Vibrionaceae RepID=A5F720_VIBC3 E=1e-33 s/c=1.07 id=33% cov=93% --SAVYGYTDWAHQQRVLAENHQLAIRSGAVVDAIGANSQNMIGG-----SGGSL-STIDTSKVRAIDVTYGknKYTW-KYGVLEMSFTLDNGAKVTVGS KDSAFTYlglEWKTKTVPYlgvEWRTKTVSYWFFGWHTKQVAY-- >UniRef50_C3NSJ7(508-636:957) Hemolysin-related protein RbmC n=38 Tax=Vibrio RepID=C3NSJ7_VIBCJ E=1e-40 s/c=1.29 id=45% cov=94% --SKVYGYQpNNNPASIALAVDGKISVRSGFAIDAIGASASTLVGG-----TGGNLNAAVNVKDIKAIDLTWGKYYWGGYHLLALDFRMSNGSVISMGSK NYAYSKQTERFTVPAGSRIKGIKAWTAGWLLDGVQF-- >UniRef50_A2PI49(47-173:176) Hemolysin n=1 Tax=Vibrio cholerae MAK 757 RepID=A2PI49_VIBCH E=4e-37 s/c=1.22 id=40% cov=93% --SPILGYTQGKMNQQRVGQDHRLYVRAGAAIDALGSASDLLVGG-----NGGSL-SSVDLSGVKSITATSGDFQYGGQQLVALTFTYQDGRQQTVGSKA YVTNAHEDRFDLPAAAKITQLKIWSDDWLVKGVQF-- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 2294 0 0 P 4 2194 * * * * * * * 2427 * * * 1298 * * 2406 * * * * 4 0 * * * * * * 2294 0 0 I 5 * * * * * * * 1298 * * * * * * * * * 753 * * 5 0 * * * * * * 2294 0 0 F 6 * * * * 2179 * * * * 1417 * * * * * * * * * 1305 6 0 * * * * * * 2294 0 0 G 7 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 2406 * 302 8 0 * * * * * * 2294 0 0 S 9 * * * * * * * * 2406 * * * * 2427 * 2179 1306 * * * 9 297 2427 * 0 * * * 2294 1000 0 N 10 * * 2194 * * * * * * * * 1297 * 2428 * 2406 * * * * 10 0 * * * * * * 2294 0 0 T 11 * * * * * 2428 * * * * * 1416 * * * * 2179 * 2194 * 11 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 12 2194 * * * * * * * 2428 * * 1416 * 2179 * * * * * * 12 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 13 2406 * * * * * 2194 * * * 2428 * 2427 2179 * * * * * * 13 0 * * * * * * 2294 0 0 S 14 1416 * * * * * * * * * * 2428 * 2194 * 2179 * * * * 14 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 15 * * * * * * * * * * * * * 677 * 2427 2406 * * * 15 0 * * * * * * 2294 0 0 R 16 * * * * * * * 2427 * * * * * 1417 1186 * * * * * 16 0 * * * * * * 2294 0 0 V 17 2427 * * * * * * * * * * * * * 2428 2406 * 1186 * * 17 0 * * * * * * 2294 0 0 V 18 * * * * * * * * * 1305 * * * * * * * 748 * * 18 0 * * * * * * 2294 0 0 T 19 1305 * * * * 2428 * * * * * * * * * 2406 2179 * * * 19 0 * * * * * * 2294 0 0 A 20 2179 * * 2194 * * * * * * * * * 2428 * 2406 * 2427 * * 20 0 * * * * * * 2294 0 0 D 21 * * 755 * * * * * * * * 2194 * * * 2406 * * * * 21 0 * * * * * * 2294 0 0 N 22 * * * * * 2427 1306 * 2406 * * 2179 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 2294 0 0 L 23 * * * * * * * * 2427 2179 * * * 2194 2428 * * 2406 * * 23 0 * * * * * * 2294 0 0 M 24 * * * * * * * 2427 * 754 2179 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 25 2194 * * * * * * * * * * * * * * 2427 * * * 748 25 0 * * * * * * 2294 0 0 L 26 * * * * * * * 1296 * 2179 * * * * * * * 1427 * * 26 0 * * * * * * 2294 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 27 0 * * * * * * 2294 0 0 S 28 1417 * * * * * * * * * * * * * * 677 * * * * 28 0 * * * * * * 2294 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 2294 0 0 F 30 754 * * * 1297 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 2294 0 0 A 31 356 * * * * * * * * * * * * * * * * 2194 * * 31 0 * * * * * * 2294 0 0 I 32 * * * * * * * 356 * * * * * * * * * 2194 * * 32 0 * * * * * * 2294 0 0 D 33 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 2294 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 2294 0 0 I 35 * * * * * * * 297 * 2428 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 2294 0 0 G 36 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 2294 0 0 T 37 1305 * * * * * * * * * * * * * * 2428 1288 * * * 37 0 * * * * * * 2294 0 0 T 38 2428 * * * * * * * * * * 2194 * * * 1416 2179 * * * 38 0 * * * * * * 2294 0 0 V 39 2427 * * * * * * * * * * * * * 2406 1306 * 2179 * * 39 0 * * * * * * 2294 0 0 N 40 * * 2428 * * * * * * * * 2179 * 2194 * 1416 * * * * 40 0 * * * * * * 2294 0 0 N 41 * * * * * * * * * 2428 * 671 * * * * 2427 * * * 41 0 * * * * * * 2294 0 0 L 42 * * * * * * * * * 356 2194 * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 2294 0 0 V 43 * * * * * * 2406 2194 * * * * * * * * * 755 * * 43 0 * * * * * * 2294 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2294 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 2179 * 360 * * * * 2294 0 0 P 46 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 46 0 * * * * * 0 1000 0 2157 V 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 47 0 * * * * * 0 1000 0 2157 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 48 0 * * * * * 0 1000 0 2157 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * 2023 408 1000 0 2157 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * 1066 937 * * * 50 0 * * * * 0 * 1484 0 1930 N 51 * * * * * 2406 * * * * * 1298 * * * 2194 2427 * * * 51 0 * * * * * * 2294 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2294 0 0 G 53 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 2294 0 0 V 54 * * * * * * * * * 2406 * 2427 * * * 1306 * 2179 * * 54 0 * * * * * * 2294 0 0 L 55 * * * * * * * * * 302 * * * * * * * * * 2406 55 748 * 1306 * * * * 2294 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * 1643 * 1618 1498 * * * * * 56 569 * 1618 * * 0 * 1774 0 1599 A 57 993 * * * * * * * * * * * * * * 1007 * * * * 57 0 * * * * * 0 2106 0 1000 P 58 2109 * * * * * * * * * * * 1885 * * 2033 1982 * * * 58 0 * * * * 0 * 2106 0 1000 I 59 * * * * * * * 1186 * * * * * * * * * 835 * * 59 0 * * * * * * 2294 0 0 A 60 2179 * 1306 * * * * * * * * 2427 * * * 2406 * * * * 60 0 * * * * * * 2294 0 0 L 61 * * * * * * * * * 748 * * * * * * 2194 2427 * * 61 0 * * * * * * 2294 0 0 D 62 2406 * 2179 * * * * * 2427 * * * * * * 1306 * * * * 62 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 63 * * 2427 * * 1417 * * 2194 * * * * 2179 * * * * * * 63 0 * * * * * * 2294 0 0 L 64 * * * * * * * 2427 * 1288 * * * * * * * 1306 * * 64 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 65 * * * * * * * * 835 * * * * 2179 2194 * * * * * 65 0 * * * * * * 2294 0 0 S 66 1305 * * * * * * * * * * * * * * 748 * * * * 66 0 * * * * * * 2294 0 0 V 67 * * * * * * * 760 * * * * * * * * * 1288 * * 67 0 * * * * * * 2294 0 0 E 68 * * 1305 2179 * * * * * * * * * * * * 1417 * * * 68 0 * * * * * * 2294 0 0 V 69 1417 * * * * * * * * 2427 * * * * * * * 1186 * * 69 0 * * * * * * 2294 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 2294 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * * * * 2406 1298 * * 2427 2194 71 0 * * * * * * 2294 0 0 G 72 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 72 356 2194 * 1000 1000 * * 2294 1000 0 L 73 * * 1417 * * * * * 1305 2179 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 74 * * * * 1417 * * * * * * * * * * * * * * 677 74 0 * * * * * * 2294 0 0 N 75 * * * * * * * * * * * 2179 * 2428 2406 * 2194 * * 2427 75 0 * * * * * * 2294 0 0 W 76 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 297 2428 76 356 * 2194 * * * * 2294 0 0 G 77 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * 0 * 1994 0 1000 G 78 * * * * * 356 * * 2194 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * * * 2428 2406 * * * * 677 79 0 * * * * * * 2294 0 0 H 80 * * * * * 2194 1297 * * * * * * 1417 * * * * * * 80 0 * * * * * * 2294 0 0 I 81 * * * * * * * 2179 * 835 * * * * * * * 2194 * * 81 0 * * * * * * 2294 0 0 V 82 * * * * * * * * * 1305 * * * * * * * 748 * * 82 0 * * * * * * 2294 0 0 A 83 356 * * 2194 * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 2294 0 0 I 84 * * * * * * * 2179 * 835 2194 * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 2294 0 0 K 85 * * 2427 * * * * * 2179 * * * * * * 2194 1417 * * * 85 0 * * * * * * 2294 0 0 F 86 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 2294 0 0 T 87 * * * * * * 2406 * * * * * * * 2427 * 677 * * * 87 0 * * * * * * 2294 0 0 M 88 * * * * * * * * * 2194 1297 * * * * * * * * 1417 88 0 * * * * * * 2294 0 0 K 89 * * 2194 * * * * * 2179 * * * * 1417 * 2427 * * * * 89 0 * * * * * * 2294 0 0 D 90 * * 1298 * * * * * * * * 753 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 2294 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 2294 0 0 S 92 2194 * * * * * * * * * * * * * 2428 748 * * * * 92 0 * * * * * * 2294 0 0 S 93 * * * * * * * * 2194 * * * * 1417 * 2179 * 2427 * * 93 0 * * * * * * 2294 0 0 V 94 * * * * * * * 2427 2406 * * * * 2428 * * * 1186 * * 94 0 * * * * * * 2294 0 0 L 95 * * * * * * * * * 1288 * * * * * 2427 1306 * * * 95 0 * * * * * * 2294 0 0 L 96 * * * * * * * 2406 * 2179 2427 * * * * * * 1306 * * 96 0 * * * * * * 2294 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 2294 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 2294 0 0 T 99 * * * * * * * * 360 * * * * * * * 2179 * * * 99 0 * * * * * * 2294 0 0 H 100 2428 * 2194 * * * 2179 * * * * 2427 * * 2406 * * * * * 100 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * 2194 * * * 356 101 0 * * * * * * 2294 0 0 A 102 297 * * * * * * * * * * * * * * * * 2428 * * 102 0 * * * * * * 2294 0 0 S 103 * * * * 2194 * * * * * * * * * * 2179 1417 * * 2427 103 0 * * * * * * 2294 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 748 * * * 2427 2194 * * * 104 0 * * * * * * 2294 0 0 K 105 2428 * * * * * * * 1297 * * * * * 2406 * * * * 2194 105 356 2194 * 1585 585 * * 2294 1000 0 K 106 * * * 2194 * * 2428 * 2179 * * * * 2427 * * 2406 * * * 106 0 * * * * * * 2294 0 0 V 107 * * * 1417 * * * * * * * * * * * * 2427 2179 2194 * 107 0 * * * * * * 2294 0 0 E 108 * * 2428 1297 * * * * 2194 * * * * 2406 * * * * * * 108 0 * * * * * * 2294 0 0 T 109 * * * * * * * * * * * * * * 1427 2406 1186 * * * 109 0 * * * * * * 2294 0 0 Y 110 2406 * * * 1427 * * * 2194 * * * * * * * * * * 2179 110 0 * * * * * * 2294 0 0 T 111 2406 * 2428 * * * * * * * * * * * * * 677 * * * 111 0 * * * * * * 2294 0 0 V 112 * * * * * * * * * 2428 * * * * * * * 297 * * 112 0 * * * * * * 2294 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 114 835 * * * * * * * * * * * * 2179 * * * * * 2194 114 356 2194 * 1585 585 * * 2294 1000 0 G 115 2428 * * 2194 * 748 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 2294 0 0 K 116 2428 * * * * * * * 2179 * * * * 2406 * 2427 * * 2194 * 116 0 * * * * * * 2294 0 0 R 117 * * * 2406 * * * * 2428 * * * * * 677 * * * * * 117 0 * * * * * * 2294 0 0 I 118 * * * * * * * 755 * * * * * * * * 2194 2406 * * 118 0 * * * * * * 2294 0 0 K 119 * * * * * * * * 297 * * * * * * * 2428 * * * 119 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 120 * * * * * 1416 * * * * * * * 1298 * * 2194 * * * 120 0 * * * * * * 2294 0 0 I 121 * * * * * * * 1297 * 1417 * * * * * * * 2194 * * 121 0 * * * * * * 2294 0 0 N 122 * * * * * * * * 1427 * * 1288 * * * 2194 * * * * 122 0 * * * * * * 2294 0 0 V 123 2427 * * * * * * 2428 * * * * * * * * * 1288 * 2194 123 0 * * * * * * 2294 0 0 W 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 124 0 * * * * * * 2294 0 0 T 125 * * * * 2194 * * * * * * * * * * 1417 1297 * * * 125 0 * * * * * * 2294 0 0 G 126 2427 * 2428 * 2194 2179 * * * * * 2406 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 2294 0 0 G 127 * * 2428 * * 297 * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 2294 0 0 W 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 128 0 * * * * * * 2294 0 0 L 129 * * * * * * 2194 * * 356 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 2294 0 0 V 130 * * * * * * * * * 2427 * * * * * * 2194 748 * * 130 0 * * * * * * 2294 0 0 E 131 * * 2427 2179 * * * * 1306 * * * * * * 2406 * * * * 131 0 * * * * * * 2294 0 0 G 132 * * * * * 356 * * * * * * * 2194 * * * * * * 132 0 * * * * * * 2294 0 0 F 133 * * * * 2179 * * * * 2406 * * * * * * * 760 * * 133 0 * * * * * * 2294 0 0 Q 134 2194 * * * * * * * * * * * * 356 * * * * * * 134 0 * * * * * * 2294 0 0 F 135 * * * * 755 * * * * 2406 * * * * * * * * * 2194 135 0 * * * * * * 2294 0 0 V 136 * * * * * * * * * * * * * * 1066 * * 937 * * 136 0 * * * * * * 1484 0 0 Y 137 * * * * 1066 * * * * * * * * * * * * * * 937 137 0 * * 0 * * * 1484 0 0 //