HHsearch 1.5 NAME c5v2oC_ FAM FILE c5v2oC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5v2oC_.a3m DATE Sat Oct 7 08:15:23 2017 LENG 60 match states, 60 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4716 0.7743 SEQ >ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHHHHTTTSCCHHHHHHHHHHHTHHHHTCCHHHHHHTTHHHHHHHCC >sa_dssp EDEEEDBCDDBBEDBDEECEEEECEEDBDCBDDCEDAEEEEDDDEEBCEEBDEDBEECED >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 933677899999999964123347889999999999641233478899999999986439 >Consensus ggdlaneiarctkllnalnsggdlaneiarctkllnalnsggdlaneiarctkllnalns >c5v2oC_ GGDLANEIARCTKLLNALNSGGDLANEIARCTKLLNALNSGGDLANEIARCTKLLNALNS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 D 3 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 I 8 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 C 11 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 D 23 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 C 31 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 S 40 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 C 51 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 T 52 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 N 56 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 S 60 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 60 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //