HHsearch 1.5 NAME c5u1dX_ FAM FILE c5u1dX_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5u1dX_.a3m DATE Thu Feb 9 16:04:11 2017 LENG 55 match states, 55 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4871 2.5541 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHSCTTCSSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCSSSCSSCCC >sa_dssp EECDEECCEDBEEEDEEDEDDDEDBDECCEEDDDEEEDDEDDEEEDEEDEEEEEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9136878888886414561027889999885234668886653047576744798 >Consensus mswalxxxdxfldxxrxxxrtyxdvxxeixkrxredreaartavxdpexpllxxp >c5u1dX_ MSWALEMADTFLDNMRVGPRTYADVRDEINKRGREDREAARTAVHDPERPLLRSP >UniRef50_P14345(1-55:86) ICP47 protein n=2 Tax=Human herpesvirus 2 RepID=ICP47_HHV2H E=7e-12 s/c=1.30 id=66% cov=102% MSWALKTTDMFLDSSRCTHRTYGDVCAEIHKREREDREAARTAVTDPELPLLCPP # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1255 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1255 0 0 W 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 3 0 * * * * * * 1255 0 0 A 4 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1255 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1255 0 0 E 6 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1255 0 0 M 7 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * 7 0 * * * * * * 1255 0 0 A 8 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 8 0 * * * * * * 1255 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1255 0 0 T 10 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * 10 0 * * * * * * 1255 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1255 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1255 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1255 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 14 0 * * * * * * 1255 0 0 M 15 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1255 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1255 0 0 V 17 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 17 0 * * * * * * 1255 0 0 G 18 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 18 0 * * * * * * 1255 0 0 P 19 * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1255 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 20 0 * * * * * * 1255 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1255 0 0 Y 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 22 0 * * * * * * 1255 0 0 A 23 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1255 0 0 D 24 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1255 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1255 0 0 R 26 * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 26 0 * * * * * * 1255 0 0 D 27 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1255 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1255 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1255 0 0 N 30 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1255 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1255 0 0 R 32 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 32 0 * * * * * * 1255 0 0 G 33 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1255 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1255 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1255 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1255 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1255 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1255 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1255 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1255 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1255 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1255 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1255 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1255 0 0 H 45 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * 45 0 * * * * * * 1255 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1255 0 0 P 47 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1255 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1255 0 0 R 49 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 49 0 * * * * * * 1255 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1255 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1255 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1255 0 0 R 53 * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 53 0 * * * * * * 1255 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 54 0 * * * * * * 1255 0 0 P 55 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 55 0 * * 0 * * * 1255 0 0 //