HHsearch 1.5 NAME c5ts4A_ FAM FILE c5ts4A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5ts4A_.a3m DATE Thu Feb 9 11:03:28 2017 LENG 101 match states, 101 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4128 -0.5590 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHTCCTTCEEEETTEEEESHHHHHHHHHHHTTCCCEEEEEEECSSEEEEEEEECCCEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEE C >sa_dssp EDDBBEDACECBCCADCDDEDBDCABBEEABACCEECEDECCEDADDCBCDCCDEDDCDECDDDDECCBBADBDCDEEBCBCACACCCEECBDACCBDCD E >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCEECCCCHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEC C >ss_conf 9723667899999972098989874397420415752024758999999997553665552005784699999854338899999840661356544417 8 >Consensus mseeakiaielfkeamkdperfkemcspdtriesngqeyrgseeckkfaeemkktevrveryrsdgdrfeielrvnktfrmeirmrkvngefrieemrlh g >c5ts4A_ MSEEAKIAIELFKEAMKDPERFKEMCSPDTRIESNGQEYRGSEECKKFAEEMKKTEVRVERYRSDGDRFEIELRVNKTFRMEIRMRKVNGEFRIEEMRLH G # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 K 13 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 M 16 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 K 17 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 D 18 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 F 22 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 M 25 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 C 26 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 T 30 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 R 31 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 I 32 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 G 36 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 E 44 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 C 45 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 K 47 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 F 48 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 E 50 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 M 52 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 K 54 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 T 55 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 E 56 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 V 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1000 0 0 R 63 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 S 64 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 D 67 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 R 68 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 F 69 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 I 71 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 E 72 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 R 74 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 N 76 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 F 79 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 M 81 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 E 82 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 I 83 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 R 84 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 M 85 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 V 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 R 93 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 I 94 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 E 96 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 M 97 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 H 100 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //