HHsearch 1.5 NAME c5tgnA_ FAM FILE c5tgnA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5tgnA_.a3m DATE Thu Feb 9 12:06:23 2017 LENG 109 match states, 109 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4268 0.4535 SEQ >ss_dssp CCCHHHHHHHHHHHHHTTCHHHHHTTEEEEEEEEETTTEEEESHHHHHHHHHTSCSCEEEEEEEEEECSSEEEEEEEEECSSSCCEEEEEEEEEETTEEE EEEEEECCC >sa_dssp EDDABDAADDABDCCDDDCBECABDBABEDABACBDEEEDCECDECABDCBEEDDECEBDEDCDEDEDEEDABACBBCDCEEEEDCCBCBBACBEEDDAD DACBDEDEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEHHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEECCCCEEE EEEHHHCCC >ss_conf 9126788999987404888764000210378473212434200678998864078611455775315530346454102886382026899932854465 542352079 >Consensus axaaidlareyisrvngrdgsgaaalfaqdgeiiapvgrvyrgwdaiaafieaappattaqiaertxgthrvvlhgvvqtprfapaqiewifdvdgdrir rltinhlrd >c5tgnA_ AXAAIDLAREYISRVNGRDGSGAAALFAQDGEIIAPVGRVYRGWDAIAAFIEAAPPATTAQIAERTXGTHRVVLHGVVQTPRFAPAQIEWIFDVDGDRIR RLTINHLRD # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 X 2 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 2 * * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 A 4 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 D 6 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 11 0 * * * * * * 1000 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 R 18 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 G 20 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 29 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 P 36 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 G 38 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 41 0 * * * * * * 1000 0 0 R 42 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 W 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 F 50 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 I 51 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 E 52 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 P 55 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 P 56 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 A 57 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 T 58 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 61 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 E 64 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 R 65 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 X 67 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 67 * * * * * * * 1000 0 0 G 68 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 H 70 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 R 71 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 V 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 H 75 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 G 76 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 79 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 T 80 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 R 82 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 F 83 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 A 84 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 A 86 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 87 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 I 88 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 W 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 F 92 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 D 93 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 V 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 D 95 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 G 96 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 D 97 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 R 101 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 L 102 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 H 106 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 L 107 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 D 109 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //