HHsearch 1.5 NAME c5t3wG_ FAM FILE c5t3wG_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5t3wG_.a3m DATE Thu Feb 9 11:21:51 2017 LENG 137 match states, 137 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.4145 -0.5549 SEQ >ss_dssp CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHTSCGGGCCHHHHHHHHHHHHHHHHHSCGGGHHHHHHHHHHHHTCCGGGHHHHHHHHHHHHHCCTTHHHHHHHHH SCHHHHHHHHHHHHHHHTTSCSCCCHHHHHHHHHHHC >sa_dssp EEEEEEEEEEEEEDEECBDECBCEBCECEAEEDEEEDBCDAACCAACBACEBCEEBBDDAAECBBEDCEDDEEDCDDBDEBACCACDBEECEDBDEBCEE DEDEDABEBACAAACABDECDDDDCEEDDDEEDEEEE >ss_pred CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHC CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEEECCCEECC >ss_conf 9878874003554599999999998496520000788999999999887654189999999975313189841012499998644303687304687611 0256899999999999850966553000010000019 >Consensus xxxxxPxxxxxxxTLxxLxxxxxyxxrxdIxxiddsxLRAxLtLxxxxxRKxxkSxlxxlxExHlxxExLxQDQxxxvxexYxxlHxDKGGxFEAALWQx WDrxSlxmFixAxLxixxxlPCESSxsVxxSxxxxlx >c5t3wG_ VDLPPPPLYADVLTLENLGHILSYLHRSEIGKLDETSLRAALSLTCAGIRKTNRSLINTMTELHMNHENLPQDQNGVIKQTYTGIHLDKGGQFEAALWQG WDKRSISLFVQAALYVMNNIPCESSISVQASYDHFIL >UniRef50_B8XCP2(40-270:289) VP30 n=2 Tax=Ebola-like viruses RepID=B8XCP2_9MONO E=4e-34 s/c=0.32 id=37% cov=96% QQKDGPK-----VTLSMLIETAEYWSKQDIKNIDDSRLRALLTLCAVMTRKFSKSQLSLLCESHLRREGLGQDQSESVLEVYQRLHSDKGGNFEAALWQQ WDRQSLIMFITAFLNIALQLPCESS-SVVISGLRMLI >UniRef50_Q77DJ5(26-269:288) Minor nucleoprotein VP30 n=10 Tax=Ebola-like viruses RepID=VP30_EBOZ5 E=9e-79 s/c=0.67 id=36% cov=96% QQEEGPK-----ITLLTLIKTAEHWARQDIRTIEDSKLRALLTLCAVMTRKFSKSQLSLLCETHLRREGLGQDQAEPVLEVYQRLHSDKGGSFEAALWQQ WDRQSLIMFITAFLNIALQLPCESS-AVVVSGLRTLV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * 831 * * * 1191 * * 1 0 * * * * * * 1602 0 0 D 2 * * 1191 * * * * * * * * * * 831 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1602 0 0 L 3 * * * 1822 * * * * 1841 1191 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1602 0 0 P 4 * * 1841 1822 * * * * * * * * 1191 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1602 0 0 P 5 * * * * * 831 * * * * * * 1191 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1602 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1602 0 0 P 7 * * * * * * * * 831 * * * 1191 * * * * * * * 7 1191 * 831 * * * * 1602 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * 0 1000 0 1118 Y 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 9 0 * * * * * 0 1000 0 1118 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * 0 1000 0 1118 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * 0 1000 0 1118 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * 0 * 1000 0 1118 L 13 * * * * * * * 1822 * 1191 * * * * * * * 1841 * * 13 0 * * * * * * 1602 0 0 T 14 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 14 0 * * * * * * 1602 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1602 0 0 E 16 * * * 1191 * * * * * 1822 * * * * * 1841 * * * * 16 0 * * * * * * 1602 0 0 N 17 * * * * * * * * * * 1841 1191 * * * * 1822 * * * 17 0 * * * * * * 1602 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1602 0 0 G 19 * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1602 0 0 H 20 * * * 1841 * * 1191 * 1822 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1602 0 0 I 21 * * * * * * * 1191 * * * * * * * * 831 * * * 21 0 * * * * * * 1602 0 0 L 22 831 * * * * * * * * 1191 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1602 0 0 S 23 * * * 831 * * * * * * * * * * * 1191 * * * * 23 0 * * * * * * 1602 0 0 Y 24 * * * * * * 1822 * * * * * * * * * * * * 480 24 0 * * * * * * 1602 0 0 L 25 * * * * * * * * * 1191 * * * * * * * * 831 * 25 0 * * * * * * 1602 0 0 H 26 1822 * * * * * 1191 * * * * * * * * 1841 * * * * 26 0 * * * * * * 1602 0 0 R 27 * * * * * * * * 1841 * * * * * 472 * * * * * 27 0 * * * * * * 1602 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * 831 * 1191 * * * * 28 0 * * * * * * 1602 0 0 E 29 * * 831 1191 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1602 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1602 0 0 G 31 * * * * * 1191 * * 1841 * * * * * 1822 * * * * * 31 0 * * * * * * 1602 0 0 K 32 * * * * * * * * 1191 * * 1841 * * * * 1822 * * * 32 0 * * * * * * 1602 0 0 L 33 * * * * * * * 831 * 1191 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1602 0 0 D 34 * * 480 1822 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1602 0 0 E 35 * * 831 1191 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1602 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * 831 1191 * * * 36 0 * * * * * * 1602 0 0 S 37 * * * * * * * * 1822 * * * * * 1841 1191 * * * * 37 0 * * * * * * 1602 0 0 L 38 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1602 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1602 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1602 0 0 A 41 1191 * * * * * * * * 831 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1602 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1602 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 1191 831 * * * 43 0 * * * * * * 1602 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1602 0 0 T 45 * 831 * * * * * * * * * * * * * * 1191 * * * 45 0 * * * * * * 1602 0 0 C 46 831 1191 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1602 0 0 A 47 1191 * * * * * * * * * * * * * * * * 831 * * 47 0 * * * * * * 1602 0 0 G 48 * * * * * 1191 * * * * 831 * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1602 0 0 I 49 * * * * * * * 1191 * * * * * * * * 831 * * * 49 0 * * * * * * 1602 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1602 0 0 K 51 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1602 0 0 T 52 * * * * 831 * * * * * * * * * * * 1191 * * * 52 0 * * * * * * 1602 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 1191 * * * 831 * * * * 53 0 * * * * * * 1602 0 0 R 54 * * * * * * * * 831 * * * * * 1191 * * * * * 54 0 * * * * * * 1602 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1602 0 0 L 56 * * * * * * * * * 1191 * * * 831 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1602 0 0 I 57 * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1602 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 1191 * * * 831 * * * * 58 0 * * * * * * 1602 0 0 T 59 * * * * * * * * * 831 * * * * * * 1191 * * * 59 0 * * * * * * 1602 0 0 M 60 * * * * * * * * * 831 1191 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1602 0 0 T 61 * 831 * * * * * * * * * * * * * * 1191 * * * 61 0 * * * * * * 1602 0 0 E 62 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1602 0 0 L 63 * * * * * * * * * 1191 * * * * * 1841 1822 * * * 63 0 * * * * * * 1602 0 0 H 64 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1602 0 0 M 65 * * * * * * * * * 831 1191 * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1602 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 1191 * * 831 * * * * * 66 0 * * * * * * 1602 0 0 H 67 * * * * * * 1191 * * * * * * * 831 * * * * * 67 0 * * * * * * 1602 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1602 0 0 N 69 * * * * * 831 * * * * * 1191 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1602 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1602 0 0 P 71 * * * * * 831 * * * * * * 1191 * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 72 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1602 0 0 D 73 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 74 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1602 0 0 N 75 1822 * * * * * * * * * * 1191 * * * 1841 * * * * 75 0 * * * * * * 1602 0 0 G 76 * * * 831 * 1191 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1602 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * 1822 * * 1841 * 1191 * * 77 0 * * * * * * 1602 0 0 I 78 * * * * * * * 1191 * * * * * * * * * 831 * * 78 0 * * * * * * 1602 0 0 K 79 * * * * * * * * 1191 831 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 80 * * * 831 * * * * * * * * * 1191 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1602 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 1191 831 * * 81 0 * * * * * * 1602 0 0 Y 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 82 0 * * * * * * 1602 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * * * 831 * * 1191 * * * 83 0 * * * * * * 1602 0 0 G 84 * * * * * 1191 * * * * * * * * 831 * * * * * 84 0 * * * * * * 1602 0 0 I 85 * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1602 0 0 H 86 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1602 0 0 L 87 * * * * * * * * * 1191 * * * * * 831 * * * * 87 0 * * * * * * 1602 0 0 D 88 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1602 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1602 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1602 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * 1841 * 1191 * 1822 * * * * 92 0 * * * * * * 1602 0 0 F 93 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1602 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1602 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1602 0 0 A 96 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1602 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1602 0 0 W 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 98 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 99 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1602 0 0 G 100 * * * * * 1191 * * * * * * * 831 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1602 0 0 W 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 101 0 * * * * * * 1602 0 0 D 102 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1602 0 0 K 103 * * * * * * * * 1191 * * * * * 831 * * * * * 103 0 * * * * * * 1602 0 0 R 104 * * * * * * * * * * * * * 831 1191 * * * * * 104 0 * * * * * * 1602 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 1602 0 0 I 106 * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1602 0 0 S 107 * * * * * * * 831 * * * * * * * 1191 * * * * 107 0 * * * * * * 1602 0 0 L 108 * * * * * * * * * 1191 831 * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1602 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1602 0 0 V 110 * * * * * * * 831 * * * * * * * * * 1191 * * 110 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 111 * * * * * * * * * * * * * 1191 * * 831 * * * 111 0 * * * * * * 1602 0 0 A 112 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1602 0 0 A 113 1191 * * * 831 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1602 0 0 L 114 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1602 0 0 Y 115 * * * * * * * * * * * 831 * * * * * * * 1191 115 0 * * * * * * 1602 0 0 V 116 * * * * * * * 831 * * * * * * * * * 1191 * * 116 0 * * * * * * 1602 0 0 M 117 831 * * * * * * * * * 1191 * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1602 0 0 N 118 * * * * * * * * * 831 * 1191 * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1602 0 0 N 119 * * * * * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * 119 0 * * * * * * 1602 0 0 I 120 * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1602 0 0 P 121 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1602 0 0 C 122 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1602 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1602 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 124 0 * * * * * * 1602 0 0 S 125 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 125 1191 * 831 * * * * 1602 0 0 I 126 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * 0 * 1000 0 1118 S 127 1822 * * * * * * * * * * * * * * 480 * * * * 127 0 * * * * * * 1602 0 0 V 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 128 0 * * * * * * 1602 0 0 Q 129 * * * * * * * * * * * * * 1191 * * * 831 * * 129 0 * * * * * * 1602 0 0 A 130 1191 * * * * * * 1841 * * * * * * * * * 1822 * * 130 0 * * * * * * 1602 0 0 S 131 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 131 0 * * * * * * 1602 0 0 Y 132 * * * * * 831 * * * * * * * * * * * * * 1191 132 0 * * * * * * 1602 0 0 D 133 * * 1191 * * * * * * 831 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1602 0 0 H 134 * * * * * * 1191 * * * * * * * 831 * * * * * 134 0 * * * * * * 1602 0 0 F 135 * * * * 1191 * * * * * 1841 * * * * * 1822 * * * 135 0 * * * * * * 1602 0 0 I 136 * * * * * * * 1191 * 831 * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1602 0 0 L 137 * * * * * * * 1841 * 1191 * * * * * * * 1822 * * 137 0 * * 0 * * * 1602 0 0 //